2005年3月，美國大規模殺傷性武器情報能力委員會（Committee on the Intelligence Capabilities of the United States Regarding Weapons of Mass Destruction）建議在聯邦調查局內部成立一個新的國家安全局，隸屬於單獨的執行助理局長，以確保聯邦調查局的情報單位更好接受國家情報總監的指揮，並「充分利用聯邦調查局的進展」。該委員會還建議這個新的機構要包括聯邦調查局的反恐和反情報部門以及情報處。情報處建立於「9·11」之後，過去一直是情報辦公室，職責是實施聯邦調查局的情報戰略、監管聯邦調查局的情報搜集和分析，並負責分析人員招募和培訓。後來，《2004年情報改革和反恐法案》將情報辦公室改為情報處，該處的主要職責是「監管聯邦調查局內所有國家情報工作的項目和活動」。

截至1970年，聯邦調查局一直在10個使館中派駐代表擔任法律隨員。他們的正式職能是就共同關注的問題與駐在國家警察機構進行聯絡，並處理美國公民遇到的法律難題。1970年這一年，聯邦調查局派駐代表的使館數量增加到20個，並要求特工搜集對外情報，尤其關注那些被海外特工認定為高層次的情報。某些材料通過非常規的渠道遞交給高層官員們，包括基辛格。胡佛於1972年去世，在聯邦調查局有關行動被曝光之後，這個項目被中止，聯邦調查局派駐海外代表的使館數量被減少到15個。

作為回應，2005年9月12日，聯邦調查局正式建立了一個國家安全分局（National read.99csw.comSecurity Branch），由負責反恐和反情報部門、情報處的執行助理局長領導。這個部門負責聯邦調查局的所有情報功能，從總部進行管理，每個區域分部通過外勤情報小組（Field Intelligence Groups）開展工作，2014年3月時共有56個小組。2009年1月，該部門增加了一個地理空間情報單位。2006年7月26日，國家安全分局增加了一個大規模殺傷性武器處，據聯邦調查局局長羅伯特·米勒說，這個處將「研究一場大規模殺傷性武器襲擊造成的後果，提高我們的備戰水平，協調政府應對大規模殺傷性武器襲擊的措施」。2007年，聯邦調查局對反情報部門進行了重組，合併了兩個負責國際恐怖主義的單位——負責基地組織的和負責更老牌組織（如真主黨）的，並通過熟悉特定世界區域和恐怖組織事務的主管官員開始傳送原始情報和相關威脅信息。2011年7月，聯邦調查局建立了一個反擴散中心，負責該局所有反擴散相關的調查，包括獲取「將有助於外國政府建設、使用、分享或販賣大規模殺傷性武器……導彈發射系統和/或空間或高級常規武器或部件」的信息和技術。米勒局長2013年在國會作證時，宣稱「這個中心將反情報部門的業務活動，大規模殺傷性武器處的專業知識，情報處的分析能力結合在了一起」。

1980年9月，聯合參謀部向兩名聯邦調查局官員簡述了支持對在伊朗的人質進行第二次營救嘗試的要求。其中一名官員是主管情報的助理副部長，其職責是協調對在美非美籍人士從事有關情報目的的工作。聯合參謀部要求聯邦調查局官員協助搜集與營救任務相關的信息，命令他們「尋找任何可能與營救任務相關的信息」和「他們可能發現的任何可在計劃中加以利用的伊朗方面的線索」。

聯邦調查局的職責主要是應對犯罪執法、國內反恐和國內反間諜領域，但該局在海外仍然是九*九*藏*書不可忽視的存在，其行動也偶爾會進入對外情報和反情報領域。

雖然這些辦公室不能搜集對外情報，但聯邦調查局一直涉及的國內活動也產生對外情報。12333號行政命令允許聯邦調查局「在總統指定的情報界官員提出要求時，在美國境內開展對外情報搜集活動，或支持情報界其他機構的對外情報搜集需求」。

恐怖襲擊之後的調查發現，聯邦調查局總部沒有跟進由明尼阿波利斯和鳳凰城分遣隊發來的可能揭露「9·11」陰謀的預警信息。其實在襲擊發生之前，長期以來一直存在著對該組織效率的擔心，因為聯邦調查局的文化深深地根植于執法和迅速逮捕罪犯的行動，而不擅長於對間諜和恐怖分子的耐心監控。緊隨「9·11」之後，不光有呼聲要重組聯邦調查局的國家安全工作，還有人建議要建立一個與英國安全局、澳大利亞安全情報組織、加拿大國家安全情報局類似的全新反恐和反情報機構。

聯邦調查局確實以法律隨員的形式在海外保持著大量的存在。該項目從20世紀90年代中期的23個駐外辦公室和70名特工開始，一直在擴大。1996年曾計劃在之後的4年內再增加23個辦公室和59名特工。到1998年年中時，已經在特拉維夫、比勒陀利亞、塔林、華沙、基輔建立了新的辦公室，還有一些城市正在計劃或考慮中。這種擴張的意圖是與外國的同行組織建立聯絡，共同調查國際恐怖主義、販毒和有組織犯罪。

圖5.7顯示了國家安全分局目前的組織架構圖。除了2個部、1個處和1個中心以外，還有一個恐怖分子篩查中心（Terrorist Screening Center）和高價值在押犯審訊小組（High-Value Detainee Interrogation Group）。中心的任務是強化聯邦政府篩查恐怖分子的方法，併為已知或有嫌疑的恐怖分子建立一個單獨的全面觀察名單。中心還負責確保當地、州和聯邦的篩查https://read.99csw.com人員們「能迅速獲得信息和專業知識」。高價值在押犯審訊小組是一個設在國家安全分局的跨部門機構，人員來自各種情報界組織。它的任務是「收集和調配國家最好的資源，從重要恐怖嫌疑人身上搜集情報，預防針對美國和其盟國的恐怖襲擊」。2010年4月19日，國家安全委員會簽發了《跨部門高價值在押犯審訊小組行動章程》。

