就在木曾義仲剛剛前往播磨國時，法皇突然在10月9日恢復了源賴朝在平治之亂前享有的官位，並在不到一周后又正式下令將東海和關東地區賜予賴朝，條件則為鎌倉必須派兵上京保護法皇。義仲得到這一消息后立刻在閏10月15日回到了京都，強迫法皇授予其征夷大將軍頭銜。這一職務原本是早年朝廷在與蝦夷土著作戰時設立的臨時職位，不屬於律令制文官體系內，但卻擁有指揮全國軍團的權力，並可以在前線設立被稱為「幕府」的軍事統帥機構。自公元940年叛亂被壓平以來，大將軍職位從未有人問津。木曾義仲此時奪得征夷大將軍一職，原本是希望能夠藉此重樹威望，從而獲得近畿武士的支持。但在其軍隊惡名的影響下，受封征夷大將軍非但沒有使其成為了全國武士的首領，甚至連手下軍隊的潰散也還是無法阻止。

幾乎與源義經同時，源范賴也從瀨田川的淺灘渡過了河，之後便向瀨田橋方向逆流而上，大舉逼近木曾義仲。與宇治川方面相同，數量上的劣勢又一次使木曾軍很快便潰敗了。源范賴軍渡河后經由山科到達六條河原，最終在琵琶湖以南的大津追上了木曾義仲。就這樣，這位將平氏趕出京都的梟雄迎來了自己的終結。自木曾遭到部下離棄之時起，勝敗就已決定了。用一千左右的兵力去面對6萬兵力的敵人，即使是天神下凡也不可能取得勝利。

直到全部人馬都已經上船離開海岸之後，平氏軍才在濃煙之中看到海岸上的義經，並發現源氏軍原來僅有百余名武士。義經本人甚至險些被一箭射死，幸虧後者的部下佐藤嗣信犧牲自己替義經擋了這一箭。即使到了此時，早已陷入驚慌之中的平宗盛卻仍然堅持認為源氏軍數量一定十分龐大，不敢下令重新登陸與對方交戰。傍晚時分，阿波、贊岐兩國部分武士也在源氏勝利的影響下率領一族郎黨加入了義經的部隊，使其部隊人數增加到了300人。甚至於20日至21日兩天，兩軍仍然保持著對峙狀態。平宗盛沒有上岸進行決戰的勇氣，到22日，平氏終於接受了失敗，向長門國西南端的彥島撤退。

自平氏一族在壇之浦投海自盡之時起，日本終於站在了一個新時代的門檻之上。憑藉著剿滅了整個平氏的威望，源賴朝成為了自西海至關東所有武士的唯一首領。除了陸奧藤原氏以外，在整個日本範圍內，已經不再有哪一個武士敢於不向鎌倉稱臣。以此巨大聲望和實力為基礎，再加上借追捕義經之機在全國各地設置的守護以及地頭，源賴朝即將揭開整個日本武士史上最為重要的一頁——徹底將武家政權與律令制國家朝廷剝離開來，建立以武士統治日本的全新政治。這一目標實現的標誌，便是1192年鎌倉幕府的建立。歷史終於拉開了武士時代的大幕，而支撐起這個嶄新舞台的擎天立柱，正是由一之谷的狼煙和壇之浦的船骸打造而成的。不僅如此，源平合戰事實上也是農業經濟和貨幣經濟在日本所做的第一次搏鬥，在平清盛所夢想的貿易經濟為壇之浦海濤所淹沒之後，以耕地和大米為基礎的經濟再一次統治了日本，直到近500年後，江戶幕府所發行的統一貨幣才終於算是部分地實現了平清盛的夢想，而貨幣經濟的完全實現，卻還要一直推遲到700年後的明治維新時期。

事雖至此，以仁王的詔書卻終於促使全國反對平氏的武士聚集在一起，在源氏倖存者帶領下公開宣布討伐平氏。在源賴政之後，源賴朝和源氏的木曾義仲相繼舉兵。若從這個意義上來說，這場宇治川會戰便如同一顆星火一樣，而日本很快便將被這顆星火點燃的烈焰席捲。

源賴朝在4月27日接獲招書，6月19日獲悉宇治川會戰的結果。他立刻便認清了源氏在這一戰的失敗將為自己招致殺身之禍。5天後賴朝便開始召集地方武士，在不為平氏所知的情況下集中當地武士。而這一切行動又均依賴於北條時政，而非源賴朝自己的羽翼。

賴朝明白自己必須在舉兵之初便獲得一場勝利，然後才能憑藉擊敗山木的聲望，進一步招募各地武士。而逐漸變得不得人心的平氏一旦聲望發生動搖，其實力也無法控制全國武士暴亂。在與北條氏商議后，源賴朝定於8月16日夜間行動。不過，惡劣的天氣卻使兵力集結變得十分緩慢，行動只得推遲了一天。

義經決定以自己聲望較高的西國做為根據地與鎌倉抗衡，因此率軍離開了京都。就連反對宣旨源義經出征的九條兼實也在其日記《玉葉》中對源義經離京時未挾持法皇（這一點在政治上無疑是愚蠢的）、未縱容部下掠奪姦淫，平靜離開京都的行為表示讚歎：「實堪稱義士」。不過當他從攝津出海后，卻遇到了極為惡劣的天氣，險些遇難。而在這之後，源義經突然銷聲匿跡，源賴朝卻藉此機會，借追捕義經的名義得到了任命守護和地頭的權力，統領當地武士，為後來鎌倉幕府所推行的御家人制度奠定了基礎。不久之後，幾乎是單騎穿越日本的義經突然在陸奧平泉出現，尋求源平合戰前曾保護過自己的藤原秀衡幫助，後者隨即拒絕了鎌倉方面交出義經的要求。

正午過後，海流開始逆轉，源氏艦隊在撐過平氏的進攻后開始反攻，損失了大量水手的平氏艦隊立刻便無法抵擋了。到了此時，源氏不僅在數量上佔據優勢，在動能上也贏得了上風。看到平氏大勢已去，位於平氏艦隊後方一直沒有與源氏交戰的阿波水軍在阿波重能的領導下突然倒戈，將代表平氏的紅旗拋入海中，掛出了源氏的白旗，並立即對平氏艦隊發動進攻，使後者在腹背受敵的情況下迅速崩潰。

在雙方激戰很久之後，賴朝才因遲遲沒有看到火光判斷部隊可能陷入了苦戰，即而下令留在北條宅邸的加藤次景廉前去增援。若賴朝在離戰場更近的地方，就能更快投入手中的預備兵力，更早將勝利握在手中。景廉隊迅速趕到山木宅邸，毫不猶豫地加入到激戰中。「會戰的勝負只取決於一個恰當時間內的恰當決定，當決定性時刻到來時，哪怕是一支最小的預備隊，也足以決定勝負」，拿破崙的這句名言適用於所有戰爭。當雙方兵力均已在纏鬥中焦頭爛額之時，生力軍卻往往能冷靜地進行判斷，施展出遠比他人更高的戰鬥力，輕易找到對方防線的弱點進行攻擊。山木宅邸的戰鬥正是這種情況的絕佳例證。景廉在抵達后很快便打開了突破口，一口氣攻入了宅邸的核心地帶。不久之後，佐佐木盛綱也被賴朝派來增援前線。

為預防所有可能出現的情況，平氏選擇了最可靠的方法，既然無論源氏軍從選擇哪一條路線都必須經過三草山，那麼他們便乾脆在三草山擋住源義經，而這一任務將由平資盛率領的七千兵力來完成。不過事實上，既然平氏能夠確定對方一部分前進路線，並建立陣地切斷其作戰線，那麼便應將除山陽道守軍以外的大部分軍隊都集結在三草山，只在其後方的西國街道和鵯越附近建立次要防線即可。如果平氏擔心這個陣地距離海岸過遠，在失敗時難以撤退，那最佳的選擇也是將所有人都撤回到一之谷附近，而不應將一個人數不及對方的支隊推進到三草山這樣一個孤立的陣地上。

