不管怎樣，還是存在其他目標。仍在服役的洛杉磯級潛艇美國海軍「托皮卡」號（Topeka）和「路易斯維爾」號（Louisville）分別於1992年11月和1993年1月到達了波斯灣。它們的任務是監視伊朗新的潛艇艦隊。1995年美國飛行員斯科特·奧格萊迪在波斯尼亞上空被擊落時，潛艇攔截了想要抓住奧格萊迪的波斯尼亞塞爾維亞人的通信。同一年，一艘潛艇被指派參与太平洋東部的禁毒工作，它截獲了一艘可疑的拖網漁船上傳輸的信號，幫助美國海岸警衛隊捕獲了11噸可卡因。在更近期的行動中，長度為377英尺的第一艘新級別攻擊潛艇美國海軍「弗吉尼亞」號（Virginia）於2005年被派往了加勒比和南大西洋執行通信攔截任務。

另一艘參与當前信號情報行動的潛艇是美國海軍「安納波利斯」號（Annapolis），它在2014年3月至9月，在航行經過歐洲司令部和中央司令部管轄區域期間，完成了「四次對國家安全極為重要的任務」。九九藏書它配備了「輻射寶石」（RADIANT GEMSTONE）系統，用於目標追蹤、跡象和預警（I&W）。它在計算機網路行動中也能發揮作用。

更近期的行動多次動用了38艘鱘魚級核動力潛艇中的某些潛艇，該潛艇的尺寸為292×31.7×26英尺，裝載了107人（12名軍官和95名在編人員）的補給，該潛艇能以水下至少30海里每小時的速度航行，並能下潛至1320英尺深處。另有一些行動動用了一些更為現代化的洛杉磯級攻擊潛艇。該潛艇尺寸為362×33×32.3英尺，能以32海里每小時的速度航行，配備了133名人員。

雖然這類涉及俄羅斯的行動可能暫時被縮減，但顯然並沒完全停止。1997年12月初，一艘俄羅斯颱風（Typhoon）潛艇發射了20枚彈道導彈，這是根據1991年簽訂的《戰略武器削減條約》（Strategic Arms Reduction Treaty, SARTⅠ）進行的例行九-九-藏-書銷毀。俄羅斯人指控稱，一艘潛在水中的洛杉磯級潛艇監控了此次行動，但是美國海軍官員表明不是美國潛艇（保留了可能是英國潛艇的猜疑）。

截至2009年，代號為AQUADOR的系列潛艇偵察任務針對了各種各樣的目標。某些情況下，潛艇監控伊朗海軍在霍爾木茲灣的活動，目標是保護國際航運線。其他的任務則專註于監控被懷疑涉及彈道導彈和核武器導彈技術運輸的外國商業航運。此類任務中，比較早的一次是追蹤朝鮮船隻，因為美國分析人員認為，這些船隻正將彈道導彈和支持設備運往敘利亞和伊朗。

「磨石」行動還提供有關戰區導彈和戰略性海基導彈的信息。某些蘇聯海基導彈試驗針對的是內陸目標，以便減少受到美國的監控。有時候，「磨石」行動的潛艇會侵入並靠近蘇聯領土以觀察導彈發射，提供導彈飛行最初階段的信息。據政府某位官員所言，任務中提供的最重要的信息是對蘇聯技術人員在導彈發射前所執行的計算機演算和計算機信號的解讀。除此之外，美httｐs://ｒeａｄ•9９ｃsｗ•cｏm國潛艇通過追蹤導彈的飛行和最終的著陸點，傳遞制導和電子系統的持續信息，獲得情報。

其他潛艇還被委派執行在海底電纜上安裝竊聽裝置的任務，這屬於信號情報搜集任務。20世紀70年代末，在一次名為「常春藤鈴」（IVY BELLS）的行動中，海軍在蘇聯位於鄂霍次克海海底的軍事通信電纜上放置了感測裝置，並考慮在巴倫支海海底的類似電纜上再放置一個。更近期，一艘新的潛艇——美國海軍「吉米·卡特」號經過改裝后，被委派執行接入光纖電纜的行動。它取代了美國海軍「鯛魚」號（Parche），後者也是經特殊配備用於情報搜集。美國海軍「吉米·卡特」號是第三艘，也是最後一艘海狼級潛艇，它重達130噸、長度為453英尺，潛入水中時，能夠以至少25海里的時速航行。

「磨石」任務的特殊裝備包括WLR-6水男孩信號情報系統（Waterboy Signals Intelligence System）。20世紀80年代，WLR九*九*藏*書-6被更先進的「海妖」（SEA NYMPH）系統所取代。某份資料將其描述為「高級自動的模塊信號挖掘系統，用於對電子信號的持續性獲取、識別、記錄、分析和挖掘利用」。所有的鱘魚級潛艇都具備基礎的骨幹系統，只有得到授權后才可以升級至完整功能。

有證據表明，「磨石」行動一直持續到20世紀90年代初。1992年2月，美國海軍「巴吞魯日」號（Baton Rouge），一艘洛杉磯級攻擊潛艇，在科拉半島與蘇聯一艘潛艇發生衝突。據稱，「巴吞魯日」號正在執行針對蘇聯港口摩爾曼斯克的情報收集任務。另一次衝突發生於1993年3月20日，當時鱘魚級美國海軍「格雷靈」號（Greyling）在摩爾曼斯克以北100英里的巴倫支海遇到了俄羅斯一艘德爾塔Ⅲ級彈道導彈潛艇。一個月後，柯林頓總統在與俄羅斯總統葉利欽的峰會期間為這次事件道了歉。他還下令對潛艇偵察行動進行一次評估。

潛艇還能夠帶回有價值的圖像，其中許多是通過潛艇的潛望鏡拍攝的。20世紀https://read.99csw.com60年代中期時，圖像中出現了E級潛艇的下側，顯然是停在符拉迪沃斯托克港口內的。

利用潛艇進行情報搜集，起源於艾森豪威爾政府的最後幾年。該項目有多個代號，其中最著名的是「磨石」（HOLYSTONE），它是最敏感的美國情報行動之一。「磨石」行動開始於1959年，運用裝備了特殊電子設備」的潛艇搜集電子通信和圖像情報。到1991年止，該項目的首要目標是蘇聯，但有時諸如越南和中國等國家也成為行動的目標，這些行動偶爾要突破蘇聯、中國和越南的三英里領土限制。

據稱，1975年的每次任務要延續大約90天。到1975年，已執行的任務顯然提供了有關蘇聯潛艇艦隊的重要信息，包括其配置、能力、雜訊圖、導彈和導彈發射能力。每次任務包含獲取蘇聯潛艇的「噪音圖」。利用錄製潛艇發動機和其他設備噪音的詳細磁帶，海軍情報分析人員能夠開發出一套方法，識別蘇聯不同的潛艇，即使對那些被遠距離追蹤的海洋深處潛艇也適用。然後，分析人員能夠從潛艇的首次行動一直跟蹤到它退役。