得勢的經覺於是命令眾徒與國民共十六人進攻筒井城。不僅如此，大乘院的北面（大乘院門主的護衛）也加入了戰鬥。然而二月二十六日，越智春童丸和小泉重弘等反筒井聯軍大敗，古市與豐田也撤回自己的城池。（《大乘院日記目錄》《經覺私要鈔》）

另一方面，大和永享之亂的勝者筒井氏發生了內亂。筒井氏的總領是成身院光宣所擁立的筒井順弘（光宣之兄），他對自己只是光宣的傀儡感到不滿，遂與光宣對立。然而在嘉吉元年（1441）十月五日，順弘敗於光宣，逃到了親戚立野氏那裡去。（《大乘院日記目錄》）

此後，筒井派與反筒井派仍舊爭鬥不斷，但筒井的霸權一直未動搖。文安四年四月，接受古市胤仙的邀請，經覺進入奈良南部近郊的迎福寺。（《經覺私要鈔》）筒井一方大為緊張，但經覺並沒有能夠顛覆以尋尊、光宣為核心的興福寺新體制的能力。

對此事，萬里小路時房批判道：「如果經覺向幕府申請『把年少的尋尊當自己的弟子一樣養育』，問題本可以圓滿解決。現在依靠武力，顛覆幕府的決定，看來是智者千慮，必有一失。」（《建內記》）然而，這隻是不知情的評論家的意見罷了。正因為經覺清楚，依靠一般的手段無法拿回門主之位，所以才動用武力。

經覺焦急萬分，在幕府的催促下發處罰綸旨，經覺此前就已申請，這次終於拿到。（《大乘院日記目錄》《建內記》《經覺私要鈔》）所謂處罰綸旨，就是由天皇發布的討伐命令，處罰光宣的綸旨發布，等於說光宣成為朝敵，被視為亂臣賊子九-九-藏-書。

如此，筒井順永和成身院光宣結束了筒井氏的分裂，對他們而言，真正的敵人就是統率反筒井勢力的經覺了。

然而，一手策劃將持國趕下台的持永之母，以及畠山氏家臣游佐勘解由左衛門尉和齋藤因幡入道，向河內持國之處派出刺客。暗殺以失敗告終，憤怒的畠山持國率軍上京，擺開陣勢。

嘉吉元年四月十六日，結城城終於陷落。五月四日，結城氏朝等賊寇的首級運抵京都，接受了檢查。此後，公家與武家的實權者爭相宴請將軍，慶祝大捷。六月二十四日，赤松教康把將軍請到了自己的宅邸，但這其實是赤松滿祐與教康父子的計策。赤松滿祐等在自家宅邸內暗殺了將軍足利義教，逃回自己控制的播磨國。

如此，光宣攻入南都已無可避免。經覺擔心光宣報復，於是決定躲起來。當月二十八日拂曉，經覺乘轎子逃往京都。因為擔心筒井一方襲擊，他讓加入北面的奈良武士護衛他前去。經覺最終抵達京都西郊的嵯峨教法院，這裡是經覺親屬的住處，很適合躲藏。（《經覺私要鈔》）

事實上，這樣一系列動作的背後，有接替細川持之擔任管領的畠山持國的支持。（《大乘院日記目錄》）持國曾被足利義教鎮壓，在足利義教死於非命之後復出，他對和自己境遇相似的經覺抱有親近感。畠山持國是經覺等反筒井勢力的積極後援。

此後，山邊郡豐田賴英作為順弘一方北上，以鉗住岩井川之勢與光宣軍交戰不敵，被迫退去。取得勝利之後，光宣繼續擔任代官，並處罰了興福寺內七名順弘派成員。

鬼薗山山腳下的禪定院運氣不錯，未被燒毀。在成就院躲避戰火的尋尊得以返回禪定院。尋尊曾被經覺奪去門主之位，如今總算如己所願，重新回到了掌控大乘院的位置。當時的尋尊年僅十六歲，正與經覺就任大乘院門主時同齡。

次年，即嘉吉三年正月，筒井順弘在越智氏的幫助下進入筒井城。光宣與順永躲藏起來。但次月，順弘遭到同族和家臣們的背叛，慘遭殺害。這可能是光宣的計謀。於是光宣和順永回到了筒井城。（《大乘院日記目錄》）

曾被光宣的威勢制伏的興福寺學侶、六方眾，見到豐田等人得勝，便彈劾光宣，沒收了其五關代官之職。經覺任命小泉重弘、豐田賴英和九*九*藏*書古市胤仙為官符眾徒的首領，命他們取代筒井順永，維持奈良治安。

