大順軍進逼京畿時，南北交通中斷，明廷消息亦無法發出。1644年四月初一，南京兵部尚書史可法發布「號召天下臣民起義勤王捐貲急事」檄，預備率兵渡江，北上勤王。不出幾日，便得到了崇禎皇帝已於三月十九日在煤山自盡的消息。當時人們還不敢相信，只以為是流言。直到四月十七日，大學士魏炤自北京逃出，證實了這一消息的真實性。

東林、復社人士為求自保，轉而求助於大將左良玉，左良玉世鎮武昌，擁有數十萬重兵。馬士英、阮大鋮則援引江北四鎮兵力作後盾。雙方針鋒相對，各自興風作浪，為爭奪權勢而出盡全力。弘光朝廷的內部紛爭，令這一小朝廷始終處於動蕩之中，根本無暇北顧。而滿清豫親王多鐸卻是馬不停蹄，攻破西安、擊敗勁敵李自成后，又立即分軍南下。

這也是時人的普遍看法，馬士英因而被南明唐、魯兩王勢力拒之門外。他遂盤桓于浙江一帶，仍不斷參加反清活動，事敗后逃入了四明山，削髮為僧，后被清軍搜獲，不屈而死。

北宋末年，靖康之變，宋室南渡，偏安於一隅，在極端困難的局面下，苦苦支撐，風雨飄搖，一百五十二年後，才亡于彼時世界上最強大的對手——蒙古。而弘光朝初建之時，控制著半壁江山，且多為經濟發達、人口密集之地，各方面條件、狀況遠遠勝於靖康末年，在人力、物力上，也要優於滿清及大順政權。可惜的是，黨爭、內訌、腐朽，漢民族最悲哀的種種，均在這一時期最大限度地呈現出來，弘光小朝廷亦成為歷史上又一個「生於憂患，死於安樂」的速亡政權，僅存一年。往事南朝一夢多，興亡轉瞬鬧秋蟲，歷史只在瞬間改寫。

逃走的弘光皇帝在途中與馬士英失散，最終被追兵擒獲，后解送北京處死，南明弘光朝就此覆滅。

清兵殺人如麻，流血有聲，揚州頓成人間地獄。比地獄更難忘的場面，是百姓不知反抗、引頸受戮的場面：「殺聲遍至，刀環響處，愴呼亂起，齊聲乞命者或數十人或百餘人；遇一卒至，南人不論多寡，皆垂首匐伏，引頸受刃，無一敢逃者。至於紛紛子女，百口|交啼，哀鳴動地，更無論矣。日向午，殺掠愈甚，積屍愈多，耳所難聞，目不忍睹。」

並不是所有人像錢謙益那樣卑微投降，也不是所有人像張岱那樣歸隱山林，江南不少士人選擇了自殺殉國的方式，但也有人選擇了積極反抗。

李明睿便以南宋遷都臨安為例，講了一通道理。崇禎皇帝似乎有些動心，但因有其他大臣在場，又不便明言，遂令李明睿等人退出。

史可法死後，明軍毫無鬥志，多數一矢未發即倉皇投降。五月初五日，清軍進抵長江北岸，九*九*藏*書次日便渡過了長江天險。

五月初十夜，弘光皇帝帶著馬士英等少數心腹秘密出逃。次日，群臣才發現皇帝不見了，於是也逃的逃，走的走。以南京守備趙之龍為首的重臣經緊急商議后，決定降清，派人前往清營接洽。五月十五日，在傾盆大雨和泥濘中，明重臣趙之龍、錢謙益等獻南京城投降。

明崇禎十七年，清順治元年，公元1644年五月初三，馬士英等擁立明福王朱由崧監國於南京。自明成祖朱棣遷都北京后，南京宮殿雖然有皇族及大臣駐守，卻日漸趨冷。至崇禎年間，因歷代水患、風宅及大火，南京皇宮已相當破敗，三大殿蕩然無存，群臣勉強修繕了武英殿，迎朱由崧入住。五月十五日，朱由崧在在武英殿即位，年號「弘光」，是為弘光皇帝。

這位弘光皇帝果然不負其聲名，一登基便急不可待地沉溺於酒色，「帝深居禁中，唯漁幼|女，飲大酒，雜伶官演戲為樂」，亦由此被人稱為「暗弱」的典型。

除了在蘇州、杭州、嘉興、紹興等地區大肆選美之外，弘光還派人四處捕捉癩蛤蟆，以剝取蟾酥製作春|葯。內監們公然打出「奉旨捕蟾」的旗號，民間因而稱弘光為「蝦蟆天子」。

甲申之變后，崇禎皇帝自盡，大明王朝覆滅，滿清輕而易舉入主北京，但淮河以南絕大部分地區仍然由明朝勢力控制。明朝為兩京制度，南京作為陪都，與北京一樣，設有一套政府機構，有獨立的六部和五軍都督機構，只不過諸司印信全都移至北京，沒有實權。

史可法親信幕僚王秀楚為極少數倖存者之一，他根據親身經歷著有《揚州十日》記錄其事：「自四月二十五日起，至五月五日止，共十日，其間皆身所親歷，目所親睹，故漫記之如此，遠處風聞者不載也……諸婦女長索系頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土；滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或借人足，肝腦塗地，泣聲盈野。」