2004年3月，聯邦調查局在46個國家設有法律隨員辦公室，共有大約119名特工和75名後勤人員。2007年10月，聯邦調查局有60個運作良好的法律隨員辦公室和15個辦事處，共有165名特工和103名後勤人員。到2010年8月，該項目隸屬於聯邦調查局的國際行動和法律隨員辦公室，有60個辦事處。司法部的一次審核認為，這些辦事處的調查重點「總體上反映了聯邦調查局的工作」。聯邦調查局和隨員辦公室的一級任務包括「對外情報、恐怖分子、直接威脅美國國家或經濟安全的犯罪行為」。表5.1列出了隨員辦公室的位置和它們的職責領域。

2003年，伴隨著美國入侵伊拉克，聯邦調查局發起了「烏雲行動」（Operation DARKENING CLOUDS），約談居住在美國的伊拉克人，這個行動目的是搜集超過13萬人的信息，因而必然會得到某些相關的外國情報信息。到2011年，隨著美國開展直接針對卡扎菲政府的軍事行動，聯邦調查局特工查詢了居住在美國的利比亞人，試圖找出利比亞支持的間諜或恐怖分子，並收集對聯合軍https://ｒｅad•９９cｓｗ.cｏm事行動有幫助的信息。

2005年6月29日，小布希總統在給負責國家安全的幾位官員（包括司法部長）的備忘錄中，下達了建立一個機構的命令，這個機構要「將聯邦調查局的反恐、反情報和情報單位的任務、能力和資源結合在一起」。備忘錄還借用了「9·11委員會」調查報告的用詞，指示司法部長「制定計劃，建立一支聯邦調查局國家安全系統的有生力量」。

1939年，羅斯福總統授權批准聯邦調查局搜集西半球的情報，聯邦調查局為了完成這項工作而專門成立了一個特別情報局（Special Intelligence Service）。特別情報局有近360名特工，大部分在墨西哥、阿根廷和巴西。二戰之後不久，雖然胡佛建議將該局的工作範圍擴大到全世界，但該局還是失去了對外情報的職能，這個職能先後由戰略服務處、當時的中央情報組和中央情報局承擔。

聯邦調查局至少兩次從事對外秘密搜集的嘗試已被曝光。在對智利前國防部長奧蘭多·勒特里爾（Orlando Letelier）謀殺案的調查中，聯邦調查局在智利經營了一名秘密特工。這名特工告訴聯邦調查局，右翼勢力的帕爾蒂亞·利伯塔德（Partia Libertad）雇傭智利的毒販謀殺了勒特里爾。但是，聯邦調查局的這個特工後來被發現曾是美國緝毒署的線人，幾年前因欺騙和道德敗壞被中斷聯繫並被列入了黑名單。相比之下，聯邦調查局另一個較成功的行動是在20世紀70年代，曾將一名年輕女情報員安置在一個早期訪華的左翼代表團中。

除人力情報外，國家安全分局行使其國內情報搜集職責所採取的方法包括，互聯網監控和電話通訊截聽（藉助其數據截聽技術部門Data Intercept Technology Unit）、直升飛機跟蹤（曾執行對位於華盛頓特區的中國新使館建設的拍攝任務）以及無人機。2013年7月，聯邦調查局呈遞給參議員蘭德·保羅（Ran九_九_藏_書d Paul）的一封信中寫道，「自2006年末以來，聯邦調查局在八起犯罪案件和兩起國家安全案件中使用無人機執行跟蹤任務」。過去，聯邦調查局所負責的外國情報活動相關的任務中，也包括直接針對華盛頓特區的外國使館的竊聽以及入室行動（屬於「秘密進入行動」Surreptitious Entry Program的一部分）。聯邦調查局對華盛頓特區的所有共產主義國家政府代表團的電話進行定期的監控。非共產主義國家政府的電話也被竊聽，尤其是正在與美國進行談判的那些國家，或者是正在經歷高速發展的那些國家。聯邦調查局曾一度對位於舊金山的某個盟國使團的電話也進行了竊聽。另外，聯邦調查局對諸多外國使館實施了入室行動以獲得密碼資料和其他外國情報。這兩類行動據報道仍在繼續實施。

聯邦調查局的內部結構極大地受到了2001年9月11日事件的影響。羅伯特·米勒（Robert Mueller）局長在2002年5月20日發給全體員工的信件中確認了聯邦調查局的十大重點。前三個重點是「保護美國不受恐怖襲擊」、「保護美國不被外國的情報活動和間諜活動所損害」和「保護美國遠離網路攻擊和高科技犯罪」。米勒在他的備忘錄中宣稱，該局的反恐目標是預防，這意味著「減少傳統的執法活動，更多地投入到情報和分析中」。

「美國遭受恐怖襲擊全國委員會」（National Committee on Terrorist Attacks Upon the United States）擔心建立一個新的國內情報機構會分散那些負責反恐任務的官員們的精力，而此時威脅仍然嚴峻，因此建議採取一種不那麼激進的改變。該委員會轉而建議，「應該在聯邦調查局建立起一支專業化的、綜合的國家安全有生力量，包括特工、分析人員、語言學家和偵察專家，通過招募、培訓、獎勵和再培訓，使情報和國家安全的深入專業化滲透到機構文化中並推動其發展。」