《1961年對外援助法案》的《休斯-瑞恩修正案》要求，啟動秘密行動時需要總統調查令。按照該修正案和後續立法的規定，調查令必須說明總統已經確定「在外國採取的行動，對於美國的國家安全是重要的」，然後要描述行動範圍（被作為目標的某個國家或多個國家）和行動須知。調查令還必須詳細說明將重點參与項目實施的每個美國政府機構以及是否有重點參与項目的第三方；調查令不可以授權違背憲法或美國的任何法規。自1991年以來，根據《國家安全法案》的標題五，總統調查令必須採用書面形式，而九-九-藏-書且不可以授權對秘密活動進行追溯，緊急時刻除外，因為此時的口頭調查令只有最多24小時效力。圖19.2顯示了某調查令，其支持與伊朗「溫和派」建立聯繫的嘗試。

調查令最初由中央情報局的行動處來準備，這是行動處某個提議的結果，也是對中央情報局局長所提要求的回應，而中央情報局長反過來則要回應國家情報總監或總統的要求。1986年，中央情報局的《情報研究》上有篇文章稱，任何一份被提交的調查令離開行動處之前，要經過秘密行動策劃小組（Cov九*九*藏*書ert Action Planning Group, CAPG）的審查，該小組是由助理副處長、高層部門領導和那些實際負責調查令及其最終實施的個人組成的理事會。調查令得到秘密行動策劃小組的批准之後，將被發送給中央情報局的最高管理層進行審核並提出意見，然後再發送給局長，最後再發送給國家情報總監。

里根政府執政時期，如果中央情報局長批准了提交的調查令，該調查令將被送至國家安全委員會的計劃和協調小組（Planning and Coordination Grｒｅaｄ•９９ｃｓw•ｃｏｍoup, PCG），該小組由國務院、國防部和國家安全委員的高層代表組成。如果計劃協調小組支持該調查令，它會將贊同的意見發送給國家安全計劃小組（National Security Planning Group, NSPG）。然後由該小組批准將最終產生總統調查令。第159號國家安全決定指令（National Security Decision Directive, NSDD）《秘密行動政策批准和協調程序》簽發於1985年1月18日，指出了所有的情報調查令都要以九_九_藏_書書面形式上交給國家安全計劃小組的8個成員傳閱，然後才能生效。

第1號總統政策指令《國家安全委員會系統的組織機構》簽發於2009年2月13日，要求主管委員會「繼續作為影響國家安全的政策問題的跨部門研討論壇」。該指令還規定該委員會由國家安全顧問擔任主席，其他成員包括國務卿、國防部長、能源部長、國土安全部長、財政部長、司法部長、管理和預算辦公室主任、美國駐聯合國代表、總統辦公廳主任、國家情報總監和參謀長聯席會議主席。

小布希總統的第一份國家安全總統指令《國家安全委員會系統的組織機構ｈtｔps://reaｄ.９9csw•cｏm》簽發於2001年2月13日，維持了柯林頓政府時期的國家安全委員會主管委員會（繼承於前一屆政府的）的存在，作為「影響國家安全的政策問題的跨部門研討論壇」，這些問題中包含了秘密行動。正式成員包括國務卿、國防部長、財政部長、總統的辦公廳主任，並由主管國家安全事務的總統助理擔任委員會主席。