令人意外的是，本可左右大局的南京兵部尚書史可法始終置身事外。史可法是東林黨人左光斗弟子，本該支持錢謙益等人立潞王朱常淓，但他出於大局考慮，擔心舍親立疏會引起更大的風波，於是在這場賢親角逐中保持了沉默，最終默認了福王之立。

梅花如雪，芳香不染，因英雄忠義之氣，衣冠冢遂成勝跡九*九*藏*書，備受敬仰，憑弔者不計其數，史可法亦被認為是僅次於文天祥的民族英雄。

明朝滅亡后，明宗室在南方陸續建立了一些政權，包括弘光政權、隆武政權、魯王監國、紹武政權及永曆政權，五個政權加起來前後共歷十八年（1644—1662年），通稱為南明。

有遠見的不獨陳子龍，翰林學士李明睿甚至當面向崇禎皇帝提出：朝廷正值「危急存亡之秋」，唯一明智的選擇，就是放棄危在旦夕的北京，遷都南京。崇禎皇帝臉色立變，遲疑了一會兒，才應道：「此事重，未可易言。」

然而當李自成的大順軍兵臨居庸關時，十五歲的太子朱慈烺都意識到北京保不住了，遷都之議再起，不過這次是明面上的，而且與李明睿之提議大有分別——

到五月初四日，天色放晴，屠殺始止。「道路積屍既經積雨暴漲，而青皮如蒙鼓，血肉內潰。穢臭逼人，復經日炙，其氣愈甚。前後左右，處處焚灼。室中氤氳，結成如霧，腥聞百里。」后寺院僧人焚化積屍，「查焚屍薄載其數，前後約計八十萬余，其落井投河，閉戶自焚，及深入自縊者不與焉。」

唐詩人杜牧有詩描繪揚州雲：「青山隱隱水迢迢，秋盡江南草未凋。二十四橋明月夜，玉人何處教吹簫。」至此，二十四橋均化作了灰燼。

多鐸讀信后頗為動容，下令釋放史德威，令其入城為史可法安排後事。當時揚州城中處處積屍，屍體被雨水浸泡，大多腐爛，無法辨認。史德威只好以史可法冠服及笏板代屍，安葬在揚州天寧門外的梅花嶺，此即為至今尚存的史可法衣冠冢。

弘光政權從一開始便是黨派鬥爭的產物，馬士英因擁戴有功，開始把持朝政，扶植親信阮大鋮。阮大鋮與東林、復社積有極深的宿怨，一上台大肆剷除異己，名士如侯方域、冒襄都曾遭其逮捕迫害，就連兵部尚書史可法亦被排擠出朝。時人有歌謠唱道：「長官多如羊，小吏賤似狗……可嘆江南錢，盡入馬家手。」

言外之意，是暗示請送太子朱慈烺南遷的大臣在密謀擁立太子，逼迫崇禎退位。眾大臣惶然失色，「遂不敢言」，再無人敢提南遷之事。

然而崇禎皇帝愈加憤怒，因為他的本意是想自己南下，令太子留守北京，不想這幫愚蠢的大臣會錯了意。於是，崇禎一面說「光時亨阻朕南行」，一面又指責李明睿結黨欺君，稱：「諸臣平日所言若何？今國家至此，無一忠臣義士為朝廷分憂，而謀乃若此！夫國君死社稷，乃古今之正，朕志已定，毋復https://read.99csw.com多言。」

揚州是清軍南下時遭遇頑強抵抗的第一座城池，為殺一儆百，滿清進行了瘋狂大報復，燒殺搶掠持續十天，「城中積屍如亂麻」，揚州軍民除少數破城前僥倖逃出者以外，餘人幾乎全部慘遭屠殺，是為歷史上著名的「揚州十日」。

震驚之後，南京大臣亦很快意識到，要延續明朝命運，需立即立一位新皇帝。而李自成佔領北京后，崇禎皇帝的三個兒子，包括太子朱慈烺在內，均落入大順軍之手。李自成敗出北京后，三位皇子均下落不明，極可能已為大順軍加害，大臣們遂將目光投向明宗室子弟。當時有不少明朝宗室為避戰亂而來到南京，如萬曆皇帝朱翊鈞之孫福王朱由崧、隆慶皇帝之孫潞王朱常淓等。於是，各方各派出於各自利益，再次上演明朝末年黨爭的一幕。

崇禎一聽說要自己掏腰包，便很不高興，於是這次秘密召見不歡而散。

其中弘光、隆武和魯王三個政權均只維持了一年，紹武政權僅存四十一天。而永曆政權之所以存在了十六年，蓋因龍拏虎攫，總在黃河、長江兩流域，而西南之地向來和大局關係較淺。限於篇幅，本節重點講述弘光政權，其他將會相關之處一帶而過。

到了三月，時局愈加不利，崇禎不得不打出最後一張王牌——召吳三桂入關勤王。大臣們遂再次聯名上書，請送太子朱慈烺至南京，督率江南軍事。崇禎還來不及回答，光時亨便大聲質問道：「奉太子往南，諸臣意欲何為？將欲為唐肅宗靈武故事乎？」

