由於注意力一直被吸引在了南宋方面，直到七年之後，忽必烈才得知使節團被全體斬首的消息。在此期間，他從將領們的口中聽說日本人在1274年戰役中已經被震天雷和步兵方陣嚇破了膽，因此沉浸在日本即將降服的美夢之中，但同時卻也並不放鬆軍備，很快就開始了第二次遠征的準備。大量蒙古軍隊被調入朝鮮半島，高麗國王也受命重新建造一支遠征艦隊。不久之後，由於征服南宋首都臨安的戰役進入白熱化階段，圍攻襄陽時的苦戰又使忽必烈認清了進攻南宋所面臨的巨大困難，朝鮮所接到的動員令暫時中止，蒙古將全部人力物力都集中到了中國戰線上。在1275年臨安陷落後，南宋依然抵抗了四年之久才徹底被蒙古征服。忽必烈及其謀臣們在戰前即已經預料到了這一點，而且這位大汗還認為一旦中國被征服，只要給予其一定時間恢復戰爭所造成的創傷，中國南部地區的船隻建造能力絕非朝鮮可比，蒙古的海軍力量也能夠得到極大加強。

震天雷最早發明於北宋時期，但其實際投入使用的記錄卻要遲至1221年才首次出現。由於亞洲大陸上的步兵隊形更為密集，因此震天雷爆炸時會造成大量人員傷亡，南宋就曾有一位將領被震天雷炸瞎。在1267年的襄陽圍攻戰開始階段，蒙古人學會了震天雷的製造和使用方法，並將其應用到了圍攻中，不過與此同時，由宋軍步兵投擲的震天雷也給蒙古人帶來了巨大傷亡。入侵日本時期，蒙古人使用了幾種不同的震天雷，有些是採用金屬外殼，有些則採用軟質的紙制外殼。在《八幡愚童訓》中，記載著蒙古人同時使用「鐵彈」和「紙彈」的記錄，並詳細描述了蒙古人如何投擲除那些「可怕的鐵彈」，以及它們如何「從山坡上隆隆滾下，發出驚雷一般的響聲和閃電般的閃光」。

日本之所以三番五次拒絕回復忽必烈的國書，很有可能是因為當時的幕府並不認為蒙古人所威脅的入侵會成為事實。而無論是公家還是武家，都在忽必烈的國書中找到了很多令他們不滿之處。在日本人眼中，雖然國書表面上語氣溫和，但卻將天皇稱為「日本國王」，顯然是將日本視作了中國的一個冊封王國。自平安時代以來，日本一直拒絕以向中國天子稱臣為代價換取中國對日本國內的正式貿易資格。如果此時突然對蒙古稱臣，那便將打破雙方對等的外交地位。此外，儘管與南宋之間沒有建立正式的外交關係，但日本對於雙方的經濟、文化交流卻十分滿意，因此沒有任何理由為討好蒙古而背棄正在抗擊蒙古入侵的南宋。

在對朝鮮繼續發動了數次突襲之後，蒙古軍隊於1254年再次踏入了高麗領土，而這一次蒙古人又和上次一樣被迫在江華島面前止步。直到1258年，高麗朝廷的內亂才使得蒙古人有了攻克江華島的機會。在先前的幾次戰役中，江華島的防禦並非由高麗國王指揮，而是被交給了一批堅定抗擊蒙古入侵的朝臣。但當主戰派的領袖被刺殺之後，高麗國王重新接過了朝政和軍事大權，並表示希望和蒙古簽訂和平協定，甚至還給蒙古人送去了人質。

不過對整個日本而言，1274年和1281年兩戰無異於薩拉米斯海戰和普拉蒂亞會戰之於希臘。若蒙古軍隊成功征服日本，那麼日本便將被納入到亞洲大陸式的中央集權統治中，日本皇室有可能遭到毀滅，正在萌生的地方大名階級也將被蒙古人徹底消滅。即使數十年或百余年後日本能夠重新獲得獨立，其文化和政治體系屆時也肯定已經再一次大陸化了。公家與武家分立的二元政治將不復存在，足利尊氏、楠木正成、織田信長、德川家康等人也將不為人所知。1281年的最終勝利雖然是颱風帶給日本人的，但卻也使大陸此後再也沒有對進攻日本提起興趣，保證了日本未來數百年內的歷史和文化發展不受大陸影響。作為日本本土所受到的第一次入侵，直到1853年黑船來航事件前，日本也再沒有受到外敵威脅。

到此時為止，日本與亞洲大陸之間的第一次決鬥落下帷幕。若專以戰爭而論，雙方在戰爭中採取的戰術都不高明。蒙古人在1281年兩次對博多發動進攻，但直到在石牆面前頭破血流之後才想到利用制海權對石牆左翼進行迂迴，時間上的延誤最終使艦隊成為了颱風犧牲品。日本武士雖然精於個人決鬥技巧，但卻根本不足以彌補戰術和秩序的缺乏。武士們第一次見識到了軍隊在經過統一訓練后所能發揮出的巨大威力。自此之後，日本人才逐漸認清步兵和衝擊力以及火器的重要性，到二百年後戰國時代開始時，終於發展出了具有相當組織性的步兵部隊，騎兵也開始以衝擊力，而非火力作為主要作戰手段。

九州北部的博多之所以成為蒙古遠征目的地，完全因為其地理位置距朝鮮和中國最近，行動較為便利。自710年起，九州的太宰府就成為了日本對外貿易、交流的中心基地，作為太宰府出海口的博多商業發展也較為興隆。現今的太宰府市位於福岡縣，與博多毗鄰，而當時的太宰府政廳即位於今天的太宰府市區以內。在710年至1274年之間的幾個世紀間，太宰府附近的山丘上便建有兩座小型要塞，保護太宰府不受外敵侵略。此外，在太宰府與博多海岸之間還設置有被稱為水城的防禦工事，後者在抵抗蒙古遠征期間也發揮了一定作用。

與1274年戰役中頗受爭議的所謂「逆風」不同，這次的颱風得到了戰鬥雙方所有資料的佐證。由於長時間擠在船艙中、進攻受挫、不斷遭到日軍騷擾，蒙古遠征軍在第二次進抵博多時的士氣此時已經跌落到了出航以來的最低點。在東路軍登陸志賀島之後，艦隊中還暴發過瘟疫。從5月份起航以來，艦隊已經在海上行動了兩個月，時間每拖延一天，颱風季就更為臨近。《元史》則對此寫道，當蒙古人在鷹島附近看到海面上倒映的山影，便開始懷疑其附近海域水下有大量暗礁，不敢過分靠近。之後他們又看到一條巨蛇一樣的水怪浮出了水面，海水散發出濃重的硫磺氣味。此外，還有不少詭異的凶兆發生，導致蒙古軍士氣大跌。

在商討對朝鮮半島進行突襲的同年，日軍開始在博多灣海灘上修建一道石牆，希望藉此先將蒙古軍封鎖在海灘上，再發動反擊將其趕下大海。石牆與海岸線距離在50米左右，外側面向大海，高2米，外側石頭壘成，內側則為一道傾斜的土坡，騎馬武士可以直接沿土坡騎馬登上城牆。石牆建成后全長達20公里，能夠將博多灣沿東西方向完全保護起來。日本原計劃專憑武士之力，便可在兩個月時間完成城牆的建設，但由於資金和人力的缺乏，其實際建造速度要遠比計劃更慢。不久之後，九州的其他莊園主們就接到命令，要求其提供資金和勞工。不過日本人忽略了一個事實——雖然博多灣無疑仍將是蒙古再次入侵時的首選登陸點，但由於蒙古人佔據著絕對的制海權，石牆本身並非無法從東西兩側迂迴。而若非一場大風暴摧毀了蒙古艦隊，這一情況在1281年戰役中幾乎成為了現實。

1196年，武藤資賴以鎮西奉行一職進駐太宰府，管理整個九州，確保當地能夠按照幕府意願行事。1221年，意圖恢復皇權的承久之亂未遂而終之後，幕府為進一步壓制朝廷在九州的勢力，授予武藤資賴太宰少貳的官位。雖然太宰少貳在理論上並非太宰府的最高長官，但事實上由於官位更高的太宰大貳並不會親自到太宰府上任，而只需留在京都，因此武藤資賴便成為了太宰府的實際控制者，並在幕府授意下將全日本的外交事務握在了自己手中。武藤資賴擔任少貳期間處理了很多外交危機，其中就包括倭寇劫掠朝鮮沿海的事件。對於這一事件，武藤資賴毫不手軟，在高麗使團前往日本交涉期間抓捕了90名海盜，並給予斬首的嚴懲，為日本正規武士與海盜劃清了界限。

