1358年，足利尊氏也因病去世了，足利義詮成為了新的將軍，四年後任命足利一族的斯波義將為執事，事實上就是執權一職的翻版。不過這一任命卻遭到了權力逐漸膨脹的守護們強烈反對，義詮只好收回成命。到第三代將軍足利義滿繼任時，執事又變成了管領，擔任這個職務的細川賴之卻還是因守護們對幕府施加壓力而被流放。管領一職雖然依舊存在，但根本沒有任何權力。

兩年後的1570年6月，信長在姊川會戰中擊敗了朝倉、淺井聯軍，暫時解除了東北方面的威脅。又過了兩年，甲斐和信濃的大名武田信玄才終於從與上杉謙信、北條氏政的拉鋸戰中抽身，率領3萬人沿三河國向京都前進，並於12月22日在三方原會戰中擊敗德川家康。不過到了第二年4月，信玄卻因為舊病複發而被迫撤兵，不久后就病死了。

由於衝擊性戰術要求無論是進攻一方還是防守一方都要擁有更好的秩序，這就使大名們必須更長時間地將一部分足輕們留在自己身邊進行訓練，以便他們適應更為緊密的隊形和更為複雜的戰術，這也導致一些大名手中出現了小規模的常備足輕部隊。失去土地的浪人、農民以及大領主手中的富餘勞動力則為這些小規模常備部隊提供了兵源。此外，即使是戰時才從農民中大規模動員起來的足輕們，其手中的武器種類也不再像原先那樣只是雜亂的農具或簡易兵器，而是開始使用相對統一的武器，一些實力較強的大名甚至還會為他們配發統一的武器和盔甲，使足輕可以按照所使用武器的不同類型分別進行組織和訓練。這樣一來，雖然大名仍會要求自己的武士家臣提供相應數量的足輕，但招募這些足輕的武士本人卻不再親自率領足輕作戰了，取而代之的是將足輕交給專門的指揮官指揮。在經過訓練之後，利用統一戰術作戰的足輕在戰場上甚至能夠比武士部隊更具威力，再加上其龐大的數量，使日本的戰場終於開始被足輕統治。

由於有著巨大的威力，鐵炮的裝備數量也自然呈現出快速增長的趨勢。在1575年的長筱會戰中，即使是整個日本最重視火器的大名之一，織田信長的3萬人中也只有3500名鐵炮足輕。但到了1592年豐臣秀吉入侵朝鮮時，島津義弘率領的一萬人中便擁有1500支鐵炮，裝備比例提高了將近30％（在豐臣氏和後來江戶時代的軍隊中這個比例還要更高很多）。隨著裝備數量的增加以及運用經驗的積累，在一部分大名的軍隊中也發展出了齊射戰術。織田信長更是首先推行了小規模的三排橫隊，利用三排槍手輪流齊射的方式來彌補鐵炮裝填速度較慢的缺陷。要知道，這一戰術在歐洲直到18世紀才會出現，在那之前，歐洲平原上仍然盛行著縱深在6至10排以上的長矛/火繩槍混合方陣，並不容易發揚火力。

在1560年之前，幾乎沒有人能預料到，自1551年繼任織田家督，因幼年時期常與農家孩童一起玩耍而被戲稱為「尾張大傻瓜」的織田信長會成為後來日本再次統一的奠基者。1560年5月12日，駿河國守護大名今川義元率領著27000人試圖沿東海道進入京都，其首先要跨過的障礙便是織田信長所在的清州城。當此之時，織田氏所掌握的僅有尾張西部半國，實力遠不及手握三河、遠江、駿河三國的今川氏，可動員兵力也僅有5000人左右。不過在19日黎明，今川義元卻突然在桶狹間隘口遭到織田信長不到2000人的奇襲，其本人遭到斬殺。失去主帥的今川軍也只能向駿河撤退。

不過到了此時，各地大名們對幕府權力的更迭也已不再關心了。將軍對地方統治已經有名無實，幕府權力鬥爭無論如何激烈，其實際意義也僅限於近畿內部。1491年，駿河守護今川氏麾下的伊勢宗瑞突然襲擊了伊豆地區，迫使當地的幕府公方足利茶茶丸自殺，日本的戰國時代正式拉開了帷幕。各大名之間開始互相攻打，原先由幕府任命的守護大名以及在暴亂和糾紛中自立的新興戰國大名把領地內的武士收為家臣，幕府和皇室一樣被完全架空了。與此同時，各地被稱為「一揆」的農民暴動又加重了這些混亂。到16世紀30年代，幕府甚至連近畿地區也已經控制不住了。幕府或者皇室的命令，已經完全淪為大名們玩弄權術的工具。