弘光朝覆滅后，馬士英被視為罪魁禍首，如大名士張岱指責道：「弘光痴如劉禪，淫過隋煬，更有馬士英為之顛覆典型，阮大鋮為之掀翻鐵案，一年之內貪財好殺，殢酒九九藏書宣淫，諸凡亡國之事，真能集其大成。」

兵科給事中光時亨見皇帝不高興，立即挺身而出，抨擊主張南遷的李邦華和李明睿，言辭極為激烈。眾大臣揣摩聖意，亦掉轉風向，紛紛附和。

這一內訌的最終結果是：左良玉於途中病死，其部為黃得功等人擊潰，殘部后投降清軍。史可法得知消息后，又率軍回師揚州。此時，滿清多鐸大軍已進至距離揚州二十里處下營，次日兵臨城下。史可法孤軍抵抗數日後，以身殉國。

史可法養子史德威被清兵擒獲，其身上攜有史可法生前寫給滿清豫親王多鐸的信，作為對多鐸之前招降的回復。信中道：「敗軍之將，不可言勇；負國之臣，不可言忠。身死封疆，實有餘恨。得以骸骨歸葬鐘山之側，求太祖高皇帝鑒此心，于願足矣。弘光元年四月十九日，大明罪臣史可法書。」

崇禎既不同意遷都，也不遣太子及重臣去南京，這一決議對後來的局勢產生了深遠影響——滿清入主北京時，完整接管了大明中央政府，將一大批精英官吏收于麾下。後來滿清能迅速統一中國，站穩腳跟，也是得益於這批漢人官吏。

皇帝越說越氣，當場下令將李明睿處死。還是光時亨出面求情，崇禎才就此作罷，但「南遷之議寢矣」。

當晚，崇禎皇帝單獨召李明睿進宮，問及南遷的細節。李明睿稱當務之急是要招募一支護送皇帝南下的新軍，但朝廷拿不出這筆開支，除非皇帝動用自己的小金庫。李明睿大著膽子道：「內帑不可不發，萬一行至中途，賞賜不足，出處甚難。」

張岱是天下有名的花|花|公|子，「少為紈絝子弟，極愛繁華」，然清軍佔領江南后，他斷然放棄了享樂，奔去魯王麾下。不久魯王政權覆滅，張岱不肯剃髮作滿清的子民，遂披髮入山，變成了野人。又花費心力，編撰了一部《石匱藏書》，詳細記述了明朝歷史，好讓世人以史為鑒，正如黃宗羲所說：「國可滅，史不可滅。」

1644年初，當李自成率大順軍進逼北京時，在南京吏部任職的復社巨子陳子龍已預料到京師難保，說服江南巡撫鄭瑄秘密上書，建議崇禎皇帝送太子朱慈烺到南京，做好監國準備。同時，南京畿道御史祁彪佳亦開始招募水軍，以拱衛江南。九*九*藏*書

朝議之後，由弘光皇帝下詔，令督師在外的史可法盡撤江防之兵，以拱衛南京、對抗左良玉。

東林黨人兵部侍郎呂大器、禮部侍郎錢謙益和翰林院詹事姜曰廣支持立潞王朱常淓，認為其人賢明謹慎。鳳陽總督馬士英則擁立福王朱由崧。福王名聲很差，號稱「無知」「貪婪」「酗酒」「兇殘」「專橫」「好色」「不孝」，但與崇禎血緣最近。立賢派與立親派產生了激烈衝突，南京大臣大都捲入其中。然馬士英棋高一著，拉攏了握有兵權的高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清諸將領。南京廷臣集議時，「吏科給事中李沾探馬士英指，面折呂大器。馬士英亦自廬、鳳擁兵迎福王至江上。諸大臣乃不敢言」。福王之立，基本上就是一次軍事政變。

就在滿清大軍南下、形勢危急之際，鎮守武昌的左良玉竟發兵南下，聲稱要「清君側」「除馬阮」。主持朝政的馬士英不但不予以安撫，以共對強敵，反而公然提出：「寧可君臣皆死於大清，不可死於左良玉之手。」有人抗言道：「淮揚最急，應亟防禦。」馬士英怒道：「有議守淮者斬。」

朝中以左都御史李邦華為首的大臣主張送太子朱慈烺南下，于南京監國，而崇禎皇帝該當留守北京，肩負守衛社稷之責。這其實是要求崇禎自我犧牲。崇禎迫於形勢，只得裝腔作勢地道：「國君死社稷，恆理也。」話一出口，又忍不住道，「言遷者，欲使朕抱頭鼠竄耶？」滿腔怨恨之意，溢之言表。

南京作為大明開國之地、兩京之一，一度被天下人看作復興中心，就這樣糊裡糊塗地淪陷了。後人孔尚任有詩道：「漁樵同話舊繁華，短夢寥寥記不差。曾恨紅箋銜燕子，偏憐素扇染桃花。笙歌西第留何客，煙雨南朝換幾家。傳得傷心臨去語，年年寒食哭天涯。」