按照最初計劃，蒙古艦隊應在1274年7月起航前往日本，但卻由於各種軍備後勤等原因延遲了三個月之久。1274年10月3日，蒙古遠征軍從朝鮮南部起航，其航程第一站是位於九州與朝鮮中間的對馬島。對馬事實上由兩個島嶼組成，中間由一條極為狹窄的海峽分隔。蒙古部隊分四路在兩島的西側同時登陸，其中兩路指向北島，規模較小的一路指向海峽，規模更大的一路直指南島的佐須浦地區。佐須浦地區擁有對馬島最大的海灣，灣內海灘則是一片沙地。根據宗助國一族後人編寫的《宗氏家譜》記載，蒙古人總計有8000名士兵參与了登陸行動。

關於1281年的第二次遠征，大部分說法認為朝鮮派出了900艘戰艦和4萬名士兵，而中國方向則派出了3500艘戰艦和10萬名士兵。這一數字肯定有所誇大。不過，由於收編了南宋軍隊，第二次遠徵人數肯定是要遠大於1274年戰役的。日本方面雖然完全沒有任何資料記錄其參戰總人數，但由於很多九州以外的武士也被徵調到了博多地區，其數量肯定也要比1274年大得多。

除騎兵以外，由於到1274年時蒙古人已經將中國北部和朝鮮收為囊中之物，因此忽必烈也得到了大批經過統一訓練的步兵。相比于通常與民兵無異的日本足輕，無論是中國還是朝鮮步兵都可以利用密集的方陣進行戰鬥，他們有時也會攜帶盾牌對自己加以保護。此外，這兩國的弓箭手還能夠在號令之下向對方進行弓箭齊射，以密集的箭雨擊垮對方。

由於劉復亨身負重傷，其部將已經將本部撤回到戰艦上，相鄰的蒙古部隊也跟著撤回到了船上，這一撤退也宣告了戰役的結束。《八幡愚童訓》中僅記載著戰鬥第二天早上，日本平民驚訝地發現昨天還如同烏雲一樣壓在頭頂的蒙古大軍已經完全不見了，僅剩下一艘戰艦擱淺在海灘上。

不過在當天接下來的時間里，武士們雖然沒有進行任何有組織的進攻，但卻依然能夠像蜂群一般與蒙古人進行激烈交戰。百道原方向的蒙古軍在相當長的時間里都被少貳經資的少量武士阻擋在那裡。其所具ｒｅａd.９９cｓｗ•ｃom有的彈性和機動性又使蒙古人無法對其加以決定性的打擊。只有當日本守軍撤退到預先利用竹排或木柵欄建造的臨時陣地時，蒙古步兵才能夠找到可以進攻的目標。直到在箱崎登陸的蒙古軍擊敗當面的日本部隊，並威脅到少貳經資後方時，後者才開始向太宰府敗退。

1281年5月3日，東路軍從朝鮮起航。可能是由於軍隊規模要比上一次遠征更大，因此艦隊前往對馬所花費的時間要比1274年更多。艦隊在5月21日和26日分別攻擊了防禦薄弱的對馬、壹岐兩島。在對馬島上，宗助國之子宗重尚步其父親的後塵，在與蒙古軍作戰時陣亡。《八幡愚童訓》中對此僅記載了倖存下來的居民情況，而並沒有記載蒙古軍與日本守軍的戰鬥。《元史》則記載說島上300名平民遭到屠殺，有些居民逃到了山谷中，但蒙古士兵循著孩子的哭鬧聲找到並屠殺了他們。19歲的少貳資時率領大約100名郎黨在壹岐海岸迎戰蒙古軍，但被後者戰艦上搭載的弩炮所擊退，少貳資時也在戰鬥中陣亡。

《八幡愚童訓》對戰鬥過程的記載也十分相似：

就在日本人認為蒙古艦隊攻陷博多和太宰府已經不可避免時，一場被日本人稱為「神風」的颱風卻拯救了整個日本。馬可·波羅的遊記則使這一災難性的事件成為了第一件在歐洲家喻戶曉的日本歷史事件：

不過與此同時，雙方卻在行政方面均有著卓越的表現，蒙古能夠完全利用艦隊將多達10萬人的部隊運過大海，其所花費的成本和行政組織的複雜性幾乎是公元前480年薛西斯動員30萬人遠征希臘后再未曾出現過的。作為一個經濟以及農業相對落後的國家，日本在博多海岸供養萬余名武士和大批足輕，也必然是十分困難的。

可惜的是，史料中並沒有記載太多參加突襲的武士姓名。《八幡愚童訓》中曾記載著一位名叫草野次郎的武士，率領手下郎黨在夜間駕船冒著對方弩炮的火力攻擊一艘落單的蒙古戰艦。草野用自己的桅杆當做跳板登上對方戰艦，展開了激烈的白刃戰，成功砍下了21顆頭顱，並一把火燒毀了對方戰艦。

此外，忽必烈還向國內的死刑犯們宣布，只要他們願意參加遠征，便免去他們的死刑，而按照中國傳統還在服喪中不能上戰場的漢族士兵也被強行徵召。在經過了短暫的喘息之後，高麗再一次受命動員幾乎全國之力支持遠征。在對馬海峽的對面，日本人也已經認清對馬島和壹岐島在蒙古艦隊面前是根本無法防禦的，因此將全部力量都集中在了博多灣，放棄了外海的兩島，並沒有向這兩處增添一兵一卒。

對鎌倉幕府而言，擊敗蒙古卻並沒有給它帶來任何好處。與此相反，幕府卻陷入了自建立以來最大的危機。在戰鬥結束之後，幕府必須對武士們進行合理的封賞，但神官和僧侶們卻聲稱蒙古艦隊因神風而滅亡是自己的功勞，武士只能位居其次。此外，佛教與神道教之間也發生了衝突，佛教信徒認定是八幡菩薩掀起了神風，神道教神官則聲稱是天照大神掀起了神風。幕府被夾在三方之間，而日本的莊園早在幕府建立后便被瓜分一空，可以用來封賞各方的土地很少，根本無法滿足各方要求。而且在1281年戰役結束后，鎌倉仍然擔心蒙古人會再次發動入侵，因此命令全國、尤其是九州的御家人必須輪番前往博多駐防，並負擔一部分徭役來整修當地防禦工事，使原本便因幕府無法給自己合理封賞而不滿的武士們愈發憤怒，而寺院、神社卻借神風之名復興了聲望，再加上皇室希望借幕府權威削弱之際恢復權力，導致了鎌倉幕府的滅亡。鎌倉的大門雖然並沒有被蒙古人敲開，但砸在門上的重鎚，終於還是帶著整個幕府一起倒塌了。

公元13世紀，蒙古在成吉思汗及其子孫各汗國國主的領導下，逐漸成為了世界幅員最為遼闊的帝國，而它們從西伯利亞草原上的游牧民族成為世界統治者的過程，也是世界軍事歷史上最成功的征服行動之一。自成吉思汗將原先各自為政的蒙古遊牧部落統一之後，蒙古人在馬背上向西征服世界的過程中罕有敗績，整個歐亞大陸的版圖都已經被蒙古人重新劃分了。而日本作為一個島國，卻在蒙古帝國建立后的整整70年裡並未受到影響。當時日本雖然在經濟和文化方面與中國、朝鮮淵源頗深，但由於自平安時代便中斷了與后兩國之間的正式外交聯繫，直到蒙古人佔領整個亞洲東亞大陸，並將矛頭指向日本之後，日本這個相對封閉的島國才被重新推向國際舞台。而舉兵攻日之人，就是元朝開國大帝忽必烈。

10月19日蒙古一部分遠征軍首先在博多灣西側的今津附近登陸，計劃沿博多海岸向東前進，但卻發現此處的地形狹窄，海灘也太過鬆軟，不利於其步兵方陣的行動。便於當夜回到了船上。直到第二天，蒙古人才重新在百道原和箱崎分別登陸，並開始向太宰府前進。而對於這些行動，日本人似乎並沒有加以任何干擾。

