明朝統治時期，雲貴各地經常爆發各族人民的起義。著名者有英宗正統十四年（1449）苗族農民的邛水十五洞司（今貴州三穗）起義、英宗正統七年至世宗嘉靖十八年（1539）的廣西桂平大藤峽起義。明朝有很多漢族人民陸續遷至雲貴、兩廣等地，他們不僅與當地少數民族人民一起進行抗官鬥爭，還把先進的鐵工具和農業、手工業生產技術帶到了苗、瑤等族聚居的地區，並從事耕作、開礦、採茶、興修水利，對這些地區的開發起了積極作用。

高山族是中國台灣的土著居民，長期以來就勞動、生息、繁衍在這塊土地上。16世紀，高山族已有發達的農業，甘蔗和棉花的種植也逐漸興盛起來。在農業方面可能已用鐵鋤耕作，狩獵則已普遍使用鐵工具。狩獵剩餘產品已用於交換。高山族社會的基層組織是部落，若干部落結合成社。一社或千人，或五六百人，已有貧富差別和階級分化。隨著東南地區商品經濟的迅速發展，越來越多的漢族人民渡海到台灣。瀕海之民每年都有漁船在澎湖和北港之間打魚，又有很多人到台灣與高山族進行貿易，或在山口設店，或徑自入山，以瑪瑙瓷器等換取鹿皮、鹿角，受到高山族的熱情接待。

明朝政府在東北設置都司衛所，直接統轄女真三部和黑龍https://rｅaｄ.９9ｃｓw.ｃｏm江流域的各個少數民族，建州女真部的建州是最早設立的衛。永樂時，明朝政府任命建州部首領阿哈出為建州衛指揮使，猛哥貼木兒為建州左衛都督。後龍江部力量強大，南下壓迫建州，阿哈出孫李滿住率眾西走。英宗正統時，建州部眾幾經遷徙，相繼來到渾河支流蘇子河上游的赫圖阿拉（今遼寧新賓）地方。明朝政府任命李滿住為建州衛指揮使，董山為建州左衛指揮使，又設置建州右衛，以凡察為指揮使。此即著名的建州三衛。建州部眾進入赫圖阿拉后，明政府在東北地區開設馬市，專與建州部貿易。從16世紀後期至17世紀初，建州部的社會生產力有顯著發展。農業已成為主要的生產部門。手工業也很發達，「銀、鐵、革、木，皆有其工，而惟鐵匠極巧」。建州女真以人蔘、貂皮和松木等與漢族貿易，貿易地除原有的撫順外，又增加了清河（今遼寧本溪東北）、寬奠（今遼寧寬甸）、叆陽（今寬甸西北）三處。與這一生產力相適應的社會組織是努爾哈赤建立的八旗制度。此制度反映了建州部社會經濟結構的變化和發展，加強了建州部的軍事實力。萬曆十一年（1583），努爾哈赤採取又拉又打的辦法，陸續把女真建州五部、長白三部、扈倫四部、東海諸部控制在自己的勢力之下。二十七年，命額爾德尼、噶蓋以蒙古文字女真音創製滿文頒行。四十四年，他正式與明朝斷絕關係，在赫圖阿拉稱汗，建立女真族政權，國號金，史稱后金，年號天命，設置官吏，制定法令。次年，包括庫頁島及其附近的小島在內的女真各地，都脫離明朝的統治，由后金政權管轄。女真各部的統一，客觀符合歷史發展，對加速中國東北地區的開發，對東北各族之間的進一步聯繫都有重大意義。

頻繁的戰爭並沒有阻礙蒙漢等各族人民之間的往來，長城也沒有隔斷彼此的經濟和文化的聯繫。許多蒙古民眾為生活所迫不斷向內地遷徙，也有的漢人因被蒙古統治者俘虜為奴，或因逃避租役，或經營商業，而大量流入蒙古。隆慶時，在蒙古古豐州（今內蒙古呼和浩特東）一地就居住有漢族人口五萬余，居屋佃作，名曰板升。俺答汗繼位后，特別是在他晚年和三娘子統治時期，蒙漢間很少發動戰爭。馬市貿易極盛，除官市外，又得與塞下民互市。萬曆九年（1581）又修建了呼和浩特城（蒙古語意為青色的城）。此城很快發展成為蒙古地區與內地貿易的商業都市。長城附近延袤五千里無烽火警，近疆水陸屯田悉墾治如內地。蒙古封建主的財富顯著增加，其幣帛牲畜，動以萬計，特別是鄂爾多斯、土默特、察哈爾等部所在地，隨著內地先進生產技術的傳播，農業和手工業（包括鐵的鍊冶業和鑄造業）的產量和產品都有顯著增加。

