李烈鈞被袁世凱免職后，他並沒有立即舉兵討袁，而是先通電下野，並於6月15日離開南昌前往上海。到上海后，李烈鈞分別見到了孫中山、黃興、陳其美等人，他們在反覆會商后認為袁世凱難以感化，現在的辦法也只有舉兵反抗，或許還有一線生機。

在北洋軍的步步緊逼下，討袁軍中的高級將領們鬥志十分消沉，而坐鎮南京的黃興也是一籌莫展，整個司令部充滿了悲哀失敗的情緒。這時，逃到上海的程德全也來搗亂，他發布取消江蘇獨立的電報，並密令捉拿黃興。在此情況下，黃興也覺得事無可為，便在夜間乘船離開南京，一走了之。

如果說「二次革命」是辛亥革命後續的話，南京保衛戰無疑是最激烈的。等到馮國璋等北洋軍彙集南京后，雙方勢力相差是極為懸殊的，但即使在這種情況下，南京保衛戰仍舊堅持了20天，這與何海鳴等人及其革命士兵艱苦卓絕的革命精神是分不開的。在這20天里，南京守軍與北洋軍在雨花台、紫金山、天保城、幕府山等地展開了激烈的爭奪，討袁軍並未明顯落於下風。

1912年4月8日，中國有史以來的第一屆國會在北京開幕。在前一天晚上，臨近眾議院的各街道上早已是布置得張燈結綵，流光璀璨，一片喜慶色彩。第二日，那些當選的參、眾兩院議員們都穿著嶄新的大禮服，喜不自禁的陸續走進眾議院會場。或許是「宋案」的關係，袁世凱當天並未出席，只是派出了總統府秘書長梁士詒及內閣總理、各部總長前來致賀，加上前來觀禮的內外來賓，場面倒也算隆重。

無可奈何之下，李烈鈞也只好率部下何子奇等人乘兩艘快輪沿贛江南下，經樟樹鎮到達萍鄉后與唐蟒率領的湘軍援贛部隊會合，隨後又在袁州同林虎解散剩餘部隊，最後應湖南都督譚延闓之邀率少數親信隨員乘火車去長沙。李烈鈞到達長沙時，譚延闓早已取消湖南獨立，但他也不想和革命黨交惡，於是在他的安排下，李烈鈞、林虎等人都秘密流亡日本。至此，江西戰事宣告平息。

張勳做了江蘇都督后，那就苦了南京的這些老百姓了。偌大的一個南京城，簡直就是倒退回了大清朝，整個就一片烏煙瘴氣，看不到一點民國的氣象。在張勳的引導下，南京城內又興起了留辮子的風氣（大部分是假辮子），因為張勳只重用那些有辮子的人，而那些穿西裝、剪短髮的人，他不但看了就生氣，弄不好要掉腦袋呢！

9月1日晨，北洋軍對南京城發起總攻擊。張勳的辮子兵在朝陽門一帶挖地道進去，用炸藥將城牆轟塌兩丈有餘（當年湘軍攻下天京也是用的這招，主要是朱元璋修的城牆實在太厚）后，辮子兵隨即蜂擁而入。這時，太平門、通濟門、神策門也相繼被攻破，何海鳴等人率領士兵們在鐘樓、內橋、鴿子橋、花牌樓等處與北洋軍展開殘酷的巷戰，戰鬥一晝夜后仍不屈服，並於次日上午在雨花台同北洋軍進行了最後的決戰，在傷亡殆盡的情況下才最終潰散，何海鳴等人在武定橋下乘小船逃走。

在「宋案」陷於停頓hｔｔpｓ://ｒeａｄ•9９ｃｓw.ｃｏm、國會議員們忙著搞選舉的時候，袁世凱也沒閑著。他此刻正在策劃一件大事，那就是前兩屆內閣都沒有搞好的「善後大借款」問題。袁世凱憑著多年的政治經驗，早已預料到要同革命黨人攤牌，因此他需要籌措足夠的資金來打仗。畢竟，不管在什麼情況下，沒有錢總是萬萬不能的。