更糟糕的是，室町幕府內部也發生了嚴重的分裂。在建立初期，雖然足利尊氏名為征夷大將軍，但事實上弟弟足利直義也擁有著巨大的權力，二者之間的衝突甚至導致足利尊氏一度轉投南朝以獲得攻擊直義的借口，擊敗直義后才回到北朝，並最終在1352年2月毒殺了直義。

到戰國時期開始時，從平安時代一直沿用的莊園制基本已經解體了，很多武士也成為了沒有封地的職業士兵。大名們紛紛開始以新標準來衡量自己和屬下家臣的領地糧食產量，並由此誕生出了石高制和貫高制兩種俸祿制度，以此作為基礎確定家臣武士所需負擔的兵役人數，封地面積越大或俸祿越高的武士所需向大名提供的兵力自然就要更多。其中前者是直接以土地糧食產量為標準衡量封地經濟情況，從理論上講，當時日本的一石米相當於現在的17至20公斤大米。通常情況下，大名會按照每100石提供兩至三名足輕為標準向武士下達動員令，不過這一數字也會根據大名所面臨的戰鬥規模而上下浮動。在另一些大名的領地中，如佔據著關東大片土地的后北條氏（與鎌倉時期的北條氏並非同族）則採用了將土地糧食產量換算為金ｒｅaｄ•９９cｓｗ•ｃｏm錢的方式，其單位為「貫文」或「貫」。在後北條氏中，大約每七、八貫需負擔一人。

對於在戰爭之中建立的室町幕府而言，足利尊氏的政治體系存在著一個致命弱點。與源賴朝將所有武士都納為自己的家臣不同，足利尊氏事實上只是各地武士的盟主，久久不能熄滅的戰火又使將軍無法削弱地方武士或守護的權力。因此幾乎是從建立之日起，室町幕府對各地的影響力便遠不如鎌倉幕府，導致日本在整個14世紀至16世紀之間戰亂不斷。

日本雖然成功抗擊了元軍的入侵，但自建立之日起便內亂不斷的幕府又迎來了新危機。武士、寺院、神社沒有哪一方滿足於幕府所給予他們的封賞，而北條時宗也藉著戰爭勝利的契機繼續蠶食著幕府的一切權力。北條氏的直系家臣御內人成為了決定性政治力量之一，使得大量普通御家人愈發不滿。1284年11月，新執權北條貞時的岳父安達泰盛便與御內人代表平賴綱發生了武裝衝突，最終安達泰盛一門遭到剷除。不過平賴綱的勢力卻也沒有長久，很快便在1293年被北條貞時本人下令滅門。

通常情況下普通足輕使用的鐵炮最大射程可以達到200米至400米，但實際有效射程則在50米至80米以內。在這一距離內，鐵炮發射的彈丸可以擊穿1毫米厚的鋼板，而戰國早期武士們穿戴的盔甲「具足」通常使用0.8毫米鋼板製造，很容易被火繩槍擊穿。這同時也意味著，即使是一位身無分文的足輕、農民，當他得到一支鐵炮之後，也可以擊斃身著厚重盔甲的武士甚至大名。這不僅加強了足輕在戰場上的主力地位，而且也提高了他們的社會地位，不過火器在日本並沒有像在西方那樣帶來民主的萌芽，而是使足輕在後來的德川江戶幕府時代被列為了正式的低級武士。

不過在日本，長矛方陣卻面臨了十分尷尬的地位。在早年足輕素質較低時，組建大規模長矛方陣在訓練和兵員素質方面是不可能的。而當這兩方面的缺點都得到彌補之後，鐵炮的引進卻又使投射兵器的重要性再次提升，隊形密集的方陣對於鐵炮而言無疑是十分容易擊碎的目標。到了戰國後期，一個長矛方陣若無弓箭或鐵炮掩護，那簡直是完全無法戰鬥了。

到了此時，似乎已經沒有誰能繼續阻擋織田氏將近畿完全控制在手中的腳步了。但事實上，他在東西兩條疆界上的地位卻也並沒有穩固下來。在東面的甲斐國，雖然武田信玄已死，但武田氏威震東海的軍隊依然完整，其子武田勝賴也從未放棄再次進攻京都的打算，武田氏仍然威脅著信長的東線。而在堺町以北的大坂，石山本願寺在大量一向宗佛教信徒擁護下已經擁有了不亞於大名的實力，其所在位置如同一把利刃直指京都，將織田信長拖入了一場長達十年的圍攻戰之中。

