起請文裏面還有對興福寺宣誓忠誠的條文，有的研究者認為，「幕府對眾徒和國民的處置也反映了興福寺的願望」。然而，要依靠幕府才能解決問題，正體現了興福寺的衰微。如今的興福寺，若無幕府為後盾，已無法阻止眾徒和國民的肆意妄為了。幕府於十月又命令興福寺學侶二十四人上京，讓他們宣誓絕不追求私利私慾，專心修行佛道。幕府也看得很明白，正是學侶的腐敗導致了眾徒和國民的囂張跋扈。

應永十二年（1405）八月，幕府將宇陀郡交與興福寺大乘院管理。然而，割據宇陀郡的澤、秋山兩氏強佔宇陀郡內的興福寺領屬莊園，與其對抗。（《宇陀郡奉行引付》）他們原本是南朝一方的武士，奮起反抗幕府一方的興福寺實屬理所應當。此外，同為南朝一方的多武峰寺（現在的談山神社）也侵入宇陀郡，與興福寺相爭。因此，興福寺並未實際支配宇陀郡。

應永二十一年五月，多武峰寺與澤氏發生糾紛，由於多數國民介入此事，一場大規模的紛爭爆發了（國中合戰）。四代將軍足利義持雖下達停戰命令，卻未收實效。幕府遂命令興福寺別當東院光曉出面制止爭端。接受幕府之命的興福寺學侶和眾徒協助幕府使者出面調停，支援澤氏的越智氏遂應幕府要求，表示撤兵，多武峰寺的僧人卻對幕府使者暴力相向。（《興福寺日次記》）

南北朝合一的和談原本就是足利義滿無視北朝的獨斷之舉，由舊南朝一方出任天皇這一約定根本就是不現實的。然而，由於不願明目張胆地背棄和約，足利義滿一直沒有將后小松天皇之子立為皇太子。因而，后龜山對舊南朝一系的皇子被立為皇太子，在後小松天皇之後即位一事尚存一線希望。

在北畠滿雅叛亂之際，興福寺一直協助幕府，這是因為後南朝勢力侵入大和，興福寺也不可迴避。此後，興福寺在討伐后南朝勢力的問題上與幕府保持步調一致。

但是，應永二十二年二月，伊勢的北畠滿雅因不滿稱光即位而起兵。（《滿濟准後日記》）北畠滿雅就是那位有名的南朝忠臣北畠親房的曾孫。伊勢北畠氏是南朝勢力的中心，南北朝合一之後北畠氏向幕府靠近，作為實際上的伊勢守護活動。應永十年，足利義滿參拜伊勢神宮時途經平尾（今三重縣松阪市大平尾町、町平尾町），參加了北畠氏為他舉辦的歡迎宴會。（《吉田家日次記》）北畠氏意在討幕府的歡心，以讓舊南朝一系皇子的即位得到幕府認可。應永十九年六月，北畠顯泰（滿雅之父）特地上京同幕府交涉。（《山科家禮記》）交涉內容於史料無載，鑒於后龜山外逃的狀況，想必與皇位繼承問題有關。

同年六月二十日，幕府依照興福寺的願望，命令眾徒二十六人、國民二十八人于次月五日之前上京。七月八日，幕府對上京的眾徒和國民下達了七項要求，主要內容是：「今後無幕府命令擅自私戰者，處以流放大和之外的刑罰，並沒收領地。協力者連坐。即便有兩門跡指示，也不得擅動。凡有問題，應向幕府上訴。反之，若是幕府下達了討伐命令，即便討伐對象是親屬也絕不可饒恕。」眾徒和國民提出起請文，宣誓遵守命令。（《寺院事條條聞書》）

應永二十二年四月中旬，幕府命京極持光、土岐持益、一色義范討伐北畠。討伐軍從近江越過鈴鹿嶺進入伊勢，遭到激烈抵抗，陷入苦戰。另外，與伊勢國境相接的大和國宇陀郡這邊，北畠氏的影響力也很大，宇陀郡的澤和秋山兩氏遂響應北畠起兵。於是幕府命令眾徒、國民出兵宇陀郡，擊退澤和秋山。（《寺院事條條聞書》）

同年六月十九日，眼看澤和秋山的活動漸漸平息，足利義持命畠山滿慶經大和國宇陀郡進攻伊勢。（《滿濟准後日記》）其兵力僅一百二三十騎，應該是寄希望于眾徒、國民的兵力。不過當月二十四日，畠山、眾徒、國民等幕府軍在宇陀郡的石破一帶（大概是現在奈良縣宇陀市榛原赤埴吧）遭遇土一揆襲擊，軍糧等物資盡被搶去。（《寺院事條條聞書》）即便如此，畠山仍攻向伊勢，眾徒、國民卻半途折返。ｒeａｄ•99cｓw•cｏｍ

