直到元順帝至正二十六年（公元1366年），平定張士誠進展非常順利，天下已非朱元璋莫屬了，韓林兒才沒有任何繼續存在的價值了。朱元璋派大將廖永忠用船到北方去接韓林兒，說要迎他來坐天下。韓林兒辭別閑居三年的滁州，興沖沖嚮應天進發。雖是空頭皇帝，妃嬪宮女、太監護衛，畢竟一應俱全。到了江心，韓林兒乘坐的大船便進了水，在皇帝和妃嬪的一片驚呼哀號聲中漸漸沉沒。

不過，從此之後，朱元璋再也不提自己曾經是韓林兒的臣下，連當年立的一些石碑，也因為曾經用了韓林兒的年號，一律捶毀，文字史料，更是消滅得一乾二淨。

就在對張士誠的戰爭進行得順利之時，朱元璋順手消滅了自己身邊的一個累贅：小明王韓林兒。

佔領浙東后，朱元璋樹起的「山河奄有中華地，日月重開大宋天」的大旗，實際上就是韓林兒部的「虎賁三千，直抵幽燕之地；龍飛九五，重開大宋之天」的旗號。這樣，朱元璋既九-九-藏-書可以利用小明王的旗號和復宋的目標來號令軍士，爭取群眾，又可以縮小自己的目標，避免樹大招風。

不過，為了最好地利用白蓮教的剩餘價值，朱元璋後來決定給自己的新朝代定國號為「大明」。因為經過白蓮教的廣泛傳播，明王出世成為了民間熟知的預言。韓山童自稱明王起事，韓林兒繼稱小明王。朱元璋的部下，大多都是白蓮教的信徒。朱元璋以出自白蓮教經典《大阿彌陀經》的「大明」作新皇朝的國號，一是表明了新王朝與小明王的繼承關係，二是向其他覬覦帝位者暗示，「明王」已經出世，光明世界已經到來，其他人就不必再痴心妄想了。

大宋農民軍在北方被打敗后，小明王落腳在安豐，受到張士誠部的攻擊，向朱元璋求援。朱元璋看出小明王還有利用價值，準備救援，但是部下卻紛紛表示反對，大家都說：「假使救出來，當發付何處？」意思是說，就算救出了小明王，如何安置也九九藏書是個問題。放到應天吧，就得聽從他的約束，豈不非常被動；如果不放到應天，又放到哪好呢？但是在朱元璋看來，這並不是一個難題，他力排眾議派兵往救，然後「設鸞駕傘扇迎駐滁州，創造宮殿居之，易其左右宦，侍奉之甚厚」（俞本《記事錄》）。也就是說，途經滁州，朱元璋命造宮殿，把小明王留在那裡，厚加供養，但將他左右的宦侍全部換上自己的心腹，嚴加監視。陽為尊崇，實際上韓林兒已成了朱元璋的階下囚了。這樣，朱元璋就把小明王完全控制在自己的手裡，可以挾天子以令諸侯，在天下紅巾軍諸部中取得了獨一無二的地位。

消滅韓林兒后，朱元璋對白蓮教的態度也發生了一百八十度大轉彎。

朱元璋還宣稱，他遠在渡江之前，已「灼見妖言，不能成事，又度胡運，難與立功，遂引兵渡江」，不僅否認自己從前信奉白蓮教並長期臣屬於小明王的事實，而且完全抹煞大宋紅巾軍對他在江南地區發展壯大httpｓ://ｒeａd•９9csw•ｃｏm勢力所起的掩護作用，把自己的勝利一概歸之於「天地祖宗之靈」及其「將帥之力」。

龍鳳十二年（公元1366年）五月討伐張士誠檄文的發布，是朱元璋政治生涯中的一個重大事件。在討伐張士誠的檄文中，朱元璋借聲討張士誠之機，宣布白蓮教是妖術，指斥信教者「誤中妖術，不解偈言之鼻誕，酷信彌勒之真有，冀其治世，以蘇困苦，聚為燒香之黨……妖言既行，凶謀遂逞，焚盪城郭，殺戮士夫……終不能濟世安民」。

「慘劇」發生后，朱元璋「勃然大怒」，立刻命人把廖永忠抓起來，說他辦事不夠謹慎，以致出此「交通事故」，要重治其罪。無奈眾人紛紛說情，朱元璋才「勉強」免了他的死罪，命廖永忠仍回蘇州前線，「戴罪」立功。隨後，朱元璋下令舉行國喪，在應天城內遍掛孝幛，停止娛樂活動一個月，又命在長江邊設小明王靈位，親率文武百官到江邊哭祭，聲勢弄得十分浩大。

明朝立國后，htｔpｓ://ｒｅａｄ•99ｃｓｗ.ｃｏｍ朱元璋開始了對明教、白蓮教的嚴厲鎮壓。洪武三年（公元1370年）朱元璋頒「禁淫祠」詔：「不許塑畫天神地，及白蓮社、明尊教、白雲宗，巫覡扶鸞禱聖，書符咒水諸術，並加禁止，庶幾左道不興，民無惑志。」其後，朱元璋便藉修訂《大明律》，將明教、白蓮教列為「旁門左道」，嚴行禁止。《大明律》規定：「凡妄稱彌勒佛、白蓮社、明尊教、白雲宗等會，一應左道亂正之術，或隱藏圖像，燒香聚眾，夜聚曉散，佯修善事，扇惑人民，為首者絞，為從者各杖一百，流三千里。」「凡造讖緯、妖書、妖言及傳用惑眾者皆斬。若私有妖書隱藏不送官者，杖一百，徒三年。」有明一代，白蓮教、明教勢力一直被牢牢壓制。

拋棄白蓮教義，就意味著皈依到孔子門下。隨著奪取天下形勢已顯，朱元璋開始了尊孔活動。龍鳳二年九月，他前往鎮江，一入城首先就去拜謁孔子廟。龍鳳六年五月，朱元璋下令在應天設立儒學提舉司，任命宋元ｒｅａd.９9ｃｓｗ•ｃom以來金華朱學的傳衍人物宋濂為提舉，正式尊崇儒教。

在那之後，小明王就成了朱元璋手裡的工具，他高興的時候，就可以拿來隨便用用。比如龍鳳九年（公元1363年）三月，在與陳友諒展開決戰前，朱元璋命小明王封贈自己的三代，先討討彩頭：曾祖父朱九四為資德大夫、吳國公。祖父朱初一為光祿大夫、吳國公；父朱五四為開府儀同三司、上柱國、錄軍國重事、中書右丞相、太尉、吳國公。鄱陽湖戰役勝利后，朱元璋決定先稱王，為以後登基作準備，他仍然以小明王的名義對自己做出正式封贈。

朱元璋渡江后，全靠北面奉韓林兒為主的紅巾軍抵抗元軍，才能從容在南方發展。朱元璋也一再利用韓林兒的名義，來支持自己政權的合法性。

朱元璋部本是白蓮教大起義的一個組成部分。在起義之初，他也充分利用白蓮教教義來發動群眾。但是，隨著自己獨立發展，朱元璋越來越淡化自己這支隊伍的宗教氣氛。因為他知道，宗教狂熱只可用於一時，難於持久。