被拿破崙逐出的聖約翰騎士團不得不經歷從十字軍時代算起的第三次「難民」時代。他們離開馬爾他島后在莫斯科停留了一段時間，因為俄國沙皇在他們失去馬爾他島之前，就時常主動承擔騎士團保護者的角色。但是，騎士團的總部卻留在了西西里島的卡塔尼亞，1826年又遷往義大利北部的費拉拉，接著又于數年後移至羅馬。這是因為騎士團的一員將自九九藏書己的財產——位於羅馬市中心的一座建築——贈給了騎士團。在被認為是現代羅馬最時尚的街區，名牌店鋪鱗次櫛比的孔多蒂街，聖約翰騎士團現在的總部從那時起保留至今。它與梵蒂岡一樣，是義大利之中的獨立國，國內汽車也使用自己的牌照，還發行郵票，從總部內的郵局可以向一些國家寄信。

失去騎士團的馬爾他島於1814年https://read.99csw.com由於拿破崙下台而變為英國領土。後來，馬爾他借第二次世界大戰之機宣布獨立。儘管如此，獨立國家馬爾他的國徽依然是聖約翰騎士團的八角變形十字，首都的名稱依舊是瓦萊塔，騎士團建設的要塞後來也作為海軍基地得到充分利用。

但是，必須特別提到的是，聖約翰騎士團並不是一個老古董，而是個一直在持續活動的有活力的九-九-藏-書組織。以伊斯蘭教徒為對手的騎士已經消失。但是，騎士團的另一個任務醫療活動卻保留下來。如今，只要稍加註意，就可以在世界各地看到掛著紅底變形十字標誌的醫院、研究所和救護車。他們是至今依然組成各個不同語言的團隊，活躍在各地的21世紀的騎士。

6月12日，拿破崙本人進入了首府瓦萊塔。對這座環境嚴酷險峻、建築壯麗雄偉的堡壘城市，拿九_九_藏_書破崙不免大為驚嘆。他日後這樣寫道：

1798年6月，馬爾他島的聖約翰騎士團被遠征埃及的拿破崙在途中趕出馬爾他島。雖然拿破崙指揮法蘭西艦隊進攻騎士團近乎是因為心血來潮，但騎士團卻在沒有交戰的情況下選擇了投降。

「馬爾他島可能連24小時的炮擊都無法經受。雖然城牆將無可置疑地堅守下來，但防守的騎士們缺乏應有的精神力量。」

但是，這些現https://read.99csw.com代的騎士已經不被要求具有「藍色血液」，即不被要求是貴族。「藍色血液」可能在對付異教徒的戰士消失的同時，自然地失去了意義。聖約翰騎士團的使命經過900年，又回到了阿馬爾菲商人在耶路撒冷創建時立下的使命。

現在的騎士團大團長是第七十七代，屬下有8 000名騎士。他們大多數都已結婚，因為騎士團已與以前不同，不會強迫任何人遵守清貧、服從、貞潔的原則。