在他與清軍血戰的時候，策妄阿拉布坦偷襲了科布多，不但將財物、牛羊搶掠一空，還將他的妻子阿奴、丹津鄂木布等人全部俘虜帶走。

8月，康熙命清軍把守住各處前往青海的必經之路后，派理藩院官員二郎保到青海各部傳達「不得對噶爾丹進行援助，否則將視為敵人」的詔書，原本對噶爾丹持同情態度的青海諸部首領們全部奉詔；9月，噶爾丹在南疆最後一塊根據地哈密的伯克額貝都拉達爾罕譴使進北京表示歸順，並積極協助清軍捉拿噶爾丹；而策妄阿拉布坦也派兵封鎖了邊境，嚴防噶爾丹返回準噶爾本土。

牆倒眾人推，是政治不變的法則。

勸降遭拒，清軍的圍剿更為嚴密，噶爾丹的部眾四處轉移，不但缺乏糧食、馬匹，連火藥也將用完，全軍靠打獵維持生計，而離開大部隊狩獵的人往往成為敵人捕殺的目標。其獨子塞卜騰巴珠爾奉父命在巴爾庫爾山打獵時被額貝都拉達爾罕的哨探發現行蹤，被捕後送往北京。這對於噶爾丹來說，無疑又是沉重的打擊。

是年2月，噶爾丹將所有人馬召集在空奎、扎布干一帶，計有20000餘眾。這相對於第二次東征的時候，實力已經大大不如，久經戰陣的老戰士也已不多。而已進入老年的噶爾丹仍然壯心不已，他也許還會向自己的戰士喊出自己剛回到草原平定叛亂時的那句話：「汝等視吾槍所向！」

而康熙皇帝也沒有忘記這個曾經震動京師的大敵。於1692年5月在多倫諾爾會盟喀爾喀諸部，正式將喀爾喀蒙古納入統治範圍，設32旗，分左中右https://read.99csw.com三路。成吉思汗的直系子孫，至此全部歸順滿清，而清帝國的邊界也擴張到與噶爾丹近在咫尺，規模不等的卡倫、哨所開始大規模建設。

妻子兒子都已不在身邊，四處轉移的行軍生活又極為艱苦，年老的噶爾丹在內外夾攻下病倒了，人終歸是人，無論什麼樣的強者在命運接二連三的打擊下都是無法一直傲然挺立的。

然而，也許是命運不忍心再捉弄他了。當他率部於4月4日轉移到達科布多地區布彥圖河畔的阿察阿穆塔台時，一代雄傑在數日「飲食俱廢」后，走完了自己的人生，享年53歲。彌留之際，他也許會見到父親、母親、老師、兄長和同窗好友，他曾是他們最為熱切的希望，但卻在如此凄涼的境況下看著一切歸於泯滅。

所幸，有一個值得依賴的同窗好友，在他最困難的時候雪中送炭。

1695年，恢復了元氣的噶爾丹決定再次東進。這一次，他不再尋求和清軍的決戰，而是積極煽動喀爾喀和漠南蒙古各部反清，並決定發揮遊牧騎兵的優勢，進行運動戰，敵少則殲，敵眾則退，以此來疲痹清軍，迫使其退出喀爾喀。

清軍不再擔心噶爾丹會有什麼激烈的反擊了，這次調動聲勢浩大，毫無掩飾。得知消息的噶爾丹離開過冬之地撒克薩圖庫里克，準備前往額黑阿拉爾。

見眾軍畏縮不前，噶爾丹的大妃阿奴為鼓舞士氣，「披銅甲，配弓矢」衝鋒在前，被清軍火炮擊中陣亡。這個女人與噶爾丹相濡以沫20年，無論丈夫是順境還是逆境都忠實追隨，可以九_九_藏_書想見，她的死對噶爾丹的打擊何其巨大，對這場決戰的前景也蒙上了不祥的預兆。

5月，噶爾丹率軍從科布多出發，途經塔密爾，進入喀爾喀。為了爭取喀爾喀民心，噶爾丹命令不得搶掠喀爾喀各地台吉，但因為先前的戰爭，仍造成喀爾喀各地的恐慌。

12月，康熙皇帝做出兵分三路突襲至土拉、克魯倫河殲滅噶爾丹所部的決策，命費揚古為「撫遠大將軍」，率領50000人為西路軍，由寧夏和歸化城出發，在翁金河匯合後向土拉河推進；康熙皇帝親自率中路軍30000人從北京出發壓向克魯倫河；東路大軍15000人由薩布素率領在克魯倫河下游阻截噶爾丹。清廷在全國進行了戰爭動員，徵發軍用大車5000餘輛，牲畜20000餘頭。

在確保了噶爾丹一切外援都已經斷絕後，康熙皇帝在10月派衛拉特人曼濟、阿旺丹津對其招降，噶爾丹嚴詞拒絕。

5月13日，在肯特山南、土拉河北、漢山之東的昭默多，噶爾丹率軍與費揚古決戰。

可這時的清廷也早已做好的迎戰的準備，經過偵查，於9月破獲了噶爾丹在內蒙古地區的間諜網，伊拉古克三活佛的徒弟衛征喇嘛及羅布藏端羅卜、尼爾巴格隆、尼克塔鄂木布等眾多喇嘛被清政府逮捕處決，從此，噶爾丹對於清廷的動作完全失去了掌握。

當晚，丹濟拉火化了他的遺體，將骨灰交給了策妄阿拉布坦，帶著噶爾丹的女兒鍾察海以及所剩部眾歸降清朝。

心有餘力不足的博碩克圖汗噶爾丹，對這一切只能冷眼旁觀。從169ｒｅａｄ•９９ｃｓｗ.ｃom2至1694年，一直在休養生息，積蓄力量。

西路軍本是三路清軍中實力最為雄厚的，但因為行軍路線長，且要穿越沙漠，所以也最為疲痹。5月3日到達土拉河時，僅有先鋒部隊14000人，正好符合噶爾丹敵少則殲的戰略。

