9月10日，他向離京奔赴各地的首都紅衛兵提出：紅衛兵應是一支戰鬥隊、學習隊、宣傳隊。「戰鬥」指的是進行文斗而不是武鬥；「學習」就是要作調查研究，要進行科學分析，要有冷靜的頭腦；「宣傳」就是講政策、講實際、講界限，不盲目行動，不強加於人。「因為你們還很年輕，你們的知識畢竟有限，你們知道的各方面的情況和黨的政策是很不完全的。……你們會遇到許多不熟悉的事情，因此要堅持『沒有調查，就沒有發言權』的原則。」「（對毛主席著作）單單學語錄是不夠的，還要看全文才能懂得毛主席如何根據當時中國的情況創造性地發展了馬列主義，才能看到文章的時代背景和偉大的前途，否則絕不是真正學懂了。」「當前無產階級文化大革命的重點是文教機關，而工廠、農村、服務性的行業應由那裡的幹部群眾自己進行文化大革命，你們可以去進行必要的革命串連，但不能像在學校里一樣，衝進去，要到哪裡就到哪裡。我們是無產階級專政的國家，要有革命的秩序、建設的秩序。」「邊疆的省份，靠邊境的城市、集鎮和邊防點你們不要去。這些地方的每一個行動都關係到很多政策，如對外的政策、民族的政策等。那裡宗教信仰常常和民族問題結合在一起，人們有自己的風俗習慣，即使改變也需要時間。」「總之，你們要團結一切可以團結的人們，包括愛國的剝削階級知識分子、剝削階級家庭出身的其他人士，甚至剝削階級分子本身。」

9月13日，周恩來更明確提出：「黑幫」這個名稱不能亂用。「犯路線錯誤的是否就是不革命、反黨反社會主義？不能這麼說，沒有這個定義。」「去上海的同學問我，是否給上海市委去過電話，說『上海市委是革命的』。我確實這樣講過。因https://read.99csw.com為今天我們沒有充分的材料，證明上海市委是黑幫、是不革命的。」

周恩來親自向紅衛兵宣講解釋黨的政策，在全國引起了巨大反響，「一致認為解決了很多思想問題和政策問題」。北京和各地的紅衛兵組織大量傳抄、翻印的中央領導人的講話中，周恩來的講話佔了很大比重。由於周恩來的地位、聲望，尤其是他入情入理、循循善誘、平等待人的講話風格和處處體現出來的廣博的知識、寬闊的胸懷，使許多青少年深受教育，得以啟示。以北京西城區紅衛兵糾察隊（后與東城區、海淀區紅衛兵糾察隊組成「首都紅衛兵聯合行動委員會」）為代表的一些學生組織，就是在周恩來等老一輩革命家的影響下，逐步有所覺悟，開始懷疑或抵制無政府主義的一些言行，並對中央文革小組產生不滿。

儘管難以黨中央和國務院的名義向紅衛兵頒布各種政策性規定了，周恩來仍沒有放棄對廣大青少年進行教育、勸導的責任。就在《意見》稿被否定后不久，他連續出席離京、在京和來京的三種類型的紅衛兵會議，針對實際情況和問題，耐心宣傳解釋黨的各項政策和國家法律。

從第二天起的半個月內，周恩來一連4次接見西安絕食學生代表，耐心做他們的勸導工作。

9月3日，周恩來主持中央政治局常委碰頭會（從8月下旬起，中央文革小組全體成員出席該碰頭會），討論《有關紅衛兵的幾點意見（未定稿）》。會上，陶鑄、陳毅、王任重等都明確表示贊同向紅衛兵講政策。而康生卻唱反調說：「十個問題，需不需要講？我看有代替的危險。」姚文元也話中有話地提出：「應該用階級分析講政策。」由於中央文革小組成員的反對，這個《意見》稿最終還是夭折了。

