根據毛澤東的指示，為實現魯南戰役第二步殲滅馮治安部的任務，陳毅、粟裕於3日晚即下達追擊馮部的預先號令：右縱隊全部進襲嶧縣；第1縱隊南下四戶、岔河鎮、邳縣，截擊整編第59師；華中野戰軍第1師即沿蘭陵、台兒庄公路兩側進逼台兒庄，並搶佔台兒庄以西的萬年閘，截斷整編第77師退路；各部應於4日全殲整編第26師後於當晚立即行動。

陳毅、粟裕根據當前實際情況及中共中央軍委在魯南創造戰場，打大殲滅戰的方針，配合劉伯承、鄧小平大軍南出隴海，威逼徐州的形勢，乃決定轉移主力，攻取九*九*藏*書嶧縣、棗莊，全殲國民黨整編第51師，開闢魯南戰場，具體部署如下：

但當時各部隊對連續作戰，乘勝擴大戰果的認識較差，且各部均有大批俘虜及戰利品拖累，遲遲不動。雖經嚴厲督促，到5日晚才開始出動，戰機已失。馮治安部已於5日迅速撤回運河以西原防固守，未能截斷馮部退路。台兒庄工事堅固，不易攻殲，且整編第11師於6日從宿遷全部西調，有北援可能。因此不得不放棄殲滅馮部的計劃。

第四、此時薛岳必從蘇中、蘇北抽調10個旅左右及從他處調動幾個旅（例如64師rｅad•９９ｃsw•cｏm、14師等），估計共可有15個旅左右布防隴海線並企圖恢復台、嶧線，其時間約需三星期。

第六、因此你們在佔領嶧、台、邳后不要輕動，不要去打海州，也不要去打74師、11師，而要休整部隊，鞏固勝利，並吸引74師、11師（可能還有4師、44師等部）北上到你們面前適當地區，然後殲滅之最為有利。

第八、在殲滅馮部佔領嶧、台後，為著創造戰場之目的，可考慮殲滅51師，佔領棗莊，前鋒可過運河控制隴海線。9縱全部應去淮北睢、宿、靈、泗地區恢復工作。皮旅應去鹽阜九-九-藏-書地區，堅持工作。2師、2縱、7師（共20個團）亦應休整補充，準備參加新的大會戰。沭陽暫時的得失，無足輕重。總之一切以打大殲滅戰為目標，望按此方針部署工作。

第一、徹底殲滅26師甚好甚慰，全軍將士傳令嘉獎。

為確保嶧縣、棗莊戰鬥勝利，調第2縱隊、華中野戰軍第6師移到隴海路以北郯城、碼頭，並西進到蘭台路以東、沂河以西地區，隱蔽集結待機，側擊台兒庄敵之北援；第7師則自沭陽沿路阻擊南線敵之北進至新安鎮。為指揮方便，由粟裕帶華中野戰軍電台組成臨時指揮所，親臨嶧棗前線九_九_藏_書指揮；陳毅帶山東野戰軍電台留蘭陵附近，處理戰利品及部隊整編事宜。

第二、第二步任務殲滅馮部2師4旅，估計可能用追擊戰方式解決一部，但要全部解決並收復嶧、台、邳堡壘線，或需一周以上時間才能完成任務。

第五、在殲滅馮部，佔領台、嶧，並休整部隊后，你們任務就是殲滅隴海線上或其南北地區新來之敵，在這一線打仗可以展開大軍，打更大的殲滅戰。那時你們應當集中40個團左右兵力並有充分準備，以期一次殲敵五六個旅。

第三、上述任務完成後，魯南全軍應在嶧、台、邳線附近地區休整兩三星期，補充新兵，恢ｈｔtｐs://read•9９ｃｓｗ•cｏm復疲勞，準備再戰。

魯南戰役第一階段勝利結束后，中共中央軍委對下一階段的作戰方針做出明確指示。1月5日毛澤東致電陳毅、粟裕，並告劉伯承、鄧小平：

以第4、第9、第8師和警備旅攻殲嶧縣之敵；以華中野戰軍第1師攻殲棗莊之敵；第1縱隊附第13旅控制嶧縣南文青山、望仙山、白山一帶陣地，準備打台兒庄、韓庄北援之敵；第10師控制臨棗線阻敵東援。

第七、只有吸引敵人北上再打三四個宿東、魯南這樣的大殲滅戰，蘇中、蘇北失地才能收復。不要在未殲滅敵人主力之前過早企圖收復失地，收復嶧、台線之目的在於創造戰場。