在經過數年休養生息后，葛爾丹氣焰再起，開始四處劫掠周邊蒙古部落。公元1695年，葛爾丹再起3萬大軍，從科莫多東下，康熙決定再次御駕親征。次年二月，清朝9萬大軍分三路齊出，包括黑龍江將軍薩布素的東路軍，撫遠大將軍費揚古的西路軍，以及康熙親自率領的中路軍，三路大軍夾擊，意圖徹底圍殲葛爾丹。此次戰役的關鍵在於，西路費揚古部進展神速，火速過土拉河，從後面截殺住了葛爾丹，後路被斷下，葛爾丹倉皇後撤。三路清軍在大草原上與葛爾丹「捉迷藏」，經一番圍追堵截，終將葛爾丹圍困在昭莫多。五月十三日，清西路軍費揚古部在昭莫多與葛爾丹決戰，面對葛爾丹密集的火器防禦，清軍並未像烏蘭布通之戰那樣死打硬沖，相反只派小股騎兵誘敵，急於突圍的葛爾丹果然上當，立刻率精兵衝鋒，雙方激戰一天，就在相持不下時，清軍另派騎兵，一舉端了葛爾丹的大營，將葛爾丹軍中家屬盡數俘虜。葛爾丹軍登時大亂，清軍奮力衝殺，葛爾丹的妻子阿奴也在此戰中陣亡，最後，葛爾丹僅率數十人狼狽北逃。

蘇聯歷史學家潘諾夫曾形容葛爾丹是「一隻兇悍的老鼠」，在俄羅斯的有關史料記錄中，葛爾丹最擅長的，就是「貓捉老鼠」遊戲。在他實力弱小時，常故作低調，但只要有機會，就會向對手發出迅猛一擊。早年葛爾丹奪位時，他先聲稱此行是來「祭奠」，麻痹對手之後發動突襲，一舉奪位成功。襲擊和碩特部前，和碩特部的車臣可汗，早年一直是葛爾丹父親巴圖爾的好友，登位初期的葛爾丹對這位「世伯」也極其友好。後來葛爾丹欲襲取和碩特的傳言不斷飛來，車臣可汗聞訊后先下手為強，搶先向準噶爾進兵，收服了歸附葛爾丹的杜爾伯特部。當時的葛爾丹並未做出反應，其忍讓的態度讓車臣可汗大意。可就在一年後，葛爾丹「秋後算賬」，集中重兵攻打和碩特，將損失連本帶利收了回來，完成了他對瓦剌四大部落的吞併。在相繼擊敗諸多對手后，葛爾丹的目光，對準了清王朝這隻「大貓」。

對葛爾丹，清政府其實非常重視。只是康熙登基后，一直將戰略重點放在平定三藩以及收復台灣上，不過從未放鬆警惕，康熙帝曾經多次派人考察蒙古，繪製地圖，研究葛爾丹入侵的要道。大學士李光地曾以明朝瓦剌為例子，要求康熙正視葛爾丹的威脅。在雅克薩之戰中遭受挫敗的沙皇俄國也沒閑著。公元1687年，參加《尼布楚條約》談判的沙俄特使戈洛文，就曾與九_九_藏_書葛爾丹秘密接觸，承諾沙皇俄國願提供一切幫助，幫助葛爾丹統一蒙古。公元1690年六月，在做好充分準備后，清軍由康熙皇帝「御駕親征」，率大軍北上蒙古迎擊葛爾丹。橫掃蒙古無敵的準噶爾騎兵，與赫赫有名的清朝八旗，迎來了第一次碰撞。

說到葛爾丹的發跡，不得不提沙皇俄國。巴圖爾可汗在位時，對沙皇俄國一直採取抵制措施，雙方衝突不斷。葛爾丹即位后，對俄羅斯採取了軟硬兼施的策略，一面他允許俄羅斯與準噶爾進行貿易，大力引進俄羅斯火器裝備部隊，同時又積極向俄羅斯學習先進的農業技術和手工業技術，沿伊犁河興修水利，發展農業。尤其是引進了俄羅斯的制絨技術和冶鍊技術，沿伊犁河建冶鍊高爐，發展手工業，可稱是一位「洋務運動先驅」。這時候的清帝國正忙於平定三藩之亂，無暇西顧。對清帝國，葛爾丹一開始也採取了恭順態度，定期入貢朝見。清王朝也樂得西北無事，默許了他在西北的半獨立狀態，但這樣的和平註定是暫時的。清朝建國后，推行盟旗制度，蒙古各部落實力日益分散衰落，只有準噶爾部日益強大。這樣的情況下，與準噶爾毗鄰的蒙古部落，自然成了他眼裡的肥肉。公元1688年，葛爾丹開始試探清政府的底線。他先越過燕然山，攻打土謝圖可汗，逼迫土謝圖部整族南遷。對此事清政府只是派使者調解，並未乾涉。公元1690年六月，葛爾丹又發兵攻打喀爾喀部落，再次獲勝。值得一提的是，這兩次戰爭之所以速勝，重要原因是葛爾丹在戰爭中大量使用火器技術，原本以冷兵器為主的蒙古部落自難抵擋。如果清政府繼續坐視，一統蒙古部落的葛爾丹，勢必會成為清王朝的巨大威脅。