「我一ｈｔｔｐｓ://rｅａd.９９csw•ｃoｍ直在等待你們！你們沒吃飯、沒治病，我怎麼能睡覺啊？你們提出的問題都好商量，你們有權提出要求。有些是馬上可以辦的，有些要經過中央討論，我不能馬上回答。你們不吃飯，我們心裡不安。在毛主席的新中國，怎麼能絕食呢？我們不責怪你們，而是勸導你們。光憑這個熱情，會得到你們所不希望的後果。你們要求把問題提到毛主席面前，要他考慮。你們從一方面看，他要從全局看；你們是從一個時候看的，毛主席、黨中央是從整個歷史看的。很多問題不像你們想的那樣簡單。你們的要求，我接過來，但不能馬上回答。這24位同學有意見，完全可以派代表來京面談，我可以派飛機把你們送來。你們趕快治病，再不吃飯，我們心裏就不安。」

9月下旬，周恩來和陶鑄聯名致信毛澤東、林彪，反映一些地區連續發生的紅衛兵違反政策的情況。關於上海問題，24日的信中通告：「最嚴重和急迫的就是他們要在明（二十五）日舉行帶一二百資本家遊街示眾，市委勸阻無效」。為此，中央決定給上海市委和北京赴滬紅衛兵發緊急指示制止。26日的信中提出：「鑒於各地醫院領導不少癱瘓，院中紅衛兵對專家醫生打擊面過大，大家一致主張支持華東局的意見，並且認為醫院紅衛兵要做到自動取消為好。」

8月底9月初，周恩來親自起草了《有關紅衛兵的幾點意見（未定稿）》，共包括10條內容。《意見》強調：「目前最急迫的任務是組織起來，學習和掌握政策」，「不能各自為我，違反紀律」。針對已在全國掀起的紅衛兵大串連風潮，周恩來這樣寫道：「我們提醒你們，實行革命串連，要保障黨和國家的首腦部門、要害部門和宣傳工具……工作不受影響，安全不遭危害，機九-九-藏-書密不致外泄，檔案不致遺失，財產不受損失。要保證國家的專政工具正常行使職能。要保證交通運輸機構照常運行，不受阻擾。要保證黨和國家的對外關係和活動不受影響。」「我們還要提醒你們，同廠礦、科研機關和服務性行業實行革命串連，要保障廠礦的生產和基本建設不受影響，科研機關的科學實驗和中間性生產不致停頓，尖端技術的廠區不被闖入，尖端技術資料不受損失，服務醫療事業不致中斷。」《意見》還就紅衛兵的組織形式、鬥爭方法和策略等作出一些具體規定。

儘管青少年無知、狂熱的行動使得周恩來負擔加重，日夜操勞，他仍絲毫不減對後代的極端負責和真誠愛護的情感。9月9日，他直接與西北工業大學（西安）絕食學生代表通電話：

對於各地頻繁發生的各種涉及政策法律的事情，周恩來更是不推不拖，親自解決處理。9月19日，他對中央給中共吉林省委《關於被批判、鬥爭對象工資處理問題的請示報告》的批複稿作了修改，並將報告中「凡屬定性的，暫時只發給其本人及需要由他供養的家屬生活費」一句，改作：「即使已定性的，也暫不改變。如本人少領工資，或捐獻一部分工資做黨費，聽其自願，但不強求，也不許其由減少用費而致病」。將報告中「凡未定性的，工資可暫發給」一句，改為：「凡未定性的，工資仍照舊」。

為阻止紅衛兵的一些過激行為，並避免由此引起連鎖反應，周恩來還以中央名義起草電文，指示華東局和上海市委，要他們轉告「首都紅衛兵南下兵團」及在滬的北京其他紅衛兵組織，立即結束在滬活動，返回北京。

