這次「三省聯合大討伐」原來計劃分為3個階段。1939年10月至1940年4月為第一階段，「討伐」的重點為偽通化省各縣和偽吉林省的樺甸縣。主要目標是東北抗聯第1路軍司令部、警衛旅及第1方面軍。1940年4月至9月為第二階段，日偽軍進行了「春夏季討伐」，「討伐」的重點分別為偽間島省的安圖、和龍、汪清，偽牡丹江省的寧安、東寧，偽吉林省的舒蘭、偽濱江省的五常等地，主要目標分別為東北抗聯第1路軍第2方面軍、總司令部、警衛旅和第3方面軍。1940年9月至1941年3月為第三階段，在第一、二階段「討伐」的基礎上，積極追擊抗聯1路軍3個方面軍剩餘部隊，破壞其越冬準備工作，以分區「討伐」消滅抗日部隊，鞏固地區治安。

1939年春，敵又在日軍和偽軍中分別組成挺進隊，在偽警察中組成特別工作隊，專門對東北抗聯第1路軍的領導人及所帶領的部隊進行「討伐」與捕殺，並通過組織「特別工作隊」、特搜班、特務班等打入抗日武裝內部進行政治誘降和思想瓦解。

第一，加緊推行所謂「匪民分離」政策。一是進一步強化保甲連坐制度，如發現一人「通匪」，則全家斬首，鄰里之人也均要被處以罰金。為了鼓勵鄰里之間互相監視，又規定如果事先告發與抗日聯軍有聯繫的人，則可以減免罰金。二是進一步強化「集團部落」政策，繼續在偽通化、吉林、間島等省增建「hｔｔｐs://rｅａｄ•9９csｗ•com集團部落」，加強其防衛設施。此外，日偽還於1939年6月，由偽治安部派出50餘名指紋管理技術人員到「討伐」地區，協助辦理髮放按有指紋的居民證，以便在「討伐」中隨時檢查民眾，防止抗日武裝人員藏匿在民眾之中。

第二，對抗日聯軍加緊經濟封鎖，斷絕糧道。日偽除在全偽滿對糧食供應實行統制，不準交易外，在「討伐」區內，還對糧食與生活必需品實行專賣配給制，每次配給居民的糧食等物，僅夠居民用兩三天的，以此來防止抗聯人員從民眾中得到糧食和生活用品。1939年和1940年兩年間，每年從8月中旬至10月初，都強迫「討伐」區的農民不等莊稼成熟就提前收割，然後把收割完的莊稼，集中運到指定地點由軍警看守，以防止糧食流入到抗聯人員手中。

除了瘋狂的軍事「討伐」之外，日偽還在這次「三省聯合大討伐」期間，在「討伐」地區加緊進行一系列所謂「治本」和「思想工作」，實施一系列反動政策和措施。主要內容有以下幾個方面：

第三，加緊整修警備道路、警備通信設施。在一年半大「討伐」期間，日偽當局在偽通化、吉林、間島三省新增修警備道路20餘條，其中偽吉林省修築了十余條，新修警備道路70公里，補修警備道路260公里，新架警備電話線100公里，修理電線500公里。偽通化省延長警備道路312公里。

rｅaｄ.9９ｃｓｗ•ｃｏm參加「討伐」的偽軍有：第2軍管區的步兵第2旅、騎兵第2旅、第2教導隊，第8軍管區的第1、第2、第3混成旅、第8教導隊，第6軍管區的1個旅，第7軍管區的1個旅，第1軍管區的步兵第5團，以及通信部隊與汽車隊等，總計有兵力2.5萬餘人。

在參謀部內還編有3個工作隊，專門進行政治誘降等工作：第一工作隊下設特設游擊隊和憲兵工作班；第二工作隊下設瀠江班、樺甸班與輝南班；第三工作隊下設安圖班、汪清班、延吉班和敦化班。警察部下設偽通化、吉林、間島等警察大隊，內部還設有特務搜查班、指紋班等機構。1939年5月，還在通化新成立了偽軍第8軍管區，管轄偽通化、安東兩省軍事，專門用來「討伐」在東邊道一帶活動的抗聯第1路軍。同年9月，又制訂了1939年10月至1941年3月的《東邊道治安肅正計劃》。隨後調兵遣將，於1939年10月，開始了「三省聯合大討伐」。

參加「討伐」的偽警察隊有：通化省警察隊（分10個「討伐」隊）、間島省警察隊（分5個討伐隊）、吉林省警察隊（分14個討伐隊）、牡丹江省警察隊、間島特設隊以及偽通化省全部9縣、偽間島省全部5縣，偽吉林省的磐石、樺甸、敦化、蛟河、舒蘭等縣和偽牡丹江省寧安縣的警察隊。還有偽通化、間島、吉林三省及下屬各縣由警察組織的特別搜查隊。此外，還有東南部地區的各偽森read.9９cｓｗ.coｍ林警察隊、偽新京警察學校的學兵隊、偽營口海上警察隊的兩架飛機，以及偽錦州、奉天、濱江等省的警察增援隊，共計有警察隊約3萬餘人。

