到了南朝延元四年（北朝歷應二年，公元1339年）八月，后醍醐天皇身染重病，讓位給其子義良親王，然後沒過多久就咽了氣，享年五十二歲。所謂「后醍醐」之類，本是天皇的謚號，中國多在皇帝駕崩後由臣子追尊，日本卻往往由天皇在世時即擬定，后醍醐天皇也是如此，定此謚號，其意為追從醍醐天皇的功績，建立一個沒有幕府、院政、攝政關白的完全由天皇親政的時代——當然啦，歷史不會倒退，況且真實的醍醐天皇，也不過是攝關手中的半傀儡而已。

從南朝延元三年（北朝歷應元年，公元1338年）直到南朝興國三年（北朝康永元年，公元1342年），北畠親房一直轉戰關東各地。然而他的努力卻是徒勞的，建武新政早就寒了地方武士的心，關東豪強紛紛內通足利氏，親南朝的據點被逐一拔除，北畠親房最終被迫回歸吉野。此後他跟隨在後村上天皇身邊，繼續指揮對京方的戰鬥，于南朝正平九年（北朝文和三年，公元1354年）病歿于賀名生，享年六十二歲。

留守鎌倉的千壽王足利義詮派兵出利根川迎擊，被陸奧軍殺得全軍盡沒。而同時奉父命在上野搞煽動活動的新田義貞之子義興也舉兵響應，上野一國皆反，甚至連曾經發動過「中先代之亂」的北條時行也不知道從哪裡突然冒了出來，率其黨羽在伊豆舉兵，宣布加入南朝一方，給予義詮以致命的打擊。十二月，顯家、義興、時行三面合圍鎌倉，義詮棄城而逃。

這事兒很離奇，也很荒誕。首先北朝和足利幕府跟朱元璋還算面子上過得去，未必會想刺殺明帝——殺了朱元璋，對他們又有什麼好處？有可能起意謀害朱元璋的，只有南朝方的懷良親王，然而此時的懷良親王兵敗如山倒，朝不保夕，也根本拿不出四百名武士來當刺客。

北畠顯家戰死後的當年七月，堅守長達四個月的男山城終於被攻破，北畠顯信遁走河內。

受到高氏兄弟的支持和慫恿，許多幕府有功之臣肆意妄為，惹得足利尊氏大感頭痛。比如美濃守護土岐賴遠某次來到京都，在大街上遇見了光嚴院的御駕，衛士們高呼讓路，土岐賴遠竟然高呼道：「什麼院駕在此？或許你說的是犬駕吧。若是犬駕，我便射他一箭。」當真抄起弓來，一箭射掉了院駕的車簾，還命令手下把隨駕的公卿們揪過來暴毆了一頓。

一方面，近衛經忠的政治傾向相對溫和，主張與北朝和談，這就難免會跟徹底抗戰派北畠親房產生衝突；另一方面，經忠出身尊貴，爵高名顯，也不甘屈居於北畠親房之下，而想自己擔任關東地區的南朝總大將。於是乎，他就利用自身的名望，聯絡小山、小田等各路豪族，不肯聽從親房的命令——俗稱「藤原氏聯盟」或者「藤氏一揆」（一揆的本意是聯合體）。

據說胡惟庸指使寧波衛指揮使林賢東渡日本，與日本國王一起策劃了一場刺殺朱元璋的驚天大陰謀——派遣四百名日本武士，假裝使團，向明朝進貢某種巨型蠟燭，然後把火藥和刀劍暗藏在大蜡燭里，打算突入紫禁城，趁亂縱火，謀害朱元璋！

然而這個時候，奧州猛虎北畠顯家卻又開始行動了。足利尊氏進入京都以後，后醍醐天皇行蹤不明，北畠顯家就在陸奧靈山奉戴義良親王為主，積極備戰，準備東進復國。延元二年八月，他接到了新田義貞的求援書和后醍醐天皇從吉野發來的詔書後，遂與結城宗廣（結城親光之父）、伊達行朝等奧州豪族從靈山出發，大舉侵入關東地區，連戰連勝，勢如破竹。

南朝元中六年（北朝康應元年，公元1389年），山名時義去世，其子時熙繼承了一門總領之職。山名氏同族的丹波、和泉守護氏清與丹后、出雲守護滿幸為了爭奪家督之位，在足利義滿面前進時熙的讒言。於是義滿遂于次年命令山名氏清、滿幸討伐山名時熙及其弟氏幸，並且承諾說：「如果成功，就將時熙兄弟的守護國賞賜給你們，但馬給氏清，伯耆和隱岐給滿幸。」義滿很想趁著這個天賜良機一舉擊垮山名本家，所以還給蟄居贊岐的細川賴之寫了密信，要他從四國出兵，協助平定備后。

朱元璋的意思是：我已經知道你說了不算啦，以後只跟北朝打交道，你別再想來矇混過關。等到如瑤把書信上呈懷良親王之時，正趕上懷良親王再次吃了大敗仗，在九州的領土損失殆盡，失望、憤懣、無奈之下，他乾脆寫了一封針鋒相對的書信，送給朱元璋。

對於足利義滿的態度，朱元璋深感不快，隨即發生的兩件奇事，更堅定了他自己動手嚴剿倭寇，不再理會日本政府的決心。

南朝新帝登基，就是后村上天皇，年僅十二歲。且說當時天下局勢，南北朝各佔三分之一，餘下三分之一朝秦暮楚，左右搖擺。南朝主要由脅屋義助經營北陸，北畠親房、顯信父子經營關東。南朝興國元年（北朝歷應三年，公元1340年）九月，斯波高經攻破越前府中，脅屋義助經美濃、尾張，退往伊勢，不久後進入吉野，覲見了后村上天皇。

統一的曙光終於降臨。

懷良親王這才恍然大悟，趕緊堆下笑臉來款待趙軼，並在不久後派遣以祖來和尚為首的使團出訪明朝，進貢方物。使團攜帶的國書當中，懷良親王自稱「臣懷良」（《明史》誤記為良懷），朱元璋見了挺高興——他還以為這位懷良親王就是日本國王呢，日本國王自稱為「臣」，那不是在表明願做我天朝的藩屬嗎？

