在飛船上，祖妮蒂焦急地看著屏幕：「他要幹什麼？」摩非斯說：「他開始相信了。」

賽弗先殺死了塞帕克、蘇伊士兄妹，正當他要對尼奧下手時，昏倒在地上的德克奇迹般醒來。德克撿起電擊武器，殺掉了叛徒賽弗，尼奧和祖妮蒂這才安全返家。

1998年的世界，我們的世界。

卡車上走下三個黑衣人，他們看了看已變為碎片的電話亭，為首的一個說：「她跑掉了，不過沒什麼。咱們立刻去找下一個目標，名字是『尼奧』。」

另一個世界里，尼奧醒來了。這可不是令人愉快的體驗，他是赤|裸裸地在一個充滿黏液的大玻璃槽中醒來的，身上插滿了管子，腦後還有一個輸入輸出埠。

令他們不敢相信的是，尼奧終於被史密斯迎頭截住，一槍射中胸口！史密斯瘋狂地向尼奧身上傾斜子彈，尼奧倒在血泊里。在飛船上，祖妮蒂絕望地看著座椅里的尼奧吐出了最後一口氣。

摩非斯說：「馬上會有人來找你，不能讓他們抓到。」隨著他的話音，黑衣人帶著警察進了大辦公室。

樓房外，一輛轎車戛然停住，兩個戴墨鏡的黑衣人從車裡下來。帶隊的警察中尉讓他們別管這兒的事，因為已派了兩隊人馬去捉拿那個目標了。一個黑衣人說：「你派的人已經死光了。」

基奴·里維斯給你講述了下面這樣一個故事。

電話鈴響起來，祖妮蒂跑過去抓起話筒。大卡車開足馬力直衝過來，轟然一聲巨響，亭倒牆坍。

賽弗先通過電話線回到了飛船上。他用電擊武器打死了德克和亞歷克斯，然後開始對付沉睡在座椅上，沒有反抗能力的戰士們。

兩人開著現成的直升機，把摩非斯救出來。直升機被黑衣人擊毀，他們逃入地鐵站。

一場不可思議的追逐開始了，一個黑九*九*藏*書衣客帶領警察緊追不捨，祖妮蒂飛檐走壁，顯示出超乎人類想像的彈跳力。警察們面面相覷，那個黑衣人拋下他們，竟也像大鳥一樣飛上祖妮蒂逃生的房子。

安德森在一處陰暗骯髒的舞廳里初次面對面地見到了祖妮蒂。祖妮蒂告訴他一些他不願相信的事。

在摩非斯的鼓動下，尼奧吃下了一顆紅色藥丸，摩非斯和祖妮蒂將帶他去「真實的世界」。吃下藥丸后，他們就可以鎖定他的位置。

祖妮蒂不肯相信，結局竟會是這樣，她抱著尼奧的軀體，對他低語：「法師說我會愛上一個死人，所以我一直非常害怕……你不能死，你一定不能死！」

這時，飛船遭到了一群機器「水母」的襲擊。它們用激光燒融船體，想鑽進來。摩非斯的手按在一個紅色旋鈕上面：只要輕輕一轉，機器水母就會被毀滅。但必須等尼奧回來……

他恐懼地扭頭四顧，身邊是望不到頭的一排排玻璃槽，裏面沉睡著與他一樣的人，成千上萬。摩非斯就是從這些人中把他挑選出來的，為什麼呢？

摩非斯帶著大家返回時，發現黑衣人們已布置好了陷阱。小夥子冒斯被警察打死。他們躲進房子牆壁的夾層里，逃過警察的耳目。但光頭賽弗有意無意地打了個噴嚏，暴露了行蹤。

如果有一天，你正在電腦網路中徜徉，突然屏幕上出現了一行字：「你好，我早已注意到你，我用了一生的時間在尋找你。」而說這句話的人是從另一個層次的世界里通過一根電話線與你聯繫的，你會怎麼想？