準噶爾蒙古，是蒙古瓦剌部落的一支。明朝後期，蒙古部落逐漸分成了漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大勢力。其中的漠西蒙古，前身就是瓦剌。努爾哈赤崛起后，一面與明朝戰爭，一面也開始對草原蒙古部落的吞併。努爾哈赤和皇太極父子兩代，經多次戰鬥，從東蒙古追殺到青海，終於徹底消滅了蒙古「黃金家族」的最後一代可汗——林丹汗。與此同時，漠北喀爾喀蒙古的三大可汗——土謝圖汗、札薩克圖汗、車臣可汗，也相繼歸順了后金。之所以如此，要拜明朝崇禎皇帝所賜，漠北蒙古在明朝中後期，一度是明朝的「鐵杆」。崇禎即位后，因國庫空虛，索性停掉了所有對蒙古部落的賞賜，如此一來，給了后金機會九-九-藏-書。皇太極在明朝滅亡前，能夠數次輕易的繞道蒙古南下，原因也在於此。明朝滅亡以前，清朝用通婚、冊封等各種手段，已經完全控制了漠西蒙古和漠北蒙古。尤其是「盟旗」制度，通過封號的賞賜和遊牧區域的劃分，將蒙古部落分割成勢力分散的數百小區域，再無力整合成一個對抗國家政權的力量。唯一的例外，就是漠西蒙古。

公元1653年巴圖爾去世后，其子僧格即位。公元1670年，僧格被異母兄弟暗殺，準噶爾部陷入內亂。巴圖爾一個在西藏出家的兒子，返回準噶爾奪取了政權，他就是大名鼎鼎的葛爾丹。

說到清朝康熙帝在位時期的幾次大戰爭，除了八年平定三藩外，打得最漫長最反覆的戰爭，就是歷史上赫赫有名的「三征葛爾丹」之戰。作為準噶爾蒙古的傑出領袖，葛爾丹雄踞西北，與清王朝分庭抗禮，他和他的部族與清王朝的戰爭，幾乎貫穿整個「康乾盛世」，令「滿萬不可戰」的清朝八旗軍屢遭慘敗。說他是在位60年的康熙皇帝「大半生的對手」，毫不過分。

葛爾丹生於公元1644年，他出生的時候，阿爾泰山上空出現了五彩祥雲，令巴圖爾大為欣喜，隨後葛爾丹被送到拉薩出家，與五世達賴成了好友，還和藏王第巴桑結嘉錯是同學。政變發生后，葛爾丹本無意爭奪可汗位，只願在西藏研究佛學，其母去西藏勸說，讓葛爾丹動心。葛爾丹離開西藏前，五世達賴授予葛爾丹「博碩克圖」的稱號，這也成為後來葛爾丹拉攏蒙古部落的一個招牌。公元1671年，葛爾丹擊敗反對派，成功登上準噶爾可汗的寶座。這以後，就是準噶爾汗國的一段征服史：他先利用自己與達賴喇嘛的關係，勸說衛拉特其他部落歸順自己。同時還四處征伐，打擊的目標首先對準了東遷青海的和碩特部。公元1677年，葛爾丹發動進攻，擊敗和碩特部，獲得勝利后，又採取懷柔政策，招降了和碩特部的車臣可汗。奪取和碩部是準噶爾汗國的重要一步：和碩部一直是瓦剌四部中的「盟主」，此時的瓦剌四部，除了土爾扈特西遷外，其他3部已盡被準噶爾吞併。公元1680年，葛爾丹頒布法令，取消了原本鬆散的瓦剌聯盟，解除了明清兩個王朝曾冊封各部落的所有封號，建立了他自己的獨立王國——準噶爾汗國。公元1680年，葛爾丹發動西征，滅亡了天山南路的葉爾羌汗國。至此，葛爾丹已經完全建立了他在西北一統天下的地位。