在那之後，雖然忽必烈在盛怒之下仍然希望再對日本發動第三次進攻，甚至下令江南重建艦隊，但各地的起義使準備工作不斷拖延了下去，到1291年忽必烈去世后，蒙古人統一整個東亞的野心也隨之破滅了。

第二天，瀨戶內海的水軍頭領、同時也是伊予國御家人的河野通有也不甘落後。其父河野通信在1221年的承久之亂中效力於幕府一方。在受命前往九州駐防后，通有為顯示自己的英勇，居然大胆地帶領手下站在了城牆外側！之前在1274年戰役時，通有率領著500人從瀨戶內海前往九州，但等他趕到之後發現蒙古人早已經消失不見了。通有還曾前往大三島的大山只神社祭拜，希望能夠得到機會再戰蒙古，按照佛教真言宗的規矩，祈禱者應將祈禱內容寫在木片上，在祈禱完成後燒掉。河野通有則不然，他將願望寫在了紙上，燒掉之後將灰燼全部吞進了肚子里，現在他終於得償所願了。

10月5日夜間，駐守在對馬島西海岸的哨兵發現蒙古艦隊來襲，並立刻將這一消息彙報給了時任對馬地頭代的宗助國，後者急忙拼湊出了一支防守部隊。在蒙古人來襲之前，對馬島的八幡神社發生了一場小火災，很快就被撲滅了。在當時的日本，神社著火原本應是凶兆，但火勢不僅很快熄滅，而且在火災之後，人們發現有一群白鴿聚集在神社屋頂，而在自古以來流傳的日本神話中，白鴿正是八幡菩薩的信使。再加上不久之後便收到蒙古人來襲的報告，島上的武士們認定神社著火不僅絕非凶兆，而且還是八幡菩薩自己在神社點燃烽火，警告地頭代有敵軍來襲。

對日軍而言幸運的是，蒙古人並沒有選擇在岸上過夜。夜幕降臨后，蒙古軍便開始返回戰艦，並在撤退途中燒毀了所有日本民房和箱崎的八幡神社。而在率領朝鮮步兵參戰的將領中，甚至還爆發了爭論。有人認為雖然高麗軍人數不多，但戰意高昂，應該繼續向內陸推進。但大部分人還是認為軍隊已經疲乏不堪，而且人數也不多，貿然向對方內陸推進必然會被敵方大軍擊潰，最終決定將部隊撤回船上。事實上，如果蒙古人在第二天繼續發動進攻的話，水城以及太宰府幾乎肯定就要陷落了。

到當天傍晚，日本人已經被迫向太宰府方向撤退了數公里距離，少貳景資決定依靠水城的防禦工事抵擋蒙軍進攻。水城本身並非城堡，而是一道在664年修建起來的城牆。當時日本擔心遭到中國或朝鮮攻擊，便在博多東南修建了水城，以抵擋從博多而來的外國軍隊。其15米高的城牆在博多灣內陸的丘陵之間延伸，綿延達40公里。外牆以內還建有更高的內牆，在必要時可以將博多灣的河流引入兩道城牆之間。由於外牆高度較低，在將空隙灌滿之後河水便會向外溢出，阻擋進攻者的行動。這也是這道防線被稱為水城的原因。

無論此戰是出於何種原因致使蒙古軍只戰鬥了一天便撤回朝鮮，忽必烈都並不認為是蒙古軍失敗了，甚至還有可能會滿意地認為遠征軍已經完成了任務。而對返回本土的高麗將領們而言，勝利或者完成任務的欣慰早已因朝鮮國力被壓榨殆盡而沖淡了。大軍返回朝鮮之後，高麗都城開城成為了遠征軍的首個落腳點，同時200名日本俘虜也被進獻給了高麗國王。1275年初，蒙古將領們返回元大都，隨行的還有一位朝鮮將軍，其任務是將高麗國王的書信帶給忽必烈，請求後者暫緩再次出兵日本的時間，以便讓高麗能夠休養生息，恢復國力。向蒙古人繳納的重稅、鎮壓三別抄之亂、建立遠征艦隊以及最後的遠征本身給高麗的經濟造成了巨大打擊。如果蒙古人在未來的遠征中仍然需要朝鮮人參與，就必須給予他們足夠時間恢復國力。

忽必烈在1281年1月下達了再次遠征日本的命令。由朝鮮半島出發的東路軍進軍路線與1274年相同，經由對馬前往壹岐，之後再到博多。江南軍則從中國東南沿海地區起航，跨過近800公里的海洋，直接駛向壹岐島附近ｈttps://ｒｅａｄ.9９csw.ｃom與東路軍會合，其後兩軍一同登陸博多。蒙古大將阿剌罕作為兩軍的統帥隨江南軍出發，江南軍本身則由漢將範文虎指揮。對蒙古人而言不幸的是，阿剌罕突然因病去世了，而在忽必烈任命的接任者阿塔海趕到之前，江南軍便已經起航了。這一連串的不幸和延誤遂使蒙古人兩支部隊失去了統一指揮，對於後來東路軍和江南軍在日本海的延誤，這要算是一個主要原因。

作為成吉思汗以來蒙古軍所面對的規模最大的侵略戰，忽必烈似乎本應將全部力量集中在滅宋之戰上。但早在1274年，蒙古人就集中戰艦展開了首次侵日作戰。要麼是出於掠奪日本黃金的意圖，要麼是出於蒙古征服世界的「天命」意識，又或者是為了將日本拉入東亞官方貿易圈，忽必烈是出於什麼原因選擇在完全征服南宋前就進攻日本，目前已經無法獲知。

在征服亞洲大陸過程中，蒙古人與日本武士同樣以騎射聞名，但裝備要遠比穿戴大鎧的日本武士更輕便，其大部分騎兵均為輕騎兵，並沒有鎧甲。蒙古弓由牛角和竹子粘合而成，弓弦則由牛筋製成，雖然蒙古弓的長度要比日本長弓短很多，但射程卻要更遠，而且其精確度作為一種騎射武器而言也十分優秀。每位騎射手均擁有兩到三張弓，行軍時保存在專門的弓袋中。在雙方接近到白刃距離時，騎射手會將弓箭收進弓袋，拔出刀刃略帶弧度的馬刀，此時蒙古人通常在馬腹或者後背攜帶的圓盾也能夠為騎手和馬匹提供一定保護。此外長矛或者戰斧也是蒙古騎兵經常使用的近戰武器。除以騎射手為主的輕騎兵以外，蒙古人也有一些真正的重騎兵，其中地位較高者甚至連馬匹也擁有皮質鎧甲，但也有一部分蒙古重騎兵並不|穿著專門鎧甲，而是在皮袍表面縫上金屬片加強防護。這些重騎兵在戰場上並不依賴騎射技巧戰鬥，而是以短刀或短矛進行密集地衝鋒。

「蒙古人從戰艦上登陸，騎上馬，舉起戰旗開始進攻。他們敲著戰鼓和銅鑼，而且還會不時擲出鐵制或紙制的炸彈。日本馬在巨大噪音的驚嚇中無法控制。由於無法控制馬匹，武士們也無法迎戰敵軍。蒙古人在短箭的箭頭上塗了毒藥，很多人因此喪命。上萬名敵軍同時放箭，箭矢像大雨一樣遮天蔽日。他們的步兵手持長矛，以密集隊形前進。

攻陷壹岐島后，繼續前進的蒙古艦隊在15日至16日夜間被松浦半島和鷹島的守軍發現了。蒙古人對兩地發動了突襲，斬殺了數百名日本軍民。從松浦派出的求救使者很快就抵達了太宰府，而對馬和壹岐的使者早已到此了。在三方面的警告之下，太宰府立刻下令九州御家人做好抵抗蒙古艦隊登陸的準備。而且太宰府也正確意識到，如果蒙古大軍的進攻目標是太宰府，那麼他們便一定會在距離太宰府距離最近的博多灣登陸。只要蒙古人能夠在博多灣建立灘頭陣地，只需要向內陸前進一小段距離，即可攻抵太宰府了。