1691年，待帶著一路的風塵和損失慘重的沮喪回到科布多時，噶爾丹發現自己幾乎無家可歸。

1697年2月26日，對勸降喪失希望的康熙皇帝親自到達寧夏，組織對噶爾丹的合圍。

為了扭轉劣勢，費揚古趁兩軍膠著之時，派一支奇兵偷襲了噶爾丹后營。

而吸收了前兩次大戰經驗的清軍此時配備了大量火器，數十門大炮輪番轟擊，噶爾丹軍屍橫遍野，傷亡慘重。

1698年秋，策妄阿拉布坦將噶爾丹遺骨送往清廷，康熙皇帝在城外練兵場上集合軍旅，當著諸大臣、將軍和兵丁的面，將噶爾丹骨灰迎風揚撒。以此來宣布，這場兩個男人之間的戰爭結束了，自己是最終的勝利者。

抄襲後路，攻敵不備，原本是噶爾丹慣用的戰術，但也許是因為大妃、愛將相繼戰死讓他一味猛攻而忘記了敵人完全可以以彼之道還施彼身，噶爾丹大意了。

1696年4月1日，康熙皇帝率部從北京出發，噶爾丹料定清軍三路前來，主動撤離土拉河，並下令燒毀土拉河的布爾察克10里之內的草原，以阻擋西路軍。自己率軍駐紮到達爾罕敖拉一帶。

這是第一回合，噶爾丹失去了先機。

9月，噶爾丹大軍駐紮在克魯倫河源頭的巴彥烏蘭。

他不服輸，要繼續向清帝國這個龐然大九九藏書物亮劍。

清軍統帥費揚古深知，自己的後續部隊最早第二天早上才能趕到，在人數上處於劣勢的清軍如果再這樣消耗下去，很難固守陣地。

可是，準噶爾和清這兩個帝國之間的戰爭，還遠遠沒有結束。

4月末，康熙皇帝的中路大軍到達離達爾罕敖拉僅五十里之處，為穩住噶爾丹等待西路軍匯合，將長史多禪公主及大量禮物送至噶爾丹軍營，表明並無剿滅之心。噶爾丹照單全收，但仍在5月7日西走巴彥烏蘭，準備迎擊西路軍。

有教廷作為調人，原本可以進一步趁火打劫的策妄阿拉布坦也不得不坐到談判桌上。叔侄二人約定各守其地，不再起爭端，策妄阿拉布坦歸還了噶爾丹的妻子阿奴以及部分人畜。

噶爾丹在50名護衛的保護下突圍撤走，后與丹濟拉、丹津鄂木布、伊拉古克三呼活佛匯合，收攏5000餘人馬，到塔密爾一帶休整。

這一回，準噶爾軍在噶爾丹指揮下首先發起攻擊，主動圍攻清軍陣地。

西藏的第巴桑傑嘉措在得知噶爾丹的境遇后，立即開始了援助行動。命令青海的和碩特諸台吉對噶爾丹進行援助，青海的博碩克圖濟農為首的台吉們，通過阿拉善的巴圖爾額爾克濟農將糧食、牲畜和其他物資源源不斷送到科布多。同時，派遣使者為噶爾丹和策妄阿拉布坦調解。

曾在自己叔叔背後捅過一刀的策妄阿拉布坦還將以準噶爾汗國統治者的身份，與清廷繼續戰鬥下去。

這時的博碩克圖汗，幾乎拼光了全部實力，運動戰也無法進行，因而決定在杭愛山一帶游擊。丹津鄂木布、杜噶爾阿拉布坦等人對前途喪https://read.99csw.com失希望，率部叛走，噶爾丹僅剩不到3000人馬。

獲得了援助的噶爾丹為了重整旗鼓，命令各鄂托克的宰桑率領部分民眾，到烏蘭固木、空奎、扎布干、察罕色渾、扎布罕哈薩克圖等地從事農牧業生產。

雙重打擊之下，噶爾丹完全陷入困境。

大意的後果是災難性的，準噶爾軍的后營被清軍輕易攻破。婦女兒童哭喊之聲震天動地，戰士無心戀戰，全軍大亂。清軍趁勢掩殺，獲得完勝，曾經橫掃中亞的準噶爾軍被徹底擊潰，戰死2000餘人，被俘3000餘人，損失牛羊60000餘頭只。

在最後的歲月中，只有女兒鍾察海的照料能給這個老人不多的安慰。而疾病和窮困卻沒有摧毀他的意志。11月，康熙皇帝再派員外郎博什希、筆帖式閶壽勸降，噶爾丹予以接待，但讓其遠坐，不準靠近。這個細節，可以看出此時的噶爾丹已經重病纏身，形容枯槁，不願被敵手的使者看到。而對於投降，他的回答仍是拒絕。

正史總是說噶爾丹是絕望自殺，以顯示天威臨頭，宵小無所遁形，只能自絕。而以清軍的將領來說，圍剿多年的大敵竟是自己病死的，實在很沒有面子。雖然不能親自擒獲或者殺死，將其逼迫自殺也是個挽回面子的好辦法。就如日後太平天國的天京陷落前，天王洪秀全的死也被說成是服毒自殺，隱晦其早已病重，醫治無效的實情，原因也大抵如此。

大妃戰死，準噶爾軍更加同仇敵愾，奮勇搏殺，可戰爭的勝負絕不是勇氣所能決定。噶爾丹麾下宿將戴巴圖爾宰桑、博羅特和碩等相繼戰死，兩軍戰至傍晚，仍然未分勝負。