因各大名之間的領地、財力不同，足輕部隊的結構也有著很大差別。以甲斐國的武田氏為例，按照《甲陽軍鑒》記載，武田信玄時期的武田軍中每30名足輕設置一名足輕小頭，由足輕中挑選出的能力較強者擔任。而一名職位更高的足輕組頭則指揮五名小頭，其單位被稱為「組」，組頭通常由武士擔任。在通常情況下，一名足輕小頭和足輕組頭所指揮的部隊會採用單一武器，以便在戰場上統一行動，但某些情況下也會出現弓箭和火繩槍混編的情況。此外在組頭之上，還會擁有直接聽命于大名或部隊指揮官侍大將的足輕大將，這些人通常由中等武士擔任，分別指揮數個組。

城堡大行其道使圍攻戰成為了戰國戰爭十分重要的部分，奪取一座重要城堡便等於奪取了附近整片地區，大名之間時常會為此進行數年的拉鋸戰。在另一些情況下，如果不能奪取特定的城堡，交通線便無法得到確保。作為圍攻戰的進攻一方，有時也會在目標城堡附近高地上建起對壘城堡。不過日本軍隊在攻城武器方面卻沒有得到太多發展，拋石機幾乎從未出現過，火炮數量也十分稀少。即使守軍只有少量部隊，強攻大型城堡通常也還是會付出巨大傷亡，導致進攻者往往只能選擇進行長時間圍困，由飢餓來迫使對方投降。

在野戰軍隊發生了革命性變化的同時，日本的城堡也進入了全新時代。從平安時代到室町時代早期，日本城堡事實上只是利用山脈地形建造在山頂，用於控制谷地或交通線的木製設防據點。其規模往往很小，無法容納太多軍隊。在戰國時代開始后，隨著大名之間攻伐頻繁，對城堡的需求量也隨之提升，很多戰略要點甚至戰術要點都建起了大大小小的城堡，建造位置也不再局限於山地。其中一些重要城堡的規模十分巨大，擁有數道高大的石牆，城內的道路也十分曲折，而且牆上設置的射擊孔可以讓弓箭手或火繩槍手充分發揚火力。1567年，松永久秀首先在自己的多聞山城中建造了天守閣。這一高大的建築位於城堡中央，可以俯瞰整個城堡及其周圍地區，在戰時是全城的指揮中心，此後很多大型城堡也紛紛建起了天守閣。最大的城堡有時能夠容納數萬人生活，而大名們也會居住在這些城堡之中。

到了此時，后醍醐天皇似乎已經站在了恢復皇權統治的門檻上，但武士們對於皇權統治的厭惡卻阻止著這一目的的達成。1335年7月，北條高時之子北條時行重新回到鎌倉，斬殺了征夷大將軍護良親王。足利尊氏借用這一機會進入鎌倉，很快便將北條氏擊敗，而他本人則取代北條氏成為了武士領袖。

隨著農業生產水平和人口基數的增長，戰國時期的軍隊規模也要比以往更大。但必須注意的是，由於僕役人員的徵募也被算作兵役動員範疇之內，因此在統計人數時也會將非戰鬥人員計算在內，而這些僕役人員數量有時甚至要比戰鬥人員更多。日本在1592年入侵朝鮮時總共投入了16萬人，但其中真正的戰鬥人員卻只有6萬人左右，其餘均為勞工、苦役等僕從人員。以五島純玄為這次遠征所徵募的部隊為例，其部隊中擁有11名騎馬武士、40名步行武士、11名幕僚人員、38名隨從、120名足輕以及280名僕役。總計500人中僅有220名戰鬥人員，非戰九*九*藏*書鬥人員卻達到了280人之多。

1464年12月，無嗣的將軍足利義政將弟弟足利義尋收做養子，並將其交給細川勝元輔佐。但不久之後，義政的夫人為其生下了足利義尚，義政取消了原先的成命，改立足利義尚為繼承人。由於擔心實力雄厚的細川家從中作梗，他又命令另一位大名山名宗全保護足利義尚。這最終在1467年引發了應仁之亂，以細川氏為首的東部大名和以山名氏、大內氏為首的西部大名在京都爆發了長達11年的混戰，雙方各自擁立足利義尋和足利義政，如同南北朝時的兩個朝廷一樣分裂成了兩個幕府。直到細川勝元和山明宗全雙雙去世后，雙方才在1474年簽訂和約，統一由足利義尚擔任將軍。