散在黨指不參加長川、長谷川、平田、葛上、乾協五黨任何一黨的武士，也就是大和國內零散分佈的武士結成的一黨。其盟主是以高市郡越智鄉（今奈良縣高市郡高取町越智）為根據地的越智氏。越智氏是大乘院一方的國民，自稱源氏。南北朝時代越智氏是大和國內南朝一方勢力的中心，觀應擾亂時逃離京都的足利直義（足利尊氏之弟）甚至都要仰仗他們的力量。

另一方面，幕府一方有名的人物是以添下郡筒井鄉（今奈良縣大和郡山市筒井）為根據地的筒井氏。筒井氏是乾協黨的一員，最初並無多大的存在感。但至德二年（1385），筒井順覺成為乾協黨中的重要力量。（《西大寺文書》）根據尋尊的解說，筒井鎮壓興福寺嗷訴有功，被室町幕府三代將軍足利義滿封為官符眾徒。（《大乘院寺社雜事記》）向來官符眾徒的任免權在興福寺別當手裡，因此足利義滿的這次任命是個特例。筒井在乾協黨當中崛起，背後應該有幕府的支持。

然而如前所述，北畠氏的努力白費功夫，稱光天皇還是誕生了。這樣，北畠滿雅決意放棄合作路線，轉而同幕府開戰。（不過根據《寺院事條條聞書》，起兵是因為領地的問題。）

之後，筒井與箸尾紛爭不斷，雖然每次幕府都下令停戰，但由於筒井一貫忠於幕府，箸尾卻曾偏向南朝，因此幕府的裁定總無法避免地偏向筒井一邊。為了挽回劣勢，箸尾越發和越智走到了一起。

應永十一年（1404）七月，一乘院一方國民、長川黨的箸尾為妙攻擊了reaｄ.99cｓw•ｃoｍ筒井順覺。幕府命二者停戰，請興福寺別當大乘院孝圓出面協調，孝圓卻說「這是一乘院的問題」，面有難色。最終，幕府強令二者停戰。（《寺院細細引付》）然而，應永十三年，足利義滿重提舊事，追究箸尾為妙、十市遠重攻擊筒井氏的罪責，向大和派出討伐大軍。（《藥師院舊記》）箸尾、十市戰敗，足利義滿沒收了他們的領地，將其贈予春日社和興福寺。（《大乘院寺社雜事記》）應永十五年筒井與箸尾交戰之際，幕府軍為援救處於劣勢的筒井，也曾向大和派出援軍。（《東院每日雜雜記》）

特別是觀應二年（1351）的「兩門跡爭執」，是個關鍵的時間點。一乘院與大乘院的紛爭斷斷續續，持續了三十年。興福寺，以及眾徒和國民完全一分為二。兩門跡為了將「眾徒、國民」的武力拉入本派麾下，競相拿出更高的賞賜。結果，一乘院、大乘院的領地落入「眾徒、國民」的手中，門跡對莊園的控制權徒有虛名。

將軍足利義持十月赦免了北畠滿雅（《滿濟准後日記》），實際上是議和。次年，即應永二十三年九月，足利義持率領諸位大名去奈良，首次參拜興福寺，之後向後龜山法皇承諾恢復他的領地，邀請他回歸嵯峨大覺寺。（《看聞日記》）足利義持對后龜山法皇成為後南朝勢力的旗號，再度出現北朝與南朝對立的狀況十分戒備。后龜山判斷，北畠滿雅既然已降伏於幕府，就不必再做無謂的抵抗了，遂回到了京都。

雖然剛才提到興福寺追隨武家一方，但「眾徒、國民」未必追隨武家。高市郡的越智氏，宇智郡的二見、牧野、野原氏等大和國南部武士均因靠近吉野而屬於南朝一方。其中散在黨的越智氏格外重要。

幕府再度派遣使節，兩軍終於撤兵。興福寺的學侶、眾徒就防患之策協商，認為國民們以個人理由擅自發起軍事行動是造成大和國內亂的原因。於是他們向幕府傳達自己的意見，應該叫停國民之間的「私戰」，凡有紛爭應由幕府裁決解決。