摩非斯當然不是黑衣人的對手，幾招過後便束手被擒。

1998年某夜，軟體公司程序員安德森又在網上與名為「祖妮蒂」的人交談起來，這個祖妮蒂知道安德森的一切。

果然，在樓房read•９9ｃｓw•cｏm裡，警察們早已橫屍一片，祖妮蒂獨自屹立在屍體當中。她的中國功夫練出來還滿像回事兒。

幾十億人在地球上忙忙碌碌，繁衍生息。我們當中，是否曾經有人懷疑過這個世界（包括自己在內）的真實性？

談話突然中斷，安德森不知道，祖妮蒂在一間幽暗的樓房裡被警察圍困了。

接著，摩非斯將帶尼奧去見一位神秘人物。他留下德克和亞歷克斯看守飛船，負責接應，其他人全體進入網路，回到「1998年的世界」。大家都不知道，有一個人已被「母體」收買，準備出賣他們。他就是光頭賽弗。

尼奧必須立刻回到飛船上去。因為機器「水母」們已撕開甲板，鑽了進來。尼奧抄起響個不停的電話筒，同時，飛船上的摩非斯也轉動了那個紅色旋鈕……

摩非斯對尼奧講述了當前人類的生存狀況。通俗地說，尼奧以前所經歷的一切，他的生活，包括他熟悉的整個世界，都是虛擬現實，是由計算機製造的被稱為「母體」的假世界。而真實情況如下：現在的嬰兒都是人工生產，一降生便被放進那種大玻璃槽內，接上管子，開始他的做夢生涯，整個人類都被「母體」矇騙著。摩非斯帶領的這隊人馬，是最後的人類精英。他們躲藏在地下城裡，一邊逃避「母體」的追殺，一邊進行艱苦卓絕的戰鬥。這艘飛船就是他們的武器。

法師告訴尼奧，摩非斯相信他就是那個能殺死「母體」的人，並願意在危險時刻，用自己的生命換取尼奧的生存。

祖妮蒂拚命奔逃，好不容易甩掉了黑衣客，電話亭就在眼前。但一輛虎視眈眈的大卡車已在馬路上對準了它。

槍戰沒有結果，肉搏開始。史密斯先把尼奧打得口吐鮮血，在飛船上，尼奧的軀體劇烈地九_九_藏_書抽搐著。如果黑衣人在虛擬世界里殺死尼奧的話，「真實」的尼奧也會死亡的。

尼奧與祖妮蒂已經把大樓里的守衛們殺得人仰馬翻，到了樓頂。一個黑衣人上來了，尼奧與他開槍互擊，兩人都用神奇的高速度閃避子彈。祖妮蒂在旁邊出其不意地射死了黑衣人，但他們發現，那屍體變成了一個普通的守衛。黑衣人可以變為任何人，普通人類是無法殺死他們的。

在飛船艙內，摩非斯他們開始重建尼奧的肌肉組織。因為說來也可憐，和那些人一樣，尼奧從出生時起就睡在玻璃槽里，他的肌肉從來沒有使用過。他們將在大夢中度過一生。

在最後關頭，尼奧奮起神威，反敗為勝。黑衣人被飛馳而來的地鐵列車撞死。

摩非斯知道，有一個特殊的人，他將找到「母體」所在地，並最後把它摧毀。摩非斯相信尼奧就是這個人。

在黑衣人的巢穴，摩非斯正經受考驗。敵人希望通過他找到進入「真實世界」的大門。黑衣人的首領——史密斯，支走另外兩個同伴，對摩非斯說出一番驚人的話：「我也厭惡透了這個世界，這個動物園！我要進入到真實的世界去！你這裡有鑰匙，把它給我！」

黑衣人的鐵臂猛地鑿穿了牆壁，抓住尼奧。這時，摩非斯實現了諾言：要用自己的生命換取尼奧的生命。他跳出去和黑衣人拚命搏鬥，命令大家帶尼奧逃跑。

祖妮蒂望著尼奧，說：「我非常怕。法師跟我說過一些話，她的預言都會實現的。所以……」

一架飛行器探下鋼爪，把尼奧抓起來。

摩非斯對「尼奧」說：「你不是這個時代的人，這個世界也不是真實的。你們認為現在是1998年，但真實的世界早已進入了二十二世紀。」

黑衣客史密斯突然出現，祖妮蒂通過電話回read.99csw.com到了飛船，但話筒被史密斯的子彈打碎，尼奧逃不掉了。

尼奧相信自己可以戰勝黑衣人！

史密斯怒吼一聲，撲了上來。但他的拳腳在尼奧看來已不行了，像小孩子打鬧一樣可笑。為了不讓史密斯再逃脫死亡，尼奧鑽進了他的體內，從裏面把他撐裂。另兩個黑衣人嚇破了膽，扭頭就跑。