世界各地所有關於中世紀戰爭的文獻中，關於參戰人數的記載往往都被驚人地誇大了，1274年和1281年蒙古兩次遠征日本也不能例外。雖然現在日本仍保存有很多徵調東國御家人前往九州的命令，但這些命令卻對御家人或足輕的具體數量隻字未提。《八幡愚童訓》中記載的102000人無疑是過於誇大的，而且該書還聲稱蒙古大軍十倍於己。相比之下，《元史》也記載日本軍隊總人數達到了並不現實的10萬人，蒙古部隊卻僅有25000名蒙古、漢族士兵，8000名朝鮮士兵以及900艘戰船。《劍橋日本史》的作者石井進根據現存的行政文件估算，在1275年有120餘位武士頭領因文永戰役中的功績獲得封賞，這些人手下分別擁有5至100名郎黨。但任何文獻中都無法找到這些將領手下部隊的具體人數。如果這些將領平均每人擁有30名郎黨，則日軍總數就會在3600人左右，但如果平均每人擁有50名郎黨，這一數字就會提高到6000人左右。再加上那些沒有獲得封賞的武士，在1274年戰役期間，參戰的武士數量應在4000至6000人之間，而足輕的數量要遠大於此，使總數超過了入侵艦隊。蒙古、朝鮮聯軍實際在博多登陸人數應為30000人左右，但其步兵所受的訓練卻遠非日本足輕所能相比。

按照《元史》記載，當夜艦隊遭遇了暴風襲擊，大量戰艦觸礁，非沉即傷，人員損失高達13500人，相當於軍隊總人數的三分之一，高麗的一位將領也在風暴中溺亡。遭受如此慘重的打擊，蒙古軍只得撤回朝鮮。但真的是一場風暴襲擊了蒙古艦隊，就像後來1281年那樣是「神風」拯救了日本么？按照現代曆法，太平洋、日本海的颱風季在陰曆10月之前早應結束了。即使真的有風暴襲擊了蒙古艦隊，那也只能是由對流風引起的暴風雨，很難給艦隊造成毀滅性打擊。

在博多海岸上修建的石牆在戰鬥中也被證明是非常有用的工事，一些蒙古戰艦靠岸后，立刻就遭到了石牆上的弓箭射擊，無論是城牆上的步行武士還是在土坡上作戰的騎馬武士均能發揮自己手中弓箭的威力。雖然蒙古人所受的傷亡不大，但石牆卻使其根本找不到能夠登陸立足的海灘，只能轉而佔領灣內的志賀島和能古島，準備以這兩個島為起點迂迴城牆的側翼。出乎蒙古人預料之外的是，日軍沒有坐等蒙古人發動進攻，而是主動向對方發動了攻擊。志賀島與博多灣海灘之間由一條寬度很窄的沙洲相連，日軍便從此處突入志賀島。夜幕降臨之後，日軍還會乘著小艇對蒙古戰艦進行突襲，有些小艇將桅杆鋸斷，用作武士、足輕們登上蒙古戰艦的跳板。有時日本人還會用鐵鉤鉤住對方戰艦，甚至於那些找不到小艇的人，乾脆脫掉鎧甲，帶著一把刀便跳下海游過去參戰。

按照計劃，東路軍應在壹岐島暫停行動，等待預計於6月中旬抵達的江南軍與其會合后一同向博多灣發動進攻。但東路軍指揮官忻都和洪茶丘卻沒有等待江南軍抵達便先行率領艦隊駛向九州，希望自行攻佔博多。這是個非常魯莽無謀的決定。也許蒙古此時並不知曉日軍在博多海岸建起了城牆，但兩次遠征之間的七年間隔中，日本人也肯定已經向此處調集了大批增援軍隊，再加上1274年戰役時日軍所表現出的戰鬥力，任何明智的指揮官都會認清，只有集合起一支數倍于日軍的大軍，才能突破博多的防線。

到第二天破曉時分，日軍退出了戰場。他們已經無力阻止蒙古人從博多西側登陸，繞過石牆進攻博多並直搗太宰府了。《元史》寫道，蒙古艦隊擊敗日軍小船的攻擊后，日本舉國震驚，市集中甚至連大米都不賣了，天皇本人親自前往八幡神社祈禱，願意用自己的性命換取日本勝利。事實上，由於九州距離京都路途遙遠，即使天皇真的曾許下這些誓言，也是在蒙古艦隊覆滅之後了。

令人驚訝的是，現存關於蒙古遠征軍的文字記錄非常少。明朝初年，宋濂、王濂在《元史》中僅記載有遠征的大體內容。而在日本方面，關於遠征軍的記載主要集中在一本名為《八幡愚童訓》的書中。雖然後者的主要內容著墨于戰前日本人是如何向戰神八幡菩薩祈禱，並最終獲得戰爭勝利，但對於雙方軍隊的戰鬥情況，也同樣是重要的參考。此外，一位名叫竹崎季長的武士為彰顯自己在抗擊蒙古遠征時的功績，也曾專門請畫師為自己創作了名為《蒙古襲來繪詞》的繪卷。

東路軍在6月6日即開始攻擊日本，而且其攻擊目標還不僅限於博多灣，同時還分派出300艘戰艦越過下關海峽攻擊本州島最西端的長門國，以掩護自己的左側翼，並使長門守軍不敢對九州加以救援。這一行動雖然並未能給日軍造成太大損失，但卻在遙遠的京都引發了一陣恐慌，一部分人認為既然蒙古人已經出現在了本州，那麼九州肯定早已落入敵手了。幸運的是，在流言擴散開來之前，長門守軍便將蒙古人趕下了大海，後者只得撤回壹岐島。

直到1274年之前，幕府的動員令都僅限於九州地區，直到蒙古第一次遠征后，才開始動員本州的武士前往九州加強防禦。造成這一結果的原因有很多種可能。首先，幕府有可能低估了蒙古人的戰鬥力，或者在下達動員令時仍然沒有足夠認真地對待蒙古的威脅。另外一種可能就要簡單得多，即幕府認為將東國地區的武士調往九州從後勤角度講很難實現。如何在九州供養、駐紮一支集中全日本軍事力量的大軍對幕府而言本身就是一個問題，一旦戰役演變成持久戰，則問題會愈發嚴重。因此，當1274年蒙古遠征軍在九州登陸時，鎮守在博多海岸的當地武士便成為了全日本命運的決定者。

1232年，蒙古大將速別額台率領大軍攻克開封，宣告了金的滅亡。到了此時，南宋非但不為蒙古人的野心感到擔心，認為憑長江天險即足以將北夷拒之門外，因此對於自己長久以來的對手金國滅亡而歡欣不已。他們沒有意識到的是，正是金國的存在，才為南宋構成了一道阻止蒙古人入侵的屏障。現在這道屏障已經消失，南宋上rｅaｄ•９9cｓw•cｏｍ下卻鮮有人為此擔心，反而是金國的使者告知南宋，現在宋王朝要面臨遠比金更為可怕的敵人了。自此之後，蒙古人就開始了進攻南宋的準備工作，期間只因蒙哥汗逝世而在1259年暫時停頓。托雷的四子忽必烈在繼承汗位之後，開始向南宋發動猛攻。蒙古侵略戰首先由1260年至1262年間的突襲劫掠拉開序幕。1265年，雙方在四川爆發了第一場大規模會戰，蒙古軍取得完勝，擊敗宋軍佔領四川，並奪取了146艘宋軍戰艦。在過去上百年時間里，宋朝對於水軍的發展始終相當重視，並在臨安和長江沿岸各地建立了不少造船廠，幾位皇帝也經常親自前往造船廠視察。宋朝建立強大水軍最初是為了應對倭寇和其他海盜在東南沿海的劫掠，但這些戰艦很快就在抗擊金人入侵的戰鬥中證明了自己的重要性。忽必烈選擇俘獲而非摧毀宋軍戰船，表明他已經認清蒙古必須擁有自己的水上力量。作為一個馬背民族的領袖，他對於制海權重要性的認識驚人地具有預見性。在攻克朝鮮后，高麗王國在被征服之後，也將戰船轉交到了忽必烈手中。到了此時，蒙古人已經擁有進行跨海作戰的能力了。