南朝軍來勢洶洶，很快便攻克了鎌倉與京都，但可惜無法持久。一方面，足利尊氏在武藏國內召聚兵馬，復奪鎌倉，宗尊親王逃往信濃；另方面，足利義詮一度逃出京都，隨即便捲土重來，因為南朝方山名時氏的倒戈，他不但奪還京都，還團團圍住了后村上天皇的臨時御所——男山八幡宮。八幡之圍延續了兩個月的時間，最終南朝方糧秣耗盡，御所陷落，后村上天皇狼狽而逃。

順便交代一下南朝方面的兩名大將的結局——北畠親房比足利尊氏還要死得早，病死於南朝正平十年，可以說他的去世，導致南朝方面再也拿不出一位能夠統籌全局的統帥來了，就此一蹶不振；足利直冬原在西國勢雄力強，但隨著麾下大內弘世、山名時氏等將陸續歸順北朝，一度掀起大亂的「直義·直冬黨」終於分崩離析，南朝正平二十一年，直冬留下了他最後一份可靠的文書，然後便消失在了歷史長河當中，下場不明。

大概懷良親王的意思是，反正我也抱不上你的粗腿了，乾脆刺|激刺|激你，讓你敵視整個日本，從此也斷絕跟北朝的往來。可想而知，朱元璋接到書信，定會勃然大怒。

足利直冬本是尊氏與侍妾所生的庶子，被直義收為養子，並下賜「直」字。他受命走到備后國的鞆津地方，突然遭遇高師直部下的襲擊，被迫遠遁九州。高師直兄弟本是天不怕地不怕的悍將，于備后襲擊了直冬后，回過頭來又聚集一族郎黨襲擊足利直義。在這次事件中，尊氏明顯偏袒高氏，結果畠山直宗和上杉重能被殺，直義被迫於當年十二月出家入道，聲稱遠離俗世的紛爭，放棄俗世的權力。

足利尊氏能忍，他的弟弟足利直義可忍不了了，與高氏兄弟間的矛盾日益加深。直義跟隨尊氏起兵，論功勛不在高氏兄弟之下，論人望和名分更要遠高於高氏，所以尊氏對其頗為忌憚。可以這樣認為，雖然直義就立場來說是站在尊氏這一邊的，但出於政治利益考慮，尊氏想要除掉直義之心卻要強過想要制約高氏兄弟之心百倍。

今川了俊也想要和新興的明朝搞好關係，可是他不信任仲猷祖闡等人，卻把主意打到了高麗人身上，派人聯絡高麗國中親明的大將李成桂（即後來的朝鮮李朝太祖）。因而雖然誤會解釋清楚了，仲猷祖闡等人卻仍然被軟禁在聖福寺中，無法完成朱元璋所交付的使命。直到數月之後，他才在與監視自己的日本武士交流當中，得知京都天台山的座主尊道法師精通佛法，並且與很多北朝公卿、幕府官員都有交往，於是寫下一封書信，央告對方傳遞給尊道法師。

兩軍接戰，高師泰一時敗績，退回京都。當年十月，足利直冬統率大軍殺到京都郊外，其養父直義趁機逃往大和國，掀起了反旗。為了能夠在與高氏的對決中穩佔上風，直義乾脆背棄兄長尊氏的陣營，主動提出歸順南朝。正無家可歸的后村上天皇喜不自勝，立刻答應了他的請求——是年為南朝正平五年（北朝觀應元年，公元1350年），幕府一分為二，史稱「觀應之擾亂」。

元弘三年（公元1333年），鎌倉幕府滅亡，六月，后醍醐天皇回到京都，隨即任命北畠親房的兒子、年僅十六歲的北畠顯家為陸奧守，輔佐義良親王鎮守東北地區，親房也跟隨其子去到了陸奧。足利尊氏發動叛亂，南北朝開始以後，親房提出「東國經營」的策略，親自前往關東地區，想要分化瓦解跟隨足利尊氏兄弟起兵的關東豪強們。

南朝延元三年（北朝歷應元年，公元1338年）七月，得知北畠顯家戰死、男山城形勢危急的新田義貞抽調大部分兵力，任命脅屋義助為總大將進軍南下。剛到半路，就傳來了男山城陷落的消息，義助只得引兵返回北陸。義貞兄弟審時度勢，決定首先攻打駐守足羽城的斯波高經，以穩固後方——閏七月二日，北國的南朝大軍像潮水一般湧向足羽城。

當然啦，朱元璋也不傻，他記得在宋人的記載中，就曾經提到過日本由鎌倉幕府將軍掌權，所謂的「天皇」只是傀儡罷了。那麼「臣懷良」究竟是天皇還是將軍呢？他說話能不能算數呢？於是急召十多年前來華留學，如今住錫南京天界寺的日本僧侶椿庭海壽前來問話。這一問之下才明白，敢情日本現在是南北朝並立，而且「臣懷良」既非天皇也非將軍，估計只是九州一島的統治者。

南朝正平十四年（北朝延文四年，公元1359年），在九州島上爆發了一場「大保原合戰」，島上大小武士集團超過七成都參与了此戰。其中分戰場上，北朝大友氏時一萬三千對南朝島津高澄一萬三千五百；正面戰場上，北朝的九州探題少貳資尚六萬對南朝菊池武光一萬九千八百——其中懷良親王本隊只有三千人。當時日本武士和農民兵的比例大概在1：2九_九_藏_書0甚至更大，也就是說，懷良親王麾下直轄武士最多只有一百五十名。

且說楊、吳二人返回南京向朱元璋哭訴，朱元璋雖然大怒，但還真沒有調動舟師遠征日本的心思——蒙古人殷鑒在前嘛。於是他寫下一篇言辭激烈的國書，恐嚇說：「……宜朝則來廷，不則修兵自固。倘必為寇盜，即命將徂征耳，王其圖之。」朱元璋再派楊載出使日本，可是懷良親王還是不肯搭理。