當源氏的內部分裂終於在京都發展成戰鬥的時候，平氏則在不斷重建自己的勢力。由於木曾義仲及其部下為非作歹，近畿地區甚至已經有一部分豪族和百姓盼望重回平氏統治的時代了，這也給平氏創造了發動反攻的絕佳機會。

擊敗山木兼隆后，源賴朝公開舉起討伐平氏的大旗。1180年8月23日，源賴朝親自率領一部分人馬前往石橋山一帶，等待三浦氏500人自東北方前來會合。石橋山位於靠近今日小田原市的箱根，東臨相模灣，西臨箱根群山。源賴朝在石橋山所擁有的兵力很少，數量不超過300人，而且石橋山本身也只是一座海拔很低的小丘，對於防禦作戰而言價值並不大。在與三浦氏會合之前，他很容易在這一暴露的位置上遭到平氏打擊。

8月10日，木曾義仲被授予從五位下的官位。不過從此開始，木曾義仲卻開始走下坡路了。近畿地區連年飢荒使木曾義仲無法長時間在京都供養其軍隊，只得放任一路招募來的亂兵搶劫百姓。法皇命令義仲制止這些暴行，後者卻以不如此便無法獲得給養為名予以拒絕。但即使如此，這些烏合之眾也開始逃散了。義仲不得不在9月接受法皇命令，率兵前往西進播磨國征討平氏，但他卻在水島被平氏擊敗，陷入進退不得的窘境。在後白河法皇決定擁立新帝，以消除平氏挾持安德天皇的影響時，法皇也沒有選擇義仲支持的北陸宮，而是立尊成親王為後鳥羽天皇。

源氏取得屋島會戰的勝利，為自己在戰略上帶來重大優勢。這一戰之後，平氏終於被逐退到了瀨戶內海最西端。再加上一之谷會戰以及屋島會戰使源氏獲得的威望，對瀨戶內海沿岸的地方豪族以及武士們產生了非常大的影響。甚至於連西至長門國的平氏根據地也發生了動搖。在此之後，西國武士和水軍勢力對平氏喪失了最後的信心，他們當中原九-九-藏-書本便有很多人以支持平氏的名義採取觀望態度。由於源氏在兩次會戰中接連取得勝利，他們的態度也隨之變得明朗，其中一部分開始轉投源氏門下。而有了西國水軍支持，源氏也終於可以在海上對平氏發起挑戰了。再加上源范賴此時已經進軍到了九州北部，平氏事實上陷入了絕境，倘若再次遭到失敗，他們便徹底無路可退了。

10月13日，平維盛終於沿東海道進入了東海的駿河國，而源賴朝也從鎌倉出發，沿東海道西進。據說賴朝的兵力有二十萬之眾，但事實上最多也不可能超過10萬，而更現實的數字應為6萬至7萬左右，其中武士和郎黨至多隻能佔到兵力總數的10％至15％，其餘兵力只能算是烏合之眾。源氏軍首先在英瀨川與甲斐源氏的武田信義等人會合，而後者在來到戰場之前還曾與北條時政一同擊敗了先前在石橋山獲勝的大庭景親，士氣得到了極大振奮。與此相對，平氏軍由於地方豪族相繼背離，本應會合的豪族也沒有到來，這使平氏全軍都感到十分不安。

景親按照當時武士之間作戰的禮儀，景親軍首先發射了鏑箭，賴朝也回應了一支箭，宣布戰鬥開始。兩軍發射的鏑箭隔著山谷發出響聲交相飛上天空，接著，兩軍武士的喊叫聲響徹山谷。此時三浦軍已到達距離只有不足20公里的丸子川（即酒匂川），其行列甚至已經可以從附近的山頂上看到，景親已經不能有一刻猶豫了。

以彥島為根據地的平氏距離滿珠島僅有不到10公里。在海流恰當的情況下，90分鐘之內便可抵達對方所在，因此平氏軍對於源氏方面的動向也十分清楚。由於平宗盛兩次臨陣脫逃，平氏軍的實際指揮權此時已經落入了平知盛手中。在平氏將領中，知盛要算是最能幹的一位了。其才幹雖然無法與源義經相比，但在當時的武士之中仍然相當傑出。在他眼中，源氏手中剛剛組建不久的水軍在操船和協調能力上肯定不及在西國與海盜拼殺多年的平氏艦隊，如果以海流較快的壇之浦作為戰場，平氏便可獲得優勢。此外壇之浦附近的海流情況對平氏也是有利的。每天上午至中午，海流會以很快的速度從彥島向滿珠島方向涌去，如果能夠抓住這一機會，海流所帶給平氏艦隊的速度和衝擊力便足以將源氏艦隊衝散。不過正午過後，海峽內又會呈現出完全相反的水文情況，海水流向會完全掉轉過來，從滿珠島湧向彥島，如果平氏在此之前無法完成決定性打擊，那麼後者便很容易反敗為勝。

關於雙方所投入的戰船數量，《吾妻鏡》中記載為源氏830艘，平氏500艘。《平家物語》中則記載為源氏3000艘，平氏1000艘。其中的數字必然是被極大地誇張了。整個下關海峽最寬處也只有不到3000米左右，再減去艦隊兩側必須與海岸留出的距離，實際可用於交戰的正面最多也不過2500米左右，而壇之浦附近則更是僅有1000米左右的寬度。雖然此時體積較大的中國式「唐船」數量相對較少，日本戰船通常只是四處徵調而來的漁船或商船，體積都比較小，包括操船的舵手、櫓手在內也只能容納30至50人，但即使如此，要在如此狹窄的海峽里容納數千艘戰船互相交戰也還是無法想象的。

平氏軍當然已經查覺到源氏的動靜。併為應對源氏進攻而在福原周圍設置了三條防線。由於福原本身位於北部群山和瀨戶內海海岸之間，因此平氏便將主要將部隊集中在了山谷的東西兩端。其中西國街道和山陽道一線主力部隊由平氏最能幹的將領平知盛指揮，副將為平重衡，準備迎擊源范賴的主力部隊。西面的一之谷防線由平清盛的弟弟平忠度負責率軍防禦，以防備源義經在越過丹波後進入西國街道直接攻擊平氏後方。由於福原以北的山之手山口有著名為鵯越的險要山地，平氏認為源氏軍很可能不會在此處出現，北線便僅由平通盛和平教經率領少量部隊軍駐守。由於平氏退卻線是經由海路通往四國的，因此這一方面倒不必擔心遭到沒有艦隊的源氏切斷。

但是，雖然源氏再次取得了勝利，可由於沒有船隻，他們還是只能坐視對方從海上退往四國而無法進行追擊。在這一番混亂之後，源氏軍雖然恢復了山陽道交通線安全，但范賴還是陷入了困境，給養的運輸情況每況愈下，軍隊的士氣也一落千丈，甚至有可能重蹈木曾義仲的覆轍，一些將領甚至提出為節省糧食而應將部分兵力從前線撤回京都的建議。

我們必須記得，直到戰國時代之前，日本戰場上的足輕只是一群在勝利時鬥志昂揚，失敗時一鬨而散的烏合之眾。早上8時，平氏軍的足輕士氣高漲，在陣地掩護下阻止著土肥實平的攻勢。但當義經的一支小隊突然出現在背後時，這些足輕的精神立刻崩潰了。到10時左右，甚至於福原以東的平知盛部隊也受到一之谷方面的影響而開始崩潰。失去足輕支持后，平氏武士也難以繼續堅持戰鬥，平忠度、平敦盛、平通盛、平盛俊、平業盛等人相繼戰死，平重衡則被源氏生擒。

