德安府學訓導吳憲在所作《賀立太孫表》中有「永紹萬年，天下有道，望拜青門」句，朱元璋以為「有道」為「有盜」之諧語，吳憲也因此身首異處。懷慶府學訓導呂睿在所作《謝賜馬錶》中有「遙望帝扉」之語，朱元璋以為「帝扉」隱含「帝非」之譏，呂睿也遭殺頭之禍。此外，陳州府學訓導周冕為本州作《萬壽表》，以表內有「壽域千秋」句被殺，人們怎麼想也想不明白為什麼，後來只能揣測也許是因為「壽」字與「獸」字同音之故。

如浙江府學教授林元亮因所作《謝增俸表》中有「作則垂憲」句被殺；桂林府學訓導蔣質因所作《正旦賀表》中有「建中作則」被殺。北平府學訓導趙伯寧為都司作《萬壽表》，以表內有「垂子孫而作則」句被處死；福州府學訓導林伯璟為按察使作《賀冬表》，因表內有「以則天下」句而被處死。

顧公燮《消夏閑記摘抄》則記載，一位叫來複的和尚在給朱元璋的謝恩詩中有「金盤蘇合來殊域」和「自慚無德頌陶唐」兩句，朱元璋看后大怒，說：「汝詩用『殊』字，是謂我為歹朱也。又言無德頌陶唐，是謂我無九-九-藏-書德，雖欲以陶唐頌我而不能也。」將之斬首。

第三個階段，則是一邊任用，一邊殘殺。

在統治前期，朱元璋極少殺文臣。到了洪武中期，天下已如磐石之安，朱元璋對自己的流氓本性不再刻意壓制。他對文臣，一方面要任用他們安邦治國；另一方面，因為知識分子到處都是，用不過來，稍不高興，就隨手殺掉，毫不可惜。

明初「吳中四傑」之首高啟是中國文學史上一位重要人物。洪武七年，朱元璋讀到高啟創作的《上樑文》中，以「龍盤虎踞」一詞形容魏觀的府治。朱元璋以為此語只可用來形容帝王之居，非他人能用，故將高啟腰斬。

武臣說：毛病大了去了。我的幕僚跟我講，《孟子》上說了，士，誠小人也。這是罵張士誠小人啊！

朱元璋說，這名字很好啊？有什麼毛病？

大明臣民其實誰也沒有膽子當著朱元璋提這壺水，也沒有興趣提這壺水，所以奏章中不用這些字，朱元璋卻更不放心，總懷疑別人會更加拐彎抹角地罵他，遂將防區無限擴大，到了極為可笑的程度。比如「生」字，因為近乎「僧」字，在他看來hｔｔpｓ://ｒｅaｄ.9９csw•cｏｍ就不懷好意。而「則」字也很危險，因為「則」在淮西方言中發音與「賊」同。

除了這類因為頂撞進諫而死者外，更多的知識分子死於朱元璋的文字獄。雖然朱元璋越來越看不起知識分子，但他對知識分子的防範戒備心理卻絲毫沒有放鬆，起因是「士誠小人」這個典故。

按照明初習慣，逢年過節、皇帝生日之時，文武大臣都要上表慶賀。所上的表箋，照例由學校教官代作。雖然表箋中都是毫無營養的陳詞濫調，但因為都是頌揚自己的話，朱元璋很喜歡閱讀。但讀來讀去，越來越多的敏感詞蹦了出來，出現次數最多的敏感詞兒是「則」字。

同州進士王朴性格耿直，最愛直言極諫，有時見自己的諫言未被接受，還當面和朱元璋展開辯論。朱元璋開始幾次對他的敢言勁頭表示欣賞，後來次數多了不勝其煩，把他殺頭了事。王朴根本不了解自己這類知識分子在皇帝心中無足輕重的地位，路過史館，還高聲呼喊：「學士劉三吾志之：某年月日，皇帝殺無罪御史朴也！」