此時的葛爾丹，部隊傷亡已經過半，一旦清九*九*藏*書軍繼續進攻，很可能會全軍覆沒。危急之下，葛爾丹再次耍詐，當天夜裡，他主動派使者找到清軍撫遠大將軍（前敵總指揮）福全，要求議和，且言辭極為恭順。福全順水推舟，答應了葛爾丹的請求，命令部隊停止追擊。趁此良機，葛爾丹發動突圍，深夜突破清軍包圍圈，向西北方向逃去，沿途還焚燒草原，阻止清軍追擊。一度面臨滅頂之災的葛爾丹，就這樣成功逃出升天。後人皆說福全被忽悠了，但事實是，清軍此時傷亡同樣慘重，科爾沁方面的援軍正在火速趕來，福全本意，是想等科爾沁援兵到后，集中力量圍殲葛爾丹，但聰明反被聰明誤。戰後，福全遭康熙罰俸懲罰，而葛爾丹也禍不單行，逃亡路上，軍中瘟疫四起，部隊損失大半。敗回準噶爾后，所部只剩下千餘人。

九月四日，烏蘭布通戰役正式打響。葛爾丹依山扎陣，擺出「駱駝城」，用上萬隻駱駝捆綁好排列作防禦工事，葛爾丹軍以此為掩體釋放火器，阻遏清軍衝鋒。清軍先以重炮轟擊，葛爾丹軍頑強抵抗，雙方進行了大規模炮戰，始終相持不下。大將軍福全以騎兵從兩翼突擊，被葛爾丹擊退，清朝一品侍衛內大臣佟國綱也被擊斃。戰事不利下，清軍不少八旗軍官「慫了」，正白旗副都統色格印竟臨陣脫逃，謊稱自己「中了暑」。但佟國綱的犧牲是整個戰局的轉折點。在這次衝鋒中，清軍摸清了葛爾丹「駱駝城」的主要構造，接著集中火力轟炸駱駝城的薄弱處，堅固的駱駝城終於被打開了缺口。與此同時，佟國綱的弟弟佟國維繞道駱駝城後方，抄了葛爾丹的後路。前後夾擊下，葛爾丹不支，到黃昏時分，葛爾丹被迫放棄駝城，率領殘部撤入背後山中。至此，橫掃草原的葛爾丹，已然陷入清軍全線包圍中。

說葛爾丹，需得從他的部族——準噶爾蒙古說起。在許多影視劇甚至歷史書中，葛爾丹都被說成是蒙古準噶爾部的創始人，但事實上，他是一個繼承人，一個繼承了準噶爾蒙古，並一度讓準噶爾蒙古走向強大的人。

烏蘭布通之戰後，葛爾丹很是老實了一段時間，他一面以科莫多為基地，發展生產恢復實力，一面向康熙遣使謝罪。此時清朝上下，也有聲音要求乘勝追擊，徹底剿滅葛爾丹，由於清朝此時財用匱乏，康熙並未採納，只是命蒙古各部對葛爾丹嚴加監視。同時，清朝在蒙古地區修繕驛道，設立軍隊，以防葛爾丹入侵。

就在葛爾丹與清軍激戰時，準噶爾部後院九-九-藏-書起火，葛爾丹的侄子策妄阿拉布坦發動政變，佔領了葛爾丹的老家伊犁地區，自立為準噶爾可汗。眾叛親離的葛爾丹走投無路，率千余殘部流落寧夏河套草原。次年四月，在清軍的打擊下，葛爾丹服毒自殺，結束了他征戰的一生。聞聽葛爾丹死訊后，一生歷經數度考驗的康熙皇帝欣喜若狂，竟在黃河岸邊（當時康熙正在視察黃河大堤）當場跪倒，敬謝蒼天。

公元1690年6月，清朝康熙皇帝兵分兩路，從喜峰口和古北口兩路出擊，御駕親征葛爾丹。在這場親征開始前，京城已是人心惶惶，北京城店鋪大多關門，米價竟上漲到3兩白銀一石，坊間四處傳言葛爾丹即將攻陷北京。為削除葛爾丹外援，康熙帝先派使節出使俄羅斯，向俄羅斯提出嚴正警告，在權衡利弊后，俄羅斯對這場戰爭選擇了觀望態度，並扣下了葛爾丹先前購買的3000支火槍。與此同時，俄羅斯也在蒙古北部集結部隊，觀測戰事動向，一旦清軍作戰不利，就企圖渾水摸魚。這次遠征，清王朝動用了其在盛京、吉林、北京三地的所有精銳兵馬，可謂志在必得。行軍路上，葛爾丹和康熙兩人都在互相麻痹對方，葛爾丹派使者給康熙送信，聲稱這場戰爭並非為對抗清廷，只為向喀爾喀蒙古報私仇。康熙也順水推舟，向葛爾丹送去牛羊一百頭，綢緞千匹，聲稱此行並非為了討伐，而是為了訂立合約。雙方「互相忽悠」中，清軍右路軍常寧部進抵西林格勒，遭葛爾丹部前鋒挫敗。旗開得勝下，葛爾丹自信心大漲，索性命全軍南進。八月三十日，葛爾丹進抵烏蘭布通，清軍左右兩路軍也在此地會師。