就在平氏艦隊正面的力量自行削弱的同時，源義經又突然下令集中射擊對方的水手。由於當時日本軍隊在作戰時講求以武士對武士的決鬥，而日本弓術又是以射殺特定目標為宗旨的，水手們往往不會受到太大威脅，戰船上通常也不會為水手提供任何保護。因此在義經下令射殺水手之後，平氏艦隊中的水手立刻傷亡慘重，其進攻幾乎完全停滯了下來，甚至很多船隻都癱瘓在了水面上，雙方也陷入了一片混戰——平氏失去了取得決定性優勢的最後機會。

2月7日凌晨，在克服巨大困難之後，義經終於抵達了一之谷以北的高倉山，並決定在這裏等待源范賴在山谷東側發動進攻。清晨6時，東方天空泛白，范賴的3萬人開始在生田之森對平經盛發動進攻。兩小時后，明石方面的土肥實平也率領著部隊對平氏發動進攻。一之谷會戰的序幕逐漸拉起，而其結局卻早已在一天前便決定了。

不過平知盛還是犯了一個致命錯誤，他並沒有在源氏艦隊抵達周防國后立刻對其發動進攻，反而因擔心源義經故技重施再次對自己發動奇襲，一直等到了3月24日才展開行動。在這之間的20天時間里，不僅源氏艦隊的規模還在不斷因瀨戶內海的武士、水軍加入而擴大，甚至已經大幅超過了平氏艦隊。而且源義經本人和水軍指揮官們也利用這一時間充分調查了附近水文情況，在一定程度上削弱了平氏在操船方面的優勢。對義經而言，其取勝的決定性時機在於正午之後，為了使己方艦隊能夠抵擋那之前平氏的猛攻，他在由源氏佔據的海峽兩岸也部署了大批弓箭手以掩護艦隊。

由於源氏了有新的增援，兼隆漸漸抵擋不住了，最後戰死沙場，而那天夜裡留在山木宅邸里的人全部都遭到了斬殺。直到黎明時分，賴朝總算看到了信號烽火。不久后，前線部隊回到北條宅邸，檢驗首級。在這一戰後，源賴朝果不其然獲得了巨大聲望，伊豆以外的武士也終於開始陸續加入源氏旗下。

當天夜間，武田信義便試圖從富士川上游渡河迂迴平氏軍的左翼，打擊平維盛的側翼和後方。不過當這支隊伍渡河時，卻驚動睡夢中的水鳥，首先有一隻兩隻鳥飛上了天空，緊接著，整群水鳥習慣性地跟著飛了起來。水鳥振動翅膀的聲音在四周響起，大群水鳥從平氏陣地上空飛過。這本應成為應對突襲的絕好警報，可平氏全軍士氣卻已經是如此低落，一部分士兵立刻認為自己已經遭到了夜襲，在武田信義根本還沒有完成渡河之前便逃出了營地。這些懦夫們的行動也影響了其他人，最後所有人員都開始逃竄了。甚至連平維盛和平忠度二人也與潰兵們一同逃向了京都。以致於當武田信義終於到達平氏營地時，其中僅剩下從附近聚集過來做生意的妓|女和商人。源賴朝未損一兵一卒，就把平氏軍趕出了富士川。即使源賴朝不對京都發動進攻，平氏也再無可能對其發動遠征了。看到平氏威望近乎崩潰，政權也無法長遠的平清盛在次年2月便因熱病而亡，三子平宗盛繼承其位置。

自鎌倉軍進京之後，法皇的態度也發生了微妙的變化，他的嘴裏不再出現「追討平氏」這句話，反而轉為了觀望態度。公卿之中也有人呼籲應該與平氏陣營和談，與此相對，要求法皇下達平氏追討令的公卿也並不在少數。后白河法皇在二者之間卻並沒有做出任何抉擇，反而一面與平氏談判，一面又允許源氏繼續征討平氏，他本人則準備坐收漁利，藉機恢復皇室權威。

義經在肅清了三草山的敵軍后立刻向三木推進。在這裏，他將麾下的一萬兵力一分為二，主力七千人交給土肥實平與田代信綱，二人向明石前進，沿西國街道從西方進攻一之谷。其任務是將對方主力釘死在正面陣地上，而他自己則率領三千人向鵯越進軍，準備打擊在平氏陣地的背面。

雖然源賴政和以仁王已經被鎮壓，可事到如今，也很難確保其他源氏成員還能像平治之亂后那樣平靜了，若果真不能如此，源義朝之子源賴朝便將成為一切反對的核心。這使平清盛終於決心殺死源義朝的三兒子源賴朝。賴朝自14歲被流放到伊豆以來，終日在狹窄的房間里讀書，無所作過地度過了二十年時光。在此期間，賴朝與伊豆的伊東祐親的女兒生下了孩子，但其兒子被祐親殺死，最後與該女子分開。之後賴朝又與北條時政的女兒北條政子關係親密，與伊東家不同，北條家選擇親近源賴朝，成為後者手中最重要的力量。在賴朝接到了以仁王的詔書後，他立刻認清了自己所處的局勢，若不主動行動起來自己將會面臨極大危險，於是立即著手舉兵的準備。

對鎌倉的源賴朝而言，結束這一混亂局面，確立源氏絕對優勢的唯一手段便是儘快將平氏重新趕出近畿地區。九九藏書這樣一來，法皇便不再可能利用平氏的力量來牽制鎌倉。1184年1月26日，在留下了大約兩萬人來維持京都的治安后，鎌倉的主力部隊在擊敗木曾義仲僅僅6天後便出發了。與先前進入京都時相同，這一次鎌倉軍依舊分為兩支部隊，主力軍為由源范賴領導的大約3萬左右兵力，沿山陽道自京都直接向福原進擊。而源義經則率領大約一萬人向北進入丹波，準備迂迴福原附近的平氏左翼，向對方背後發動奇襲。

對平氏而言，平知盛在生田之森布設的陣地正面根本無法突破，威脅便集中在了源義經的迂迴部隊方面。根據平氏將領們推測，義經在進入丹波後會先向西北行進至篠山，其後再向西南前往三草山，這一段線路是可以確定的。真正的問題在於義經在抵達三草山之後會如何行動。他們認為可能性最大的路線是越過三草山之後經由三木（今兵庫縣三木市）向南繼續前進30公里，抵達福原以西17公里的明石海岸，在那裡躍入西國街道，之後再向控制著福原西部的一之谷陣地發動進攻。對源義經而言，這也是唯一能供上萬人同時行軍的路線。此外，義經在到達三木后還可以直接沿東南方向前進16公里登上鵯越，由於這裏距離福原僅有大約五公里距離，因此能夠直接對一之谷陣地的側翼和福原構成威脅。但這條路線地形十分險要，上萬兵力是不可能全部通過的。

不過在1187年10月29日，藤原秀衡卻去世了，雖然他臨終前曾留下遺言，要求自己的兒子們要保護義經，由後者來指揮軍隊以維持陸奧的自治局面。但秀衡的繼承人藤原泰衡卻逐漸與鎌倉親近，迫使義經離開平泉，逃往衣川避難。不久后，就連法皇也無法再抵抗鎌倉方面日益強大的壓力，正式宣布了追捕義經的命令。到1189年閏4月30日，藤原泰衡終於出兵攻擊源義經在衣川的宅邸。後者手下雖然僅有20名隨從，但卻十分頑強地抵擋了一段時間，僧兵出身的家臣武藏坊弁慶據稱身中多箭，直到戰死後也沒有倒地。年僅31歲的義經本人則在對方沖入內宅前切腹自殺，這位日本第一流的名將迎來了如此悲慘的結局。

雖然此前山陽道、西海兩地的地方武士中有一部分在木曾義仲的勝利刺|激下向源氏倒戈。但在平氏從西國發動反攻后，這批人基本已經被肅清了。平氏一度被木曾義仲逐退到四國屋島的主力部隊也再次返回到攝津的福原，隨時準備對京都發動反攻。到1184年木曾義仲敗亡前，平氏事實上在近畿地區已經處於優勢地位。由於手中握有一支強大的艦隊，平氏控制著瀨戶內海和日本南部海域的制海權。在進攻時，他們可以利用這支艦隊將兵力投送到瀨戶內海沿岸的任何地區，在防禦時則可以攻擊對方交通線。即使是地面戰鬥遭遇失敗時，艦隊的存在也使平氏能夠不受干擾地撤出部隊。只是由於近畿和西國地區的飢荒很難在短時間內得到改善，平氏才不敢貿然重返京都，重蹈木曾義仲的覆轍。

