新四軍在初戰取勝后，要求與韓德勤談判以解決糾紛，蘇北名流韓國鈞等對此極為贊同，於9月中旬出面邀請蘇北紳商各界名流在海安舉行座談會，要求蘇北各軍停止內戰一致抗日。陳毅複電表示同意和解，並顧全大局，按照韓德勤的要求讓出了姜堰，這一舉動深得各界的欽佩。韓德勤無意和解，要求新四軍開回江南，並在所辦報紙上攻擊為和平奔走的士紳們是「親共分子」、「失意政客」，甚至指責他們是「漢奸敵探」，士紳們一見此報紛紛拍桌而起，韓國鈞怒罵：「賊子無信，天必殛之」，並勸陳毅速做應戰準備。

新四軍屬第三戰區。1939年初，新四軍江南部隊陳毅部不顧重慶的限制，派管文蔚等率一團兵力渡過長江，進入蘇北，在沿江的儀征、揚州、泰州一帶活動，創立了以黃橋為中心的抗日根據地。

皖南事變后，蔣介石立即宣布新四軍為「叛軍」，下令撤銷新四軍的番號，將軍長葉挺交軍法審判read.99csw.com。周恩來聞訊后，立即向國民黨及重慶政府提出強烈抗議，他在重慶出版的《新華日報》上痛心地寫道：「千古奇冤，江南一葉。同室操戈，相煎何急！」

1940年7月，江南指揮部渡江到達了蘇北，改稱蘇北指揮部，率部東進黃橋等地。江蘇省主席兼蘇魯戰區副總司令韓德勤以10萬兵力在蘇北活動，他將新四軍在黃橋建立根據地的舉動視為侵入自己的防區，將新四軍看成莫大的威脅，於9月初舉兵進攻新四軍。李長江、李明揚等部雖奉命同行，但無意與新四軍為敵。新四軍先後在營溪、姜堰等地使韓軍的士氣受到了抑制。

1月6日，新四軍在茂林、涇縣等地遇到國民黨軍隊的攔擊。蔣介石在重慶下了討伐新四軍的命令，新四軍在國民黨軍隊的優勢兵力包圍下陷入絕境。新四軍血戰近9晝夜，終因彈盡糧絕，除1000多人突圍外，大部陣亡或被俘。副軍長項英、政治部主read.99csw.com任袁國平等高級幹部遇害，軍長葉挺在下山準備與國民黨軍隊談判時被扣押。這便是震驚中外的皖南事變。

蔣介石及第三戰區司令長官顧祝同等對韓德勤部在蘇北失敗極為惱怒，但對蘇北的新四軍又無可奈何，便將反共重點移往皖南的新四軍。1940年10月19日，國民政府軍事委員會正、副參謀長何應欽、白崇禧致電朱德、彭德懷與葉挺，指責八路軍、新四軍不守戰區範圍自由行動，不遵守編製數量自由擴充，不服從中央命令，擾亂行政系統，不打敵寇專事并吞友軍等，強令八路軍與新四軍執行《中央提示案》，在收到電報1個月內必須全部開往黃河以北地區。

1939年11月，新四軍第一、二支隊合併成立江南指揮部，由陳毅、粟裕任正、副指揮。

延安對皖南事變做出了強烈的反應。中共中央革命軍事委員會公布了重建新四軍軍部的命令，任命陳毅為新四軍代理軍長，劉少奇為九-九-藏-書政治委員。陳毅等在就職通電中宣布：「誓遵三民主義，服從總理遺囑，與萬惡敵人日本帝國主義及其走狗中國親日派奮鬥到底。」新四軍共編成7個師與1個獨立旅，總兵力有9萬多人。中共中央決定中共參政員不出席參政會會議以示抗議，並向重慶政府提出解決皖南事變的12條善後辦法。主要內容是：懲辦何應欽、顧祝同、上官雲相3禍首；恢復新四軍番號及葉挺自由，交還被俘人員，撫恤傷亡官兵；廢止一黨專政；釋放一切愛國的政治犯；平毀西北的封鎖線等。蔣介石迫於內外壓力，向共產黨表示了緩和姿態，他在國民參政會上雖然仍強調「軍令」必須統一，但也表示「決不忍再見所謂『剿共』的軍事，更不忍以後再聞有此種『剿共』之不祥名詞留于中國歷史之中」。共產黨不欲抗日統一戰線完全破裂，也逐漸採取了緩和態度，爭端暫時平息。但經皖南事變的刺|激，此後國共之間只保持了非常低調的關係。

9九_九_藏_書月底10月初，韓德勤親率主力3萬多人向黃橋進發，新四軍僅有7000多人的兵力，但憑巧妙的戰術和堅強的意志，大敗韓德勤軍。韓部第八十九軍等主力1萬多人被消滅，旅長翁達自殺，軍長李守維在逃跑中落水身亡。韓德勤率殘部退保興化。

共產黨對何應欽、白崇禧的電報做了回答，不同意新四軍、八路軍撤往黃河以北，同時也做出讓步，同意將皖南新四軍遷至長江以北。11月14日，軍令部按照蔣介石的命令擬定了《剿滅黃河以南匪軍作戰計劃》，令第三戰區司令長官顧祝同著手軍事解決皖南新四軍，內戰的威脅已經迫在眉睫。12月9日，蔣介石秘密下達了《解決江南新四軍方案》，顧祝同遵照蔣介石的命令對圍攻皖南新四軍做了布置。由第三十二集團軍總司令上官雲相擔任前線總指揮，調集了7個師1個旅的兵力用來圍攻新四軍。上官雲相率圍攻部隊進入茂林、涇縣、南陵等地設伏。在江北，李品仙部數萬人在九*九*藏*書江北布防阻截，搗毀江北渡口，焚燒渡船，欲與上官雲相部夾攻準備渡江北上的新四軍。

從盧溝橋事變爆發到武漢失守，這段時期是國共兩黨的蜜月時代。但八路軍、新四軍的急速發展引起了國民黨的嚴重不安，而在基層，雙方軍隊圍繞補給、兵源等問題的矛盾衝突日漸嚴重。在正面戰場戰線穩定以後，國民黨方面開始限制共產黨及其武裝的發展，國共衝突逐漸上升到了高層。雙方的衝突在新四軍問題上公開爆發了。

黃橋一戰，決定了新四軍在蘇北一帶的優勢地位，新四軍蘇北部隊連克海安、東台等地。10月10日，先鋒部隊與黃克誠所率南下八路軍先頭部隊在東台白駒鎮會師，建立起了鞏固的蘇中與蘇北抗日根據地。

1941年1月4日，皖南新四軍軍部、直屬機關及其他部隊共9000多人冒雨由雲嶺起程，按照顧祝同指定的路線準備取道茂林等地到達蘇南，然後再渡江北上。他們沒有料到等待他們的是一個早已布置好的圈套。