近年來，美國針對伊朗的秘密行動項目主要著眼于遲滯其開發核武器的進程。其中一項行動是關於阻止向伊朗出售鈾濃縮離心機使用的高質量真空泵（詳見第十一章）。這些真空泵在德國生產，第一手買家是橡樹嶺國家實驗室和洛斯阿拉莫斯國家實驗室，但是後來經過調試會在運行情況下發生故障。2010年的一項研究認為，伊朗的離心機只有20%的運行效率。一份國際原子能機構的報告認為，納坦茲地區在運行的鈾濃縮離心機有3936台，但是未運行的有4592台。從土耳其購買的發電機也是破壞行動的犧牲品。2006年，伊朗在納坦茲地區的核設施安裝的發電機組導致了50台離心機發生爆炸。

里根總統時期，「伊朗門事件」是國家安全委員會授權實施的一次秘密行動，受到廣泛關注。但是這次行動只是無數次針對伊朗實施的秘密行動中的一次。美國中央情報局在里根政府和老布希政府期間，受命對伊朗准軍事組織和流亡組織提供援助，以反制蘇聯對伊朗的影響，並且準備在應對霍梅尼政權垮台問題上發揮作用。最初階段的目標是將流亡組織以及仍在伊朗國內的支持者整合為一個聯盟，待時機成熟，將該https://read.99csw.com聯盟打造成影響伊朗未來發展的重要力量。

美國中央情報局計劃向伊朗方面提供有瑕疵但是技術前景較好的點火系統情報，以實現浪費伊朗核武器研發時間和資金的目的。這些具有瑕疵的技術方案是在美國能源部下屬多家國家實驗室專家的支持下完成制定的。一份備忘錄記載，國家實驗室一名工作人員認為，「需要花很長時間才能認識到這個先進的設計方案不適用於簡單的武器。」這句話的意思是，伊朗計劃製造的引爆裝置適用於蘇聯製造的先進武器，而不適用於伊朗製造的「初級」核彈。

2009年，小布希總統授權針對與伊朗核武器項目相關的電力系統、計算機系統以及其他網路實施破壞性的秘密行動。該行動的成果之一是美國與以色列聯合實施的計算機網路攻擊，代號為「OLYMPIC GAMES」，製造了著名的「震網」蠕蟲病毒。該病毒是針對伊朗離心機設計的，能夠改變離心機的馬達轉速，使馬達轉速時快時慢，從而導致離心機產生強烈振動變形，進而損壞離心機。這種蠕蟲病毒還能夠破壞西門子公司的軟體系統，摧毀工業控制軟體系統，不僅感染了伊朗6https://read.99csw.com0%的計算機，也感染了印度、印尼甚至美國的計算機。

在此項欺騙計劃實施后的幾年中，美國中央情報局將一批伊朗人員和機構列為欺騙計劃的目標，實施了有針對性的方式方法。例如，以這名俄羅斯移民的名義為伊朗核武器研究項目提供情報。2000年3月，「梅林」向伊朗方面提供了有大量設計圖紙，並向伊朗駐國際原子能機構代表團提供了一封信件。根據美國中央情報局的記載，伊朗方面非常重視這些情報，並且把這些資料帶回國內。一份已經解密的2003年3月的中央情報局備忘錄標題為「為某保密項目使用一號途徑監視A市伊朗人員」。不過，「梅林」在伊朗派駐國際原子能機構代表團露面后，伊朗國內就沒有再接觸「梅林」。

2011年和2012年，白宮批准由美國中央情報局負責訓練伊拉克反恐局（Iraq's Counterterrorism Service），該工作原由美軍負責。伊拉克反恐局由從伊拉克國防部和內務部抽調的精銳部隊組成。中央情報局負責訓練的決定，是希望在美軍撤出伊拉克后，「仍由美國方面秘密幫助伊拉克提高其實施反恐行動的能力九九藏書」。一名官員稱，「採取這種做法的目的是提高伊拉克獨立應對其國內恐怖威脅的能力，改變完全依靠美軍或中央情報局的局面。」