足利尊氏于延元元年（公元1336年）開設幕府以後，設置關東管領以統治關東地區，設置奧州探題以統治奧羽地區，設置九州探題以統治九州十一國，都派同族擔任。然而，幕府的實際權力卻操持在執事高師直和侍所頭人高師泰這對兄弟的手中。

南北雙方誰都吃不了誰，加上南朝方一力主戰的北畠親房已死，第二代幕府將軍足利義詮遂嘗試用和平方式完成統一，多次派人前赴南朝談判。然而兩朝要併合為一，存在著一個基本前提，那就是只能剩下一位天皇，義詮當然支持北朝，而南朝的歷代天皇也都不願意讓出寶座，因而談判最終還是以破裂收場。

山名時熙兄弟猝不及防，戰敗后被迫隱居，足利義滿削弱山名氏的計劃完成了第一步，而細川賴之也因此功勛，得以重新參与幕政，其子賴元繼任為幕府管領。下一步，足利義滿準備把下野的時熙兄弟再扛出來，反過來利用他們去打擊得勢的山名氏清和山名滿幸。於是南朝元中八年（北朝明德二年，公元1391年）十一月，足利義滿借口山名滿幸侵奪后元融院在出雲橫田莊的御料地，突然解除其丹后守護一職，並下令追放。山名氏清、滿幸被迫舉兵叛亂，於十二月間率領五千兵馬直逼京都。

后醍醐天皇非常信任北畠親房，他有意立次子世良親王為嗣，就把世良親王託付給親房教導。然而元德二年（公元1330年），世良親王突然病逝，北畠親房因此引咎出家，法號宗玄。

到了南朝正平二十二年（北朝貞治六年，公元1367年）年底，足利義詮去世了，傳位給其子義滿，次年十二月，足利義滿正式補任征夷大將軍。足利義滿時代，京方在軍事上又有了長足的進步，一度攻陷南朝的天野行宮，而南朝方最後的名將如宗良親王、北畠顯信、菊池武光等亦先後去世，楠木正儀降伏，已經日薄西山，再難復振了。

不過希望很快就落空了，后醍醐天皇保守吉野都感覺困難，哪有力量賓士數百里，趕來支援北國呢？不過是開張空頭支票罷了。只有脅屋義助比較迅速地點起數千杣山軍趕來，不幸於半途遭到高師泰的阻擊，激戰一天後，瓜生保兄弟為保護義助逃進金崎而奮勇戰死，杣山軍全部覆沒。

武士們擁護足利尊氏造建武朝廷的反，是為了把土地和政權重新從公家和貴族手中搶奪過來，建立一個全新的甚至比鎌倉幕府更為強大的武家政權。然而南北朝對峙開始以後，足利尊氏為了更大限度地維持內部安定，拉攏友方勢力，被迫對公家和貴族做了部分妥協，他延遲了地方上從莊園制向領主制的演進過程，限制豪族們的權力擴張，仍然擁戴京都朝廷，並且保護支持自己的公家和貴族們佔有土地。

得益於北畠顯家的圍魏救趙戰術，固守杣山城的新田義貞贏得了短暫的喘息機會。在這彌足珍貴的幾個月時間里，義貞得到越后、加賀等地僧兵部隊的有力支援，勢力像雪球一樣越滾越大，終於突破杣山城的包圍，屢敗京方軍，幾乎佔領了整個越前國。

吉野朝是建立起來了，但后醍醐麾下將領卻散布各方，根本無法統一指揮。咱們先說保護著東宮恆良親王北上敦賀的新田義貞，此時手下只有土居、得能等人所率三百伊予兵，被迫翻越崇山峻岭而行，路逢大雪，不斷有士卒因為凍餓而倒下，真是極度的艱苦。好不容易到達敦賀，受到了金崎大宮司氣比氏治的熱情迎接，義貞等人總算是有了一個落腳的地方。

利用高氏兄弟的人頭，足利尊氏終於暫且穩住了局勢，然後就開始耍小動作——要論臨陣交鋒，尊氏未必是直義的對手，但論政略策謀，十個直義都追不上老哥尊氏。於是談判拖拖拉拉地一直延續了小半年，足利直義麾下武將陸續被尊氏策反，勝利的天平就此傾斜。七月二十八日，尊氏從近江出擊，其子義詮從播磨出擊，兩路大軍夾擊京都，直義戰敗，被迫退往北陸地區。

信中大意是：「臣聽說自三皇五帝以來，不僅僅中華有皇帝，我們夷狄蠻邦也有君主。乾坤浩蕩，並非一位君主所可以獨裁，宇宙洪荒，分做各國以守備四方。所謂天下，非一人之天下。臣居於偏遠小弱的倭國，城池不滿六十，疆域不足三千，尚且知足，所以知足而長樂。今天陛下您做中華皇帝，為萬乘之君，城池數千座，疆域百萬里，卻存有不足之心，常起滅國之念……

第二件事，乃是朱元璋鬥倒了權相胡惟庸，就此把全部權力都籠到皇帝一人手裡，他還趁機深挖，掀起大案，以便殺戮功臣。於是莫名其妙地，在胡惟庸被殺整整七年以後，突然有人出來揭發，說這傢伙還曾經勾結過倭寇吶！

既然南朝方容不下幕府存在，那麼足利尊氏也就不跟他們客氣，當年八月，他立彌仁王為北朝天皇，稱后光嚴天皇——「一天二帝」的局面就此重現。

好在大明天子福澤深厚，瞧出了胡惟庸不是好東西，結果日本刺客還沒抵達，胡惟庸就先被下了獄了。加上所攜國書不被禮部認可，拒絕受貢，於是陰謀雖然當時未曾敗露，卻被無形中扼殺在了搖籃之中。