不過一旦蒙古步兵組成了密集隊形，擅長於單打獨鬥的騎馬武士在面對步兵方陣時便束手無策了。以小隊作戰的武士如果貿然對其發動進攻，便會立刻成為弓箭齊射的打擊對象。更重要的是，武士們傾向於挑選身份更高的敵軍進行射殺，這一習慣也很難在博多灣發揮作用。武士們根本無法確定異族將領的位置和身份，因此最終射殺的對方將領數量大大低於通常比例。這要算是日本武士第一次領略並非個人性決鬥的全面會戰。

1270年底，忽必烈派出趙良弼前往日本時，本想為後者派遣3000人馬作為護衛，對日本進行明確的軍事威脅，但趙良弼最後選擇只帶24名隨從人員出使。對趙良弼而言，這次出使即漫長又危險。首先，在使節團到達朝鮮后，高麗朝廷卻不准他們立刻前往日本，因為高麗朝廷已經自行派遣使者前往日本進行遊說。當1271年趙良弼終於抵達日本之後，卻險些遭到日本人的攻擊，雖然沒有被殺，但還是被送進了一個木棚子里關了一天。在此之後，趙良弼最終抵達了日本九州島的行政中心太宰府。不過他並沒有得到親自覲見「日本國王」的許可，最後經過勸說只得將忽必烈的國書轉交給太宰府的日本官員。在無法得到回復的情況下，趙良弼被迫回國。1273年，趙良弼再次出使太宰府，等待幕府回復，最後仍然只能悻悻回國。雖然趙良弼滿懷憤怒，但在面見大汗報告時卻還是勸阻忽必烈不要進攻日本：「其地多山水，無耕桑之利，得其人不可役，得其地不加富。況舟師渡海，海風無期，禍害莫測。是謂以有用之民力，填無窮之巨壑也，臣謂勿擊便。」不過到了此時，忽必烈早已下定決心，不容趙良弼勸阻了。

5日至6日夜間，宗助國率領著80名騎馬武士和一些足輕跨過一座小山，奔赴佐須浦海灘，並在次日凌晨做好了防禦準備。10月6日凌晨2時，蒙古登陸軍開始上岸，兩小時后雙方爆發了激烈搏鬥。戰鬥開始之前，宗助國的兩位郎黨駕著小艇出海，從遮天蔽日的蒙古艦隊中間穿過，前往太宰府報告敵軍來襲的消息。

蒙古人在登陸日本時使用的所有武器中，對日軍造成最大震撼的無疑便是名為震天雷的炸彈，這是整場戰役中最引人矚目但也最神秘的新式武器。在蒙古人到來之前，日本戰場從未見識過任何形式的爆炸性武器，這也導致大受震驚的日本人在後來很長一段時間中都認為蒙古人遠征日本時在船上安裝了火炮，並以蒙古人曾在13世紀下半頁以火炮攻城為佐證。但事實上蒙古人並沒有在戰船上安裝任何火炮，而是利用弩炮發射頭部裝有炸藥的巨矢。

早在1267年，在高麗使者仍然滯留在日本的情況下，忽必烈就急不可耐地要求高麗國王提供士兵、戰艦以及足夠大軍三個月消耗的輜重，為遠征日本進行準備，並命令高麗王國準備好1000艘大型戰船。在忽必烈命令下，高麗國王動員了一萬名士兵，並開始了戰船的建造工作。但比較有意思的是，即使到了此時，忽必烈也從未在任何命令中指明其進攻的目標就是日本。對這位大汗而言，其當務之急仍然是征服南宋。在命令朝鮮進行軍事動員同時，忽必烈派出的勘測人員並沒有前往對馬海峽，而是去到了朝鮮西南方向的島嶼進行調查。這裏並不是遠征日本所要經過的道路，但卻是對南宋進行海上封鎖的絕佳基地。至於日本，忽必烈此時已經知道這個島國仍然與南宋保持著貿易關係，倘若使臣能夠勸服日本放棄與南宋的聯繫，則蒙古征服南宋的工作就將會輕鬆很多。雖然在此時的忽必烈眼中，日本只是個國土面積不大的小島，但為了征服他所面對過的對手中最為強大的南宋，也不能簡單地將日本忽視掉。

一支像蒙古人那樣強大的艦隊，卻在博多外海自行毀滅，這使日本人開始堅信自己的土地是有著神祗保佑，而在這片土地上所居住的所有人，都是這些神祗的後代和子民。自此時起，民族國家的概念開始萌生於日本人心中，雖然日本在之後數個世紀中戰亂不斷，17世紀至19世紀末又經歷了250年的諸侯割據時期，不過其在明治維新時所爆發出的民族凝聚力卻無疑是在這兩場大戰中鋪下了第一塊奠基石。昔日互相爭鬥的武士第一次為了同樣的目的站在統一戰線上抗擊外國入侵，而上至天皇下至百姓的全體日本人也不停為戰勝祈禱。隨著與蒙古的戰鬥，日本徹底退出了以中國為中心的東亞大陸政治圈，並轉而開始敵視大陸。儘管這一情況在室町幕府時期曾有所回潮，但其大勢卻無法逆轉。若說蒙古的入侵同樣為日本在16世紀和19世紀以後對大陸不斷發動進攻拉開了序幕，也並不為過。

除少貳家統御的三國二島以外，九州剩下的六國分別由大友氏和島津氏擔任守護，而這兩個家族也在戰爭中貢獻頗多。在1274年，島津久經是薩摩、日向和大隅三國的守護。在1281年之後，島津氏也在很多年裡一直參与守博多的重任，以防蒙古再次遠征日本。同時，在蒙古遠征期間，豐后、豐前、肥后三國的守護由大友賴康擔任。不過首當其衝面對蒙古大軍的並不是少貳氏、大友氏或島津氏的人馬，而是對馬島的地頭代（副地頭）宗助國，緊接著則是壹岐島的守護代平景隆，直到這兩座島嶼被蒙古人蕩平之後，才輪到九州三氏出場抗敵。

1266年，忽必烈首次派出兩位使臣前往日本，向日本傳達國書，要求與日本建立「友好邦交」，國書的字裡行間飽含著對日本的武力威脅。忽必烈的使臣們在出發后首先前往朝鮮，並要求後者派出嚮導，幫助使臣橫渡對馬海峽。但朝鮮官吏們卻勸阻元朝使臣，不要在此時穿過那片海況惡劣的海峽，而且即使船只能夠抵達日本，那些「固執而堅強，完全不懂得禮節和規矩」的日本人也很可能讓他們死無葬身之地。朝鮮人的這些描述無疑與先前幾百年裡中國人對日本的印象完全不同。

南宋的殘餘勢力最終在1279年被蒙古消滅，不久之後，忽必烈即命令長江下游各州建造600艘戰艦。他也開始與宋朝降將們擬定如何從中國起航進攻日本的計劃。同時，忽必烈最後一次派出使團警告日本，如果還不臣服於蒙古，1274年的遠征就將再次上演，並且規模還要更大。使團到達博多后很快就像之前的使者們一樣被日本人處以斬首。一個月後，一位原宋朝的官員寫信警告日本人，宋朝已經在蒙古人手中滅亡了，現在日本可能也要面臨同樣境況。

1280年秋，忽必烈在行宮中將帝國最高級官員們召集在一起，討論如何對日本展開進一步攻擊。與1274年的計劃相同，忽必烈仍然希望在登陸博多之前徹底摧毀對馬、壹岐兩島的防禦力量，而且忽必烈也充分認清了日本人是要比他先前所想象得更為強大。新的遠征與1274年戰役相比規模擴大了很多，戰艦上甚至還搭載了一些農具，證明蒙古人已經做好了永久佔領日本的準備。此外，由於原南宋軍隊已經被完全掌握在了忽必烈手中，這位大汗能夠從朝鮮半島和中國兩個方向上同時對日本發動進攻，他能夠動員的人數、戰艦數量也要遠遠超過1274年。

颱風開始肆虐時，蒙古艦隊仍然停泊在鷹島和九州本土之間的海域。由於艦隊中很多戰艦都擠在一起，在狂風之中，戰艦互相拉扯、相撞，士兵們很多被吹到大海里，船上的人完全無法救援落水者，只能眼睜睜地看著他們淹死。很多戰艦被大風直接掀翻，傾覆沉沒。其餘戰艦也大多撞上了暗礁，或者被吹到了岸邊動彈不得。而早先已經駛到了外海的戰艦則紛紛砍斷錨繩，試圖駛出風暴。