另一項行動的目標是在伊朗獲取發展核武器所必需的部件——TBA-480點火器過程中摻雜偽劣材料。蘇聯的核武器項目使用該型號點火器引爆核彈。美國中央情報局反擴散部在1996年9月發現並招募了一名具有核武器研發背景（主要是電器工程和引爆器方面）的俄羅斯移民，利用此人向伊朗核武器研發項目提供「幫助」。當年11月，美國中央情報局接觸了一名可以發揮管道作用的對象並且招募成功，代號為「梅林」（MERLIN）。該對象在代號為阿爾扎馬斯-16（Arzamas-16）的核武器研製絕密實驗室工作。

除此之外，美國中央情報局還秘密向伊拉克提供情報，引導伊拉克轟炸伊朗石油管道和發電站。1984年，有人擔憂伊朗會顛覆伊拉克政權，而此時美國提供的情報使伊拉克具備了使用芥子氣攻擊伊朗地面部隊的能力。1985年年初，伊拉克開始從美國方面定期獲得空中偵察情報，尤其是在伊拉克襲擊伊朗輸油管道之後。但是，目前還不能確定伊拉克方面是否通https://ｒｅａｄ.99cｓw•ｃｏm過衛星照片獲得了準確的情報。不管怎樣，1986年8月，美國中央情報局建立了絕密級的華盛頓至巴格達聯絡渠道，向伊拉克方面提供更加準確的空中偵察情報。伊拉克方面因此能夠在實施轟炸後幾個小時內評估破壞程度，並計劃後續的襲擊。至1986年12月，伊拉克方面已經能夠使用「鎖眼」KH-11衛星和SR-71黑鳥戰略偵察機拍攝的相關照片。據報告記載，由於當時蘇聯軍隊在伊朗邊境地區部署力量不斷擴大，美國方面為堅定伊拉克方面進攻的信心，故意提供部分不完整或者經過篡改的情報和圖像。

該行動內容包括向活動在土耳其東部地區的伊朗流亡組織提供數百萬美元。最大的准軍事組織人員規模在6000至8000人，由伊朗前海軍司令少將艾哈邁迪·馬達尼（Ahmad Madani）指揮，此人曾被巴列維王朝的軍事法庭認定為「從事反政府行為」，后出任霍梅尼政府的第一任國防部長。第二大的准軍事組織人員數量不到2000，由巴列維王朝時期的陸軍參謀長巴赫拉姆·阿里亞納（Bahram Aryana）將軍指揮。按照行動計劃，這些准軍事組織能夠發揮兩方面作用：一是如果蘇聯入九*九*藏*書侵伊朗，這些軍事力量能夠襲擊蘇聯軍隊的側翼；二是如果伊朗爆發內戰，這些組織能夠進入伊朗支持和保護中間派力量。有報道稱，美國中央情報局為伊朗流亡組織提供資金支持，這些組織大多在法國和埃及活動。美國方面不僅支持左翼勢力〔但不包括阿伯爾哈桑·巴尼·薩德爾（Abolhassan Beni Sadr）〕，也支持右翼勢力（不包括君主主義分支）。

美國中央情報局出資在埃及建立了廣播台，用於播放反霍梅尼的信息。1987年，該台定期播放的內容包括排長隊購買食品的報道、反對派以及針對神職人員和革命衛隊的小規模暴動、政府的刑訊和迫害行為、伊朗共產黨和蘇聯特工的活動等。1986年9月，美國中央情報局提供了攜帶型的小型電視信號發射器，以幫助巴列維國王的兒子從事秘密電視播放。當年9月5日晚上9點，該設備播放的信號持續干擾伊朗國家電視台達11分鐘。

其餘針對伊朗的秘密行動主要是在伊拉克境內實施的。有報道稱，2011年，美軍和情報機構高層成功爭取到了一項旨在削弱伊朗在伊拉克影響力的秘密行動計劃授權。行動方案計劃加強在伊朗和伊拉克接壤地區的封鎖，阻止伊朗方面的武器走私活動。