其時，羅卜藏丹津部屬尚未起床，人不及衣，馬未銜勒。在突襲之下倉皇逃散，潰不成軍。羅卜藏丹津的母親阿爾泰夫人、妹夫克勒克濟農藏巴吉查及其屬下人口均被清軍俘獲。羅卜藏察罕台吉等率領屬下被迫歸降清軍。羅卜藏丹津僅率200餘人出逃。

2月14日，一路清軍開赴青海湖西北的希爾哈地方。台吉吹拉克諾木齊率所部抵抗，旋被擊敗，吹拉克諾木齊及屬下300餘人逃至烏蘭白克地方，但還是被清軍抓獲。

1724年正月，奮威將軍岳鍾琪率領的中路主力軍前鋒，抵達西寧東北的郭隆寺一帶。這裏沒有羅卜藏丹津的軍隊，但寺中喇嘛與百姓自發起來對抗清軍九-九-藏-書。

由於大批清軍的推進，羅卜藏丹津及諸台吉的隊伍，被迫陸續西撤。而清軍則乘勝追擊。

與此同時，羅卜藏丹津正親自率領5000人據守申中堡，與清軍進行輪番爭奪。鎮海堡的失敗，使得那裡的滿洲兵、綠營兵幾千人前來支援，羅卜藏丹津洪獨力難支，遂率眾撤出了申中堡。

2月22日，岳鍾琪大軍進至柴達木以東的烏蘭穆和爾，對羅卜藏丹津的營地發起突然襲擊。

初一交戰，和碩特一方先機盡失，從主動迅速陷入被動。

這一戰，是清軍入青海最激烈一戰，僅川陝官兵腰刀砍缺者就有三四百口，年羹堯也說：「自三藩平定以來未有如此大戰者。」。rｅａｄ.99cｓｗ.ｃｏｍ

其餘兩路均取得勝利，岳鍾琪自率精兵5000人，自布爾哈達、察罕哈達經哈喇淖爾，2月20日進抵柴達木。

攻打鎮海堡的和碩特軍統帥是阿旺丹津，遭到清軍攻擊后死戰不退，並向羅卜藏丹津請援。20日，羅卜藏丹津派派3000人增援。雙方反覆爭奪，死傷枕籍，激戰5日，清軍援軍九九藏書陸續開到，和碩特軍死傷慘重，被迫撤退。

1724年2月，岳鍾琪分兵三路，開往青海湖北岸的伊克哈爾濟。

雖然在他的麾下有青海幾乎所有的僧俗人眾，但大多數都是百姓和僧侶，並非作戰部隊。他所能掌握的野戰軍實力並不雄厚。而在攻下西寧周邊的各個要塞、堡壘后，他分兵據守，使得手中的兵力更為分散，給了清軍各個擊破的機會。

同時，清軍副將軍阿喇納自天青察罕哈達西趨哈喇淖爾，台吉阿喇布坦蘇巴泰率部拒清軍不敵，盡棄牛羊逃走。

戰爭剛一開始，羅卜藏丹津便犯了一個致命的錯誤。

至此，羅卜藏丹津的反清起義完全歸於失敗。

1723年10月，九-九-藏-書年羹堯的大軍攻入青海。12日向正在攻打鎮海堡的和碩特軍發起攻擊。

兩處失利，引起連鎖反應。西寧北面的新城堡、上北塔和下北塔的眾喇嘛組成僧軍死守堡壘，清軍屢攻不下。羅卜藏丹津撤出申中堡后，堡外清軍綠營兵參將宋可進率領3000人立即轉向攻打，眾喇嘛腹背受敵，全部戰死。

清軍以每天數百里的行進速度追趕數日，羅卜藏丹津身邊人馬日益減少，眼看難以倖免。所幸，山窮水盡之時，逃至青海和西藏交界處桑駱海，這裏紅柳蔽天，目望不及，清軍迷失方向。羅卜藏丹津騎白駝，穿越紅柳，投奔了準噶爾汗國的策妄阿拉布坦。

在伊克哈爾濟地方，阿喇布坦鄂木布、巴勒九九藏書珠爾阿喇布坦兩台吉及其屬下被清軍俘虜。

12日，雙方交戰于郭隆寺東北的哈喇直溝。清軍「直前奮戰，斬賊數千，據其三嶺，毀其十寨」，喇嘛僧眾戰死無數。13日，清軍進至郭隆寺附近的山谷，千余名喇嘛前來伏擊，被清軍打退，只得逃入山洞。清軍聚薪放火，眾喇嘛不願逃出，被活活熏死於洞內。

人言佛教摧毀鬥志，郭隆寺喇嘛們的壯舉，足以提出強有力反證。

掃清外圍后，清軍攻入郭隆寺，達克瑪活佛以下6000名喇嘛全部戰死，郭隆寺被燒成白地。