明朝時，藏民以半農半牧為生，農產品有小麥、蕎麥和青稞，上層僧侶和各地的部落首領構成封建領主階級，擁有大量的田莊、財富和奴婢，而廣大藏族人民則都是農奴。洪武時，明政府在西藏等地設立烏斯藏都指揮使司以及宣慰司、招討府、元帥府、萬戶府、千戶所等地方行政機構，任命藏族的封建領主為都指揮使、宣慰使、招討使、萬戶、千戶等官職，賜給他們誥命、印信，通過他們向所屬藏民徵收賦稅。當時西藏喇嘛教的教派很多，有噶當派（紅教）、噶舉派（白教）、薩迦派（花教）和本布派，每派又分為若干小派。而以噶舉派帕木竹巴法王的權力為最大。明朝設帕木竹巴萬戶府，並封帕木竹巴法王為「國師」，明朝還在西藏封立三大法王（大寶法王、大乘法王、大慈法王）、五大地方之王（闡化王、贊善王、護教王、闡教王、輔教王），此即西藏八王。八王各有封地，分別統轄一定地區，與明朝往來十分頻繁。

萬曆四十六年後金髮兵大舉攻明，燒毀撫順城。次年，httpｓ://ｒｅａｄ.99ｃｓw.ｃoｍ又在薩爾滸大敗明軍。以後六七年間，由於明朝統治集團的腐朽無能，明軍連續敗退，除山海關外極小地區，遼東大小七十余城，包括遼、沈在內，全部為後金佔領。明熹宗天啟元年（1621），后金一次掠獲的遼東漢人達二十萬口之多。二年，后金以遼陽為都。五年，遷都瀋陽。六年，努爾哈赤率兵攻寧遠（今遼寧興城）時受傷，死於瀋陽，其子皇太極繼位。皇太極時期后金的勢力又有所擴展。不久，后金又擴充了八旗制度，先後建立漢軍八旗和蒙古八旗，並繼續在關內擄掠人口，分撥給八旗貴族或士兵之家為奴耕作。崇禎五年（1632），皇太極聯合蒙古喀爾喀、科爾沁等部，攻打受明冊封並與后金為敵的蒙古察哈爾部，察哈爾部首領林丹汗走死青海，后金攻佔呼和浩特。至此，后金已佔領長城以北的廣大地區，從東、西、北三面，對積弱已久的明朝形成包圍。明崇禎九年，即清太宗崇德元年（1636），皇太極得到滿族貴族、蒙古王公、各部部落首領以及東北地區一些漢族地主的支持，改后金為「清」。從這時起，清朝已成為一個與明朝相對立的封建王朝。

萬曆、天啟間，顏思齊、鄭芝龍等在台灣建立政權。他們稱君主，有官職，有武裝，與高山族保持和睦友好關係。鄭芝龍在台灣練兵積糧，又在廈門、金門豎旗招兵，參加者都是貧苦的饑民，他們出沒海上，走私貿易，也登陸與明軍作戰，他們還頭裹紅巾，號「鄭家軍」，軍紀甚嚴，禁止掠捕婦女、放火殺人、強割稻穀等。荷蘭殖民者侵入台灣后，鄭芝龍于崇禎元年（1628）接受明朝的招撫，並在崇禎三年和十二年率領鄭家軍，以巧妙的海戰擊敗荷蘭殖民者。使荷蘭「不敢窺內地者數年」。

維吾爾族在明朝稱畏吾爾，亦作畏兀兒，是居住在新疆地區的主要民族。明代，除撒里畏吾兒仍從事遊牧外，其他居住在於闐（今新疆於田）、喀什噶爾（今新疆喀什）、哈密、土魯番（今新疆吐魯番）等地的畏吾兒人都以農業為主，兼營商業，其手工業也很發達。其耕地和牧場大部分掌握在封建主（蒙古族或畏吾兒族）的手中，一般農戶則少地或無地，遭受封建主苛重的剝削。元末明初，畏吾兒族地區地大者稱國，小者只稱地面，形成封建割據的形勢。洪武、永樂、宣德間，與內地恢復關係的小國和地面，前後共有七八十個之多。明朝政府從太祖時起先後在甘肅九九藏書西部到新疆東部地區設立赤斤蒙古、哈密、沙州、安定、曲先、阿端、罕東、罕東左等八衛，衛設指揮，一度還在柳城、火州（均在今新疆吐魯番東南）等地設都指揮等官。明朝與哈密衛的關係最為密切。永樂二年（1404），明政府曾封哈密王安克帖木兒為忠順王。景泰時，土魯番勢力強大，攻佔哈密城，兵鋒及於嘉峪關內的甘州（今甘肅張掖）、肅州（今甘肅酒泉）等地。從此明朝對西域的控制日益鬆弛，不得不在嘉靖八年（1529）放棄哈密。

