水口戰役是一場惡仗。由於開戰時紅3軍團未能趕到，兵力分散，雖擊潰了粵軍20個團，但未能達到殲滅粵軍的預期目的，而成了一場消耗戰。

由於夜幕下難以察明陣勢情形，紅5軍團誤以為粵軍已向南雄逃跑，並向毛澤東、朱德、王稼祥報告了這一判斷，使毛澤東、朱德、王稼祥改變了原擬調紅1軍團和第2軍增援水口的計劃。

項英堅持說，後方的同志不同意由毛澤東負責主持整個戰爭。他只能在前方協助，不能作為主要決策人，也就是說不能作為總政委。周恩來問：「澤東同志不當總政委，那他在前方做什麼？你們大概都忘了，這支隊伍還是他拉出來的！」

中共蘇區中央局正因為對毛澤東不信任，才委派周恩來上前方來全權督戰。現在周恩來竭力舉薦毛澤東擔任紅一方面軍總政委，蘇區中央局後方的成員們怎麼能接受呢？

蘇區中央局最終還是尊重周恩來的意見，於8月8日，由中革軍委發布命令：「奉中央政府令，特任毛澤東同志為紅軍第一方面軍總政治委員。現毛同志已到軍工作。我第一方面軍全體戰士，今後應堅決在朱總司令與毛總政治委員領導之下，一致為發展革命戰爭，爭取革命在江西及鄰近幾省的首先勝利而努力。」

周恩來離開上海前，中共臨時中央負責人博古對周恩來說，到中央蘇區后，周恩來是蘇區中reaｄ.9９ｃsw•cｏｍ央局書記，毛澤東只管政府，朱德管軍事。

周恩來到中央蘇區后，並沒有按臨時中央的意圖行事，而是根據自己調查掌握的情況，在軍事戰略戰術上採納毛澤東的意見，並把毛澤東推上軍事指揮前台。

周恩來說：「那我要親自給臨時中央寫信，把這裏的實際情況向中央講清楚。」

毛澤東、朱德、王稼祥得知紅5軍團在水口陷入困境后，急令紅1軍團和紅12軍於10日拂曉趕到水口增援。雙方在湞水河畔進行慘烈拼殺。激戰數小時，河灘上橫屍遍野，鮮血染紅了湞水河。

見周恩來態度堅決，項英愁苦著臉。苦思良久，他語氣溫和了下來：「既然這樣，那我回去跟他們再商量吧。」

正當漳州戰役如火如荼，遠在上海的臨時中央於4月14日發出《為反對帝國主義進攻蘇聯瓜分中國給各蘇區黨部的信》，信中指出「右傾機會主義的危險是各個蘇區黨面前的主要危險」，目前蘇區極端重要的任務是「進行堅決的革命進攻」和對右傾「作最堅決無情的鬥爭」。

周恩來辯解，後方同志的這種擔心是沒有根據的，也是沒有必要的。指出他們對前方的情況不夠了解，對毛澤東也或多或少地抱有偏見。對於一個前線指揮員，不該只對他在某次戰役的表現，來判斷他是否執行中央路線。戰場上情況瞬息萬變，指揮員若不隨機應變，怎麼打勝仗呢？

漳州戰役后，陳濟棠的粵軍兩個師從廣東北上，侵佔了贛南西部的大片地區，另一ｒｅaｄ.99ｃsｗ.ｃｏｍ個師侵佔信豐，向于都窺進，直接威脅贛南蘇區。與此同時，蔣介石命令有較強戰鬥力的第19路軍開赴福建。5月29日，中革軍委電示東路軍撤離漳州、龍岩地區。

5月20日，臨時中央點名批評周恩來，說伍豪同志到蘇區后，雖然「在某些工作上有相當的轉變」，但是「未鞏固無產階級的領導」，「一切工作深入下層的徹底的轉變，或者還未開始，或者沒有達到必要的成績」。臨時中央在信中要求他們奪取一二個中心城市，來發展革命的一省數省的勝利。

彭德懷率領的西路軍紅3軍團在湘粵贛邊擺脫蔣軍何應欽部6個師的圍攻后，撤離上猶、崇義，在池江與粵軍4個團遭遇， 粵軍即被擊潰，退守大余。

周恩來對此是作了檢討，但在實際工作中，特別是在軍事指揮上，他還是重用毛澤東，這使臨時中央和蘇區中央局大為不滿。

中共臨時中央對毛澤東採取不任信的態度，指責他為右傾觀念的代表，欲將他排擠出軍事領導層，由來已久。早在去年10月，王明離開上海赴莫斯科時，就交代準備赴中央蘇區的周恩來，說他到中央蘇區后，毛澤東只管政府工作。