葛爾丹在主政準噶爾后屢屢擴張，除了俄羅斯支持外，另一個人也極其重要：藏王第巴桑結嘉錯。早在葛爾丹寄居西藏時，第巴桑結嘉錯就與他結交。僧格遇刺時，也是第巴桑結嘉錯的力勸，才堅定了葛爾丹的奪位之心。彼時遊牧在青海的，是瓦剌蒙古的和碩特部，與藏族部落衝突不斷，因此支持準噶爾部驅逐和碩特部，就成了第巴桑結嘉錯的選擇。而第巴桑結嘉錯的支持，也有助於葛爾丹藉助黃教勢力向各部發號施令，兩人互相利用。葛爾丹攻打和碩特部時，第巴桑結嘉錯意識到，若葛爾丹一意進兵，勢必引起清政府動怒，因此極力勸阻，也正因如此，葛爾丹在初戰告捷后，對和碩特部改為招撫政策。即使如此，戰事爆發時，康熙即嚴令甘肅總兵張勇嚴密監視葛爾丹動向。此時的葛爾丹，九-九-藏-書一面結好沙皇俄國，一面與西藏遙相呼應，一旦吞併漠北、漠南蒙古得手，這些對於清王朝來說，勢必將成包圍之勢。

漠西蒙古的前身，是明朝時赫赫有名的瓦剌部。土木堡之變后，瓦剌勢力日益衰落，部分瓦剌部族西遷中亞一帶，也有部分遷入青海地區。到明末的時候，瓦剌分裂成杜爾伯特、準噶爾、土爾扈特、和碩特四部，其中尤以準噶爾實力最強。公元1640年，在新疆塔爾巴哈，準噶爾部首領巴圖爾召集漠西蒙古各部，頒布了《衛拉特法典》，這部法典劃分了漠西蒙古各部落的遊牧範圍以及各項法律。從此以後，準噶爾汗國儼然以漠西蒙古領袖的身份壯大起來，和碩特部被排擠到青海地區，土爾扈特西遷到中亞，杜爾伯特臣服於準噶爾。巴圖爾統治時期準噶爾的勢力範圍，包括今天的巴拉喀什湖東段、吐魯番地區，首府為今天新疆北部的博賽列地區。與其他游牧民族政權不同的是，準噶爾部不僅遊牧業發達，南部還出現了農業與城市。此時，俄羅斯帝國的勢力也滲透入中國西北地區，在公元1640年十月，巴圖爾就曾與俄羅斯打過交道。當時俄羅斯的探險隊進入準噶爾地區，屠殺準噶爾部居民，巴圖爾堅決反擊，不但擊退了俄羅斯探險隊，還派使節警告俄羅斯。從公元1640年到1647年，準噶爾部與俄羅斯在邊境上發生了13次摩擦，其強硬的態度令俄羅斯使臣感慨說「這將是帝國東進最大的一塊石頭」。如果沒有準噶爾的存在，沙皇俄國侵略中國新疆，恐怕會容易得多。

這位草原梟雄，除了與康熙皇帝的幾次大戰外，內地史料里對他的記錄甚少。而事實上，他不僅是一個影響了中國歷史的人物，也同樣是一個影響了今天中亞版圖的世界性人物。在我們的鄰國俄羅斯和哈薩克，一百多年來，對於葛爾丹以及準噶爾蒙古的研究從未間斷過。在清朝君臣的觀念里，他是一個叛亂分子、亂臣賊子，然而縱觀他一生的功業，卻不是這樣簡單。

葛爾丹死了，但是準噶爾與清朝的對抗並沒有結束，策妄阿拉布坦起初對清朝採取歸順政策，全力在中亞地區進行擴展，甚至兩次擊敗俄羅斯東征大軍。隨著實力的增強，他終於在康熙帝在位的最後時期發動叛亂。從此之後，雍正皇帝在位13年，以及乾隆皇帝在位前半段，準噶爾與清王朝之間戰火不斷，相持不下。直到乾隆時期兆惠大將軍西征準噶爾，這支古代史上最後的蒙古政權，才完全被平滅。