1276年，日本提出了一個大胆的計劃，由守護少貳經資率軍突襲朝鮮，毀滅對方的港口，以阻止那裡的艦隊再次駛向日本。按照計劃，行動所需的士兵和戰艦由九州本地負責，本州島西部各國則為其提供物資和其他支援，九州地區甚至已經要求各家族武士上報手下擁有的足輕、武器和戰船數量。不過這一膽大妄為的計劃最終還是被取消了。

作為進攻日本的跳板，朝鮮與蒙古人首次發生衝突可以追溯到幾十年前，當時蒙古騎兵在追擊契丹人的過程中跨過了鴨綠江，並要求朝鮮方面為其提供給養，但卻遭到朝鮮官府拒絕。盛怒之下的蒙古人不再追擊契丹人，反而對朝鮮進行劫掠。到1231年，在蒙古人攻克了朝鮮北部一系列要塞之後，高麗王朝被迫逃往江華島避難。在蒙古擴張過程中，這是他們第一次面臨跨海戰鬥。雖然江華島與朝鮮大陸之間的海峽僅有一公里寬，但蒙古人卻拿不出任何辦法來跨過這個水溝，更沒有辦法迫使高麗朝廷投降。對於四十年後的侵日之戰而言，這場戰爭要算是一個非常不好的預兆。

可無論宗助國手下80勇士如何英勇，也還是無法抵抗在數量上佔據壓倒性優勢的蒙古人。短短几分鐘之內，便有20名武士陣亡，戰鬥力愈發薄弱。按照《宗氏家譜》記載，宗助國在馬上拉弓放箭，射殺不下10名敵軍，其子宗右馬次郎還將一名蒙軍大將射殺。見此情景，宗助國策馬向前rｅaｄ•9９csw•ｃom，鼓舞士卒拚死殺敵。僅剩的幾十名手下在其感召之下奮不顧身衝進蒙軍陣線之中，但最後還是寡不敵眾，全軍覆沒。獲勝的蒙古人立刻又施展出其征服亞洲大陸時的野蠻手段，放火燒毀了佐須浦附近所有民宅，將島上全部男性一律屠殺，女人則被刺穿手掌，用繩索將手心穿在一起，扣為奴隸。

與主要由漢族士兵組成的南路軍相比，主要由朝鮮人組成的東路軍由於在1274年遠征中積累了一定經驗，而且在颱風襲來時的泊地位置距風暴中心較遠，其損失比例要遠小於南路軍，這一點也得到了日本資料的佐證。不過按照日本史料記載，日軍僅俘獲了2000名左右的俘虜，可能這一數字並未包括被俘后遭到屠殺的蒙古、朝鮮以及北方漢族士兵。

1275年2月，忽必烈再次派出使團前往日本。使團擔心剛剛與蒙古人進行了一次交戰的日本人會對他們施以報復，因此花了整整兩個月時間才抵達太宰府。此後這支使團出發前的擔心便成為了現實，日本人為了報復蒙古人在對馬、壹岐兩島上的屠殺，將使團送到了鎌倉附近的江之島全部斬首示眾。直到使臣們被殺一個月之後，幕府才將忽必烈的新國書送到了京都朝廷手中，其內容與之前的國書沒有太多區別，幕府和皇室也都沒有給予回應。

「敵軍大將在高地上指揮戰鬥，在部隊需要撤退時敲響代表撤退的鼓點，在需要進攻時敲響銅鑼，秩序十分嚴整。蒙古人在後退時便會擲出鐵炸彈，其發出的巨大爆炸聲，會使我方陷入混亂，武士們在一片驚恐中耳聾眼瞎，甚至分不清東西南北……」

值得注意的是，即使是十分注重「天佑神助」的日本人，也沒有在《蒙古襲來繪詞》和《八幡愚童訓》中記載1274年戰役中曾出現自然奇迹拯救日本的情況。僅有遠在京都的公卿中納言勘解由小路兼仲曾在日記中寫道：「聽說當數以千記的敵艦出現在海上時，一陣逆風颳起，將他們吹回了本國，只有幾艘被留在了海灘上。大友賴康抓到了50多名敵軍，之後這些俘虜都將被送到京都。」

攻克對馬之後，蒙古艦隊忙於屠殺破壞，沒有立刻出發前往壹岐島。直到10月14日凌晨，艦隊才重新起航前往比對馬要小很多的壹岐島，並在壹岐島北部登陸。與對馬島相同，少貳經資雖然名為當地守護，但身在九州的他並沒有參与戰鬥，當地的實際軍事權力則交給平氏後裔的守護代平景隆負責。自收到對馬島遭到攻擊的消息之後，坐鎮樋詰城的平景隆便派人向太宰府求援。樋詰城雖然名為城池，但與後來戰國時代和江戶時代的石築大城相比，樋詰城只能算是一座軍營，其四周僅設有木製圍牆和瞭望塔，只有城門是經過特別加固的，但也同樣由木材建造。不過對平景隆而言，樋詰城的存在並非用來抵禦蒙古軍的直接攻擊，而是在他率領麾下武士前往灘頭迎擊敵軍攻擊時為妻兒提供避難所罷了。與在對馬島上發生的情況相同，壹岐島上的日本武士在開戰之初也遭到了弓箭齊射的打擊，只得一邊後退，一邊儘可能進行還擊。夜幕降臨后，蒙古人退回到了自己的戰艦上過夜。遭到沉重打擊的平景隆也無法繼續堅守海灘，轉而率領殘部返回樋詰城，試圖守城等待九州本土的援兵。

到武藤資賴之子資能擔任鎮西奉行時，「少貳」已經被武藤家用作姓氏。忽必烈的國書也由少貳資能送交給鎌倉幕府。同時，資能的兒子少貳經資還是肥前、筑前、筑後以及對馬和壹岐等地守護，不過他本人並沒有直接參与到抵抗蒙古遠征的戰鬥中。在前線指揮將士抵抗蒙古大軍的是經資的弟弟少貳景資，他也因此成為了日本歷史上著名的英雄人物。在1274年蒙古第一次遠征日本時，經資年僅12歲的兒子少貳資時便隨叔父景資上陣殺敵。到1281年時，19歲的少貳資時也成為了一員大將，成為了在壹岐島抵抗蒙古最後遠征的英雄，為後世的日本武士所崇拜。

關於蒙古大軍究竟有多少人死於暴風一直存在爭議。根據朝鮮史料記載，東路軍在出發時擁有26989名朝鮮士兵和水手，其中7592人沒能返鄉，損失比例達到了30％。中國和蒙古方面的史料在數字上遠不如朝鮮方面詳細，僅記載了損失比例達到六到九成。而且除士兵的損失以外，由於裝載輜重的船隻停泊位置必然要更接近外海，因此損失肯定也要更大。無論實際數字到底是多少，這場風暴都使蒙古軍立刻喪失了戰鬥力，一度落水的範文虎立刻集結起了全部仍可跨海航行的戰艦開始撤退。在艦隊撤退後，仍有成千上萬的落水士兵要麼抱著浮木在海上漂流，要麼仍留在佐須浦和鷹島海岸上。在岸上安然度過風暴的日軍立刻衝到岸邊對這些倖存者發動進攻，據稱被殺者多達數萬人，只有南宋士兵們倖免。

雖然源平合戰時日本也曾出現過源義經這樣的卓越指揮官，但到元寇來襲的時候，日軍中卻並沒有這樣的將領，武士們在博多海灘上仍然如一片散沙般毫無組織，因此也根本沒有形成一條戰線。根據所有現存史料記載，蒙古人在登陸后立刻便開始整隊進攻，很快就使日本人陷入了一片混亂。蒙古步兵採取密集的方陣，由盾牌提供保護，以鼓點作為號令，進退自如的戰術使日軍很難應付。可真正起到決定性作用的卻是戰船上的弓箭和弩炮。若非這些火力的掩護，蒙古步兵無論如何也不可能獲得足夠時間完成登陸。按照《元史》記載，蒙古人首先佔領了博多海岸附近的一些高地，並將船上的弩炮搬到岸上，才終於將守軍逐退。