作為步兵部隊的核心，使用長槍或長矛的足輕在一支軍隊中所佔比例是相當大的，有時甚至能夠達到70％以上。早期足輕使用的長矛相對較短，通常不足3米，而戰鬥方式也更接近於個人性決鬥。但從1530年開始，足輕使用的長矛在長度上逐漸增加至4米以上，而各地大名也開始組建與歐洲類似的長矛方陣，但縱深並不像歐洲一樣多達8排甚至16排，通常只有3至5排，只有織田信長似乎曾在姊川會戰中使用過多達13排的縱深。在戰場上，長矛方陣在白刃戰中有著絕對的優勢，只要能夠保持正面完整，其如同刺蝟一般的正面便有著極強衝擊力，只有依靠火力或另一個方陣才能在正面將其擊敗。

不過到了1336年的5月，足利又重新進入了近畿，並在5月25日的湊川會戰中擊敗楠木正成。足利尊氏回到京都，擁立豐仁親王為光明天皇。不過直到當年11月，后醍醐天皇才被迫退位。而且後者很快便逃亡到了奈良附近的吉野，建立了與京都朝廷對立的南部朝廷。京都朝廷和吉野朝廷之間的戰爭——也就是所謂的日本南北朝戰爭，一直持續了半個多世紀才告結束。

由於一位低級將領木下藤吉郎（即後來的豐臣秀吉）的出色表現，織田信長在1566年吞併了尾張以北的美濃國。織田信長進入稻葉山城后將其更名為岐阜城，並將自己的居城也移到了此處。對美濃的佔領使信長領地擴大了一倍，可動員兵力也隨之增加了一倍。1567年11月，織田信長頒布了自己新的印章，其內容為馬蹄形的「天下布武」四字，向世人宣告他試圖以武力統一日本的野望，這使他從一位地方大名成為了全國性的爭霸者。

然而戰爭時間被拖得如此之長卻並不能證明后醍醐天皇試圖建立集公卿與武士於一體的政治體系的可能性。武士們從來都不希望恢復皇室統治，一個由武士領導的日本才是保證自己利益的最好選擇。1338年，后醍醐天皇本人去世。到了1343年，南部朝廷只剩下吉野附近的一小片地區以及陸奧和九州的少量土地。而在這一年，足利尊氏終於被北朝封為征夷大將軍，並於同年11月在京都的室町建立了幕府。

日本武士使用的長槍與歐洲騎士所用的長矛完全不同，其前端並非一個簡單的尖錐，而是一種雙刃槍頭，同時其使用方法也與歐式長矛並不相同，除刺擊以外，也可以砍殺對方，但製造成本卻要遠高於歐洲長矛。

在一些領地較大的大名中，大名會將不同地區動員而來的部隊編組為「眾」、「備」或者「隊」，其指揮官被稱為侍大將，人數通常在500至1000人之間，包含有騎馬武士、步行武士以及足輕等部隊，擁有應付小規模作戰的能力。另外由於大名本人無法直接統轄所有領地，因此會任命地位最高的家臣為掌握一座城堡及其周邊地區的城主，或掌握多座城堡甚至整國土地的國主。其中一些人可以在領地上直接組建出足以獨立作戰的部隊，並單獨進行某一方面作戰。即使在接受大名指揮作戰時，這些部隊通常也會保持獨立的指揮體系，作為一個整體編製行動。大名親自指揮的直轄部隊則被稱為「旗本」，通常會被作為預備隊或近衛軍使用，其中的足輕大將直接聽命于大名本人。在大名直轄領地可動員兵力較多的情況下，大名會將從直轄領地上招募來的部隊也交給家臣指揮，自己只留下其中一部分作為旗本。有時甚至連旗本也會交給一位家臣代理指揮（相當於近衛軍或預備隊指揮官）。

與足輕的情況類似，在戰國時期，除擔任組頭、大將或更高級別指揮官的中高級武士以外，一些低級武士們也開始被編為統一的部隊進行作戰。在這些不擔任指揮角色的武士之中，能夠負擔馬匹的武士們成為了軍隊中的騎兵，無法負擔馬匹的則成為步兵。不過值得一提的是，由於日本馬體型較小，奔跑速度也比較慢，因此衝擊力並不像歐洲騎兵那樣可怕。如果戰況有所要求，騎馬武士們也會下馬步行戰鬥，因此這些騎馬武士事實上更類似於歐洲中世紀時的騎馬步兵（即龍騎兵），而不像是馬其頓時代或中世紀結束后的那些專業騎兵。