且說北朝康永、貞和年間，高氏在關東戰敗了北畠親房，隨即在河內四條畷殺死楠木正行，攻陷了南朝的大本營吉野，功勛卓著，聲威烜赫。為了制約高氏的勢力，南朝正平四年（北朝貞和五年，公元1349年）足利直義派養子直冬前往主持中國地區的軍務，就任長門探題，同時利用畠山直宗和上杉重能的讒言，把高師直從執事位置上扯了下來——這當然會引起高氏的強力反彈。

細川氏本是足利氏的同族，初代足利義康生義清和義兼，義兼繼承本家，義清二孫則開仁木、細川分家。足利尊氏麾下曾經奮戰著細川氏三兄弟，即細川和氏、細川師氏和細川賴春——細川賴之乃賴春之子。

這種種舉動必然會引起相當數量的激進派武士，尤其是身處僻遠鄉下，根本不在乎天皇和朝廷為何物的武士們的反感，而這一類武士的代表人物，便是前面所說大權在握的高氏兄弟了。

「觀應之擾亂」延續的時間並不算長，南朝正平六年（北朝觀應二年，公元1351年）元月，足利直義派的桃井直常統率北國兵馬南下，和直義兩面夾擊京都，足利尊氏與高氏兄弟被迫逃往丹波和播磨。尊氏一瞧情況不妙，於是以勒令高氏兄弟出家為條件，提出與兄弟直義和談。隨即高師直和高師泰在被押往京都的途中，于攝津武庫川被上杉能憲所殺——能憲是上杉重能的養子，他可算是為父親報了血海深仇了。

就在新田義貞戰歿的當月，后醍醐天皇任命北畠顯家之弟顯信為鎮守府將軍，將關東的軍事全權委託給他，以及其父北畠親房。次月也即當年八月，北朝光明天皇終於把足利尊氏一直垂涎欲滴的征夷大將軍的名號賜了下來，足利幕府也稱室町幕府就此正式拉開帷幕。

足利直義身在京都，不敢不暫時委曲求全，逃到九州的足利直冬可就沒那麼聽話了，他很快便回歸中國地區，召聚黨羽，隨時有東進復讎之意。於是次年六月，高師泰向足利尊氏求得了討伐足利直冬的詔書，親率大軍離開京都向西進發。

一方面，足利義滿繼續打擊南朝的勢力，並最終完成了南北統一；另一方面，他想盡辦法提高將軍家的威信和實力，壓制在長年混戰中日益龐大的地方勢力。可以說，如果沒有足利義滿執著不懈的努力，或許南北朝的亂世還將無休無止地延續下去，而足利將軍家將只是北朝諸侯們名義上的盟主，足利幕府根本就無法被稱為是一朝完整意義上的武士政權。

連遭挫敗的北畠顯家始終沒有離開畿九九藏書內。三月八日，身處敵軍重重圍困下、糧草斷絕的顯家對駐紮在攝津四天王寺的細川顯氏軍發起突擊，並憑著孤注一擲的精神奇迹般地在河內的石川河原打敗了顯氏的部隊，顯家之弟顯信更是趁機攻取了山城的男山城，直接威脅京都安全。

這大概是受了「文永·弘安之役」元軍來襲的影響，一方面懷良親王並不了解大陸局勢，不知道這個明朝和以前蒙古人所建的元朝有什麼關聯，另一方面也是基於前車之鑒，堅決不能向外來「侵略者」低頭服軟。

薩埵峠之戰數月後，翌年元月，兩軍又在相模國的早河尻展開決戰，足利直義再度敗北，無路可去之下，只得拜伏在了兄長的軍門之前。於是尊氏得意揚揚進入鎌倉，下令將兄弟押往延福寺幽禁起來。關於足利直義的下場，歷來有兩種說法，一說是于本年二月被足利尊氏毒死，一說是次年得急病而死。

因而這一離奇事件的過程、刺客數量，可能有很大的注水成分，更有可能徹底是樁冤案，朱元璋正好利用這個機會，乾脆斷絕了與日本的政治聯繫和貿易關係。至於倭寇問題，朕自己來解決吧！

於是朱元璋派周德興在福建、湯和在浙江，整頓和重修衛所，嚴密防禦，隨即又在福建、廣東分別組建了由一百艘和兩百艘大船組成的艦隊，巡遊海上，剿殺倭寇——此後的大仗不多，小仗不斷，全都獲得勝利。朱元璋還頒發「禁海令」，禁止向日本出口金、銀、銅、鐵、絲綢等重要物資。

足利幕府的統治架構，要到足利義滿時代才基本完善，將軍之下便是管領，管領之下還有侍所頭人、政所執事和各級奉行人（事務官）。其中管領和侍所頭人二職最為重要，管領由細川、畠山和斯波三個家族的成員輪流出任，侍所頭人則由京極、一色、山名、赤松四個家族的成員輪流出任——統稱「三管四職」。

足利尊氏聞報大怒，遂于延元二年（公元1337年）元月，再派大將高師泰統率精銳殺向北陸。此時新田義貞手上並沒有足夠的軍隊，又不願放棄這來之不易的根據地逃往他處，正在苦無對策之時，突然接到后醍醐天皇的使者報稱天皇已在吉野復辟，並且召集到了一定數量的部隊，很快便會趕來支援，金崎城中軍民士氣頓時高漲萬分。

就在轉戰關東的那五年中，北畠親房完成了他的重要著作《神皇正統記》。這是一部以朱子學為指導思想，以朱熹的《通鑒綱目》為模本的史書，記述從所謂「神代」直到南朝後村上天皇繼位這千余年間的歷史，更明確點說，是這千余年間的天皇史。親房在書中宣揚「大義名分」，筆誅「亂臣賊子」，主張天皇必須擁有三種神器，並且具備神器所對應的正直、慈悲、智慧這三種道德，而公家、武士們則應當遵守傳統秩序輔佐天皇，這樣才能使政治穩定，社稷安康。