而接下來的這個事實又證明著源賴政和以仁王是何等的無能。源氏軍在離開園城寺到達京都以南的宇治川后，以仁王這位皇室貴族卻因體力不支而需要休養。這位親王雖然年僅三十歲，卻在過度緊張之下精神不振，從園城寺向宇治川撤退的途中數次因為在馬背上睡著而被摔到地上。由於以仁王身為起兵的號召者和源氏手中最有力的政治工具，源賴政也只好在軍隊渡過宇治橋後進入附近的廟宇平等院暫時休整。

當天夜間，對勝利信心十足的源義經一馬當先率領著部隊發動了奇襲。不出所料，源氏軍在己方不甚熟悉的地形上行軍十分困難，花費了很長時間才勉強到達對方陣地。平氏軍根本沒有料想到晝間剛剛到達的敵軍在當晚就會發動進攻，因此幾乎是以完全沒有警戒的狀態來宿營過夜的。正在這時，源氏的白旗突然出現了，平氏軍像在富士川一樣受到了完全的奇襲。由於武士們在昏暗的夜間無法使用弓箭作戰，因此源氏軍這一次便完全依靠白刃衝鋒攻入了平氏陣地。平資盛根本來不及弄清眼前狀況，源氏軍的白刃就已經出現在眼前了。資盛立刻失去了從福原出發時的銳氣，反而像富士川會戰中的平維盛一樣落荒而逃，緊接著其全軍也跟著潰散了。

至於前線指揮官的人選，雖然源義經在鎌倉軍進京以及一之谷會戰中的表現卓越，但源賴朝卻開始忌憚義經在軍隊的巨大聲望，擔心他未來將會對自己的統治造成威脅。在一之谷會戰中表現平庸的源范賴，便自然成為了源氏軍的指揮官。

自平治之亂后，源氏一族幾乎全部喪失了立足之地。但是，仍有唯一的例外，那就是在平治之亂時擁有300騎兵力卻並沒有加入任何一方的源賴政。1178年，賴政被清盛推上正三位，成為源氏的第一位公卿。當時賴政已經75歲，誰也不會想到他還有舉兵反對平氏的念頭。然而，賴政暗中卻接近后白河法皇的三皇子以仁王，鼓吹後者利用皇室權威，反對大權獨攬的平氏。同時，賴政也召喚關東的源氏一族倖存者再次舉兵。到1180年4月9日，以仁王終於下定決心，下旨推翻清盛一族，旨令則由源義朝最小的弟弟源義盛傳達到全國。

整個交戰期間，平氏的棟樑平宗盛一直在海上的戰船中觀察戰況。這位平清盛的三子完全沒有其父的勇氣和才智。當他看到平氏部隊敗局已定時，非但沒有率領艦隊從海上威脅源氏軍的側翼，反而自己先乘船逃往了四國的屋島，只留下艦隊將岸上部隊的殘部接走。平氏軍的混亂也蔓延到了海上，當船隻划到岸邊時，逃兵們爭先恐後地向船上擁擠，甚至不惜互相砍殺。如果《平家物語》中記載可信的話，甚至有三艘戰船因超載而在離岸后傾覆沉入了大海！若非平氏艦隊完全控制著瀨戶內海的制海權的話，源氏便足以將他們的勝利延伸到海上了。果真如此的話，無須等待壇之浦海戰，平氏便將提前一年覆滅于瀨戶內海了。

在戰鬥開始后兩個半小時左右的時候，海流速度逐漸加快，這也再次加強了平氏的攻勢，源氏艦隊甚至已經被逼退到了滿珠島周圍，似乎已經就要潰散了。不過在源氏艦隊後退的過程中，一部分戰艦由於無法承受過於猛烈的攻擊，自然而然地開始向海峽兩岸靠攏尋求海岸線的保護，平氏兩翼的船隻在追逐它們時也跟著駛向了岸邊，而這卻使它們落入了兩岸源氏弓箭手的射程之內。如果不是這些船隻自動分散的話，平氏便可以利用義經逃避追殺而造成指揮混亂的時機，一鼓作氣攻入源氏艦隊中央，將對方的烏合之眾徹底碾碎了。

從這裏，源義經已經可以清晰地看到海面上的數百艘平氏戰艦，這一壯觀的場面不禁使這70名騎馬武士震撼不已。似乎只有源義經本人仍然能夠保持鎮靜。在親自進行了一番詳細的偵察之後，立刻找到了平氏防禦體繫上存在的致命弱點——由於鐵拐山有著一道近似斷崖的天險，平氏軍認為對方不可能從這裏通過，因此沒有在山頂上駐紮一兵一卒，既沒有人發現義經的部隊，更無人能阻擋其穿過斷崖躍入一之谷。

對於平氏而言，如果讓源賴政和以仁王逃到奈良甚至更遠的紀伊國也將是十分麻煩的，皇室的影響力將如同燈火一般將所有反對平氏的武士聚集在自己身邊。在以仁王南下后不久，平清盛便將已經已經集中在京都的大約一萬人交給平知盛，由日本武士戰爭史一之谷會戰與壇之浦海戰後者率領著對以仁王進行追擊。到源賴政軍隊停滯在宇治橋附近時，平氏軍隊也緊隨著趕到了這裏，並立刻決定直接過橋進攻平等院。

雖然源氏軍兵力佔優勢，但是面對在佔據水文優勢且操船嫻熟的平氏艦隊時，他們卻一直處於下風。不過必須注意的是，由於日本戰船沒有能夠吸收撞擊力道的龍骨，無法使用衝撞戰術，只能利用弓箭互射或跳幫登上敵船進行白刃戰，這就使戰況的進展要比歐洲古代海戰慢了很多，即使佔據優勢的一方，也很難在短時間內獲勝。

源義經在高倉山上完全能夠清晰地判斷戰況，但他卻並沒有在源范賴和土肥實平發動進攻的同時便沖入一之谷，而平氏軍也認為義經此時仍與其3000人被阻擋在山之手。到土肥實平的進攻開始一個小時后，隨著平氏逐漸將所有駐守在一之谷的部隊全部調到了西部戰線上，谷地內幾乎已經空無一人。直到此時，源義經才突然從高倉山沖入一之谷的平氏陣地背後，並將沿路所有平氏營帳和民宅全部焚燒。這支部隊雖然僅有70名騎馬武士，實力不堪一擊，但義經的突然出現卻給平氏軍的神經造成了極大震驚，四處燃起的大火也使平氏誤以為義經全軍都已經攻入了自己背後。按照《平家物語》的說法：「吶喊聲在山壁間激蕩迴響，好似有十萬余騎般……部下縱火焚燒平家營帳，正值風烈，火借風勢，四處延燒。黑煙晦暝中，平家兵士大駭鼓噪，爭先恐後逃往海邊……」

不過就在這三年間，另一位源氏族人木曾義仲卻搶先九九藏書攻入了京都。與賴朝同時接受以仁王討伐平氏命令的木曾義仲在1180年至1181年間取得了巨大勝利，幾乎將整個北陸吞併。1182年，木曾義仲正式宣布擁護以仁王之子北陸宮，決心消滅平氏。由於源義朝曾經因刺殺了木曾義仲的父親源義賢，因此義仲與鎌倉的源賴朝之間一直互相敵視。志田義廣投奔木曾義仲后，雙方几乎劍拔弩張，最後木曾義仲不得不將兒子送往鎌倉作為人質才將雙方關係緩和下來。