三江地區的「大討伐」結束后，日偽當局又把「治安肅正」的重點轉到了東南部的偽通化、吉林、間島三省，于當年10月至1941年3月，進行長達一年半的「三省聯合大討伐」，也稱「東南部治安肅正」或「野副大討伐」。

參加這次「討伐」的日偽軍警計有6萬餘人，其中日軍有關東軍獨立守備隊第5、9、21、7、8、4等6個大隊，后又增加19、20兩個大隊，另有20個無線電分隊。各大隊還分別有由憲兵部配備的日本憲兵多名。總計日軍兵力為6400餘人。

第四，不準民眾在鐵路、公路兩旁種植高粱等作物，不準農民在山坡谷地開荒種地。還砍伐掉鐵路、公路兩側50米以內的樹木。如在偽吉林省，砍伐道路兩側50米以內的樹木即達200公里。同時鐵路警護隊加緊在鐵路沿線和火車上對旅客及行人進行盤查。

第六，利用憲兵工作班、警察特搜班等組織，在「討伐」區域大肆搜集情報，進行誘降活動。其誘降方法除直接對抗聯人員進行政治誘降、思想瓦解外，還威脅利誘抗聯人員中的變節投降分子，或通過抗聯人員的親屬進行勸降活動。對已降敵的人員，則被編成警察隊、特設隊、特別工作班，利用他們對抗聯熟悉的特點，討伐抗聯部隊，破壞抗聯的密營九*九*藏*書、山寨，捕殺抗聯領導骨幹。

在這次大「討伐」前，日偽進行了一些準備工作。1939年5月，在吉林市組成了以關東軍第2獨立守備隊司令官野副昌德少將為首的「討伐司令部」。「討伐司令部」內設參謀部、憲兵部、警察部和偽滿軍、偽滿鐵路警護隊、偽法院、偽協和會、偽行政聯絡部等。其中核心機構是參謀部與警察部。

第五，燒毀抗聯部隊棲身的山寨、房屋。據資料記載，自1939年10月至1940年末，日偽軍警在「三省聯合大討伐」中，共搗毀山寨2085個。1939年10月至1940年4月，偽吉林省「討伐」隊在敦化、樺甸、蛟河、安圖、漾江等5縣共燒毀山間房屋230棟。

第七，進行所謂的「思想討伐」和「文化討伐」。從1940年3月開始，野副討伐司令部每隔半個月，都要在吉林市召開一次會議，有討伐司令部參謀、憲兵、警察等部部長參加，專門研究從文化思想方面如何鎮壓東北抗聯的措施。還派出大批偽協和會人員和偽行政人員，在「討伐」地區各地組成「宣撫班」，構成「宣撫網」，對抗日軍民大肆進行「宣撫活動」。同時還向「討伐」區域大量散發反共傳單和色情照片、淫穢書刊，以期對抗聯人員進行思想腐蝕和精神打擊。為了策動抗聯內部的分化，捕殺抗聯高級將領，1939年4月偽治安部還制定了捕殺抗聯及抗日軍高中級幹部的賞金規定，其中規定殺害抗聯軍長者賞金1萬元，殺害師長https://read.99csw.com賞金5000元，殺害團長、參謀長賞金2000元，其他人賞金1000元或酌情給以獎勵。

這次「三省聯合大討伐」，日偽仍然採取「治標」與「治本」和「思想工作」相結合的辦法進行。在「治標」方面，以日軍為主，偽軍則受日軍部隊長直接指揮，同時又利用各省的大批偽警察隊參加軍事「討伐」。

在「討伐」中，將被「討伐」的區劃分為東、南、西、北、東北5個地區。其中「南地區」包括偽通化省全部，「西地區」包括偽吉林省東部（即吉林地區），都是抗聯第1軍活動的區域。各「討伐」區都以日本獨立守備隊某大隊為首，指揮偽軍、偽警察隊等兵力，分別以東北抗聯第1路軍在該地區活動的部隊為主要目標進行瘋狂「討伐」。在「討伐」中採取分兵包圍、輪番掃蕩、來回拉網、尾追到底的戰術，逼迫抗日武裝與之頻繁交戰，不得休整，妄圖把抗聯第1路軍等各部隊分割吃掉。

這次大「討伐」以東北抗聯第1路軍為主攻目標，「討伐」地區有偽間島省、通化省全部、偽吉林省東部的磐石、樺甸、敦化、蛟河、舒蘭等縣和偽牡丹江省的寧安縣。

1937年7月開始，根據日偽制訂的「三年肅正計劃」，日偽當局調集5萬余兵力，對三江地區進行長達一年半的「大討伐」。與此同時，日偽仍在偽通化省及間島省大部、吉林省東部，繼續進行「治安肅正」工作。仍有約兩萬余兵力，分佈在偽通化、間島、吉林等省各地，對抗日軍民進行「討伐」。