成身院光宣再度在鬼薗山築城，並以此為據點。筒井順永再度成為官符眾徒的首領，光宣則重新就任五關的管理代官。處罰綸旨也被取消，反而下達了赦免綸旨。（《大乘院日記目錄》）

親眼見到被足利義教處罰的人紛紛復出，經覺也活動起來。十月二日，經覺從幽禁地寶壽寺出發上京，請求再任大乘院門主。幕府雖然允准他移住奈良近郊的己心寺，但拒絕讓他重新擔任門主。（《大乘院日記目錄》）

這樣，看起來大和將迎來和平，但新的火種又在漸漸萌芽——畠山氏分裂了。

之後，反筒井勢力捲土重來，經覺於四月十九日重返禪定院。六月，經覺終於決定在鬼薗山築城。他招募奈良民夫數千人，構築了經覺的陣屋（住地）、六方眾的陣屋，以及小泉重弘、豐田賴英和古市胤仙的陣屋，各自儲存了糧食，準備了水桶。八月十日，經覺移住鬼薗山城，嚴陣以待。

事實上，持國與持永的父親畠山滿家也曾惹足利義滿不高興，受到過禁閉處分。因此，畠山基國去世后，嫡子畠山滿家未能繼承家督，而是由畠山滿慶來繼承。但在應永十五年（1408）足利義滿逝去后，滿慶向滿家退位讓賢，此後滿慶作為滿家的左膀右臂十分活躍。或許大家也期待著持國與持永兄弟能像昔日的滿家與滿慶兄弟一樣實現和解吧。

前一章講到，與大和永享之亂關係最密切的大名就是鄰國河內的守護畠山氏。現在這位畠山持國下台了。

二十五日，管領細川持之召集諸位大名，協商善後之策。（《建內記》）會議參加者不明，但山名持豐（日後的山名宗全）、畠山持永、一色教親和赤松貞村應該參加了。首先，他們決定將足利義教的嫡子千也茶丸立為將軍繼承人（日後的足利義勝）。不過千也茶丸年僅八歲，政務由管領細川持之代行。

當月八日，經覺以「隱居」的身份移住己心寺，但他並不滿足。十一月十五日，經覺率領越智以下國民開進禪定院（平家火燒南都之後，大乘院門主以禪定院為居住地），強行奪回門主之位。九九藏書

接著各大名決定赦免之前被足利義教驅逐或者受處罰的人（《看聞日記》），但最大爭議點是對畠山持國的赦免。持國雖說失勢，但在河內仍保持著潛在勢力，若置之不理，幕府軍西去播磨（討伐赤松），京都就有危險了。然而畠山持國恢複原有的地位，對於會議參加者畠山持永就不利了。這確實是個挺難處理的問題。

細川持之大吃一驚，派遣使者去詢問持國的意圖。持國回答說「斷無反對幕府之心，亦無殺害兄弟之意」，唯求游佐勘解由左衛門尉和齋藤因幡入道二人切腹謝罪。畠山持永的家臣大半加入了河內持國的陣營，進退維谷的游佐和齋藤于嘉吉元年七月四日拐帶持永逃出京都。跟隨者僅有五十騎而已。（《建內記》）就這樣，畠山持國恢復家督之位，大局已定。

經覺以及越智、古市等反筒井勢力一看機會來了，便對筒井氏施加壓力。在兵庫津以南與淀川有五處關卡，稱為「河上五關」（兵庫、神崎、渡邊、禁野、淀），通關費的收入歸興福寺所有，但因為幕府任命筒井氏為河上五關的管理代官，通關費收入的大部分流入了筒井氏的腰包。這時候，擔任代官的是成身院光宣，經覺以其未向興福寺交納收入為由，要求幕府解除光宣的職務。但是嘉吉二年十一月一日，光宣率手下的親兵佔領了南都七大寺（興福寺、大安寺、藥師寺、西大寺、法隆寺、法華寺、清水寺），經覺不得不向光宣歸還代官一職。

嘉吉元年（1441）正月，幕府討伐關東結城氏朝等叛軍（結城之戰）。幕府軍於前一年七月二十九日起包圍了下總結城城（現在茨城縣結城市內），卻未能找到任何破綻。惱怒的將軍足利義教命畠山持國出兵關東，持國卻閃爍其詞，令將軍不快。畠山氏的家臣團對事態深表憂慮，遂請求足利義教罷免持國。足利義教接受了他們的請求，廢除了畠山持國的畠山氏家督之位，立他的異母弟持永為家督。持國於是離開京都的宅邸，潛入河內。（《看聞日記》《建內記》）持國的失勢原因與經覺完全一樣，這確實頗有意思。