不過直到8月2日，賴朝才決定其舉兵的首要目標應為距離北條宅邸不遠的平氏伊豆目代（國守代理人）山木兼隆宅邸。如果不首先將其消滅，源氏在伊豆的行動很快便會為京都所知。《孫子兵法》有雲：「善戰者勝於易勝者」，這句話正是驗證了這場戰鬥。源賴朝把其重要的第一場戰鬥目標選擇為山木兼隆是非常明智的。山木兼隆不僅是較弱的對手，同時從地理上說，山木館距離北條宅邸距離較近這一點也非常合適。

面對明石方面的平氏部隊在西國街道隘口上挖掘了大量戰壕，並設置了木柵，根本無法從正面加以突破，而這一方面的源氏軍也出現了數目不小的死傷。早在攻擊開始之前，源氏軍中便曾有熊谷直實等五位武士因爭功心切而沖入平氏陣地，到雙方正式開始發生大規模交戰時，這五人早已渾身羽箭，命喪黃泉了。隨著源氏軍逐漸喪失秩序，平氏軍甚至展開了頗有成效的反擊，在整個源平合戰中，對西國街道的正面防禦要算是平氏表現得最為卓越的一次戰鬥。

事實上，雖然義仲在兵力上居於絕對劣勢，但卻並非完全不可能在河岸邊暫時阻擋義經，爭取時間劫持法皇。像源義經手下那樣一支大軍，在渡河時必定要花費一定時間，當時宇治川水量又大又急，再加上武士之間互相爭功，很容易在受到打擊時引發混亂。而且渡河中的人馬戰鬥力幾乎是可以忽略不計的，木曾軍是否在士氣上已經完全無法進行任何抵抗雖然不得而知，但如果木曾義仲能夠振奮自己的部下，那麼只要在對方渡河點上部署數百名武士，便可利用弓箭火力遲滯對方行動。即使戰鬥的最終結果依然還是會被為對方兵力所壓倒，但其爭取到的時間已經足以使義仲挾持法皇逃亡，使義仲不致在軍事力量崩潰后再失去唯一的政治籌碼。

由於賴朝本人留在北條宅邸指揮戰鬥，在需要投入預備隊的情況下，統帥距離戰場距離過遠，對戰況的判斷也會發生延遲，而時間上的延誤往往是致命的。此外，賴朝也採取了一種極為拙劣的戰況傳遞方法，即等待山木宅邸的大火，這隻是白白浪費時間。

說也奇怪，對於這樣一座重要的橋樑，源賴政卻並沒有留下一支後衛來加以據守。直到平氏軍開始過橋后，才有數十人的源氏軍隊從平等院趕到河邊，而他們的任務似乎也只是遲滯對方前進，使源賴政能夠整頓部隊繼續撤退。不過當這幾十人開始弓箭射擊之後，平氏軍卻幾乎陷入了絕望。在一片混亂之中，數量龐大的平氏被擠壓在橋頭動彈不得，幾十名源氏武士卻得以在岸邊自如地進行騎射，在短時間射殺了不少平氏部隊。

在富士川會戰不戰而勝之後，源賴朝並沒有立刻率領源氏對京都發動進攻，而首先在北方進行了一場戰役，確保了自己北方的安全。到了此時，討伐平氏已經不再是源賴朝的行動目標。源賴朝早已從保元之亂和平治之亂中認清，武士若不能脫離朝廷和京都的影響，家族的盛衰起伏便將始終與皇室聯繫在一起。

不過話雖如此，但在獲得制海權之前，源氏還是無法切斷平氏以海上貿易為基礎的經濟生命線，以長門國和安藝國為首的本州島西部地區仍然被牢牢地握在平氏手中，而位於四國屋島的平氏陸軍殘部也仍然是源氏無法觸及的。源氏之所以沒能在一之谷會戰中便徹底毀滅平氏，最主要的的原因也是在於自己手中沒有艦隊。因此在一之谷會戰後不久，源賴朝便開始把目光轉向這一方面。1184年6月，源賴朝下達了發動決戰徹底剷除平氏的命令，與此同時，他也命令前線諸將必須「增備兵船」。

守備山之手的平盛俊等人相信義經軍定會從自己的陣地附近通過，於是儘可能地按照地形建立防線，希望阻止義經的前進。當義經抵達這裏之後，發現對方陣地的堅強超乎了他的預料。若是同時代其他的武士將領，很可能便會一門心思一再發動強攻，那麼手中的3000兵力很快就會被完全牽制在這裏，無法取得任何決定性勝利。但源義經卻能夠意識到自己並非要與正面之敵做榮譽性的決鬥，而是要迅速抵達一之谷敵軍的後方。因此他再一次選擇進行快速機動，在將3000人中的絕大部分交給多田行綱和安田義資繼續發動正面進攻后，義經自己親自率領僅僅70名騎馬武士轉向一之谷方面，準備從背後打擊駐守在那裡的平氏軍，而後者此時正與土肥實平的7000人對峙，其注意力完全被吸引到了明石方向。義經在路上雇傭當地的年輕人帶路，沒有多繞一條彎路便達到了一之谷附近。之後又雇來新的嚮導，並迅速到達鐵拐山。

如果任由這種情況繼續發展下去，如果源賴政能夠從平等院趕到河邊，平氏便永遠無法過河了。不過就在此時，一位名叫足利忠綱的17歲年輕武士憑藉個人的主動精神，開始率領著300名原先位於隊列後方的人馬涉渡宇治川。忠綱首先指揮人馬前往河流的上游，遠離源氏部隊的弓箭射程，其後便開始沿著河水流向斜向渡河。這種做法無論從哪方面來說都是正確的。特別是斜向渡河這一點，不僅能夠避免部隊因河水衝擊而發生混亂，同時也可以讓戰馬不至於因水流變化而驚惶不定。而源賴政對此卻沒有做出任何反應，沒有派遣哪怕一人一卒前往河岸干擾對方過河，從而使對方從容渡過了宇治川。

2月17日，源義經在風暴之中率領150名騎馬武士嘗試渡海，但很快便因惡劣的海況而返回海岸。不過僅僅一天之後，義經和他的150人便成功在暴風掩護下登上了四國東端的勝浦海岸。由於源范賴在本州島西部的行動，平氏對於四國島的防禦集中在北岸，面對著山陽道的范賴軍交通線，而面對近畿方面的防線卻十分薄弱，甚至連義經的150人都無法抵擋。在潰散之後，這些部隊甚至都沒能向平宗盛發出任何報告，屋島的平氏主力也根本不知道義經已經登陸了。在擊潰了支持平氏的當地豪族后，義經迅速帶著部隊向屋島前進。當他接近屋島之後，再次施展出了一之谷會戰時的手段，開始焚燒當地的房屋，造成源氏大軍到來的假象，而對後方毫無戒備的平氏看到大火和濃煙也又一次發生恐慌，紛紛上船駛離海岸，身為全軍統帥的平宗盛也像一之谷會戰時一樣率先逃走了。如果他能夠保持冷靜，便能意識到顯然源氏是不可能在如此惡劣的天氣中將一支大軍送上四國的，但平氏將領中居然無一人能夠意識到這一問題，拱手將屋島讓給了義經。後者進入屋島后立刻將安德天皇的行宮也一併點燃了，滾滾濃煙覆蓋了整個屋島，甚至一直延伸到海面上。

相模國的平氏武士大庭景親很快便察覺了源賴朝的行動，並迅速召集了3000餘人的部隊前往石橋山，計劃搶在源氏兩支部隊會合之前插在源賴朝和三浦氏之間，順次將二者擊敗。源賴朝在得知平氏接近后便命令其部隊用石木建起陣地，但由於在兵力上有著極大差距，源氏部隊很明顯是完全無法抵擋得住景親三千大軍的。後者在從北方向到達山腳后也沒有浪費過多時間便做好了進攻準備，並決定在傍晚時便展開攻擊，儘快擊敗源賴朝。而其原因也是極為明顯的——如果坐等時間流逝，三浦氏到來后便將面對著自己的背面。到那時，一旦自己在正面進攻中遭遇困難，即使三浦氏本身僅有500人，也還是足以對平氏軍的足輕造成致命威脅。