同時，蘇區中央局決定在前方組織最高軍事會議，由周恩來、毛澤東、朱德、王稼祥組成，周恩來為主席，負責處理前方的行動方針和作戰計劃。

水口戰役后，周恩來以蘇區中央局代表身份常駐前方督戰，由任弼時代理蘇區中央局書記。這時候，部隊正在南雄以東的粵贛read.99csw.com邊休整。也就在這個時候，根據戰爭形勢發展需要，蘇區中央局決定撤消東路軍和西路軍番號，恢復第一方面軍建制，由中革軍委主席朱德兼紅一方面軍總司令，提議由周恩來兼總政委。

周恩來認為此議不妥，於7月25日與毛澤東、朱德、王稼祥聯名致電蘇區中央局：

毛澤東、朱德、王稼祥等率東路軍趕赴贛南時，粵軍的12個團兵力，已分別進佔了贛南的贛州、南康、大余、上猶、楊眉寺、信豐等地，另在廣東南雄附近部署有6個團，統歸第1軍軍長余漢謀指揮。在贛州北面，還有粵軍5個師。 在湘南有何鍵的兩個師。毛澤東、朱德、王稼祥的兵力部署是，紅1、5軍團和獨立師由信丰南部進逼南雄，使粵軍誤以為紅軍可能要攻取韶關甚至進攻廣州，從而調動各路粵軍回援南雄，紅1、3、5軍團和紅12 軍及獨立第3、6師則相機在運動中於南雄附近圍殲余漢謀部。部署完畢，紅1、5軍團冒著酷暑急行軍，於7月初到達廣東烏逕地區。

中共臨時中央發布上述軍事訓令兩日後，周恩來從瑞金致電正在上杭參加軍事會議的毛澤東、朱德、王稼祥等，強調：「望堅持積極進攻路線，以全力求得此次戰役完全勝利，給粵敵以重大打擊。」上杭軍事會議遵照周恩來的指示電，決定紅1、5軍團經廣東梅縣，回師贛南，計劃月底到達贛南與紅3軍團會合， 打擊進犯粵軍。

29日，周恩來又親自給蘇區中央局寫信，堅持由毛澤東出任紅一方面軍總九九藏書政委。他在信中強調「如果由周任總政委，弄得多頭指揮，而且使政府主席將無事可做」，「毛以政府主席名義在前方，實在不便之至」，「玉階（朱德）不細心，澤東的經驗與長處還須盡量使他發展」，「有澤東負責，可能指揮適宜」。

項英說：「恩來同志，你這是固執已見！你當總政委，臨時中央那邊肯定沒有問題。如果叫老毛當，臨時中央肯定不會同意的！」

6月5日，遠在上海的中共臨時中央發布軍事訓令：「1、5軍團主力應先與河西3軍團相呼應，解決入贛粵 敵。在可能條件下佔領梅嶺關，再沿江北上，佔領漳州、吉安、樟樹，以爭取南昌為目的。」

9日，余漢謀收到第4師發自水口的求援電報，當即命其第3師和第2旅緊急馳援，該路人馬于當天下午到水口與第四師會合。這樣，水口粵軍兵力一下子增加至9個團，迅速組織向紅軍反攻。而紅5軍團仍以為粵軍僅是原來粵軍第四師的3個團，遂與粵軍展開激戰。儘管紅5軍團打得很英勇，由於粵軍兵力明顯佔優勢，紅5軍團傷亡很大。就在此危急之時，陳毅率江西獨立第3、6師趕到水口，協同紅5軍團擊退粵軍。

項英急趕到前方來，與周恩來商討紅一方面軍總政委人選事宜。項英開門見山地跟周恩來談到蘇區中央局後方領導人的看法，認為靠毛澤東那一套，難以完全貫徹執行中央的進攻路線方針。這一點，是幾個後方的同志所read.99csw.com擔心的。

為防大余粵軍撤逃南雄，毛澤東、朱德、王稼祥命紅1、5軍團趕至梅關、中站一線，準備與紅3軍團配合， 將大余出逃之粵軍圍殲在中站一帶。紅1軍團打垮駐守梅關粵軍，佔領梅關時，大余粵軍仍固守不出。7月7日，粵軍第4師開抵烏逕。陳濟棠命其獨立第3、5師趕到南雄與第4師匯合，並以一部兵力向中站方向出擊。這路兵馬已於當天到達新逕。

針對粵軍動態，毛澤東、朱德、王稼祥命紅3軍團和第12 軍負責殲滅南雄粵軍，命紅5軍團和獨立第3、6師負責殲滅粵軍第4師。8日凌晨，紅5軍團在向烏逕開進途中發現粵軍第4師由湞水南岸向南雄逃躥，當即趕至水口阻擊。當天下午，紅5軍團以第13軍擔任正面攻擊，以第3軍從左翼渡河繞至粵軍後面， 將粵軍兩個團擊潰。粵第4師見退路已斷，于當晚退守水口圩高地，等待援兵搭救。

為加強對戰爭的組織與領導，周恩來於25日在瑞金主持召開蘇區中央局會議，決定在蘇維埃政府人民委員會下仿蘇聯內戰例，組織勞動與戰爭委員會，周恩來任主席，負責主持計劃並指導關於革命戰爭的一切軍事、經濟、財政、勞動的動員事宜。