北洋軍的軍事計劃沿著京漢線和津浦線兩路分進，一路以湖北為基地，進攻江西和湖南；另一路以徐州為前沿，並以海軍策應沿岸，向安徽和江蘇進軍。李烈鈞在湖口宣布獨立后，北洋軍第一軍各部在李純及王占元的率領下沿著京漢鐵路南下，很快便進抵江西九江；與此同時，馮國璋、雷震春、張勳等部也沿著津浦路進兵，向南京逼近。

辛亥革命時期，張勳率領他的辮子兵在南京與革命軍血戰一場，最後狼狽退出了南京城（所以這次他表現奮勇，原來是要報一箭之仇）。在清帝退位之後，張勳的辮子兵退守兗州，但在民國的新氣象里，張勳卻拒不剪辮，他的部隊也一律留著長辮子，由此，「辮子兵」和「辮帥」之名也就不脛而走。

早在李烈鈞宣布獨立前，北洋軍便已開始向南方各省滲透。1912年秋，一小部分北洋軍應湖北都督黎元洪之邀陸續進入湖北境內；1913年4月後，黎元洪又以湖北局勢不穩定為由，請求袁世凱再派李純的一個步兵團到武漢。等到5月中旬后，南北對立之勢日益明顯，北洋軍也開始大批南下。到5月底，駐紮在湖北的北洋軍已經超過2萬人。

張勳之前曾被江浙聯軍打得落花流水，正要找個機會出出胸中的惡氣。罵罷，張勳反命令部下向討袁軍發起猛烈進攻，而冷遹部剛退守徐州，土匪出身的騎兵團團長張宗昌在所部被打散后突然叛變，以致軍心大亂，討袁軍被迫退出了徐州。

在借款合同中，五國銀行團答應借給民國政府2500萬英鎊，年息5厘，期限47年；債券9折出售，扣除6％的傭金，等於只有2100萬英鎊；如果再扣掉之前的墊款、各國銀行的借款及其償付各省遣散軍隊等費用的話，實際上拿到手的不足1000萬英鎊，但到期歸還本息就要6789萬英鎊了（比庚子賠款似乎要苛刻）。

在北洋軍部署完畢后，袁世凱任命段芝貴為第一軍軍長兼江西宣撫使，統一指揮前線作戰。隨後，段芝貴坐鎮九江，以李純為左路軍司令，王占元為右路軍司令，會同海軍艦隊進攻湖口。北洋軍兵分兩路，一路由第六師二十二團團長張敬堯率領，另二路由第二師旅長鮑貴卿率領，在湯薌銘四艘軍艦的配合下，向湖口炮台發起了猛烈的進攻。

7月12日拂曉，林虎部主動出擊，一路向沙河鎮挺進，一路襲擊十里鋪的北洋軍。激戰數日後，討袁軍初戰告捷，佔領了沙河鎮，並迫使北洋軍暫時後撤。但在林虎部激戰的同時，方聲濤部進攻九江失利後撤，嚴重影響了戰局的發展。

等到上午十一點，各方人員均已到齊，國會籌備委員顧鰲宣布開幕典禮開始，九*九*藏*書先放了108響禮炮，接著才由各方代表發言。隨後，總統府秘書長梁士詒也拿著袁世凱的賀詞念道：「我中華民國第一次國會正式成立，此實4000餘年歷史上莫大之光榮，4萬萬人億萬年之幸福。世凱亦國民一分子，當與諸君子同深慶幸。」說完，梁士詒高舉雙手喊口號：「中華民國萬歲！民國國會萬歲！」梁士詒一舉手，台下的議員們也都紛紛響應，口號聲震耳欲聾，會場氣氛達到了高潮。

8月底，各支進攻南京的北洋軍相繼到齊，其中以馮國璋、雷震春和張勳部為主，張宗昌與徐寶山的叛軍也加入了攻城之戰。在這些攻城部隊中，張勳的辮子軍最為兇悍，而馮國璋似有隔岸觀火之感，只是在最後才在海軍的掩護下，才參与最終的總攻。

張勳在國人面前雖然狠，但在日本人面前卻沒了脾氣。原來，辮子兵在南京胡鬧的時候，有一次殺傷了三個日本人，這下不得了，幾乎引發一個國際事件。日本駐華公使隨即向袁世凱的北京政府提出了最嚴重的抗議，日本的軍人們還向政府請願，要求出兵報復。這下不僅把袁世凱嚇得不輕，張勳也嚇得夠嗆。最後，張勳只好低三下四的到日本駐南京領事館親自道歉，一點脾氣也沒有。