根據伊藤裕偉的說法，在北畠這一邊，幕府軍最終未能攻下北畠氏的根九*九*藏*書據地多氣城（位於現在的三重縣津市美杉町上多氣）。幕府軍與北畠滿雅簽訂停戰協議，撤了回來。八月十八日，畠山滿慶等人回京。（《滿濟准後日記》）

但是，應永十五年足利義滿去世，嫡子足利義持繼將軍位，成為幕府最高掌權者。足利義持並非明德和約的當事人，故而對后龜山不以為意。他意圖讓后小松天皇的長子躬仁即位。

剛剛開啟新體制就面臨國中之戰的幕府，也一定看到了其背後吉野后龜山的影子。因此，幕府拼盡全力試圖終結國中之戰。大和的混亂平定之後，應永二十一年十二月十九日，稱光天皇正式即位。

幕府之所以會因大和的混亂而神經緊張，是因為這時候發生了后南朝問題。

過去的研究認為，南北朝期間，一乘院追隨南朝，大乘院追隨北朝，興福寺一分為二。這是依據一乘院實玄的父親近衛經忠屬於南朝一方等事實來推測的。但根據安田次郎的研究，興福寺整體一直屬於北朝一方，也就是武家（室町幕府）一方。幕府為照顧興福寺，未在大和設守護，興福寺握有事實上的守護職權。一乘院與大乘院雖然處於激烈且反覆的對抗狀態，但與南北朝的對立毫無關係。

此後，大和國內的紛爭發展為親幕府的一乘院一方眾徒筒井，與反幕府的大乘院一方國民越智之間的鬥爭。

由於大乘院與一乘院的對立，興福寺別當的控制力大減，一乘院、大乘院兩門跡實際上掌握著大和的守護職權。然而，其職權範圍卻無法達到南部的宇智、吉野、宇陀三郡，基本上只能控制奈良與國中（奈良盆地）一帶。

后南朝問題最初出現，是應永十七年（1410）的后龜山法皇外逃事件。此事件發生在南北朝合一時，我們由這一背景看看這一事件。

七月，楠木某響應北畠氏起兵，侵入大和國宇智郡及河內國，放火燒民宅。據說大和國武士中有與楠木相通之人。（《寺院事條條聞書》）七月十九日，畠山滿慶分兵一隊，派往河內。當月二十四日，楠木某被斬殺。（《滿濟准後日記》）

明德三年，后龜山同意南北朝合一，率領四十余名親隨離開大和國吉野，向北朝的后小松天皇交出三件神器。后龜山進入京都西郊的嵯峨大覺寺，以「南主」「大覺寺殿」自稱。生活雖然孤寂，后龜山卻隱忍堅持了下來。南北朝合一時，將軍足利義滿開出了一個條件，即皇位恢復兩統迭立，也就是今後的天皇由舊南朝、舊北朝雙方交替繼承。九_九_藏_書

后龜山了解到幕府並無向舊南朝移交皇位的意向之後，于應永十七年十一月逃出嵯峨，抵達吉野。儘管同時代的史料記載說，后龜山的外逃是因為生活困苦（《看聞日記》），但正如森茂曉所指出的，這是后龜山「對躬仁即位計劃的抗議」。

曾研究過十五世紀後半葉的大乘院門主及興福寺歷史的尋尊說：「這場戰亂是興福寺滅亡的開端。」尋尊是個對什麼事都持悲觀態度的人，對於他的這句評價也應該打個折扣，但說兩門跡的分裂和對抗將「眾徒、國民」推上了歷史舞台，卻是沒有錯的。是否能得到「眾徒、國民」的支持，成了事關門跡和院家興衰的關鍵。

明德三年（1392）閏十月，所謂的南北朝合一（明德和約）得以實現，南朝退出歷史舞台。然而，侍奉南朝的武士們並未對幕府心服，時常擁立舊南朝的皇族叛亂。這樣的南朝復興運動，被學術界稱為「后南朝」。

然而，足利義持無視后龜山，毅然推進擁立躬仁的進程。應永十八年十一月二十五日，躬仁被立為親王，當月二十八日元服，次年八月二十九日踐祚（從上一任天皇手中接受三件神器）。稱光天皇誕生了。因為稱光天皇年僅十二歲，后小松上皇實施院政。也許有人會認為，反正也是后小松統率朝廷，讓位毫無必要，但其實在中世，院政才是普遍的情況，天皇親政反倒是例外。為了確立舊北朝一系對皇位的獨佔，讓稱光天皇踐祚、讓后小松實施院政是必不可少的。