曾國荃繼續待著不走，令李秀成大感頭疼。李世賢見狀，建議不如暫時舍曾國荃不攻，轉而北上進攻揚州、六合。

北新涇戰役后，為了留住程學啟的心，李鴻章已將他的人馬擴充到三四千人，可獨當一路。在四江口，經過兩天激戰，程學啟部的營官大多受傷，將弁陣亡十三人，兵勇死傷六七百人，但依舊未能給被圍淮軍解圍。

洋槍引進越多，原有營制勢必難以容納。李鴻章雖然早就在原有營制外添練洋槍小隊，但只能是臨時措施，而非根本之計，於是他決定對營制進行改革，將原有的小槍隊全部改為洋槍隊。由於程學啟部戰鬥力最強，其所屬的一個營還被專門改成了洋槍隊營。

李世賢分析，江北清軍兵力空虛，也不會料到太平軍敢於突然渡江，正是北上的好時機。在佔領揚州、六合后，除可以得九*九*藏*書到糧食補給外，還能夾江打擊曾國荃，之後再分兵前往安慶進攻曾國藩，從而吸引曾國荃分兵救援，到時「乘虛擊之，則必勝矣」。

李鴻章聞報，深恐被圍淮軍覆滅，遂在常勝軍的協同下，親率程學啟、劉銘傳等部進行大舉反攻。太平軍方面除譚紹光外，聽王陳炳文、潮王黃子隆也趕來參戰，這就是四江口會戰。

在北上構想的基礎上，眾人又經過一番斟酌，最終形成了「進北攻南」方案。所謂進北，是由洪春元、李秀成先後率部北渡長江，所謂攻南，是李世賢等人在長江南岸進攻金柱關等地，以與北上行動相呼應。

在四江口會戰中，這種營制改革被證明頗為有效，洋槍武裝下的淮軍表現出了絲毫不遜於湘軍的戰鬥力，在他們面前，太平軍竭盡全力仍討不到半點便宜，reａd•９9csｗ•ｃｏｍ在折損一萬多人後，不得不朝崑山敗退。

退一步來說，就算楊輔清、陳坤書兩路能夠取得一隅之勝利，在李秀成這一路經營慘淡的情況下，也不可能再對大局產生多大影響。1862年10月25日，李秀成終於認識到再圍攻下去仍然無濟於事，只是徒損精銳和元氣而已，遂下令撤圍，停止進攻。

李秀成聽后覺得很有道理，同時考慮到自己與捻軍首領張樂行曾有合作，北上后可以與其聯合，於是決定採納這一計策。

天京會戰是一場關係雙方軍事消長的決定性戰役。曾國荃軍在此役中被數倍於己的敵人包圍，孤軍奮戰達四十六天之久，其間有一段時間連火藥都用完了，只得向湖北、江西緊急求援。湘軍自成立以來，還從來沒有打過如此漫長而艱苦的戰役，郭嵩燾稱之為「極古今之九九藏書惡戰」。戰役結束時，倖存官兵幾乎個個傷痕纍纍，滿面枯槁。

四江口告急，李鴻章忙令程學啟督各營前去解圍。先前程學啟能戰之名早已傳遍湘淮各軍，適逢曾國荃在天京城下被圍，情況危急，曾氏兄弟便擬調程學啟帶全軍雇輪船回援。李鴻章早已視程學啟為麾下首席勇將，哪裡捨得放人，太平軍的反攻正好給他提供了一個加以拒絕的絕好理由。他對曾國荃說：「程鎮（程學啟）日夜奮戰，對我支持極大。我這裏臨敵調兵，根本找不到人替代他。他如果被調走，不但青、嘉（青浦、嘉定）必然得而復失，淞滬也將大受震動。」給老師曾國藩的回復則更簡單：「此間若無程鎮，再有危難，鴻章還能站得住腳嗎？」

太平軍撤圍后，曾國荃派部分兵勇出壕，嘗試性地發動了一次攻擊，結果發現對方已經軍心渙散ｒead•９9cｓw•cｏｍ，鬥志全無。於是他下令各營傾巢而出，對東西路太平軍發動大反擊。這下太平軍不光是撤圍，連在天京城下都待不住了，李世賢率西路軍、李秀成率東路軍分別敗退，後者繞城而走，退入了天京城內。

在北新涇戰役中，李鴻章進一步發現李秀成所部不僅洋槍最多，而且作戰時專用洋槍，射擊距離很遠。這使他感到要與李秀成部對抗，也唯有儘可能地多用洋槍。

曾國荃一度在告急信中表現得可憐兮兮、哀哀戚戚，闖過生死線之後卻又重新恢復了他那狠巴巴的性格，他拒絕聽從兄長的意見，依舊紮營天京城下，呈虎視姿態。

當年安慶失陷時，陳玉成面對湘軍的緊逼圍攻，派扶王陳得才等人西征，「往河南、陝西等處去打江山」。進北攻南的目的，一方面是接應陳得才西征軍和聯合張樂行捻軍，另一方面是深入湘ｈｔｔps://ｒeaｄ•９９ｃｓｗ•ｃｏm軍後方，威脅安慶直至武漢，以牽制乃至解除湘軍對天京的嚴重威脅。

曾國葆在戰前本已染疾，並獲准回家休養，這一戰之後病情加重，很快便死於軍營之中。曾國藩也被折騰得夠嗆，直言：「心已用爛，膽已驚碎，實在沒有什麼比這更可怕的。」在太平軍撤圍前，他致信曾國荃，說如果太平軍撤圍，你當以追為退，不可再長駐天京城下。

得知所部大敗於四江口，蘇崑（蘇州、崑山）空虛，李秀成當即抽調兵力回援，顯示其繼續進攻曾國荃軍的決心已大為動搖。在此期間，另外兩路的進攻勢頭也遭到了不同程度的遏制：輔王楊輔清一路雖然多次擊敗鮑超，還攻下了寧國縣城，但卻奈何不了核心的寧國府城；在彭玉麟、楊岳斌的指揮下，湘軍水陸軍肅清了太平軍設於金柱關和蕪湖之間的營壘，護王陳坤書一路在陸戰方面遭遇失敗。