在「二次革命」后，北洋軍源源不斷進入了南方各省，除了廣西、貴州、四川、雲南四省外，其他各省均已成為北洋軍及其附屬軍的控制範圍，即便是以上四省，還有山西的閻錫山、東北的張作霖，在袁大總統的威勢之下，哪裡還敢心懷異志。

張勳在前清的時候沒有機會過總督的癮，這次可不能浪費機會了，要知道，這位置可就相當於當年的兩江總督啊，那是曾國藩、左宗棠這等人物的遺缺，倘若換了以前，老張是做夢都不敢想啊！

李純在沙河戰役受挫后，隨後便調整部署，調集了3個團的優勢兵力向林虎部反撲，儘管林虎部抵抗非常英勇，但由於敵強我弱，在激戰一晝夜后討袁軍被迫撤退。數日後，北洋軍第二師在師長王占元的率領下開赴九江，段芝貴的8營拱衛軍進抵九江，海軍次長湯薌銘所率的艦隊也已到達前線，北洋軍實力大增。

在林虎部進攻失敗后，方聲濤率右翼軍約5000人進行了頑強的抵抗，戰鬥十分激烈，第九團團長周璧階在衝殺中不幸陣亡。在撤退途中，第九團的營長龔星勝眼見勝利無望，又帶領兩個營及炮隊、機關槍隊向北洋軍投降，結果右翼軍兵力大減，基本失去了進攻能力。

袁世凱原本是想安排馮國璋做江蘇都督的，但這個張勳在這次南京之戰中表現得也太突出了（戰後的搶掠也一樣突出）。為了表示賞罰公平，袁世凱也只好把江蘇都督的位置給了張勳。對此，馮國璋也沒說什麼，他隨後便帶著他的隊伍渡江而去。他畢竟是北洋系的元老，有的是機會。

從「二次革命」的效果來看，國民黨激烈分子所發起的這場戰爭非但沒有給自己加分，反而給了袁世凱一個樹立權威的好機會。事實上，袁世凱雖然身為大總統，但正如旅美歷史學家唐德剛說的，「當九九藏書時的全國各省基本都被當地的土軍頭所盤據，應繳中央的各種地方稅收，統統都被借口扣留了，袁氏的中央政府對他們，可說是毫無辦法，既不能行文，更不能動武，結果弄得中央政府分文不名，只有靠舉債度日」，這次的戰爭實際上是給了袁世凱一次統一的機會。

李純部的前鋒第十一混成旅在旅長馬繼增的率領下，很快便進駐九江，扼住了入贛的戰略要地。李烈鈞討袁軍的前鋒林虎所部也不甘示弱，隨後扣留了由德安開往九江的火車，並將前哨布防前移，準備迎戰。

「二次革命」是民國成立后的第一次南北戰爭，也是辛亥革命中那場尚未完成之戰爭的繼續，可惜的是，那只是革命的退潮或者未盡的尾聲。戰爭的最終結果是袁世凱所代表的軍政集團大獲全勝，國民黨在廣東、江西、安徽三省勢力也都被一一清除。「三藩」既除，其他省的大佬們也就噤若寒蟬，唯袁世凱是命了。

國會開幕後，第一件事情便是要選舉正副議長，當時的參眾兩院均分為兩派展開了激烈的爭奪，這便是國民黨一派，共和黨、民主黨和統一黨這三黨為另一派。這些議員們開了多次預備會議，鬧騰了半個多月，才算把議事細則及正副議長選舉規則等辦法搞好。在隨後的參議院選舉中，國民党參議員張繼和王正廷分別當選為正、副議長；而在眾議院的選舉中，民主黨議員湯化龍當選議長，共和黨議員陳國祥當選副議長，雙方基本打平。

這時，第八師的混成支隊和第一師第一旅也相繼趕來增援，南北軍再度展開激戰，雙方你來我往，陣地幾度易手，不分勝負。這時，黃興還試圖利用張勳忠於清室的情結來離間張勳倒戈，他致電張勳說：「袁世凱本清室權奸，異常險詐，戊戌政變便是他告密導致。辛亥革命時，袁世凱假借民軍的名義，欺負人家孤兒寡婦，乘機盜竊權位。袁世凱不僅是民國的大盜，也是清室的賊臣，天下人皆可討伐之，還望張公深明大義，再造國家。」