不管尼奧是否相信，摩非斯開始了對他的特訓，首先就是中國功夫。在虛擬實境中，摩非斯告訴尼奧打鬥的秘密：「這與肌肉無關，你必須明白程序運行的規律。師父領進門，修行在各人。」

祖妮蒂的深情呼喚，使尼奧復甦了。他開始呼吸。在「1998年」的世界里，他從地上爬起來。他的心裏充滿了力量。從他眼中看出去，這個世界繁華的表象被剝得精光，他看見了世界的本原。

可是祖妮蒂立刻發現了樓下的黑衣人，這些傢伙是極難對付的。她必須馬上逃跑，跑到最近的電話那裡……

第二天，安德森在公司收到一隻郵寄來的手機，剛剛開封，手機就響了起來。他接通電話，裏面是個男人的聲音：「我是摩非斯。」這個名字並不陌生，安德森在網上與他接觸了很久了。

勞動、索取、生存、享受……我們都忙昏了頭，全身心地投入到這個龐大複雜的大機器里，跳不出去，也從來沒想過跳出去。

站內的公用電話響了，摩非斯先拿起話筒。他的身體在一瞬間化為光流，消失了。

在「真實的世界」里重生的尼奧，認識了這艘飛船上的成員，摩非斯是領導人，還有老相識祖妮蒂，程序操作員德克，塞帕克和蘇伊士兄妹，快樂的小夥子冒斯，黑人亞歷克斯，光頭賽弗等等。

突然，另外兩名黑衣客闖進房間，通知史密斯：尼奧和祖妮蒂已一路打了進來，肯定是要營救摩非斯。read.99csw.com

安德森不願合作。接下來，令他不敢相信的噩夢般的情景出現了：他的兩片嘴唇竟然長在了一起，無法說話。黑衣人拿出一隻十分噁心的小機器蟲，植入他體內……

但那死去的只是一個普通的老流浪漢。史密斯彷彿是不死之身，又從列車上跳下來，追著尼奧出了車站。在大街上，三個黑衣人幾乎逼得尼奧走投無路。德克通過一隻手機為尼奧引路，跑到了一座樓里。

尼奧跟隨摩非斯見到了「法師」——一位老女人。在她家裡有好多具有特殊能力的小孩，尼奧還跟其中一個孩子學到了一手：用意念扭彎鋼匙。孩子說，別總想著你要弄彎它，那只是表象。要用心感受真實。

幸而祖妮蒂又來找他。這次，在為安德森·尼奧取出體內的機器蟲后，祖妮蒂帶他進入一座古舊的宅子，在那裡，他看見了摩非斯——一位高大的黑種人。

他不想逃，反而擺出了迎戰的姿態。

摩非斯在電話里指引安德森逃進一間無人的辦公室，讓他通過窗外的升降機走到隔壁房間去。但有恐高症的安德森沒能完成這一高難動作，終於讓黑衣人捉住了。

在一間審訊室里，三個黑衣客共同審問安德森。為首的一人坐在他對面，說：「我們知道你的雙重身份：公司程序員安德森和電腦網路里的『尼奧』。你和摩非斯關係甚密，而『委員會』認為他是個恐怖分子。希望你跟我們合作。」

然後，摩非斯把他們的對手介紹給尼奧，就是曾經追捕過他的那三名黑衣客。他們是「母體」設立的一種程序，專門對付「有缺陷的人類」。他們可以成為任何人，卻又任何人都不是。他們是「掌管鑰匙的人」，必須跟他們戰鬥。只要尼奧能殺死其中任何一個，就說明他是那個「特殊的人」，因為一般人類根本無法觸動黑衣客的毫毛。