在源氏方面，義經在2月4日抵達大江山附近后暫時停滯在了那裡，等待源范賴發出兩軍同時發動總攻的信號。要知道，在沒有鍾錶的時代，兩支軍隊要做到協同是十分困難的。即使到了19世紀的拿破崙戰爭中，這位法國皇帝手下的諸元帥也還是時常出現協同失敗貽誤戰機。由於源范賴只需在正面發動進攻，無需進行任何大範圍機動，因此兩軍能否同時對平氏發動進攻的重任便完全落在了源義經身上。在收到范賴將在2月7日發動總攻的消息后，義經立即開始迅速行動，在一天內行軍將近40公里，第二天傍晚便抵達了三草山腳下。

與數以萬計的鎌倉軍不同，木曾義仲此時在京都僅剩下大約1000人。當源義經於1184年1月20日抵達宇治川后，木曾義仲根本無力抵抗，源義經幾乎毫無人員傷亡就到達了對岸。一旦義經軍的武士渡過宇治川后，會戰便成為了定局，兩軍的交戰也很快便告結束。木曾軍根本沒有進行抵抗的念頭，在看到義經過河后便開始向後潰退。戰鬥無望的木曾義仲原本想把法皇劫持到自己的根據地北陸，但源義經在渡河后迅速北上進入京都，很快便將將法皇保護起來，使義仲劫持法皇的計劃破滅了。

3月24日凌晨6時，終於從彥島出動的平氏艦隊佔據了門司和田之浦之間的海峽，不久之後源氏艦隊也離岸迎擊。就這樣，日本武士史上最驚天動地的海戰便揭開了大幕。早在戰鬥開始之前，平知盛便認定源氏艦隊這支烏合之眾的唯一核心就是源義經本人，如果能夠在戰鬥中殺死義經，源氏艦隊便很可能會如同一之谷中的平氏足輕一樣迅速潰rｅad•9９cｓw.ｃoｍ散。因此在海戰開始后不久，搶先發動進攻的平氏艦隊利用海流帶來的優勢，集中對源義經本人的座艦發動進攻。為了躲避平教經對他本人的獵殺，義經甚至被迫連跳了八船！

雖然平清盛根本沒有想到源賴政的行動，因而在很長一段時間之內都沒能察覺舉兵的主謀。但即使是平氏得知詳情之後，源賴政也沒有立刻將以仁王立刻帶離近畿，反而將其轉移到了到京都東北的園城寺避難，他本人則放火燒了自己的宅邸，和一族郎黨逃出京都。相反，平氏雖然在政治上受到了奇襲，卻能夠迅速取得延歷寺、園城寺等的支持，在短短數日內便確保了京都附近的安全。到賴政終於在5月25日帶領大約1000人與以仁王會合時，京都附近已經普遍轉為擁護平氏了，而後者更是已經集中了將近一萬人的部隊。甚至於到了此時，源賴政也還是沒有直接向關東撤退，反而南下宇治川，試圖佔據奈良繼續等待關東援兵。

在渡橋前，進攻一方的軍隊通常會派遣小規模偵察部隊進行試探性進攻，在確定橋樑本身狀況良好，並建立一個足夠主力部隊展開的陣地后才會將全部兵力送到對岸。不過這位平知盛卻也並非良將，在根本沒有對宇治橋進行任何偵察的情況下，他只看到宇治橋外觀仍然完好便命令部隊前進。而事實上，源賴政早已拆除了一部分橋板，平氏軍卻直到登上宇治橋后才看到已被拆除的橋板。到了此時，在隊列後方的人員擠壓下，前面的人根本無法停下腳步，紛紛被擠落水中，擁擠在橋樑附近的部隊也立刻失去了秩序。

一位統帥所擁有的能力大體可分為兩方面：一是善於審時度勢，制定戰略計劃；二是能夠親自在戰術上將計劃付諸實施。在第一個方面，源賴朝有著十分優越的能力，但在第二個方面，他卻與一位庸才無異。一生幾乎從未在前線參戰的源賴朝更像一位出色的政治家和戰略家，善於利用局勢增加自己的實力，而並非一位能夠在戰場上被部下視若神祗的指揮官。與弟弟源義經相比，賴朝在戰場上的才能十分平庸，因而他更願意將前線指揮權交給手下將領，自己則在遠離戰場的地方坐觀戰況，而且他這種傾向在第一戰中便表現了出來。

就這樣，日本歷史上第一位可以被稱為名將的源義經終於走上了舞台。在整個日本武士戰爭史中，義經很可能是第一位能夠明確作戰目的和作戰手段之間區別的將領。在此之前，武士們在作戰時往往不顧全局，僅為爭奪個人榮譽和封賞而戰。但源義經卻能夠在行動中始終保持對作戰目的的認識。他也認清了士氣對於一支軍隊的重要性，縱使一支軍隊能夠在人員上保持完整，但只要士氣發生崩潰，那麼它也會在很短時間內土崩瓦解。而當時日本軍隊中紀律性極差的足輕士氣又十分脆弱，因此在源義經的所有會戰中，他是從來不會以強攻或直接打擊的方式來消滅對方有生力量，其打擊的目標完全集中於對方的士氣。此外，對於速度與奇襲對於敵軍精神所能帶來的震撼，義經也有著深刻的認識。與源賴朝完全相反，義經在會戰中從來都是在第一線進行指揮的。對於敵軍的弱點，他幾乎只要看一眼對方陣地便能了如指掌，隨即如雷霆般實施打擊。不過雖然義經在戰場上擁有過人的天才，但他對於權術卻一竅不通。這導致他雖然能夠在戰場上贏得部下信賴，卻始終無法在廳堂上樹立權威。除此以外，對於行政問題他似乎也並不擅長。

要知道，這位梶原景時本是大庭景親的族人，甚至在一場勝利之中都出現了像梶原這樣為平氏滅亡后尋找出路的人，即使平清盛本人親臨戰場，恐怕也無法完全剿滅源氏一族了！

不過作為一位只能對平清盛言聽計從的庸才，平維盛只是任由其軍隊在所能推進到的終點駿河境內進退不得。至於其在富士川西岸選擇的陣地，也與將自己完全暴露在平原上無異。富士川本身雖然在名義上能夠構成一道防線，但事實上這條並不寬闊的河川根本無法起到任何屏障作用。到10月20日源氏抵達富士川東岸后，雙方便在河川兩岸相隔一公里左右的距離對峙，而賴朝本人則將指揮所設在了距離戰線不到兩公里的後方。甚至直到此時，平維盛還是毫無戰意，既不打算採取攻勢，也沒有採取任何措施來加固防線。

天色漸黑之後，天空中突然下起了大雨。大雨導致山坡逐漸變得泥濘，給大庭軍的進攻造成了相當的困難，只是雙方兵力上的巨大差距才使大庭能夠不斷向前推進其部隊。但直到當天夜半時分，源賴朝仍然能夠堅守石橋山頂。直到黎明時分，源氏軍終於抵擋不住了。徹夜戰鬥使武士們已經疲憊不堪，源氏的抵抗也終於崩潰，隨即演變成了潰敗。就連源賴朝本人也面臨生命危險，只得在數名武士保護下在一片漆黑之中四處逃竄，最後甚至躲入一棵枯木的樹洞中。聽到一位敵軍腳步聲接近時，源賴朝甚至已經準備自殺了。不過，那位武士看了看他的臉，說如果有朝一日源氏奪得了天下，請賴朝關照他梶原景時，隨後便轉身離去。

到達三草山東方的義經在親自偵察了平氏軍的陣地后，便召集土肥實平等主要將領商議如何展開攻擊。由於源氏軍兵力佔優勢，大部分將領認為應等到來日再展開晝間攻擊。不過，義經自己的家臣田代信綱為了在對一之谷和福原發動進攻前儘可能減少兵力損失，主張採取夜襲作戰。而先前已經看到對方有著堅固陣地的義經也立即贊成了這個提案。

