1502年6月9日，在羅馬附近的台伯河裡發現了法恩扎年輕的君主亞斯特雷及其弟弟的屍體，他們是被勒死的，脖頸上綁著繩子和石頭，從聖安琪兒監獄給拋到河裡。據同時代人說，這兩具屍體很美，「在成千上萬具屍體中也沒有遇到一具這樣的」，保留著違反自然的暴力的印跡。民眾的輿論認為這件暴行是塞薩爾所為。

他對踐踏精神平衡的法則無動於衷，隻字不提，而對羅馬涅車輛構造違反力學法則卻不能容忍。

塞薩爾·博爾吉亞在羅馬教皇和法蘭西基督教國王的庇護下，無惡不作，採用各種欺騙手段，這時已經佔領了古代「教會地區」，據說這是歷任教皇接受與使徒等同的康斯坦丁皇帝的禮品。從合法的君主——十八歲的亞斯特雷·曼弗萊迪手中奪取了法恩扎城，從卡塔琳娜·斯福爾扎手中奪取了弗利城——這兩個受害者一個是小孩子，另一個是婦女，他們輕信了他的騎士忠誠精神，被他給投進了羅馬聖安琪兒監獄。他跟烏爾比諾reaｄ.99ｃｓｗ.ｃom公爵結成同盟，其用意在於解除他的武裝，背信棄義地向他發起進攻，猶如強盜在大路上襲擊過往行人是為了搶劫他們一樣。

這個時候，列奧納多在日記里寫道：

他根據公爵的委派，在被佔領的城市裡建造富麗堂皇的建築物，宮殿、學校、藏書樓，從而美化這些城市，同時還在遭到破壞的博洛尼埃斯要塞舊址上給塞薩爾的軍隊建造寬敞的兵營，建造切塞納蒂諾港，這是亞得里亞海西岸最好的港口，通過一條運河把它跟切澤納連接起來；在皮昂比諾建造了最堅固的要塞。他製造戰鬥器械，繪製軍事地圖，處處跟隨著公爵，凡是塞薩爾建立血腥戰功的地方，他都到場，其中有：烏爾比諾、佩扎羅、伊莫拉、法恩扎、切澤納、弗利九九藏書。他按照習慣記下簡短而準確的日記，可是這些日記里沒有一句話提到塞薩爾，彷彿是沒有看見或者不願意看見周圍發生的事。他記下了旅途中遇到的每一個細節：切澤納農民用吊藤把果樹連接起來的方法、錫耶納大教堂里敲鐘的槓桿裝置、里米尼市內噴泉水柱降落時發出的樂曲聲。他在烏爾比諾城堡對鴿子窩和帶螺旋形樓梯的塔樓做了寫生，倒霉的奎多巴多公爵被塞薩爾洗劫一空，從這裏逃跑時，用同時代人的說法，「只穿著一條短褲」。在羅馬涅，列奧納多觀察亞平寧山麓下的牧民為了加大號角的音量如何把號角的大頭從一個小孔插|進很深的山洞里，發出的聲音如同雷鳴，響徹山谷，回聲不斷，號角的聲音如此響亮，在最遠的山頭上吃草的羊群都能聽見。在皮昂比諾，他一個人站在荒涼的海濱，整天觀察後浪推前浪的波濤，把碎石、木屑和水草忽而推到岸上，忽而卷進海中。列奧納多在日記里寫道：「波濤為了爭奪戰利品而相互戰九*九*藏*書鬥，戰勝者就能獲得戰利品。」與此同時，在他的周圍，人的公正的法則遭到嚴重踐踏——他對此卻不聞不問，既不譴責，也不為之辯護，他只是在觀察波濤的運動，這種運動看起來好像是偶然的和古怪的，但實際上卻是一成不變的和有規律的，他從中看見了「第一推動力」所確定的鐵面無私的力學法則的神聖不可侵犯。

列奧納多是塞薩爾·博爾吉亞的主要近臣之一。

馬喬內密謀的消息剛剛傳播出去，無數受到塞薩爾傷害的君主紛紛參加結盟。烏爾比諾公國動蕩起來，最後垮台了。他自己的軍隊背叛了他。法蘭西國王遲遲不肯救援。塞薩爾處在滅亡的邊緣上。可是，他雖然被出賣和被遺棄，幾乎失去了戰鬥力，但他仍然還很可怕。他的敵人相互埋怨和紛紛動搖，錯過了有利的時機，本來能夠消滅他，卻跟他進行談判，竟然同意和解。他使用各種狡猾手段，威脅和利誘敵人，對他們進行誆騙和分化瓦解。他本來就掌握了假仁假義的高明手腕，九_九_藏_書用殷勤迷惑了一批新的朋友，把他們召到剛剛投降的西尼加利亞城，目的似乎是不只在口頭上，而且在行動上，即通過聯合進軍來表明自己的忠誠。

這是列奧納多將來視察各要塞的通行證。

1502年秋，他決定向波洛尼亞的統治者本蒂沃利奧進軍，以便佔領這座城市以後好用它充當新國家的首都。附近的各個統治者都驚慌起來，他們明白，他們中間的每一個人遲早都將九九藏書依次成為塞薩爾的犧牲品，他幻想著——消滅一切敵手之後，宣布自己是整個義大利唯一的專制統治者。

「在羅馬涅，使用四個輪子的車輛：前面兩個輪子小，後面的兩個大；這種構造很荒唐，因為按照物理學原理——參見我的《自然要素論》第五節——全部重量都壓在前面的輪子上。」

9月28日，瓦倫蒂涅的敵人——樞機主教保羅、格拉文諾公爵奧西尼、維特洛佐·維特利、奧利韋拉托·達·菲莫、佩魯賈的統治者吉安·保羅·巴利奧尼和錫耶納的統治者潘多爾福·彼特魯奇的特使安東尼奧·喬達尼·達·韋納夫羅在卡爾皮邊境上的馬喬內城集會，結成反塞薩爾的秘密同盟。維特利像當年漢尼拔一樣發誓——在一年之內消滅共同的敵人，或者把他俘獲關進牢獄，或者把他驅逐出義大利。