這個王朝因其激烈的民族矛盾和社會矛盾，迅速走向衰落，只存在了不到百年的時間。到如今，這個曾經強大的王朝，僅在北京城留下幾段荒頹的土牆，叫做「元大都遺址」。

世祖能通漢語，積極改革蒙古舊制，重用漢人，但到晚年卻頗以為悔。世祖之後，入繼大統的皇帝，多為漠北鎮王出身，這些鎮王久居漠北，深受胡族文化的熏陶，大多不會漢語，更頑固地拒絕漢化，因此元王朝始終不能融入正統中原文化中。

蒙哥九九藏書死時，其弟忽必烈在圍攻南宋長江防線上的重鎮鄂州，旭烈兀在中東與埃及的馬木留克王朝苦戰，只有幼弟阿里不哥尚在蒙古本部。論情理，本當由忽必烈繼承汗位，忽必烈在蒙古本土之外的開平召開庫里台大會（Kuriltai），自封為蒙古大汗，但這個大會，一則部在蒙古境內。但蒙古諸親貴一則畏忌其雄才大略，二則對他所鼓吹的漢化不滿，遂自行召開庫里台大會，擁立阿里不哥為蒙古大汗。忽必烈read.９９ｃsｗ•ｃom回師爭奪汗位，雙方大戰四年，最終阿里不哥戰敗投降，然而支持阿里不哥的欽察汗國和察合台汗國諸王對此不予承認，第二任大汗窩闊台的孫子海都等人相繼發動叛亂，蒙古內訌方興未艾。勉強奪得汗位的忽必烈，只得放棄了對中、西亞諸汗國的控制權，一心經營富庶的中原，並以親王出鎮漠北，以抵禦侵擾。一二七一年，忽必烈改國號「蒙古」為「元」，稱自己為中原的皇帝，是為元世祖。這標志read.99csw.com著蒙古帝國的崩潰。

世界的征服者成吉思汗，在他六十六歲那年，死在遠征西夏的戰場上。此後，蒙古帝國雖然還因慣性繼續保持著擴張的勢頭，但大汗諸子孫間的不和已經成為帝國的隱患。公元一二五九年，出自拖雷系的蒙哥汗，非常偶然地在攻打南宋要塞釣魚城時受傷而死，他是最後一個為蒙古帝國各部所公認的大汗。

忽必烈大怒，於一二七四年和一二八一年兩次入侵日本，但均遭到失敗。第二次遠征日本之戰中https://read.99csw.com，蒙古艦隊遭到颶風襲擊，幾乎全軍覆沒——因這場颶風挽救了日本，故被日本人稱為「神風」。在戰死的日本武士的追悼會上，日本臨濟禪奠基者，佛光派始祖無學祖元親自作法事。而在此之前，老和尚還給因蒙古來襲而心情沉重的鎌倉幕府掌門人北條時宗寫小紙條，勸他「莫煩惱」。然而，這位忠心耿耿的老和尚卻不是日本人，他被稱做「渡來僧」，也就是「外國來的和尚」，他原是中國雁盪山能仁寺的高僧。無學祖元雖然幫助日九_九_藏_書本人，然而並沒有人說他是「漢奸」。

佔據中原的忽必烈，繼續著蒙古時代的侵略擴張政策。一二五九年，他迫使高麗屈服，進而東窺日本。此後，忽必烈曾先後六次致書日本，要求其稱臣納貢。日本受漢文化熏陶頗深，向來師事中國正統王朝，對滅亡南宋的元朝有著天然的敵意，加之南宋滅亡后，大批遺民逃往日本，他們宣揚滅國之恨，對日本的民族情緒也造成了影響。因此鎌倉幕府以「未曾聞蒙古國之名」拒絕臣服元朝，對待忽必烈使節也相當的不友好。