足利義詮去世的時候，春王年僅十歲，自然無法管理整個幕府，因而義詮便在病榻前召來管領細川賴之，請他輔佐幼主。所謂「管領」，便是當年高師直所擔任過的執事，本為足利一門的大管家，幕府開創后，就變成了幕府的總管，倘若把幕府將軍擬作君主，那麼管領便是宰相了。

可惜足利義滿並沒有胃口一舉將濃、尾、勢三國吞下，戰爭的結果，只是勒令土岐康行將美濃守護職交給其叔父賴忠，把土岐氏一分為二，暫時遏止了其勢力的發展而已。

足利義滿前期的對南朝戰爭，基本上都是細川賴之在指揮。他先是任命今川了俊為九州探題，了俊在大內義弘等強豪的協助下，擊敗菊池武光等南朝悍將，基本控制住了九州的局面。其後，細川賴之誘降楠木正儀，隨即以正儀為先鋒，以弟（同時也是養子）細川賴元為總大將，突襲南朝的天野行宮，將南朝軍主力消滅殆盡。

足利尊氏之子義詮接任征夷大將軍，繼續展開對南朝的進攻。此後的戰爭，混亂得幾乎無法理清脈絡，更無法用語言來形容，反正南北雙方都是外戰和內亂不斷——既然連幕府將軍都一會兒北朝一會兒南朝，那麼地方武士朝秦暮楚、朝降暮叛，也都可以理解了。計點南朝方先後叛變的主要將領有大內弘世、楠木正儀等等，幕府方先後叛變的主要將領有仁木義長、細川清氏等等。

一直等到朱元璋死後，建文皇帝朱允炆在位的時候，中日雙方才重新建立了聯繫。

「明德之亂」的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他們沒有追隨新田義貞，而是跟了足利尊氏，屢立戰功，到了山名時義當家的時候，全族執有丹波、丹后、因幡、伯耆、美作、但馬、出雲、隱岐、備后、和泉、紀伊等十一國守護職，因為全日本才不過六十六國，故此人們都尊稱山名時義為「六分之一殿」。

《神皇正統記》系統地闡明並且發展了傳到日本的朱子學，將許多神道內容也糅合其中，宣揚日本「肇國悠久」、「皇位神聖」。可以說，北畠親房的這種思想是近世日本神國體系以及在此基礎上產生的軍國主義思想的濫觴。

金崎包圍戰從一月一直打到三月，最終城內矢盡糧絕。新田義貞、脅屋義助等數人保護著東宮恆良親王乘小船逃走，結果恆良親王還是在途中被京方軍隊擒獲，押回京都處死，而義貞子義顯、十三歲的尊良親王以及氣比一族、城兵三百人則留下堅守到了最後一刻，城破后紛紛自殺。新田義貞兄弟逃到杣山城，集結熱血武士三千餘眾，屢次出擊，連敗京方軍，北陸戰事暫呈膠著狀態。

就在足利直義失敗的兩個月以後，后村上天皇悍然解除了足利尊氏的征夷大將軍職務，將之轉給宗良親王，隨即新田義興、脅屋義治、北條時行等將擁戴宗良親王向鎌倉進軍，同時北畠親房、千種顯經、山名時氏等將率軍進迫京都。

細川賴之最強有力的政治對手是斯波高經之子斯波義將。斯波氏亦為足利氏同門，乃足利義兼重孫家氏所開創（同代開創的分家還有吉良、今川、涉川、石塔、一色等），斯波高經原本是直義派武將，後跟隨足利義詮，其子義將一度出任幕府執事，當時的斯波一門權勢熏天，這就引起了有「婆娑羅大名」（此處的「婆娑羅」，指特異而華麗的穿著）之稱的佐佐木道譽的嫉恨。在道譽的讒言中傷下，南朝正平二十一年（北朝貞治五年，公元1366年），足利義詮解除義將的執事職務，代之以細川賴之，隨即發兵討伐斯波父子——是為「貞治之變」。斯波父子逃往北陸，不久高經病死，義將復歸幕府。

足利尊氏怎麼也沒料到竟會後院起火，馬上調遣高師直以下畿內所有部隊反撲男山城。高師直在攻打顯信堅守的男山城受挫后，改變戰術，除留下部分部隊圍城外，主力從各個方向朝一馬平川的四天王寺合圍過來。十五日，京方軍隊在四天王寺附近和北畠顯家的部隊遭遇，拉開了阿部野戰役的序幕。十六日晨，從兩翼進行包抄作戰的細川顯氏、高師冬加入戰團，遭到夾擊的顯家軍一敗塗地，本陣四天王寺陷落。

第一件事是，雖然明知明朝跟北朝方尤其是足利幕府接上了頭，但懷良親王為了獲取來自大陸的物資補給，佯作不覺，繼續以臣屬的身份向明朝進貢，趁機通商。南朝弘和元年（公元1381年），他派如瑤和尚組團赴明，朱元璋借口對方未曾攜有國書，拒絕了進貢，並且寫下一封言辭激烈的書信，責備日方肆意侮辱鄰邦，縱容百姓為寇，要如瑤轉遞給北朝天皇和幕府將軍。

高師直仗著幕府所擁有的強大兵力，根本不把皇室放在眼中，傳說他曾經講過這樣的話：「在京都有名叫天皇的，擁有大量領地，還有名叫內里和院的御所，讓他下台比較困難。如果一定要有天皇的話，那麼可以用木來雕，用金來刻，而把真的院和天皇流放到隨便什麼地方去，免得礙事。」高師直的弟弟高師泰則指示部下說：「嫌恩賞數量太少嗎？身邊如有寺社和本所的領地，可以越境佔用嘛。」

北畠親房出自村上源氏，鎌倉初期的政治家源通親是其祖先。后醍醐天皇初繼位時，就有三位重要的臣子輔佐他並推進復興皇室、推翻鎌倉幕府的改革，此三人即為吉田定房、ｒｅａd•９９cｓw.coｍ萬小路宣房和北畠親房，人稱「三房」。后醍醐天皇曾召禪僧玄惠入宮講解朱子學，北畠親房也就拜在玄惠門下，他可以說是推動日本朱子學發展成型的重要代表。