就因為這事，張勳在「兩江總督」的位置上屁股都沒有坐熱，最後被袁世凱打發去做長江巡閱使了，這下可是把辮帥氣得半死。迫於國際壓力，張勳最後在向袁世凱討得五十萬元的開拔費后，才怏怏不樂的將江蘇都督的位置讓給了馮國璋。

4月26日晚，國務總理趙秉鈞、財政總長周學熙、外交總長陸征祥在北京滙豐銀行大樓與英、法、德、俄、日五國銀行團的代表進行最後的談判。談判進行得很艱苦，雙方代表一直談到27日凌晨才最後議定各項具體條款。

張勳對腦袋后的辮子很有感情，早在辛亥革命的時候，他就在南京派出軍警，凡是剪了辮子的人便指為革命黨，被他砍掉的腦袋至少是成百上千。不僅如此，張勳還把沒有辮子的人頭高懸在大行宮、花牌樓一帶，製造血色恐怖。就他那德性，如何會主動剪掉辮子，那簡直是愛如至寶啊。

為此，張勳命人將江蘇都督府的大柱和棟樑全部塗上硃紅色，兩江總督時代的吹鼓手和炮手也都找了回來，並按照老樣子每天開吹三次，開炮三次九*九*藏*書。在張勳面前，千萬不要用「前清」字樣，因為他認為至少在他統治的範圍內，應該還是「大清天下」。所以，南京城內大小官員們見了「大帥」都要行跪拜禮，要自稱「卑職」。軍營里更是如此，絕不允許懸挂民國的旗子，而要懸挂紅色白邊的蜈蚣旗。在江蘇都督府門前大桅杆上，也不許掛民國的五色旗，掛的是一個斗大的「張」字紅旗。

在北洋軍與李烈鈞討袁軍激戰的同時，第二軍的馮國璋、張勳、雷震春等部也已經進入江蘇，準備進攻南京。此時，黃興組織了討袁軍司令部，隨即令駐徐州的冷遹第三師向鄰近的北洋駐軍立即發起進攻，又令第八師騎兵團及機關槍連、炮兵營、工兵營組成混合支隊，開赴徐州前線支援第三師，第一師第一旅也隨後跟進；第一師第二旅開赴臨淮關，協助安徽討袁軍協防北洋軍倪嗣沖部；第一師和第八師的其餘部隊，暫時駐防南京。

說起這個張勳，也的確是中國近代史上一個不可理喻的人物。他年輕的時候參加過中法戰爭，並在鎮南關大捷中立下大功，並被越級提拔，最後累功升至參將銜。在甲午戰爭中，他又隨提督宋慶出戰，大敗而歸，後來投到袁世凱的門下重掌兵權，但還不是袁世凱最親信的第一集團（和馮國璋、段祺瑞等人比較而言）。在義和團之亂后、慈禧太后西安迴鑾的時候，袁世凱曾派他沿途護衛，這下被他抓到機會大表忠心，並在北京承擔過一段時間的拱衛任務。在此期間，張勳深得慈禧太后的信任，慈禧太后也對他大加籠絡，恩寵備至，簡直令老張萬分激動，感激涕零。清末的最後一年，張勳被外放江南提督一職，他對大清的感恩戴德真的是發自內心，忠貞不二。

黃興從南京不聲不響地出走後，其他高級將領洪承點、冷遹等也隨即出走。這時，代理江蘇民政長蔡寅、第八師師長陳之驥和代理一師師長周應時等人乾脆宣布取消獨立。這時，革命死硬派何海鳴、張堯卿、韓恢等人建立鐵血監視團，他們在得知黃興離開南京后，急忙從上海星夜趕來，但他們到達南京的時候，為時已晚，黃興等人早已是人去樓空。像武昌起義一樣，在高級將領缺位的情況下，又是革命士兵主動站了出來。在何海鳴等人的鼓動下，第一師的士兵趕走師長陳之驥（他雖是同盟會員，卻是馮國璋的女婿），並與第八師聯合起來佔領了都督府，再次宣布獨立。

7月7日，李烈鈞從上海返回江西后秘密召集舊部，並於7月12日佔領湖口炮台。次日，李烈鈞成立江西討袁軍併發布討袁檄文，宣布江西獨立。隨後，柏文蔚與胡漢民、陳炯明也分別在安徽、廣東宣布獨立。

