有很多途徑能夠捕獲基地組織嫌犯：中央情報局人員實施的綁架；外國政府俘獲后移交給美國方面；與外國派駐在巴基斯坦、阿富汗等國家的情報機構、特種部隊合作突襲行動。以2002年3月的一次行動為例，巴基斯坦特種部隊俘獲了基地組織頭目阿布·祖貝達（Abu Zubaydah）后移交給美國方面；另一次由美國與巴基斯坦實施的聯合行動抓獲了「9·11事件」主要策劃者哈利德·謝赫·默罕默德。存在最多爭議的是非正式引渡，因為恐怖嫌犯在引渡至其他國家后未經過合理的司法程序便受到羈押和審訊。

2001年11月，默罕默德·薩阿迪·伊克巴ｈttps://reａd.9９csw•ｃom爾·瑪尼（Mohammed Saad Iqbal Madni）被印尼國家情報局逮捕，美國中央情報局向印尼方面提供的情報稱，瑪尼是基地組織的技術人員，且與鞋彈製造者理查德·雷德（Richard Reid）合作。瑪尼在被捕后很快被送往埃及接受審訊。2002年，中央情報局由於身份誤認而逮捕了當時正在馬其頓旅行的黎巴嫩裔德國人哈利德·馬斯里（Khalid al Masri），並送往阿富汗接受訊問。2003年2月，中央情報局在義大利米蘭市的大街上綁架了激進穆斯林教士哈桑·穆ｒeａd•９9cｓｗ.ｃom斯塔法·奧薩馬·納斯爾（Hassan Mustafa Osama Nasr），又名阿布·奧薩馬。

在「玄武岩」計劃中，另有70名被捕或綁架的嫌犯被交由外國政府羈押。阿富汗、阿爾及利亞、巴基斯塔、烏茲別克、摩洛哥、埃及、約旦等國都接受並審訊過美國方面移交的嫌犯。

2001年10月，因與美國「科爾」號（COLE）宙斯盾導彈驅逐艦遭恐怖襲擊有關而被通緝的微生物學專業學生賈米勒·卡西姆·薩義德·默罕默德（Jamil Qasim Saeed Mohammed），乘坐一架美國註冊的灣流噴氣式飛機，從巴https://read.99csw.com基斯坦被移送至約旦。巴基斯坦三軍情報局將此人引渡給美國駐卡拉奇的官方機構。這架灣流噴氣式飛機是美國中央情報局所有的26架灣流飛機之一，另有10架是在2001年以後裝備的。這些飛機以空殼公司（沒有任何僱員）的名義持有，由中央情報局控制公司負責運營。除了兩架不同型號的灣流噴氣式飛機外，這個機隊還擁有一架波音商務噴氣式飛機、一架DC-3型雙引擎客機、一架大力神運輸機、一架德·哈維蘭的「雙水獺」飛機、一架里爾35噴氣式飛機，以及一架「超級空中大王」200型飛機。一份歐洲議會於2006年春季公布的報告評估認為，這支美九_九_藏_書國中央情報局的機隊執行了上千架次飛行任務。

最著名的非正式引渡案件發生在2003年2月，該案使多名美國中央情報局工作人員受到義大利司法系統的追訴。當時一支情報人員組成的小隊綁架了受米蘭警方監控的激進派伊瑪目阿布·奧馬爾，並通過海路將其運送至埃及接受審訊，后將其釋放。

2001年9月17日，小布希總統授權實施全球性的反恐行動計劃，該行動計劃包含數十個子項目。該項目代號為「玄武岩」（GREYSTONE），其內容為緝捕並關押可疑的基地組織頭目、秘密囚禁（黑獄）以及使用「加強審訊技術」（后兩部分詳見第十一章）。「玄武岩」計劃還包括提高中央情reaｄ•99csｗ.cｏｍ報局篩查國際金融數據和全球監聽可疑人員通訊的能力。該授權還允許建立准軍事組織，用以在全世界範圍內擊斃既定目標人員。

2011年12月，厄利垂亞籍公民默罕默德·伊布拉西姆·艾哈邁迪（Mohamed Ibrahim Ahmed）在聯邦法院的一次庭審后獲釋。此前，此人在未獲告知米蘭達權利的情況下，在奈及利亞的監獄里接受美國中央情報局人員的訊問。有3名因意圖穿越吉布地國境而被捕並引渡的嫌犯被裁定為支持沙巴布伊斯蘭民兵（Islamist Shabab Militia）。其中兩人是瑞士人，一人是英國公民。認定有罪后，三人轉由美國聯邦調查局羈押，並已送至美國。