到1318年，皇室中又出現了一位以31歲壯年登基的后醍醐天皇，並終於在1324年發動了武裝倒幕行動，但很快即被幕府剿平，后醍醐天皇被廢，幕府另立其子為光嚴天皇。不過到了1332年，后醍醐天皇的另一位兒子護良親王和一位惡黨出身的武士首領楠木正成在近畿地區再次掀起倒幕行動。后醍醐也從流放地逃到了山陰|道的出雲國，大量招募自鎌倉幕府建立以來便被排除在核心政治圈以外的西國武士。1333年4月，清和源氏後裔足ｒeaｄ•9９ｃｓw.ｃom利高氏突然在受命討伐后醍醐時背叛幕府，另一位幕府軍將領新田義貞也在5月8日宣布反對幕府，並開始直接向鎌倉進軍，半個月後便攻陷鎌倉，迫使執權北條高時自殺，為鎌倉幕府的統治劃上了句號。6月4日，后醍醐天皇在楠木正成的7000人沿路拜詰下重返京都，足利高氏受天皇賜予「尊」字而改名足利尊氏，光嚴天皇則被后醍醐下詔廢除。

不過與此同時，鐵炮也存在著很多十分不便的缺陷。火繩槍在射擊前必須先點燃一根燃燒緩慢的導火索（即火繩），並將其固定在火門上方，在射手扣動扳機后，火繩便會插入到火門以內，點燃槍管中的火藥。為避免過早擊發，火門在扣動扳機前會由銅蓋蓋住。整個裝填過程十分複雜，即使是最優秀的射手，在戰場環境下一分鐘也僅能進行兩至三次射擊，而隨著火藥殘渣在槍管內的積累，射擊速度還會進一步下降到每分鐘一發左右。由於此時刺刀還沒有被發明出來，這些足輕至多配有一至兩柄佩刀，鐵炮足輕在面臨對方長矛部隊或騎兵的直接衝鋒時也是十分脆弱的，鐵炮緩慢的射速也加重了這一問題。因此射手附近必須由射速更快的弓箭手或者長矛兵提供保護，以免對方利用快速的衝鋒擊潰鐵炮足輕。除此以外，進行齊射也要求足輕具有絕對的紀律性。如果射擊發生混亂，其威力就會大幅下降，這就要求足輕所需的訓練時間更加延長。再加上火繩本身是需要點火的，導致鐵炮在雨天中完全無法使用，各大名雖然曾費盡心思來試圖解決這一問題，但收效依舊不大。

除上述這些戰鬥人員以外，當時日本軍隊中還有著「奉行」這樣一個由高級武士擔當的重要角色。根據具體職責的不同，奉行也分門別類，其中「戰奉行」作為軍隊的副帥，在統帥位於部隊後方時負責一線戰鬥指揮。槍奉行、鐵炮奉行則相當於各兵種的總監，負責統籌相關足輕的裝備、訓練以及補給問題。軍目付是與奉行地位相當，但職責不同的另一種官職，即軍監。這些人負責向上級彙報所在部隊戰鬥是否英勇，上報的功績是否真實，並監視部隊指揮官是否存在異常舉動。除此以外，由於當時日本軍隊中仍然是以一名武士在戰鬥中斬殺的敵軍頭顱數目以及斬殺對象的重要性來評估武士的功績，因此軍目付還負責在會戰結束后清點士兵帶回來申報功績的敵軍頭顱，辨認士兵斬殺對手的身份或地位。

不過足利義滿卻是一位有著巨大決心的將軍。細川賴之被流放后，義滿開始了此前僅有源賴朝和足利尊氏實行過的將軍親政統治。到1392年，南北朝終於統一，戰爭的結束也使足利義滿終於得以著手削弱守護的權力。其手段則是將管領制度一直擴展到全國各地，在關東、陸奧、九州等地分別設置管領，並給予管領制約守護的權力。在此期間，細川賴之重新成為幕府管領。到擁有多達11國守護頭銜的山名氏發生內訌之時，足利義滿巧妙地施展手腕削弱了山名氏，最終使其領國減少到了3個。在此之後，九州、關東等地的守護暴亂也終於逐漸平息了下來。

武士所屬的基本單位同樣為組，但人數要小於足輕組，通常僅有10人至100人左右，組頭之上設有與足輕大將類似的指揮官。然而，即使武士們被編成了統一的作戰部隊，他們也並不會像足輕一樣緊密協同作戰，步行武士們仍會如蜂群一般獵殺對方身份地位較高的武士。因此在足輕手中的長矛長度越來越長同時，武士卻仍在使用長度較短，更便於進行個人性打鬥的長槍。雖然步行武士在裝備和盔甲方面無疑要算是重步兵，但作戰方式卻是輕步兵式的。相反，足輕雖然在盔甲方面要算是輕步兵，但戰鬥方式卻更接近重步兵。不過也正因為武士們即使解散行列也依然擁有較強的戰鬥力，因此在追擊敵軍時往往能夠起到決定性作用，而一旦解散行列便難以戰鬥的足輕在這一方面並不擅長。

