北燕太平二十一年（公元429年），馮跋身患重病，將次子馮翼立為太子，代管國事。馮跋妾宋氏想把自己生的兒子受居立為太子，便不許馮翼和馮跋的其他兒子看望馮跋，只讓她的心腹中給事胡福一個人出入馮跋病室。太平二十二年（公元430年）九月，馮跋垂死，胡福把宋氏的陰謀告訴了馮跋的弟弟馮弘，馮弘帶兵闖進馮跋病室，馮跋受驚而死。謚號「文成皇帝」，高號「太祖」。

後燕光始元年（公元401年），慕容熙當了後燕皇帝，長平信都（今河https://read.99csw.com北冀縣）人馮跋雖然依舊當他的中衛將軍，但因以前曾經得罪過慕容熙，心懷恐懼，於是決定暫時躲進荒山沼澤中。

馮跋雖然逃亡在野外，但並沒有過著與世隔絕的生活，而是經常派人下山打聽後燕的消息。聽說後燕賦役繁重，民不聊生，便對弟弟說：「慕容熙暴虐無道，又欺負我們弟兄，我們不能坐以待斃，應當見機行事，建立公侯大業。如不成功，我們也死而無憾。」於是兄弟倆潛回龍城。光始七年（公元407年九*九*藏*書）七月，慕容熙出城為皇後送葬，馮跋乘機關閉城門發動政變，推高云為首領，然後把躲在龍騰苑裡的慕容熙抓起來殺掉。

馮跋深知選拔和培養人才對治理國家的重要性，即位以後，提拔了德才兼備的郝越、張買成、周刁、溫建德、何纂等人。又建了一所太學，選拔二千石以下官吏的子弟入學學習，任命長樂劉軒、營丘張熾、成周翟崇當博士郎中，管理太學。

農業是立國之本，馮跋對此十分重視。建立北燕政權不久，他就頒布了懲罰懶惰、獎勵勤勞https://read.99csw.com農民的條例，並規定每個農民必須種100棵桑樹，20棵柘樹。

高雲雖被推為後燕王，但只是一個傀儡，什麼事情都由馮跋兄弟作主，高雲不滿，暗地裡糾集了一些大力士，想對付馮跋弟兄。高雲親信離班、桃仁負責禁衛軍，因高雲無法滿足他們永無止境的貪慾，便於正始三年（公元409年）十月殺死高雲。馮跋即派親信張泰、李桑把離班、桃仁殺掉，順順噹噹地在昌黎（今遼寧義縣）即天王位，史稱北燕。馮跋將妻子孫氏立為王后，兒子馮永立為太子ｈttｐｓ://rｅad.９９cｓｗ•com。

馮跋即位不久就下令全部廢除後燕的苛政，明確規定官吏不得侵害百姓，並讓司法官隨時檢查。後燕官員李訓在慕容熙敗亡時曾從後燕的國庫里偷了數以萬計的金銀財寶，然後向北燕吏部尚書馬弗勤行賄，被馬弗勤提拔為方略令。馮跋知道這件事情后，把馬弗勤狠狠訓了一頓，又把李訓殺掉，並下令嚴禁行賄受賄。從此以後，北燕行賄受賄的事情極少發生。

馮跋執政時，北方的柔然正在興起。北燕太平三年（公元411年）七月，柔然汗斛律派人向馮跋求親，想把馮跋的女兒九九藏書樂浪公主娶為妻子。當時北燕的大臣或多或少都有狹隘的民族偏見，對馮跋說：「按照過去的規矩，只能將宗室的女兒嫁給少數民族，我們應當把妃嬪的女兒嫁給斛律。如果把樂浪公主嫁給斛律，我們北燕不是太掉架子了嗎！況且，柔然距我們很遠，樂浪公主怎能受得了顛簸呢？」馮跋對他們說：「女人出嫁應隨從丈夫，千里也不算遙遠。我現在正想在異族中樹立威信，怎能把妃嬪的女兒說成是嫡公主欺騙他們呢？」於是派游擊將軍秦都率領二千名騎兵把樂浪公主嫁給斛律。從此，柔然與北燕關係一直和睦。