雖然源賴朝在石橋山損失掉了他的部隊，但關東的武士卻是普遍同情源氏的。在岳父北條時政的四處活動之下，逃到房總半島的源賴朝依然能夠受到當地豪族們的歡迎。以甲斐國武田氏為首的大批武士加入源氏陣營，甚至於遠在信濃的不少豪族也表示只要源賴朝的軍隊到達信濃，他們便將加入源氏軍隊。源賴朝施展出了他的手腕，對趕來支援他的人一概不拒，就算是來路不明者或身份可疑的人也無一例外。在武藏國的豪族江戶重長、豐島清光、葛西清重、河越重賴等相繼加入了源氏后，源賴朝重新建立起了源氏對於武藏的控制。按照《平家物語》和鎌倉幕府的官方史料《吾妻鏡》記載，其手下所統帥的人馬一下子超過了十萬人，雖然這一數字無疑是被誇大了的，但手中僅有300人馬便起兵反對平氏的日子已經一去不復返了。作為源氏在保元之亂前對東國進行統治的中心，鎌倉重新成為了源賴朝的作戰基地。此地三面環山，另一面則面向大海，在遭到攻擊時是極好的防禦陣地。而源氏重回鎌倉也成為了其威望上的另一個巨大勝利，促使越來越多的武士加入麾下。

17日夜，賴朝終於開始了行動。賴朝將本營安置在北條宅邸中，從那裡指揮戰鬥。突襲成功後部隊將以放火燒毀山木宅邸的方式通知賴朝。在賴朝坐鎮後方的同時，北條時政負責前線指揮，後者還提議先把兼隆的監護人堤信遠殺死。在堤信遠被殺后，源氏的軍隊很快便衝到了山木宅邸。此時山木手下的大部分人都去參加三島大社祭禮，駐守宅邸的僅有幾十人。不過這些人卻還是進行了卓越的抵抗，沒有讓源氏軍輕易進入館內。

得知源賴朝舉兵一事後，平清盛為自己二十年前留其一命後悔不已，震怒之下只從嘴裏說出了「賴朝非人」幾個字。不過事已至此，他也只能派兵鎮壓賴朝。平清盛命令嫡孫平維盛在清盛的弟弟平忠度輔佐下率軍前往關東。飢荒已經使平氏在京都的權力受到動搖，如果再失去關東的耕地和糧食，即便不等源賴朝進關，近畿的武士們也要倒戈相向了。

無論平清盛下達了何種命令，平維盛也不應該將這支匆忙組建而成的大軍推進至如此遠離京都的地方。由於在東海無法獲得足夠的補給，平氏軍隊遠離近畿地區后士氣便不斷下降。在抵達駿河國富士川后，軍隊事實上已經失去了繼續推進的能力，最終只好在富士川西岸停了下來，指望在這裏與源賴朝打一場會戰。事實上，由於兵力僅有源賴朝的一半左右，平維盛唯一的選擇只有撤退到三河、尾張或美濃的隘口，縮短其過分延伸的交通線，尋求近畿方面的支援。倘若如此，源賴朝如果仍想與平氏決一雌雄，便不得不將自己從鎌倉延伸出來的交通線向前延長。誠然關東的歉收程度要比關西更小很多，但源氏軍隊更多的人數，還是足以壓垮這條交通線。

屋島在1185年整個2月中旬都被大雨和風暴籠罩著，通常情況下，這樣的天氣是根本無法渡海的。但在義經眼中，如果在晴朗的天氣中前往四國，龐大的平氏艦隊便能夠輕鬆對其自己加以攔截。以現在源氏手中所掌握的少量船隻，根本無法在正面海戰中與擁有豐富航海經驗的平氏艦隊抗衡。只有在惡劣天候條件下，源氏才有可能利用昏暗的天色掩護，躲過平氏艦隊登陸。源義經的計劃事實上與一之谷會戰時如出一轍，即率領少量兵力迅速渡海對平氏軍發動突襲，使對方在士氣上發生崩潰。

通常而言，奪取一片海域的控制權有兩種方法，一是利用艦隊直接擊潰對方艦隊，二則是可以利用地面部隊攻克整條海岸線上所有重要港口，其中前者為直接手段，後者則為間接手段。對於沒有艦隊的源氏而言，其所能選擇的也只有第二種更為費時費力的間接手段了。而且在源賴朝眼中，由於攻略本州西部可以沿山陽道、山陰|道等大路前進，因此這一方面的戰鬥是可以優先進行的。必須經過海路進入的四國，則只有在長時間準備，並將至少是一部分西國水軍（水軍即由海盜或沿海豪族演變而來的私人海軍武裝）拉入源氏陣營后才能進攻。

得知此事的源賴朝認清消滅陸奧藤原氏的絕佳機會到來了，因此立刻要求后白河法皇下旨討伐保護義經的秀衡，但這一次法皇卻出人意料地拒絕了九九藏書賴朝。其原因很可能是在義經逃亡后，日本國內便再無能夠向鎌倉挑戰的勢力了，而賴朝又接連將守護和地頭的任命納入鎌倉管轄範圍，使後者將自己的統治從鎌倉延伸到了全日本。此時唯一能夠與賴朝抗衡的，便只剩下號稱擁有17萬騎（實際數字遠小於此，其中有組織的部隊人數可能連十分之一都不到）的陸奧藤原氏了。

到了此時，為避免源氏偷襲彥島而搭乘戰船一同來到壇之浦的平氏親族已經認清自己輸掉了這場海戰。平清盛的正室妻子時子對眼前的情勢感到絕望，投海自盡。在她之後，平知盛、平教經、平資盛等將領也紛紛投海自盡，甚至連安德天皇和絕大部分女眷也一起投入大海。反而只有平宗盛這位無能之徒，不僅毫無軍事方面的才能，甚至在一族滅亡時連自殺的勇氣也沒有，最後成為了源氏的俘虜。此外被俘的還有宗盛之子平清宗，以及安德天皇之母平德子。到當天夜幕降臨時，除少數不願跳海的倖存者以外，曾經權勢遮天的伊勢平氏一族已經消失在了壇之浦海底。

但對於這樣一直遠征的大軍，平清盛所任命的兩位指揮官卻無疑是致命的。無論是維盛還是忠度，均是在平氏天下長大的人物，根本沒有作為野戰部隊指揮官的才幹，充其量只能在清盛的威望下充任管理府衙的文官。而在軍隊從福原出發抵達京都后，平維盛和平忠度又為何時離開京都產生了意見分岐，事實上二人誰也不願意離開近畿前往在他們眼中一片荒蠻的關東。

忠綱指揮300人馬的成功渡河決定了戰鬥勝負。在看到自己的側翼遭到迂迴后，賴政認清自己已經沒有撤退的機會了，因此將所有位於河岸的部隊全部撤回到平等院，以求保護以仁王。既然橋頭已經沒有敵軍干擾，平氏軍主力也輕鬆修復了橋樑，並緊隨源氏攻入平等院，很快即憑藉重量壓倒了源氏軍。賴政身負重傷，在以仁王逃脫后自裁，首級被平氏軍割下扔入宇治川。以仁王雖然騎馬逃走，僅剩的30名左右騎馬武士不久便被平氏追上，很快便全軍覆沒，以仁王本人也被殺害。

1183年5月11日，木曾義仲在越中國又一次擊敗了平維盛的大軍，並終於開始向京都進發。到6月10日，義仲在短時間內糾集了大批武士和民兵後進入越前國，三天後攻入近江。7月25日，平氏在一片驚恐之中放棄了京都，挾持著安德天皇逃往福原，后白河法皇逃往比睿山。兩天後，木曾義仲率領5萬人高舉著源氏的白色旗幟進入了京都。《平家物語》中寫道：「二十余年未見的源氏白旗，今日第一次回到了京都。」除少數明眼人以外，京都百官都認為天下已經成為木曾義仲的囊中之物了。

