2000年10月美國「科爾」號驅逐艦遇襲后，國防情報局反恐辦公室改組為「聯合反恐分析中心」（Joint Terrorism Analysis Center）；2001年9月11日世貿中心恐怖襲擊后，聯合反恐分析中心得到擴編，後來成為「聯合情報特混部隊——打擊恐怖主義」（Joint Intelligence Task Force-Combating Terrorism）。2001年9月底，國防九*九*藏*書部長唐納德·拉姆斯菲爾德（Donald Rumsfeld）向中央情報局長喬治·特納遞交了一份來自國防情報局長，海軍上將托馬斯·威爾遜的建議，提出建立一個加強型的聯合情報特混部隊。威爾遜的報告，將聯合情報特混部隊鼓動宣傳為一場支持主動進攻、統一的全國性反恐戰役，起到警示武裝力量保護國土安全作用，以期建立單一集中的情報機構。它的使命就是「製作提供可實際操作的情報，通過暴露和利read.99csw.com用恐怖分子的弱點和脆弱性，以推動計劃和實施」，這份建議將特混部隊描述定義為運作一個融合中心，從美國情報界、執法部門以及個別團體和聯盟獲取情報信息。威爾遜建議，特混部隊必須在位於博林空軍基地國防情報局總部內辦公，目前是一個擁有700多專職人才的隊伍。

國防部情報局長弗林進行的重組，促成五個中心的建立，向軍隊提供幫助：「美國中心」（Americas Center）、「亞太中心https://read.99csw.com」（Asia/Pacific Center）、「歐洲/歐亞中心」（Europe/Eurasia Center）、「中東/非洲中心」（Middle East/Africa Center）和「國防打擊恐怖主義中心」（Defense Combating Terrorism Center）。弗林表示，這些中心具備三個特性：（1）融合分析與搜集職責（基於伊拉克、阿富汗和其他地區的經驗，這種融九-九-藏-書合是情報產出與支持最成功的模式）；（2）靈活性，小組成員不再受制於部門界限；（3）整合，每個中心在整個情報界都有跨部門的介入，與作戰司令部和情報機構都保持著密切關係。2013年9月，中東/非洲中心，與中央司令部、聯合參謀部、國防部長辦公室、國家情報總監辦公室以及白宮密切協調合作，負責國防情報局對敘利亞危機的評估。國防打擊恐怖主義中心的建立是國防情報局對反恐局勢分析發展變化的成果。

威爾遜的建議獲得准允，201九*九*藏*書2年，「聯合情報特混部隊——打擊恐怖主義」變成「國防打擊恐怖主義中心」。它集中了涉及與恐怖主義的全國所有渠道的情報，在美國情報界內作為國防部高級代表，向國防部各部門和作戰司令部提供威脅預警、建議和協調預警。中心的分析專家撰寫編製針對國防部人員和設施可能發生恐怖威脅的每日評估。這個特混部隊針對審訊、問詢、人力情報搜集和執法行動提供分析支持，包括試圖阻止恐怖分子旅行的行動。它的開發部門還為參与審訊和問詢的人員制定指導方針原則。