在過去的幾個世紀中，中國、朝鮮、日本三國的關係一直在戰爭與和平之間搖擺不定，而忽必烈治下的元帝國總算是首次捅破了戰爭的窗戶紙。1274年元帝國對日本的首次進攻也是亞洲大陸軍隊首次從朝鮮跨過對馬海峽（亞洲大陸距日本最近的航線）進行跨海作戰。在此之前，由於被稱為「倭寇」的日本海盜頻頻前往亞洲大陸進行搶劫，日本人當時在東亞大陸的名聲並不好，甚至很多中國和朝鮮人將自己參与蒙古軍隊進攻日本看做是對倭寇的報復。

1269年，由70名朝鮮人和蒙古人組成的使節團前往日本對馬島，再次要求日本政府對忽必烈的國書給予回應。這一次朝廷本打算做出正式回應，但卻遭到幕府阻攔。使節團再次空手而歸，只得綁架了兩名對馬島民帶往元大都。在為元大都的輝煌奢華所震驚后，二人沒有受到任何傷害即被送回日本。作為一種外交手段，忽必烈希望二人在目擊了蒙古的巨大實力后回到日本大肆宣揚自己的所見所聞，以日本人自己的親眼所見來懾服日本政府。在此期間，幕府終於開始認真討論應如何回應忽必烈的國書，並提出了一份回復草案，但最終還是沒有送交給忽必烈。

河野通有在1281年參加了志賀島的戰鬥，由於前一天晚上草野次郎的壯舉已經傳遍了全軍上下，河野決定自己要更進一步超過草野。《八幡愚童訓》中寫道，一隻蒼鷺從河野部下的弓箭袋中叼起一支箭，扔到了蒙古艦隊中間。河野認定這是對上天表現出的吉兆，因此他不顧惡劣的海況，在大白天就帶著叔父河野通時以及兩艘船出海沖向蒙古艦隊。面對著兩艘孤零零的小船，蒙古人非但沒有提高警惕，反而認為河野是前來投降的，一直讓他駛到了近前。直到河野放倒桅杆，登上蒙古戰艦，對方才開始還擊。河野通時當即被一箭射死，通有也被箭矢先後射傷了肩膀和左臂。但由於擁有完備的鎧甲保護，日本武士還是在接近的白刃戰中佔據著絕對優勢，船上大批蒙古兵被殺，通有甚至還俘獲了一名蒙古指揮官。由於河野通有的英勇表現，他在戰後受到了十分優厚的封賞。

在日軍激烈的反攻下，東路軍似乎是在精神上受到了不小震撼，雖然日軍也在兩天的戰鬥中筋疲力竭，但東路軍最終還是被趕回了壹岐島。如果不是東路軍指揮官魯莽進攻，這支軍隊本應在這裏等待江南軍會合再發動進攻。東路軍最終在6月28日回到了壹岐島。

就是在這種情況下，忽必烈要求與日本建立「友好關係」的國書送到了日本人手中，很快就引起了公卿和武家兩方面的激烈討論。不過無論是公家還是武家，均拒絕接收忽必烈的來信。高麗使臣只得兩手空空地回國，而這次外交挫敗也成了促使蒙古人遠征日本的第一個導火索。

在長門受到攻擊的同時，東路軍主力則駛向了博多灣。日軍對此早有準備，早在1280年4月，奈良的幕府首腦們就在一封寫給大友賴康的信件中告知對方，博多在未來仍將是蒙古入侵的首要目標。信中同時還強調，如果蒙古人再次入侵，那麼御家人之間必須協調一致，共同作戰。

自源平合戰和奧州征伐結束后，倚仗戰功獲得更多土地封賞的武士們已經有將近一百年時間沒有獲得大規模戰爭的機會了，而鎌倉時代的日本農業技術又不足以使莊園主們通過開墾更多土地來獲得令自己滿意的收入，因此在聽到蒙古人到來的消息后，武士們立刻展開了激昂的準備工作，《八幡愚童訓》中寫道：

很明顯的是，雖然雙方均以騎兵作為決定性兵種使用，但蒙古人的少量騎兵卻可以得到有組織的步兵保護。而日本足輕本身卻是需要武士保護的，導致騎馬武士根本沒有任何掩護可以依賴。這樣一來，當蒙古重騎兵發動衝鋒之後，一旦他們的秩序發生混亂，便可以退回到步兵陣線之後，整理行列之後再次發動衝鋒，而騎馬武士在遭到對方攻擊時卻尋求不到這種保護，只得任由對方驅散了。

「在九州各地，以少貳氏和大友氏為首，菊池氏、原田氏、松浦氏、兒玉黨水軍，甚至於神社人員、馬夫，都想要比他人更為努力。」

1271年，忽必烈在北京建立元大都，登基成為元帝國皇九*九*藏*書帝，使自己手下那些原先居住在蒙古包中的遊牧部落逐漸定居到了漢族城市中。在元帝國建立僅僅三年後，忽必烈就開始計劃將日本納入自己的統治之下。與西亞大草原上那種蒙古人熟悉的機動戰爭不同，這一仗將從朝鮮的港口和河流入海口展開。儘管蒙古人擅長馬上作戰，但想要入侵日本，他們就不得不將大部分戰馬丟在身後，乘船登上日本徒步作戰。而對13世紀的日本武士們而言，他們也還未曾體驗過大陸式的大規模戰鬥，對朝鮮和中國步兵所採用的密集隊形以及弓箭齊射戰術也一無所知。總體而言，雙方均要投入一場自己並不擅長的戰鬥中。

「正在此時，從北方颳起了一場大風暴，（蒙古）士兵們認為如果再不撤退，整個艦隊就將毀於一旦。因此他們全體登艦，離開了該島（鷹島），駛向外海。這支艦隊剛剛航行了四里，暴風便襲擊了他們，由於編隊十分密集，很多船撞在一起，沉入了海底。」

在蒙古騎兵不斷進入高麗王國進行突襲劫掠的過程中，絕大部分的蒙古首腦卻將注意力集中到了一個更大的計劃上——征服西夏、金以及南宋。在成吉思汗及其繼承人所進行的一切戰役中，這個計劃是耗時最長、過程最為複雜的。從成吉思汗進攻西夏開始，直到1279年才由其孫忽必烈征服南宋畫上句號。無論是敘利亞、俄羅斯、波蘭還是後來對日本發動的首次進攻，都是與進攻征服西夏、金以及南宋同時進行的。由於這片土地幅員遼闊，蒙古軍隊在征服的過程中不得不面臨無數困難。在整個征服過程中，蒙古人也在經歷著由游牧民族向封建帝國的轉變，這點差異從成吉思汗所住的蒙古包和忽必烈所居住的皇宮就可見一斑。

攻克四川之後，蒙古大軍將矛頭轉向了重鎮襄陽，並展開了圍攻。在圍攻過程中，攻守雙方均表現出了驚人的戰鬥力，使戰鬥不停陷入僵局。最終這場轟轟烈烈的大戰進行了足足五年，襄陽才落入了蒙古軍手中。攻克襄陽后，忽必烈沒有浪費任何時間，迅速揮軍向南宋首都臨安挺進。忽必烈軍中最能幹的將領伯顏在1275年率軍渡過揚子江，並在一系列戰役中利用大量拋石機和弩炮將宋軍擊敗。在揚州圍攻戰中，伯顏利用配重式拋石機和各種爆彈不斷轟擊揚州城，將城牆、廟宇和塔樓摧毀，攻克揚州。在繼續向臨安進攻的過程中，宋軍的堡壘一座接一座被伯顏攻克，很多驚魂未定的宋軍方一見到蒙軍便舉手投降了，臨安也不可避免地落入蒙軍手中，宋恭宗趙隰被伯顏俘獲。趙昰和趙昺在重臣保護下逃出臨安，前者於1276年在福州登基成為宋端宗。此後蒙軍攻勢不減，很快就攻至福州城下，趙昰、趙昺二人不得不再次向南逃亡，並最終抵達雷州。1278年，趙昰駕崩，趙昺登基成為宋朝末帝，但很快就在蒙軍追趕下再次南遷逃往崖山。1279年，蒙古大軍包圍崖山，企圖再次乘船逃亡的宋軍被蒙古艦隊切斷去路，包括趙昺在內的800餘名宋朝皇室全部跳海自殺，為延綿300餘年的宋帝國畫上了悲壯的句號。