周恩來不僅自己帶頭做青少年的教育工作，還要求各級黨政主要領導幹部丟掉「怕」字，放下包袱，到群眾裏面去，親自宣傳解釋黨的政策ｈｔｔpｓ://rｅａd•99cｓｗ•coｍ，勸阻違背政策和法律的極端行動，以體現黨對運動的領導。同時，周恩來主持的中央政治局常委碰頭會還商定，為抓緊研究有關社會政策問題，先由各有關方面負責人組織收集材料，進行研究，提出問題和初步處理意見，而後報毛澤東和黨中央批准。

鑒於北京紅衛兵「破四舊」中發生的種種情況，周恩來不難想象全國各地已經和即將要發生的各類問題。他這時的想法是，由黨中央下達一份有關紅衛兵的文件，以便對全國紅衛兵的行動加以指導、約束。在8月31日接見大會上，周恩來號召紅衛兵要向解放軍學習，遵守「三大紀律八項注意」，保護群眾利益，保衛國家財產，造成良好的社會主義的新風氣；並宣布了中央關於各地大中學生分期分批來京串連的決定。第二天，他又在首都大中學校紅衛兵代表座談會上提出：當前紅衛兵面臨的兩大問題，一是組織起來，二是學習政策，為此，有必要搞一個紅衛兵的章程。

同一天，周恩來出席北京市大中學校紅衛兵代表座談會，並發表長篇講話。在談到黨的幹部問題時，他指出：「不能說全國的大學、中學里所有的領導都是『走資本主義道路的當權派』。領導中有正確的、積極的因素，不能說一切都是壞的。也不能說所有黨政機關的當權派都是『走資本主義道路』，如果都是，那我們的無產階級專政，毛主席的英明領導，不是在這些地方落空了嗎？」「某些領導機關的某些領導同志犯了錯誤，而這個錯誤即使是某一個時期的路線錯誤、方向錯誤，也不能畫等號就是『黑幫』。」「所以，不是一切領導機關都要『炮打』，也不是一切領導人都是路線錯誤、方向錯誤，更不是一切領導人都是『黑幫』。……即使不看作一切，而看作是絕大多數，也不合適，因為不合乎事實嘛。」在https://read.99csw.com談到「炮打司令部」時，他說：「你們傳了一個口號，叫『炮打司令部』。我在這裏申明，對毛主席的話，一定要經過毛主席本人批准，由新華社、《人民日報》、《解放軍報》、人民出版社發表，或由各級黨委正式傳達的為準，不能以社會上流傳的作根據。……『炮打司令部』是有所指的，不能亂打一通，不能對一切司令部都炮擊，不能把一切領導都打成『黑幫』『黑線』。」

自8月下旬開始，北京一些大中學校的紅衛兵先後離京「南下」、「北上」、「東進」、「西征」，向全國播撒「文化大革命」的火種。與此同時，各地的紅衛兵也紛紛湧入北京，接受毛澤東的檢閱，取首都紅衛兵「造反」之「經」。至28日，外地來京學生已達14萬人。在31日毛澤東第二次接見紅衛兵后，出入北京的學生人數更逐日遞增。在這之後，每天來往北京的紅衛兵成倍增加，已難以數計。為安排好來京紅衛兵的吃住問題，周恩來想方設法，費盡了心思，最後就連中南海國務院辦公的地方也住進了幾千名紅衛兵。

這樣，僅在9月份里，周恩來接見北京和各地的紅衛兵就達20多（場）次，所談內容涉及黨的幹部、民主黨派、知名人士、民族資產階級、知識分子、民族、宗教、華僑、外事等各個方面的政策性問題。為最大限度地利用宣傳場地，北京的一些大小禮堂和體育場館里，都留下周恩來那不知疲倦的身影。

在千方百計安排好來京紅衛兵的日常生活、組織好毛澤東一次次接見活動的同時，周恩來集中考慮的一個問題，就是如何向北京、向全國的紅衛兵進一步講解黨的各項政策。

9月下旬，周恩來接見來京的哈爾濱軍事工程學院的三個紅衛兵組織代表時，再次批駁了「黑幫」「黑線」的說法，指出：這不是毛澤東思想，不是馬列主義的科學語言。