拿下鎌倉以後，北畠顯家遂于翌年元月揮師西下。不甘失敗的足利義詮聚攏敗兵，尾追南朝部隊求戰，在美濃的青野原再度全軍覆沒。就這樣，足利尊氏起家的老窩、整個關東平原全都落到了北畠顯家手中，后醍醐天皇的吉野朝廷總算有了一塊還算成規模的領地。

可是料想不到的事情發生了，北朝兵將氣勢洶洶而來，把聖福寺團團圍住，彷彿立刻就要把全體明使都亂刀分屍一般。原來這跟此前懷良親王擅殺明使一樣，都是個天大的誤會，今川了俊聽聞懷良親王與明朝有所往來，還以為他打算向明朝借兵，而這些使者正是明朝大軍的先遣聯絡官呢。

后村上天皇任命脅屋義助為西國、四國總大將，使其揮師從紀伊走海路挺進四國，在小豆島建立基地。四國豪族紛紛響應，義助很快便控制了大半個四國，同吉野朝廷及在九州奮戰的菊池黨遙相呼應。然而就在這一關鍵時刻，突如其來的疾病奪去了脅屋義助的生命，是為南朝興國三年（北朝康永元年，公元1342年）五月——四國地區的分裂形勢一直維持到南北朝結束。

其實京方本來早有機會吞滅南朝，偏偏內部紛爭不休，各國守護日益坐大，時常發動叛亂，威脅幕府統治，甚至一個搞不好還會倒向南朝，導致局勢瞬間扭轉。足利義滿畢生都在和這些守護勢力做鬥爭——上述那「三管四職」的七家，就是其中的佼佼者，其餘大家族還有土岐、大內、今川等等。

據說后醍醐天皇臨終時，左手持法華經，右手持寶劍，並且傳下遺言：「唯願消滅朝敵而致四海太平，縱使埋骨南山，魂魄也要遙望北闕。」他這種誓不罷休的精神，倒也是挺值得敬佩的。

南北兩朝就此展開了長期的拉鋸戰，就連京都也曾多次易手。到了南朝正平十年（北朝文和四年，公元1355年）三月，足利尊氏、義詮父子擊敗南朝軍隊，再次收復京都。從這一年開始，南朝軍節節敗退，京方重新佔據了優勢地位。三年後的四月，足利尊氏病死於京都二條的萬里小路邸，享年五十四歲，結束了他動蕩播亂的生涯。

足利尊氏進京以後，為了獲得討伐兄弟的大義名分，就採納了部將佐佐木道譽的建議，向南朝方請求詔書——直義不是歸從了你家嘛，那得你來下旨討伐啊。南朝方此前利用足利直義之勢重新穩住了陣腳，腰桿又硬了起來，當即回復：想求我家的旨，就先得返還京都和政權才成！

義貞以金崎城為基地，憑藉東宮之名徵集部隊，並派其弟脅屋義助前往要隘杣山城，兒子義顯遠赴越後進行聯絡工作。杣山城城主瓜生保、義鑒兄弟在母親的授意下，搜集了數千兵馬趕來會合。

南北朝的戰亂產生了大量失去土地和主家的武士，他們在日本再無立錐之地，遂淪為盜賊，甚至渡過蒼茫大海，前往朝鮮半島和中國大陸燒殺搶掠——這便是「倭寇」的開端。南朝正平二十二年（北朝貞治六年，公元1367年），高麗國王派遣使者來到京都，要求北朝和幕府恢復秩序，嚴禁倭寇。南朝正平二十四年（北朝應安二年，公元1369年），剛剛建國的明太祖朱元璋也派遣使臣七人來到九州，向南朝的征西將軍懷良親王遞上國書，國書內容主要是譴責倭寇，並希望通商友好。懷良親王殺死了使臣中的五人，並且扣留楊載、吳文華三個月後，才把二人驅逐出了日本。

南朝正平十六年（北朝康安元年，公元1361年），由於受到佐佐木道譽的挑撥，細川和氏之子清氏投降南朝，隨即殺入京都，迫使足利義詮和后光嚴天皇逃往近江。次年七月，細川賴之在贊岐白峰城大敗細川清氏——清氏或許就歿於是役，總之從此消失了蹤影。因為戰功，賴之節節攀升，最終成為幕府管領，並且成為第三代幕府將軍足利義滿的輔政之臣。

這還近乎是懷良親王的全盛時期。那些農民兵只是臨時應|召，根本不可能執行這種跨海行刺的高難度任務，而懷良親王若能夠不計損失地隨手拿出四百名武士，估計早就統一九州島了……

此後，斯波義將討平佔據越中的南朝名將桃井直常，勢力逐漸恢復。到了南朝天授四年（北朝永和四年，公元1378年），細川賴元等人進攻南朝的領地和泉、紀伊，遭到慘敗，隨即代其為將的斯波派山名氏清、山名義理卻成功攻取上述兩國。從此細川賴之的聲望大跌，于次年閏四月被趕下了台。斯波義將再任管領，並且發兵討伐細川賴之。

土岐賴康沒有兒子，就撫養侄子康行和滿貞作為繼承人，等他死後，年長的康行成為一門總領。土岐滿貞心懷不滿，就向足利義滿進讒言說康行有謀反的企圖，義滿正中下懷，於是下詔討伐土岐康行。

其實細川賴之的去職，並非僅僅因為斯波派的打擊，很大原因在於將軍足利義滿已經成年了。義滿急於擺脫細川氏的陰影，樹立自己的權威，把幕政完全掌握在自己手中。執事斯波義將的能力和威望都不如細川賴之，從此義滿就可以放開手腳，進行自己的政治改革了。