在戰國時期，對戰場秩序產生了最大影響的無疑便是鐵炮，即火繩槍的引進。自1543年一艘葡萄牙落難船隻將鐵炮帶到了薩摩之後，當地的大名島津氏立刻認清了其具有的巨大威力，並開始大規模仿製這種武器，第二年就將其投入到了戰場之上。在此之後，鐵炮開始被日本各地大名普遍採用。這些武器被統一配發給足輕，逐漸取代了長弓在投射武器中的地位。

到了此時，戰國時代也走向了一個新的階段。在此之前，大名之間的戰爭幾乎已經徹底演變成了專為榮譽或為一城一地進行反覆爭奪的無休止搏鬥。而信長卻像將雞蛋裝入籃子中再一起摔碎一樣，終於將所有戰事統一成為了一場最終征服整個日本的終極決鬥。與其他那些以某城、某河或者某國為心理疆界的大名不同，在這位征服者心中，除了大海以外便再無其他疆界了。而這就驅使著他以比其餘大名更高的層次來看待整個日本的戰爭，並始終貫徹其目的不變。

除長槍以外，日本所有武士依然會在腰間佩戴赫赫有名的武士刀作為武士身份的象徵。不過由於武士刀刃部較薄，很難對身著甲胄的敵人造成太大傷害，而是更適合用來攻擊人體的血肉（值得一提的是，日本古劍術訓練的精髓便是如何在搏鬥中抓住對方甲胄的縫隙，將武士刀刺入其中），因此在戰場上很少成為首選武器，往往只作為自衛或備用武器使用。

當年年底，后醍醐天皇拒絕了足利尊氏重建幕府的要求，並命令新田義貞進攻鎌倉。但武士們，尤其是關東地區的武士們卻並不願意看到皇權復辟，因而紛紛加入了足利尊氏一方，使後者很快便擊潰了天皇軍，並在1335年12月11日攻入京都，但卻很快又被尊皇派趕出了京都，不得不一路逃到了九州，去尋求那裡的源氏後裔保護。

可是以此時鐵炮的可靠性而言，一支部隊若裝備了太多鐵炮，其局限也會變得無法客服，而這就使投射部隊和長矛部隊的混編變得九*九*藏*書普遍起來。與西班牙方陣那種將火繩槍兵部署在長矛兵四周的方式不同，這火力部隊在日本的戰場上要更為獨立，通常是以組為單位採用與羅馬軍團早期陣型相似的方式交錯部署在長矛部隊前方，當對方接近時，鐵炮組便會從長矛組之間的空隙中後退到長矛兵保護之下。這種布置方法雖然在衝擊力上要比完整的方陣有所差距，但在陣型的彈性上卻要算是最好的，對於日本崎嶇不平的地形也完全可以適宜。有時使用投射武器的足輕也會被部署在長矛兵的兩翼，中央的部隊仍會組成一個完整的方陣。

不過到15世紀末為止，雖然足輕在戰場上已經不再是完全的鼠輩，但大名及其家臣招募他們的方式卻與先前沒有什麼兩樣。只有戰爭爆發時才會從農民之間招募足輕，戰爭結束後足輕便會自行散去，而除了弓箭以外，足輕們的武器依然要自行解決。直到日本進入16世紀之後，隨著軍隊規模的擴大，衝擊性戰術越來越多地起到決定性作用，以及火繩槍等新式武器的引入，軍隊的組織結構和招募方式才發生了根本性變化。

1568年9月，借幕府將軍繼承紛爭的機會，信長以支持足利義昭為名進入了京都，趕走了此前一直控制著京都的三好氏。一個月後，足利義昭如願成為將軍，不過他的權力卻被織田信長提出的「五條事書」所完全架空了。在向將軍提出的五個要求中，信長甚至明確規定了自己可以不經將軍同意便處理天下事務。但義昭並不甘於成為某一大名的傀儡，因此在未經信長同意的情況下便開始將一些家臣奉為近畿各國名義上的守護，並在暗中連結近畿西部的本願寺、北陸的朝倉義景以及東海的武田信玄等人攻擊信長，希望以數量來壓垮織田信長的內線地位。