張勳接到電報后，還沒等看完便一把撕了個粉碎，破口大罵道：「呸！我以前只知道大清朝，現在就知道袁總統，什麼討袁軍司令黃興？我老張豈是你所能誘惑的么？」

既然錢已借到手，袁世凱也就乾脆撕下臉皮，他非但不理睬國民黨籍議員的抗議，反氣勢洶洶的斥責孫中山、黃興等國民黨人。事情鬧到這步田地，雙方惟有兵戎相見了。6月ｈｔtpｓ://reaｄ.９９cｓｗ•ｃoｍ9日，袁世凱先下手為強，下令免除李烈鈞的江西都督職務，任命黎元洪兼署江西都督；14日，又將廣東都督胡漢民免職；30日，安徽都督柏文蔚也被免職。如此一來，國民黨籍的三位都督都被袁世凱以「不稱職」、「不孚眾望」的名義罷免，當然，根本原因還在於「不服從中央」。

7月25日，北洋軍攻陷湖口，李烈鈞率討袁軍余部退守吳城。湖口要塞失陷后，江西已是門戶大開，無險可守，而北洋軍則乘勝追擊，攻下德安、建昌、吳城，隨後合擊南昌。由於實力相差懸殊，南昌於8月18日宣告失陷。

當善後大借款已經簽字的消息公布后，立刻在國內引起了軒然大|波。首先是來自國會的質疑，國民黨籍的參議院議長張繼和副議長王正廷通電全國，稱善後大借款不經國會批准即行簽字，無疑是視國會如無物，荒唐可笑，豈有此理。隨後，黃興、柏文蔚、李烈鈞、胡漢民等人也都紛紛發電報，斥責袁世凱違法借款，藐視立法機關，大有興師問罪之勢。

南京城破后，張勳手下的那些辮子兵大肆的姦淫搶掠，洗城三天。對此，張勳不聞不問，似乎是天經地義一般。在辮子兵的肆虐下，南京城陷入了極度的混亂之中，幾乎是天愁地暗，中外震動，連袁世凱聽了都為之咋舌。那些辮子兵在搶劫的時候毫無顧忌，幾乎無兵不搶，亂兵們所到之處，挨家挨戶，上自天花板，下至陰溝，挖地三尺，一丁點都不放過。另外，城內的婦女也飽受這些人的戕害，投秦淮河自殺的女子也不在少數。三天過後，用當時人的話來形容是，南京城內「各等人民皆體無完衣，家無一餐之糧」。

這時，張勳部前鋒已經抵達南京城外，而此時城內何海鳴領導的討袁軍連師長都無法選出。儘管如此，士兵們的戰鬥自覺性仍舊非常之高，他們每天都在街上站崗巡視，敵人一發起進攻，他們無須號令便奮身前往；即使在陣前，他們也無須指揮，便向前攻擊。值得一提的是，臨時領袖何海鳴也是位革命精神很強的人，他下手很狠，將軍中懷有異心的軍官一律剪除，頗似當年法國大革命時羅伯斯庇爾的風格。

在受到冷遹部的攻擊后，北洋軍在第五師師長靳雲鵬的指揮下堅守待援，多次打退討袁軍的進攻。辨帥張勳得知徐州已經爆發戰事後，不待袁世凱的命令便派出3營如狼似虎的辮子兵前去支援，而田中玉的巡防營也從兗州開到前線，隨即加入戰鬥。冷遹部在被北洋軍左右夾擊后，勢不能敵，只得後撤到徐州以北20公里的柳泉待援。

但是，李烈鈞的討袁軍也存在一個嚴重問題，這就是部隊內部分化，當時江西雖然有陸軍兩個師和1個混成旅，共10個團的兵力，但第一師師長歐陽武和第二師師長劉世鈞均舉棋不定，並在暗中與袁世凱、黎元洪互通信息，敵友難分。當時完全服從李烈鈞領導的只有林虎的第一師第一旅（兩個團）、李明揚的第十團、周璧階的第九團、卓仁機的機關槍大隊和方聲濤的新編旅（後來鼎鼎大名的陳銘樞和蔣光鼐在其中任營、連長），兵力不足5個團。