大順次年十一月（公元1645年）二十二，張獻忠打算剿洗全城居民。他事先安排好一個探子大張旗鼓地跑進城來彙報，說敵軍大隊將到，須當操練兵馬，以作禦敵之計。

這時，除了大西官員家屬外，城內居民都已被挨家挨戶搜出，驅趕到成都南門及東門外。利類思跑到南門城樓，安文思來到東門城樓，希望勸說站在這裏指揮的軍官先不要殺戮。兩個外國人的比比劃划當然不起什麼作用，兩處已經開始殺人。「無辜百姓男女被殺，呼號之聲，懼絕心目，血流成渠。」

然而，殺了這些火種，卻沒起多大作用。各地再起義的烈火越燒越旺。

張獻忠深以為然。恰值九_九_藏_書大順次年（公元1645年）十一月，大西軍在漢中前線連連失利，清軍節節進川東，川南又逐漸為南明軍隊攻佔。張獻忠決定，剿滅各地城市人口，以徹底消除內應。

開始屠殺不久，張獻忠親自率馬隊來到南門外沙壩橋邊，親自觀看屠殺場景。老百姓一見張獻忠到來，「皆跪伏地下，齊聲悲哭求赦雲：『大王萬歲！大王是我等之王，我等是你百姓，我等未犯國法，何故殺無辜百姓？我等無軍器，乃是守法良民，乞大王救命，赦我眾無辜小民』」。云云。

第二天，兩位傳教士見張部大軍紛紛出城，聚集在城外的空地上，尚不知他們要做ｒｅaｄ.99csw•ｃoｍ什麼。不久，傳令兵來到，通知各官員並通知兩名傳教士，今天將發生大的變動，各官員應該保護好自己的家人老小，否則，出了事後果自己承擔。兩位傳教士這才猜出張獻忠想做什麼，急忙奔回寓所，想救護自己的幾個傭人。然而，傭人已經被軍人搜出帶走，他們撲了一個空。

張獻忠分析各地情報，各地城池失守，城裡人民做內應通風報信起了關鍵作用。這樣一想，他覺得成都城內處處都是危險。從這個城市人民的表情上，張獻忠早已讀出了他們內心的怨恨。他越想越怕，乾脆從成都城裡搬了出來，住到了當初蜀王在城外的別墅「中園」九_九_藏_書里。

這些四川人，簡直是殺了一百，站起一千，前仆後繼，與他張獻忠為難。一旦那些從窮山大野里殺出來的叛亂武裝攻向城市，城裡的居民就迫不及待地裡應外合，群起攻殺守城的張獻忠軍，歡迎那些「再起義」的隊伍。

蜀民剽悍，臣先言之，今則然矣……而蜀人德不知懷，威不知畏，屢撫屢叛，是蜀人負皇上，非皇上負蜀人也……以臣愚意，莫若先將在城人民，盡行屠戮……此制剽悍安反側之善策也。

古洛東《聖教入川記》）。

中國史書還提供了傳教士沒有提及的一個細節：張屠成都時，天陰欲雨，雷聲大作。張獻忠「怒指天曰：『爾放我下界殺人，今又以九九藏書雷嚇我耶？』用炮還擊之」。

張獻忠征戰十余年，從未見過這樣的百姓。在其他各處，百姓對他都是俯首帖耳，戰戰兢兢，唯蜀人「忘恩負義」。他不解地問部下：「朕得蜀二年，蜀民恩之不附，威之不畏，屢撫屢叛，將若之何？」他忘了，他以前攻破一地，最長不過數月。而今他在四川據守時間如此之長，措施如此之烈，百姓們除了造反，已經沒有任何活下去的希望。

於是數萬士兵齊動手，被殺之人越來越多，呼號之聲越來越稀。最後，舉目四望，只見成都城外的土地完全被屍體覆蓋，「息靜無聲」，「逐處皆屍，河為之塞，不能行船。錦繡蓉城頓成曠野，無人居住。一片九_九_藏_書荒涼慘象，非筆舌所能形容」（［法］

第二天，張獻忠動員人馬，做出將赴戰場的姿態。他先召集各營軍官，在高度保密的情況下開了一個會，傳達了「剿洗全城，不留一人」的命令，命令說「成都百姓已暗通敵人，勾引大隊入川，故當剿滅此城居民。爾等各宜秘密準備，不得遺漏軍情」云云。眾軍官會後回營，預備明日大屠之事。

丞相汪兆齡摸透了張獻忠的心事，他說：

兩名傳教士較為詳細地記載了屠戮成都的過程：

張獻忠絲毫不為所動，反而破口大罵四川人忘恩負義，私通敵人，自尋死路。「隨即縱馬躍入人叢，任馬亂跳亂踢，並高聲狂吼：『該殺該死之反叛。』遂令軍士急速動刑。」