與得到了廣泛應用的火繩槍相反，火炮在日本軍隊中使用範圍卻非常小。雖然自鐵炮進入日本后，一些大名便製造了少量放大版的火繩槍，使其具備了輕型火炮的威力（有記錄指出織田信長曾在1575年的長筱會戰中使用過這種武器），但真正意義上的火炮卻幾乎從未在陸戰中得到過實際應用。16世紀末之前，火炮只有在一些圍攻戰中才少量使用。織田信長也只有在建造大型安宅船時才為每艦配備了三門火炮。火炮無法得到大規模應用除因成本較高以外，很可能也在於當時日本缺乏合適的炮架，無法靈活快速搬運，不少火炮甚至需要直接將炮身安置在用沙袋或石塊臨時搭起的炮台上發射。如果將其配屬給部隊，後者的機動性就會受到影響，再加上日本軍隊中幾乎從未組建過專門的攻城縱列，火炮的發展便被擱置了。

到16世紀中期時，幕府雖然在名義上依然存在，但實力卻下降到了連一方小大名都不如的地步了，反而是有著征夷大將軍任命權的皇室重新得到了大名們的重視，而京都又是整個日本最為重要的交通樞紐，因而爭奪京都也成為了各大名最重要的軍事、政治目標。在全新的動員體系支持下，日本已經徹底演變成了諸侯割據的局面。九州南部守護大名島津氏掌握著薩摩，逐漸收復了原先在鎌倉和室町時代曾屬於他們的大隅國和日向國，並以此為基礎開始向北部擴張，而其面對的敵人則是九州東北的大友氏和西北的龍造寺氏；中國地區的守護大名大內氏被毛利氏取代，而且後者的勢力還在向東不斷蠶食尼子氏等大名；東海地區則有著龐大的今川氏和武田氏，擋在他們進京道路上的則是尾張織田氏和美濃齋藤氏；北陸的加賀國幾乎已經成為了一揆起義的天下，若非越前朝倉氏阻擋，其勢頭甚至可能伸入近畿；在加賀國以東的越中和越后兩國則是長尾景虎（即上杉謙信）的領地，而他也在不停地試圖將勢力延伸至東海和關東，並與武田氏、后北條氏多次爆發激戰；更遠的關東地區被后北條氏佔據了大半，而東北地區的伊達氏剛剛開始踏上雄踞陸奧之路；在近畿內部，名義上是細川氏家臣的三好氏是勢力最強的大名，四國東北部也屬於他們，後來在15世紀80年代初統一四國的長宗我部氏此時還只是一個南部小大名。

1408年足利義滿死後，足利義持卻無力將幕府的直接統治維持下去。到二十年後，守護的勢力甚至已經擴大到了足以影響將軍繼承人選的地步。而隨著權力的擴大，守護也開始被稱為大名，即擁有大片土地的領主。到了此時，守護已經不再是鎌倉時代的地方軍政官員，而成為真正的一方諸侯了，甚至於管領們自己也成為了大名。

作為上述軍事改革的基礎，戰國時期的日本兵役制度也從原先的自發性向制度性進行轉變。在此之前，武士在接到動員令后除御家人本人必須前去報到以外，隨行郎黨以及足輕數量便完全由武士自己的榮譽心和名利心來決定了。到了戰國時代，諸大名開始以武士的封地或俸祿為標準做出規定，家臣們必須在戰時按照規定為大名提供相應數量的騎馬武士、步行武士、足輕以及僕役人員，大名自己也會從直轄地中徵募軍隊。

自從擊敗蒙古遠征以來，日本的戰場秩序也發生了變化。在那之前，武士是依靠騎射來射殺特定目標的，足輕的作用只是為其提供一定掩護。日本人在博多海灘上見識了蒙古步兵弓箭齊射的威力后，很快便學會了這一戰術。不過這一工作並不由武士擔任，而是被交給了數量龐大的足輕，使後者也https://read.99csw.com成為了戰場上重要的一員。1348年高師直指揮部隊向南朝發動進攻時，佐佐木道譽率領的2000名戰鬥人員中便擁有800名足輕弓箭手。大部分騎馬武士則開始學習蒙古重騎兵使用的衝擊戰術，使用長槍等白刃戰武器以相對密集的隊列向對方發動衝鋒。對於此時軍隊秩序仍然比較差的步兵而言，這種衝鋒往往是致命的。

1394年，足利義滿被朝廷任命為太政大臣，同年12月將將軍職務讓給了兒子足利義持，翌年又辭去了太政大臣，剃度出家。不過他並沒有退出政治舞台，反而採取了與法皇相同的裝束，凌駕於幕府和朝廷之上，甚至還在1397年接受了明朝冊封的日本國王尊號。他的所作所為已經脫離了武士範疇，試圖採取另立朝廷，以明朝屬國之主，而非武士領袖的身份來統治全國。其原因也是顯而易見的，即使到了此時，幕府本身在法理上也只能對武家進行統治，只有跳出這一模式，足利義滿才能將公家和朝廷也完全掌握在手中。

