當然，平心而論，有幾次他們還是極為成功的，甚至包括躲過了戴笠監視的絕密行動（斯塔行動與「蛤」行動等）。但情報局的大多數活動對中國秘密特工當局來說都是非常透明的，後者可能曾經處死過一些為美國人工作的中國人。

雖然戴笠欣賞情報局的訓練功能，但他反對鄧諾文的人，因為他們與共產黨有聯繫，有時還在未經他允許的情況下獨自展開抗日游擊戰，再加上他對情報局派到中國獨自執行使命的高級人員（梅樂斯及其在中美合作所的部下管他們叫「麵糰」）的疑心越來越重。在各省里，情報局和中美合作所之間出現了一場事實上的「系列戰」，同時在隔山的印度，情報局和戴笠特務之間進行著一場「秘密戰」。到了1944年11月，鄧諾文將軍向總統彙報說，對於情報read.99csw.com局來說「沒有任何重要的情報或行動來自於中美合作所。這可能是飛越喜馬拉雅山脈的噸位有限的結果，但主要原因是他們的行動受制於那些堅決不讓他們搞到情報的人」。

總而言之，到了1945年，這位「間諜王」已經達到了他政治權力的頂峰：一座建築在戰時中國秘密經濟結構之上的大廈。

後來，鄧諾文確保了將情報局在AGFRTS中的活動，向戴笠正式通報。但這並沒有減輕其侮辱所引起的痛楚，尤其是情報局使用了陳納德的一些最優秀的人員，他們大都是傳教士的後代，出生在中國，或者起碼中文非常熟練，可以獨自在那裡生活。例如，海軍中校沃佛德·史密斯（Wolferd Smith），先學的中文，後學的英語，並於戰前九-九-藏-書在密執安大學東方歷史系獲博士學位。又如，出生於北京並曾在那裡受教育的查爾斯·斯泰爾（Charles Stelle）上尉在被派往重慶任情報官之前，曾在哈佛大學東方學系當教授，後來成了與中國共產黨聯繫的一個重要環節。

中美合作所沒辦到的，AGFRTS辦到了，而且其結果幾乎立竿見影。戰略情報局潛伏到敵後的特工人員們建立了廣泛的秘密網路，為空軍司令部和太平洋艦隊提供了每日的天氣和氣象數據。對長江沿岸交通和沿海及鐵路運輸的實地無線電情報，使陳納德的飛機能最準確地擊中「熱」靶，而且「目標研究分析」和對轟炸的破壞程度的估量，極大地幫助了陳納德計劃未來的進攻。

次年4月，美國戰略情報局和空軍第十四飛行隊成立了一個九-九-藏-書名稱非常晦澀的組織：第5329空軍和地面部隊資源及技術人員（5329th Air and Ground Forces Resources and Technical Staff），縮寫簡稱AGFRTS，更常見的提法是Agfrts。他們包括戰略情報局為在中國獨立操作情報業務挑選出來的大批人員。

戰略情報局/Agfrts的人員主要在中國的淪陷區收集目標的情況，同時也審訊敵人的戰俘。

鄧諾文在向總統羅斯福的報告中盡量抬高自己的人員在實地的秘密活動，如在廣州白雲機場炸毀了數架飛機，在日本人進攻桂林時摧毀了數架橋樑，破壞了廣東的一個煤礦，收集了沿海幾處的天氣預報等，但所有這些都無法與戰略情報局在中西歐的活動相比。

總體來說，大多數研究中美合作所歷史的學者都贊同這個結論。沈瑜在其「最後分析」中寫道：「從根本上來說，盟國的作戰從這個合作項目中獲益甚少。在中美合作所正準備將其重點從訓練轉移到行動上的時候，戰爭便結束了。」然而，如果盟國的作戰的確從中美合作所的這些秘密活動中受益甚少的話，那麼戴笠自己的秘密王國則從中得到了極大的好處，它使這個中國秘密特務頭子在二戰中，比起在日本人剛開始發動侵略戰爭時，地位要強大得多。正如卡爾·霍夫曼（Carl Hoffmann）少校在1944年7月向鄧諾文將軍彙報的那樣：