一位原南宋軍的倖存者後來回憶道，風暴來襲之後的第五天，範文虎率領著所有能夠張開帆的戰艦撤退了，將大批殘兵拋棄在了鷹島的山下。此時人們已經三天未進粒米了，將士們聚在一起推舉出一位指揮官，準備率領大家砍伐島上的樹木，自行造船回國。但到了颱風來襲后的第七天，日本人出現了，很快便將倖存者們斬殺殆盡，僅剩的士兵則被扣做俘虜。兩天後，當俘虜被送到博多之後，日軍殺死了所有蒙古人、朝鮮人以及早就臣服於蒙古的北方漢人，僅放過了新近才被迫加入蒙古軍的前南宋士兵們，但仍將他們充作奴隸。

600年來從未遭到過外國進攻的水城如今成為了阻止蒙古軍進入太宰府的最後一道防線。戰鬥在10月20日傍晚達到了高潮，水城防禦的指揮官少貳景資正帶領著兩名家臣指揮戰鬥，遠遠望見了身高超過兩米的漢族蒙古軍副將劉復亨。少貳景資立刻拉弓放箭，正中劉復亨胸口，將其射倒。後者手下士兵趕緊將其救走，景資率軍追擊，俘虜了劉復亨的坐騎。由於失去了重要指揮官，而戰船上的弩炮也已經無法再為登陸部隊進行支援，蒙古人沒能攻破水城，太宰府也終於沒有被攻陷。

第二天上午，大批舉著紅色旗幟的蒙古士兵將樋詰城團團包圍了起來，樋詰城內人人披掛，就連女性都做好了上陣的準備。面對絕境，平景隆所能做的也僅有派出自己的女兒在一位武士保護下前往九州，向太宰府請求援助。根據一些著作記載，除樋詰城以外，島上的女性全部被蒙古人俘獲，並被強令在城邊的樹林中開闢一條可供大軍通行的道路。在樋詰城門被攻破之後，平景隆決定率軍發動決死突擊。但當他們手持長弓衝到城門口時，卻驚訝地看到蒙古人將日本俘虜用繩子從手心切開的空洞中穿在一起，組成肉盾，防止日本武士發揮弓術。面對此景，武士們只得將弓箭扔到一旁，拔出刀劍，直接衝進蒙古陣線之中。很快他們就為蒙古軍的人數優勢所壓倒，平景隆撤回城內，與其妻兒一同自殺。在此之後，壹岐島全面落入蒙軍手中，手掌穿在一起的俘虜被蒙古人驅趕到戰艦的船頭，在進攻九州時繼續當做人體盾牌。

7月30日，未等蒙古人登陸，鷹島附近的日本守軍再次先聲奪人，對蒙古艦隊發動了襲擊，當夜整晚雙方都在激烈戰鬥。這場戰鬥的情形與一個月前博多灣之戰相似，日軍分乘小船對蒙古艦隊發動突襲。已經吃過日軍突襲苦頭的蒙古人採用了更為緊密的隊形，以浮動的海城來迎戰日軍。雖然這種戰術有效地遏制了日軍突襲，但在後來「神風」的襲擊中，密集艦隊中船隻的互相碰撞，卻成為了蒙古艦隊覆沒的重要原因之一。

作為蒙古第一次進攻日本，1274年戰役持續時間非常短，雙方均宣稱自己獲得了勝利。《元史》中不僅沒有將1274年戰役視作一場敗仗，而且還在劉復亨將軍的傳記中寫道他率軍擊敗了10萬名日軍，而撤退只是因為大軍已經耗盡了弓箭，無法繼續施展弓箭齊射的威力。在這場被稱為文永之戰的戰役中，蒙古遠征軍有三分之一的部隊沒能返回朝鮮。受史料限制，後世無法了解有多少蒙古士兵是死在了日本人的箭矢或刀槍之下。如果歷史上並沒有發生颱風的話，那麼武士們取得的戰果要算是相當大了，而這些戰果中大部分都應是在水城附近進行反擊時取得的。若果真如此，無論蒙古軍是否彈藥殆盡，日軍所取得的戰果也足以迫使蒙古人上船撤退了。

在蒙古人進行外交努力的同時，高麗王國的軍事動員卻引發了朝鮮一批強硬派指揮官發動史稱「三別抄之亂」的兵變，（「別抄」本是高麗崔氏王朝對以防盜為名建立的近衛軍，後來規模逐漸擴大，分為左別抄、右別抄和神義軍三別抄，成為了重要的政治力量），這些人罷免了主和派官員，決定繼續抗擊蒙古入侵。高麗朝廷此時非但不領導人民支持抗擊外敵，反而主動邀請蒙古軍隊進入高麗境內鎮壓叛亂。到1270年，叛亂基本被壓平，主戰派倖存者逃往南方的濟州島。三年後，高麗國王的世子與忽必烈的女兒結婚，由於國王已與蒙古人締結姻親，濟州島的抵抗也漸漸停止。在蒙古人與高麗朝廷在大陸上逐漸達成和解的過程中，濟州島大部分土地都被轉交到了蒙古人手中，成為了放養蒙古馬的馬圈。蒙古人最初表現得極為慷慨，僅要求高麗國王臣屬於忽必烈大汗。但僅僅一年之後，蒙古人就開始無視高麗朝廷權威，在朝鮮境內強征壯丁、民夫，並徵用了朝鮮所有海軍資源，而其目的便是對日本發動進攻。隨著濟州島抵抗的停息以及1273年蒙古與高麗的和親，忽必烈徹底將朝鮮握在了手心，遠征日本的跳板也終於設置完畢了。

1281年7月初，從揚子江出發的江南軍抵達了日本海域。這支大軍據稱擁有多達3500艘戰艦和10萬名士兵。在與受挫的東路軍取得聯繫之後，兩軍會合到了一起，開始進行戰鬥序列的重組。由於軍隊規模過大，兩支艦隊又並沒有統一的指揮，重組工作耗費了將近半個月時間。直到當月月底，艦隊才重新起航向日本本土推進。由於艦隊已經獲悉博多沿岸防禦極為堅強，艦隊目的地改航博多以西的鷹島以避開石牆。

七年的休戰期也使日本得到了喘息之機。雖然日本國內一片狂喜，但北條時宗卻能夠認清，已經吞併了幾乎整個亞洲大陸的蒙古人，遲早還會返回日本再做一次決鬥。根據北條時宗的命令，全國所有六十五歲以下的男子都被編為預備役部隊，甚至以往只負責保衛寺廟的僧兵都接到了隨時準備前往博多的命令。在賞罰1274年戰役中參戰的武士時，所有在戰鬥中表現怯懦的御家人均受到了嚴厲的懲罰，另外則有120名左右的御家人因英勇戰鬥得到了封賞。九州專門組建了保衛海岸的部隊，九州以外的御家人也開始逐漸被徵調到博多附近。北條時宗的弟弟北條宗賴則被任命為本州最西端的長門國守護，負責保衛這塊本州島上最容易遭到攻擊的地區。在日本於1277年首次得知南宋都城已被攻克之後，國內的緊張氣氛再次升級，戰備工作也開始加速。

為判明蒙古人來此是何意圖，宗助國還特地帶來了一位通曉外語的翻譯，但蒙古人根本沒有打算和日本人談判，而是將猛烈的箭雨射向日軍。第一批登陸對馬的蒙古軍人數超過1000人，十倍于宗助國帶來的80騎人馬，而且還能得到戰船上搭載的弩炮掩護。蒙古軍和日本人兩種完全不同的戰鬥方式終於正面遭遇了，在蒙古人射出第一波箭矢之後，宗助國及其手下也立刻拉弓還擊，利用高超的射術射殺了不少蒙古士兵，但自己的手下也相繼為蒙軍矢石所殺。由於佐須浦海灘上有一片較為茂密的樹林，弓箭齊射的威力遂大為減弱，蒙古步兵也無法施展方陣的威力，只能依靠數量優勢壓倒日軍。在這種能夠完全發揮武士個人戰鬥力的戰鬥中，宗助國得以給蒙古軍造成一定打擊，還射殺了至少一名蒙古將領。