然而，筒井順弘也對五關代官的職位垂涎欲滴。順弘與立野一族一道，準備進攻光宣所在的彌勒院；但在十一月十一日，順永和光宣反而向順弘據守的眉間寺（現在奈良市法蓮町的東大寺下屬寺院，位於奈良町以北的玄關位置）發起了攻擊。順弘等人敗走，南山城（現在京都府南部）的木津父子和狛下司（狛野庄下司狛氏）因未能等到順弘等人的救援，在般若寺坂（從木津經般若寺去東大寺北面的坡道）戰死。光宣一方的山村（古市氏一族）和郡山辰巳等戰死。rｅad•9９csｗ.com

話雖如此，尋尊也有擔心的事情。與此前的歷任大乘院門主不同，尋尊並未接受過前任門主手把手關於知識和儀程的教導。尋尊與經覺的關係十分疏遠，甚至連閱覽經覺的日記《經覺私要鈔》也不被允許。安田次郎認為，尋尊之所以要記錄一部從未見過的詳細日記——《大乘院寺社雜事記》，其原因正在於此。換言之，他要為自己，也為後人，寫作一部具有參考價值的記錄。

次年，即嘉吉四年（二月五日改元文安）正月，傳言說光宣將會發動反擊，十九日，豐田賴英和古市胤仙向經覺請求：「為守護興福寺，應在鬼薗山築城。」 鬼薗山就是現在奈良賓館所在的丘陵。對此經覺回復說：「築城確為必要，但鬼薗山的位置在禪定院頭頂上，希望能在別處築城。」（《經覺私要鈔》）簡言之，經覺不願意處於被鬼薗山俯視的位置，這就等於是在窺伺經覺作為大乘院門主的自尊心。

對於幕府而言，筒井氏是大和最值得信賴的武士。為了大和的局勢恢復安定，幕府希望早日解決筒井的內亂。幕府既沒有選擇順弘，也沒有選擇光宣，而是選中了第三人。這個人是順弘、光宣的弟弟，當時是京都相國寺的僧侶。十月八日，幕府立他為筒井氏的總領，任命其為官符眾徒。他就是筒井順永。光宣雖對此不滿，但為了與順弘對抗，便認可順永繼承家督之位。（《大乘院日記目錄》）

次年，即文安二年（1445）三月，細川勝元取代畠山持國就任管領，幕府於是失去了九*九*藏*書討伐光宣的興趣。當年九月，反筒井聯軍被筒井一方擊敗。經覺為不被筒井一方利用，放火燒了鬼薗山城，向奈良南部遙遠的葛上郡安位寺逃去。並且，經覺孜孜不倦記錄下的日記也大半被燒毀。（《經覺私要鈔》）因此很遺憾，《經覺私要鈔》文安以前的記錄幾乎都沒有留存下來。

當月二十一日，筒井順永、成身院光宣與筒井實順交戰，因家臣背叛，實順戰敗切腹而死。於是，光宣順利奪回了筒井城。（《建內記》《經覺私要鈔》）

當月十四日，越智維通的遺子春童丸（後來的越智家榮）暴動了。依據幕府的命令，越智氏的家督由同族楢原氏繼承，春童丸撕破這一決議，奪取家督之位。這一行動是與畠山持國合謀的結果。（《大乘院日記目錄》）

嘉吉三年（1443）六月，經覺上京晉見將軍足利義勝。經覺復任大乘院門主一事得到了正式承認。（《經覺私要鈔》）

赦免持國之後如何對待他，根據現存的史料並不完全清楚。但是，還沒有做到把跟前的持永廢掉，重新讓持國做家督這一步。

曾試圖從成身院光宣手中搶奪代官一職卻慘遭放逐的順弘派「七人團」，投靠了豐田賴英。當年九月，豐田賴英與古市胤仙等合作進攻奈良。經激烈戰鬥，奈良町陷入火海，光宣逃往筒井城。此後光宣轉移到河內。經覺把筒井氏庶子、與順永處於對立狀態的筒井實順送進了筒井城。

享德二年（1453）六月，反筒井派的中堅古市胤仙病逝。以此為契機，兩派趨向和解，享德三年十二月經覺與光宣會面了。（《大乘院日記目錄》）

可是，武力也會帶來副作用。經覺並沒有自己固有的軍事力量，於是藉助了同被足利義教迫害的越智的力量。失勢之前的經覺在眾徒和國民相爭時，不曾格外關照任何一方特定勢力，從不曾跳出調停者的立場。但是，此番利用越智一派的軍事力量，就等於打上了親越智、反筒井的旗幟。經覺闖入紛爭的旋渦中，大和的政治局勢自此進入了全新的階段。