除了在表章里挑毛病之外，朱元璋還將文字獄擴展到ｈtｔｐｓ://ｒｅad.99ｃｓｗ.ｃoｍ文學作品當中，看到誰寫的詩文讓自己不舒服，就把作者抓來殺掉。

郎瑛《七修類稿》記載，洪武年間，四明僧人守仁應詔入京，閑著沒事，作了《翡翠》詩：「見說炎州進翠衣，網羅一日遍東西。羽毛亦足為身累，那得秋林靜處棲。」朱元璋讀了之後，對守仁說：「你不想見我，說我法網密嗎？」於是以謗訕罪將他處死了。

洪武初年，因為不滿朱元璋重文輕武，有一位武臣對朱元璋大講知識分子的壞處。他說這些人心胸狹窄，嘴巴刻薄，經常變著法地罵人：「讀書人用心歹毒，特擅譏訕，如不警覺，即受其愚弄。如張九四（張士誠原名）優禮文人，請他們給自己改名，哪成想他們竟給他取名為『士誠』。」

過了幾年，茹太素當到戶部尚書，仍然愛提意見，因而「屢瀕於罪」。

洪武九年十二月，刑部主事茹太素上萬言書直陳時務，朱元璋叫中書郎王敏將萬言書讀給他聽，一開頭茹太素說了一大堆套話，讓朱元璋十分討厭，把茹太素叫進宮，按在地上痛打了一頓。第二天晚上，又叫人接著念茹太素的萬言書，聽到後面有四件事可行，這才reａｄ.99csw.ｃｏm把茹太素放了，說你的錯誤在於文章寫得太長，其實五百個字就足夠了。

洪武十五年（公元1382年）四月，朱元璋設置僧司機構，大力崇佛。大理寺卿李仕魯是頗著聲名的程朱理學家，對皇上崇佛的舉措頗不以為然，勸朱元璋崇儒闢佛，朱元璋不從，他一氣之下，把手中的朝笏扔到地上。朱元璋大怒，叫武士當場把他摔死在台階下面。

除此之外，還有許多事例，形形色|色，五花八門。朱元璋的想象力實在驚人，他製造的文字獄也因此觸目驚心，駭人聽聞。亳州訓導林雲在所作《謝東宮賜宴箋》內有「式君父以班爵祿」句，朱元璋以為「式君父」為「弒君父」之隱語，林雲因此而被殺。

一天，朱元璋在便殿宴請茹太素，給茹太素倒了一杯酒，吟詩說：「金杯同汝飲，白刃不相饒。」茹太素磕頭致謝，續韻吟道：「丹誠圖報國，不避聖心焦。」朱元璋聽了，不禁為之惻然。但不久，還是找借口把茹太素處死了。

朱元璋聽后，立即找了本《孟子》來查，果然發現有這句話。他不禁竦然而驚：張士誠也算半個君王，給人叫了半輩子小人，到死都不知道，真是可九九藏書憐。這無非讀書人欺負他是鹽販子出身，瞧不起他，才這樣捉弄他。而他朱元璋出身和尚乞丐，肯定更被他們瞧不起。從此朱元璋就開始對文臣們大起疑心，閱讀奏章多了一個心眼兒。

其次，表箋中若有「生」（近「僧」）、「法坤」（近「發髡」）等字樣，也被他認為是諷刺他曾出家為僧之事。常州府學訓導蔣鎮，因所作《正旦賀表》中有「睿性生知」句被殺。祥符縣教諭賈翥（zhù）為本縣作《正旦賀表》，中有「取法象魏」句，因「取法」音同「去發」，賈翥亦未免一死。尉氏縣學教諭許元為本府作《萬壽賀表》，表中有「體乾法坤，藻飾太平」一句，因「法坤」音同「發髡」，「藻飾太平」音同「早失太平」，許元送了性命。

朱元璋口口聲聲稱自己是「淮右布衣」、「江左布衣」、「起自田畝」、「出身寒微」，顯得十分豪爽坦率。但是這些話只能他自己來說，別人可千萬不能說。實際上，做過乞丐與和尚，這一直是朱元璋內心深處最大的一塊傷疤，但凡「光」、「禿」、「僧」等與和尚沾邊兒的字眼兒，都會犯他禁忌。因為是起義起家，所以也討厭人提「賊」和「寇」。