也許當時源賴政認為自己擁有近乎全部關東武士的支持，其數萬人的實力足以在近畿進行一場巨大的會戰。但事實上，在這些部隊能夠真正踏上戰場之前，他們是根本不存在的。源賴政在京都附近的可動員兵力最多也只有1000至1500人，而對手卻還可以再迅速集結兩萬以上的兵力。源賴政既沒能在集結重兵之前確保平氏對此並不知情，又沒有在事情敗露后迅速趕往東國，等於親手將頭顱送到了平清盛的刀下。

1184年9月1日，源范賴率領大軍開始沿山陽道向西進發，最初其進軍十分順利，沿路豪族絕大部分望風歸降。但數年來西國地區的飢荒使當地變得十分貧瘠，源氏部隊難以在當地徵發到太多糧食，只能完全依靠從關東運到京都的糧食來維持軍隊給養。隨著范賴的推進，從京都延伸至前線的補給線也越來越長，在補給困難的情況下，范賴軍的推進逐漸緩慢。到范賴軍終於穿過安藝國進入長門的時候，平氏發動反擊了。後者的制海權立刻便顯示出了巨大作用，平行盛率領艦隊深入到備前國進行登陸，切斷了山陽道交通線，使源范賴被孤立在了本州島最西端。後者不得不趕緊派出五千人在佐佐木盛綱指揮下掉頭向東，才勉強趕走了平行盛。

與此同時，源賴朝在進行了長達三年的政治重組后終於開始行動了。幾乎在源范賴奪得大將軍頭銜同時，賴朝便派遣富士川會戰後第二天投奔自己的弟弟源義經帶領600名武士，以向法皇進獻糧食為名前往近江國偵察近畿情況，緊接著又在新年後派出另一位弟弟源范賴率領多達6萬人的大軍前往京都。在近江方面與范賴的主力會合后，義經便獲得了25000人馬的指揮權，並與范賴的35000人分別開始從宇治川和瀨田川逼近京都。

不過源氏方面的狀況也並非表面上那樣風光，在西國和九州方面作戰的源范賴仍然因補給問題而處於隨時可能崩潰的狀態中。這就迫使源義經必須儘快對平氏發動最後的決戰，而沒有足夠時間去對剛剛加入自己的水軍進行重組和訓練。到3月3日時，源義經便帶著自己的陸軍和剛剛集結起來的水軍抵達了周防國滿珠島附近，與平氏佔據的彥島之間由赤間關和下關海峽相隔，海峽最窄處則被稱為壇之浦。源氏水軍雖然在前進過程中也進行了一些訓練，而且船隻的數目也隨著不少當地小水軍陸續加入而逐漸變得龐大起來。但是，與平氏手中那些在戰場上一觸即潰的足輕相同，這些水軍此時仍然只是一群烏合之眾，在實際投入戰鬥之前，誰也無法肯定其戰鬥力優劣。而更為重要的是，在陸戰中馳騁無阻的源義經本人對於與平氏艦隊進行海戰似乎也並無必勝信心，因而並不敢主動進攻。

源賴政在舉兵之後的行動卻極為混亂。最初他把以仁王安置在延歷寺方面，但寺院卻倒向了平氏，源賴政只好慌忙地去尋找更安全的地方。二人在此期間甚至根本沒有計劃離開京都，反而指望東國武士能夠像平治之亂和保元之亂時那樣，在戰鬥開始之前就能趕到京都——而這在源氏已經崩潰的情況下是根本不可能的。

不過對源義經而言，壇之浦的勝利卻使他走向了自己的滅亡。3月24日，源義經凱旋迴京。在短短15個月時間里，他不僅將木曾義仲趕出了京都，又在一之谷會戰和壇之浦海戰中徹底消滅了平氏，使自己成為了鎌倉的英雄。欠缺軍事才能的源賴朝嫉妒義經的戰功，把義經看成是平氏滅亡后最大的敵人。後者在率軍返回關東時甚至不被允許進入鎌倉，即使義經親自給賴朝寫信澄清自己並無二心也無濟於事。與此同時，賴朝還不斷發出禁止任何武士成為義經家臣的通告。當鎌倉決定查封義經從平氏手裡沒收的領地時，義經也終於轉而對鎌倉採取敵視態度。后白河法皇又和以往一樣，給予了義經討伐賴朝的詔書。對他而言，武士內訌無疑是他最樂於看到的。

獲悉石橋山會戰的結果后，距離戰場僅數公里遠的三浦氏立刻向三浦半島撤退。在那裡，他們與平氏軍隊的追擊部隊發生了並無決定性的戰鬥，之後又撤退到了房總半島。而源賴朝本人從箱根逃往真鶴，然後再乘小船出海逃亡到關東的房總半島。北條時政也逃到了該地，一時間房總半島成為了源氏的集結地。

源義經首先要面臨的問題便是船隻的匱乏。如果沒有船隻，那源氏軍是無論如何也無法登上四國的。因為近畿並沒有建造、訓練一支艦隊的資源，義經只能選擇拉攏當地水軍。憑著一之谷會戰的餘威以及源氏的巨大威望，義經成功將河野通信率領的伊予水軍拉入了自己的陣營，不久后紀伊水軍也加入了。到此時為止，源氏終於在瀨戶內海東部獲得了一定的海軍力量，可以嘗試跨越本州與四國之間的阿波海峽了。

這一選擇對義經而言無疑是一次巨大的賭博，剛剛抵達戰場的源氏軍對於進攻時應採取的前進路線和對方陣地還沒有進行充分偵察。如果軍隊在前進時突然在山中迷失方向，便很可能會招致無可挽回的重大損失，而深入至此的義經早已孤立無援，一旦失敗便可能全軍覆沒。

第二年新年到來時，范賴軍的前衛甚至已經開始進入九州的豐后國。可即使已經完全控制了瀨戶內海東西兩端，手中沒有艦隊的源氏也還是無法封鎖四國的平氏艦隊。鎌倉的源賴朝終於失去了耐心，如果平氏再次利用艦隊攻擊源范賴的交通線，後者便將被徹底切斷，其過於延長的軍隊到此時也難以再次在後方交通線上戰鬥了。如此一來，賴朝也只能暫時啟用自一之谷會戰後便一直在京都無所事事的義經。對於義經的使用，如果將其匆忙送往西國取代源范賴，那他的指揮藝術便將被淹沒在重整軍隊秩序方面，可能需要很長時間才能派上用場。對此，源賴朝也做出了一個正確而重要的決定，命令義經直接自京都進攻四國屋島，毀滅平氏對於瀨戶內海南岸的控制。

在源賴朝心中，已經形成了建立獨立武士政權的夢想，而這一政權核心又以遠離京都的鎌倉最為適宜。也因為這一原因，源賴朝在此後三年中並沒有採取任何攻勢，轉而將精力完全放在了政治方面，建立了一套完全與朝廷無關的鎌倉武士制度，加入源氏的豪族均被收編為賴朝的家臣。對後者而言，源賴朝是他們的絕對領導人，若無其命令，即使朝廷授予官位也不能接受。1183年2月，源賴朝消滅了拒不服從自己的源氏同族志田義廣，迫使後者流亡，源賴朝的野心已經昭然若揭了。

一之谷會戰失利對平氏而言是毀滅性的，他們不僅丟掉了象徵平氏權勢的福原，剛剛重建的陸軍也又一次被源氏摧毀，平氏的聲望在受到這一打擊后更是徹底無法挽回了，而聲望的此消彼長又決定了地方豪族心向何方。一之谷會戰之後，平氏完全喪失了對近畿地區的影響力。大獲全勝的源氏軍則在其後一段時間里努力擴大勢力範圍，源賴朝通過派遣使者、傳送文書等手段，積極拉攏山陽道和四國的武士豪族。在那些有著很多對平氏不滿的武士的地區，這一行動帶來了巨大的效果，使源氏的勢力居然能夠進入到了平氏立足的西國。