「古代堯舜有德，四海賓服；商湯、周武王施行仁政，八方納貢。臣聽說陛下您有發動戰爭的策略，您卻不知我小國也有抵禦外敵的計劃，論文有孔孟的道德文章，論武有孫吳的韜略兵法。又聽說陛下將選拔股肱之將，起全國之兵，前來侵犯臣境，但我山海之國，水來土掩，將至兵迎，豈肯跪地而求降呢？順您的意未必便生，逆您的意未必便死……即便您打贏了我們小國，也勝之不武，萬一不幸敗退，反被小國羞辱。自古和為上策，可以避免生靈塗炭，臣將會年年進貢，歲歲稱臣，永為小弱的倭國……」

既然足利尊氏已然歸附南朝，而足利直義也兵敗降伏，按道理來說，天下應當就此太平了吧？南朝天皇垂拱而治，足利幕府掌控實權，大規模戰亂理當止息。不過這般局面，原本也就只有身為傀儡的北朝天皇可以容忍，后醍醐一系的南朝天皇卻瞧不慣，正好這個時候，那位堅決主戰的北畠親房返回了吉野，於是謀划著一舉掃平足利氏的勢力。

話說攝政、關白一職始終掌控在藤原氏北家手中，北家主要分為五支，即近衛、鷹司、九條、二條和一條，迭為攝關，人稱「五攝家」。近衛經忠是近衛家的家長，還不到三十歲，就從鷹司冬教手中奪得了「藤氏長者」的名號，並被后醍醐天皇任命為關白。足利尊氏造反，殺入京都以後，特意把已經退居左大臣的近衛經忠給抬出來，再任關白，想利用他「藤氏長者」的威望來鞏固北朝政權。

為了對付兄弟，這時候的足利尊氏啥都不管了，反正京都朝廷也不過是自己的傀儡而已，沒了就沒了吧。於是十月份，令人大跌眼鏡的事情發生了，堂堂幕府將軍足利尊氏遞上降表，宣布歸附南朝，次月，北朝崇光天皇被廢——莫名其妙地，大和朝廷又在名義上歸於一體了，史稱「正平一統」。

然而，經過連番大戰之後，由於得不到關東地方豪族的支持，北畠顯家有限的兵力已經消耗殆盡，而足利尊氏則調遣高師泰、高師冬等部隊依託畿內地區，層層遞進地衝擊陸奧軍。在這種波浪式的消耗攻擊面前，北畠顯家終於抵擋不住了，只得繞過京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢復的陸奧軍再度攻擊京都，同聞訊而來的京方軍在奈良的般若坂發生戰鬥，結果北畠顯家戰敗，率領殘部遁入河內，義良親王則逃往吉野。

而這個時候，主張「東國經營」的北畠親房，正在常陸、房總等地陷入苦戰。先是高師冬率京方軍東進，在小田城下擊敗了北畠親房，隨即小田城主小田治久內通高師冬，迫使親房退往關城，其子北畠顯時退往大寶城。高師冬繼續挺進關城，同時派遣小笠原貞宗進攻大寶城。就在這個緊要關頭，南朝方突然九_九_藏_書不知從哪兒跳出來一個近衛（藤原）經忠，大拆北畠親房的牆角。

就兵力而言，本來尊氏是不如直義的，然而直義雖然一度攻陷了鎌倉，卻並未能夠統馭關東全境，黨同尊氏的宇都宮氏綱等豪族仍在身後蠢蠢欲動，這就使得直義害怕受到前後夾擊，不敢首先向尊氏發起進攻。於是他派遣大將桃井直常兵發上野，討伐宇都宮氏綱，卻被氏綱施計擊敗。隨即關東豪族數萬兵馬來援尊氏，殺得直義大敗虧輸，倉皇後退。

但是朱元璋仍然不想耗費巨大人力、物力，去征討日本，打那無把握之仗。他在臨終之際，宣布了十五個「不征之國」，也就是勒令後代子孫不得派兵前往征伐的國家，這些國家中包括朝鮮、琉球等傳統藩屬國，竟然也包括了他一向厭惡的日本。

身為最高統治者，足利尊氏對這種行為不能不聞不問，否則傀儡北朝就根本無法控制，自己也就失去了大義名分。然而當真處罰這些有功之臣吧，又怕會冷了武士們的心，終究打天下、滅南朝靠的不是院駕，不是公卿，而是這些不懂規矩的鄉下武士們。

然而，意外發生了，當時竹羽城附近的藤島寨由平泉寺的僧兵把守，新田義貞派兵攻打，因為久久沒能得到勝報，遂親率五十騎前往探察，行至半途，遭遇一支為數三百人的敵軍，混戰中一支流箭射中了義貞的眉心——叱吒天下的名將新田義貞，就這樣莫名其妙地戰死了，年僅三十八歲。

使團返回明朝後不久，足利義滿的通好國書也送到了，但是義滿在國書中含糊其辭，光說願意交好、通商，卻不提稱臣納貢，也不提嚴禁倭寇的問題——日本內部還在打個不休，他哪有閑空去處理倭寇啊，再說了，倭寇的起因正是因為戰亂，戰亂不止，就算嚴剿倭寇，嚴禁船隻下海，那也是無法徹底解決這一問題的。

然而，頑強的北畠顯家竟然又一次從失敗中爬了起來，當年五月，他帶著不知道從哪裡變出來的軍隊，再度出現在了和泉的堺。五月二十二日，高師直聞訊而來，在石津與北畠顯家展開最後的激戰，這次，年僅二十一歲的顯家再也沒能從滿地屍骸中站立起來……

如此一來，關東地區依附南朝的各武士團就分裂為二，人心動搖，勢力衰退，終於導致結城宗廣之子、結城親光之弟結城親朝的反叛。於是關城和大寶城都陸續被攻陷了，北畠親房父子狼狽逃回吉野。

足利直義重整旗鼓后，于正平六年十一月殺回關東老家，奪取了鎌倉府。此時歸順南朝的足利尊氏已經從后村上天皇手中得到了追討直義的宣旨，於是留下兒子義詮守備京都，自己親率仁木賴章、仁木義長、畠山國清等將領，沿著東海道東進，直取鎌倉。直義率上杉憲顯、石塔義房、石塔賴房等將來迎，兩軍最終在駿河國內的薩埵峠展開對峙。