居住在中國東北的女真族是滿族的前身。明初居於東北的女真人分為海西、建州和「野人」三部。分佈在松花江以東，東濱海，西接兀良哈，南鄰朝鮮，北至奴兒乾的廣大地域內。其中海西、建州兩部多居住在松花江、牡丹江、烏蘇里江各流域，野人女真則分佈於黑龍江中下游南北各地，東北到韃靼海峽等廣闊地區。女真三部社會經濟發展不平衡，野人女真比較落後，不事耕稼，以狩獵為生。海西、建州兩部雖然亦過漁獵生活，但已從事畜牧和農耕。

居住在雲貴、四川、兩廣、湖廣等地的少數民族有苗、瑤、彝、僮（即壯）、黎、傣等族。各族之間以及同一個民族不同地區間的社會經濟發展很不平衡。有的農業已有顯著發展，並普遍使用犁耕。湖南一部分少數民族到明中期已蓄食甚富；雲南一些民族在平壩種稻，一年兩熟，產量也在增加。但住在高寒山區的某些部落，生產力還很低下，有些仍處在刀耕火種階段。從社會發展的階段看，有些已由封建領主經濟過渡到地主經濟，或是地主經濟已佔統治地位；有的階級分化不明顯，有的則已有階級分化，開始由原始公社制末期進入奴隸制，或已由奴隸制進入封建制。

明朝政府沿襲元朝的統治制度，在雲貴、兩廣地區設置土司，通過各族的首領統治各族人民。但各地的土司與明朝也有矛盾，經常發動叛亂。明朝政府在平定叛亂后，往往把這些地區的土司裁撤，改設流官，即改土歸流。改土歸流的目的是建立對少數民族地區的直接統治，但是在客觀上打破了農奴制度，促進了少數民族地區地主經濟的發展，同時也加強了中央與地方的聯繫，對維護國家的統一有進步意義。

元亡以後，蒙古貴族和軍士被迫回到蒙古草原，經朱元璋多次派人攻打，其內部發生分裂。永樂初，蒙古分為三大部，即遼河、西遼河、老哈河流域的https://read.99csw.com兀良哈，其西至杭愛山一帶的韃靼部和科布多河、額爾齊斯河及其以南準噶爾盆地的瓦剌部。由於蒙古地區與內地農業地區的長期隔絕，以及草原上大小封建主之間經常發生的相互掠奪的戰爭，使遊牧經濟凋敝，牧民的生活日益貧困。在明朝強盛時，瓦剌和韃靼的統治者都接受過明朝的封號，在經濟上也多次與明朝進行互市。但每當貢市的要求不能滿足時，便不斷以發動戰爭作為對明的要挾。明朝政府為了防止蒙古的侵擾，最初在北方設有遼東、宣府、大同、延綏四鎮，以後又增設寧夏、甘肅、薊州三鎮，加上固原和山西的偏關，稱為九邊，皆布有重兵。明朝政府又積極在沿邊修築長城。據萬曆《明會典》統計，當時九邊所築城堡、關隘、空心台、墩台等共達一萬八千余座。

明初，宗喀巴在西藏創立格魯派（黃教），他在西藏進行宗教改革，主張「敬重戒律」，提倡苦行。宗喀巴第五弟子釋迦也失作為他的代表曾兩次到達北京，明成祖封其為「西天佛子大國師」，宣宗封其為「大慈法王」和「國師」。此後黃教在西藏的勢力日大，信仰者日多。萬曆時，三世達賴喇嘛索南堅錯長期居留在西寧等地，與蒙古俺答汗相友好。與明朝首輔張居正也有書信往來，明朝封其為「大國師」。三世達賴喇嘛使黃教在蒙古得到廣泛傳播，在調和明朝皇帝和俺答汗的關係方面也有較大的貢獻。四世達賴喇嘛雲舟堅錯曾於萬曆四十四年（1616）得到神宗授予的「普持金剛佛」的封號，此後，格魯派的首領五世達賴喇嘛和四世班禪借青海蒙古固始汗的兵力，推翻噶瑪派在西藏的統治，黃教在西藏的政治地位日益鞏固，得到青海、蒙古以及東北各地喇嘛僧侶的支持。

明朝藏族人民與內地各族人民之間的來往更加頻繁。永樂五年（1407）至十二年，在藏漢各族人民的艱苦勞作下，修通了四川雅州（今雅安）到烏斯藏的驛路。明朝在川、隴等地設茶馬互市與藏民貿易，還准許西藏等地的僧俗官員派使來北京通貢，規定三年一貢，天順年間一次貢使至二三千人。私人貿易被嚴格禁止，但漢藏兩族人民之間的貿易關係始終不斷。藏民經常以馬匹、氆氌等物來內地換取鹽、茶和布匹，漢族商人也從內地私自攜茶與之易馬，有人甚至越山涉水，深入藏族地區從事貿易活動。當時的河州、秦州（甘肅天水）、洮州（甘肅臨洮）、雅州和打箭爐（四川康定）等地，已經成為藏漢各族人民互市的場所，私營貿易與官營貿易同樣繁盛。