與武士相比，足輕的盔甲要簡易許多，即使是由大名統一為他們配發的盔甲，通常也僅包括「陣笠」、「胴」和「草摺」。顧名思義，所謂陣笠便是一種形似斗笠的簡易頭盔，胴是一種簡單的胸甲，草摺則是能夠為腰部和大腿上部提供簡單保護的戰裙。這些盔甲上通常都會飾有所屬武士的家紋。一部分足輕和低級武士背後還會背負著武士的「指物」，即識別旗幟。通常情況下旗幟上飾有所屬侍大將的家紋或其他標誌，因此在戰場上各部隊所屬情況一目了然，而不至於出現混亂或自相殘殺的情況。此外，武士高級將領在戰場上還會擁有指示自己所在位置的馬印，其形狀雖然各有不同，但均十分高大華麗，通常需要數名足輕共同背負。

也正因為這些原因，傳統弓箭雖然在火繩槍被引入日本后便急速衰落，但卻仍在日本軍隊中保有一席之地。這些弓箭的射速更快，而且在任何環境下都可以使用，因此往往被部署在幾個鐵炮組之間，為鐵炮部隊提供掩護。一支部隊中會有專門的僕役人員來為弓箭手提供備用箭支，其使用的箭筒通常可裝載100支羽箭。不過自鐵炮引進后，弓箭手的數量就變得越來越少了，到16世紀末時，其地位已經完全淪為了鐵炮部隊的輔助掩護力量。

在這場一之谷會戰以來最為精彩的突襲表演之後，曾雄霸東海的今川氏開始衰落，信長則開始躍入舞台中央。在從今川氐手中奪得尾張中南部統一尾張后，信長又攻入三河，在1562年與那裡的大名松平元康訂立同盟，後者隨即也更名為德川家康，此後即由後者負責掩護織田氏的東南側翼。

在這些變革得到普及之後，日本的軍隊雖然在招募方式上仍然是封建式的，但組織結構方面已經頗具近代化雛形了。與鎌倉時代的制度相比，一位指揮官現在所要直接指揮的不再是數量龐大且規模參差不齊的御家人隊伍，而只要對次級指揮官下令即可。指揮結構上的系統和簡化，再加上士兵紀律性的提高，使一支部隊可以遂行更為複雜的戰術機動，紀律也更為嚴格，而不會再像蒙古入侵之前的軍隊那樣在戰場上各自為戰。

到足利義持死後，室町幕府又因斷嗣再次爆發大規模動亂。最終由神社抽籤選出的新將軍足利義教和主持關東政務的鎌倉公方足利持氏之間的戰爭一直持續到了1439年才以後者自殺宣告結束。不久之後，足利義教又被刺殺，緊接著守護們擁立足利冬氏為將軍，與幕府擁立的足利義勝發生戰鬥。最終足利冬氏族也在山名氏、細川氏等大名攻打下失敗自殺。在這場戰爭之中，將軍的權力已經喪失到了如此的地步，以至於在這些戰爭中，幕府已經無力先將失敗者的土地收回后再封賞給家臣，只能任由勝利一方的大名自由佔領失敗者的土地。

在手中武器從弓箭演變成長槍的同時，武士身上所穿著的盔甲也在發生著變化。到了戰國時代，隨著白刃戰逐漸增多以及火繩槍的引進，武士身上的盔甲也發展成了更輕便的具足。由於大鎧是為騎射手設計的，因此重量較大，不便於步行作戰或者近身搏鬥。相比之下，具足更為輕便，而且重量分配也更加合理，能夠讓武士以全身軀幹承受鎧甲重量，而不是像大鎧一樣僅依靠肩膀承重，使武士可以更為靈活地行動，同時對手臂、大腿等部位的保護也更加完善。早期具足在製造工藝方面與大鎧類似，但將通常以小片皮革或者金屬製成的小札簡化成大片皮革或金屬制的板札，再由皮革織帶串聯而成。在火繩槍被引進日本后，為更好地抵禦這種火器發射的彈丸，具足的軀幹部分被逐漸改為跳彈幾率更大的整塊鋼板製造，工藝類似於歐洲的胸甲。不過為保持甲胄足夠靈活，肩膀（「袖」）、大腿（「佩楯」）等活動部位依舊為日式多片結構。高級武士或將領通常都會在頭盔上裝飾上自己的家紋或鹿角、牛角等其他飾物，很多武士還會在作戰時佩戴金屬制的可怖面具，將自己的血肉之軀完全覆蓋在盔甲之下。