這封信反覆輾轉，才終於在翌年的五月份送到尊道手中。法師見信后不敢怠慢，急忙前去求見幕府將軍足利義滿。義滿見信大喜，趕緊下令今川了俊把明朝使團迎入京中，盛情款待。他還懇請仲猷祖闡開壇講法，「敷演正教」，一時間聽眾雲集。日本的公卿百官、高級武士們在聽講之後，莫不為仲猷祖闡和尚精深的佛法修養所折服，給他上了一個尊號，叫「中華禪伯」。

首先是南朝元中七年（北朝明德元年，公元1390年）爆發了「土岐氏之亂」。土岐氏出自源氏，一門總領土岐賴遠曾任美濃守護，因為衝撞了光嚴院的御車而被足利直義下令斬首。但是賴遠本人功勛卓著，因此在他被處刑后，諸將求情，幕府允許其侄賴康繼承家業。到了足利義滿時代，土岐賴康擁有美濃、尾張、伊勢三國守護職，聲威烜赫，這當然會引起義滿的警惕。

事實上，懷良親王是在足利尊氏攻入京都的同年被任命為征西將軍，開始向九州進發的，此後頑強奮鬥了二十多年，全靠肥后豪族菊池武光的相助，才終於拿下了半個九州島，入居鎮西府。

明洪武五年（公元1372年），明朝派出了第四批使者，以答覆懷良親王的進貢，雖然所攜國書題頭就寫「爾日本國王良懷」，但這隻是為了麻痹對方而已。朱元璋秘密地關照使團正副團長——明州天寧寺高僧仲猷祖闡和南京瓦官寺高僧無逸克勤——要他們爭取和真正的日本朝廷，尤其是北朝建立聯繫。

當然啦，懷良親王是絕對不會放這兩位高僧團長去接觸北朝的，在委婉地拒絕了他們前往京都的請求后，乾脆把使團全體都軟禁在聖福寺中。好在此前不久，北朝方大將今川了俊（貞世）便率領大內弘世、吉川經見等將登陸九州，對鎮西府發起了猛烈的攻擊，最終菊池武光戰敗，保著懷良親王逃入南方的高良山中。仲猷祖闡聞訊，這個高興啊——這回不就能夠順利地和北朝接上頭了嗎？

然而近衛經忠仍然忠誠於後醍醐天皇，沒過多久就瞅個空逃出了京都，遁往吉野。只是時過境遷，這時候南朝的朝堂上已經擠滿了，再無這位前關白的容身之處，經忠無奈之下心說，乾脆我去關東混吧。

第二年，擁有七國守護職，在四國和山陽道都舉足輕重的細川勢力捲土重來，斯波義將被迫辭去管領之位，讓給細川賴之的養子細川賴元。這是當年四月的事情，隨即十二月就爆發了「明德之亂」。

足利義滿親率直屬武士「奉公眾」及在京各大名的軍隊，總數估計近萬，前往討伐。在大內義弘、細川賴之、畠山基國等守護們的奮戰下，山名軍很快就全線崩潰，山名氏清戰死，滿幸逃亡——是為「明德之亂」。戰後，造反的山名氏被全數剝奪了領地，而站在幕府方的山名時熙兄弟只討回了但馬、伯耆、因幡三國——「六分之一殿」的後代，勢力萎縮了七成還不止。

忙於穩定畿內局勢的足利尊氏在得知新田義貞圖謀北陸的消息后，急命越后守斯波高經率軍包圍了金崎城。此時，脅屋義助剛剛離開杣山城，正在返回金崎的途中，主從僅十六騎，當晚，他趁著夜色蒼茫，率領從騎繞著敵軍的陣地狂呼：「北國武士、僧兵兩萬騎前來支援官軍！」士氣並不高昂的斯波軍立刻慌亂得四散奔逃。於是脅屋義助兵不血刃地解了金崎之圍。

高氏，據說源自源義家的乳兄弟高階惟章，跟隨著義家之子源義國遷居下野國——這位源義國便是新田義重和足利義康這二位創氏之祖的父親。所以高氏歷代在足利家中擔任執事（大管家），高師直、師泰兄弟跟隨足利尊氏起兵，戰功赫赫，一族而出任河內、和泉、伊賀、尾張、三河、越后、武藏等數國守護職。

戰火四處燃起，遙遙不知止期。到了南朝正平三年（北朝貞和四年，公元1348年），足利尊氏意圖一舉底定勝局，於是調動各路大軍，以大將高師直為總大將，矛頭直指吉野。楠木正成之子，俗稱「小楠公」的楠木正行（其父則被稱為「大楠公」）率軍抵禦，結果在河內的四條畷大敗，與兄弟正時一起自殺。高師直就此長驅直入，很快便攻陷了南朝的首都吉野，后村上天皇狼狽逃往穴生。到了這個時候，形勢對京方絕對有利，天下眼看就要太平，沒想到，足利幕府內部卻突然亂了起來……

第二代幕府將軍足利義詮小名叫千壽王，等到他的嫡子誕生以後，就也冠以相同的名字，只可惜，這個第二代千壽王沒能成年就夭折了。好在老爹足利尊氏去世僅僅百日，詮氏的側室涉川幸子便又產下一子，起名為春王。雖然是庶出，但正室之子已死，故而這位春王便一躍成為嫡子，他就是後來大名鼎鼎的三代將軍足利義滿。

直到第三回，萊州府同知趙軼奉命出使，來到九州鎮西府（即太宰府）。懷良親王排布武士，以刀相脅，說當年蒙古人就是派了個姓趙的來，假意通好，其實大軍在後，幸虧天降「神風」把他們給打敗了，「今新天子帝中夏，天使亦趙姓，豈蒙古裔耶？」——你也是打算來誆騙我們的吧？趙軼聽了這話，真是哭笑不得，先解釋說自己所代表的並非蒙古人而是漢人，隨即呵斥道：「我大明天子神聖文武，非蒙古比，我亦非蒙古使者后。能兵，兵我！」