通過實際觀察，王清任發現古書所繪內臟圖與實際有很多不相符。他根據自己的實際觀察，繪製了25幅圖，並連同古人畫錯的圖，一起收入《醫林改錯》一書，以借比較。王清任的研究，確有許多新見解。例如關於橫膈膜，王清任為此留心了40年。最後，他指出橫膈膜是區分胸、腹腔的界物，在膈膜之上，只有心和肺兩個九*九*藏*書器官，其餘內臟都在膈膜之下。他說：「胸下膈膜一片，其薄如紙，最為堅實。」這些論斷都是正確的。關於肺臟，過去醫家認為肺有六葉、兩耳、24孔；而王清任的描述則是：肺管「分為兩杈，入肺兩葉，每杈分九中杈，每中杈分九小杈，每小杈長數小枝，杈之盡頭處，並無孔竅，其形彷彿麒麟菜。」https://read.99csw.com他十分正確和形象地簡述了氣管、支氣管和細支氣管、肺泡之間的關係。限於當時的條件，王清任還不了解由心、血管所組成的血循環系統和血液循環的機能，但他大致查明了主要動脈、靜脈的分佈，以及它們與心臟聯繫的部位。王清任還觀察到了視神經，並聯繫視覺作了描述，他說聯著九九藏書眼睛的根像線繩一樣的東西，它發於腦髓。眼睛看東西是歸大腦管的。儘管王清任的解剖觀察還很粗糙和不全面，但比之前人，則是大大前進了一步。

我國本來有良好的人體解剖研究的開端，可惜沒有很好地發展下去，如前所述。到宋代曾經再度興起對解剖研究的熱心，可惜也沒有很好地發展下去。相反的是，到後來，人體解剖是被read.99csw.com絕對禁止的。但是，到了清代，北京著名醫生王清任在醫療實踐中深深感到人體解剖研究的重要，他說：「世醫診病，當先明臟腑。」「著書不明臟腑，豈不是痴人說夢；治病不明臟腑，何異盲子夜行。」他的這些看法，無疑是很正確的。

為了認識人體內臟，王清任決心要作屍體解剖，以觀察內髒的真實情況。當然在他那時要搞一具屍體放在解九*九*藏*書剖室里進行系統研究是根本不可能的。所以他不得不到義冢墓地上去尋找屍體標本。公元1792年，王清任正在河北灤縣稻地鎮行醫，那裡正流行著小兒傳染病，死亡率極高。窮苦人家多用草席裹著小孩屍體，淺埋在義冢上。王清任每天清晨到義冢去觀察被犬食裸|露的屍體，連續10天，他大約觀察了30多具屍體。後來，他還幾次到刑場去觀察和進行調查。