至元三十一年正月，忽必烈在大都去世，廟號世祖。皇太子真金先死，其子鐵穆耳受皇太子寶，撫軍于漠北，聞報趕回上都，大會諸王宗親，四月即位，是為成宗。元貞二年（1296）秋，西北諸王葯木忽兒（阿里不哥子）、兀魯思不花（蒙哥孫）糧匱厭亂，歸投元廷。成宗得訊，遣土土哈載糧西迎。從大德元年（1297）至四年，元軍與海都、篤哇在北邊屢次交鋒。五年，海都、篤哇東逾按台山，下營于鐵堅古山。皇侄海山與大將床兀兒、晉王甘麻剌、太師月赤察兒合力苦戰。海都先勝后敗，受傷后與篤哇退出嶺北，在這年秋冬之間病死。

1260年三月，元世祖忽必烈在開平召集忽里台，即大汗位，建元中統，任用漢地士人，建立起中書省、十路宣撫司以及負責中原漢地政務的燕京行中書省等行政機構，鞏固了在中原地區的統治地位。阿里不哥也在漠北召開忽里台，稱汗，據有漠北地區。駐軍六盤山的蒙古軍主帥渾都海、奉蒙哥命主管陝西政務的劉太平，以及四川蒙古軍的一些將領，擁護阿里不哥為汗，企圖以秦蜀之地響應。忽必烈遣廉希憲為京兆等路宣撫使，急馳赴任，殺劉太平、霍魯海和四川軍中附阿里不哥的將領。不久，諸王合丹、汪良臣等合軍，擊敗渾都海和逾漠南下應援的阿藍答兒，於是完全控制了關隴川蜀地區。同時，忽必烈親自率師北征，前鋒移相哥敗阿里不哥軍，迫使他退守吉利吉思。次年秋，阿里不哥又移師東還，襲敗移相哥，大舉南進，與忽必烈激戰于昔木土腦兒，雙方死傷相當，各自退兵。因忽必烈切斷了漢地對漠北的物資供應，阿里不哥陷於窘境，便派阿魯忽（察合台孫）前往主持察合台兀魯思。但阿魯忽取得汗位后，拒絕向阿里不哥提供物資，並扣留其使者，於是阿里不哥舉兵西擊阿魯忽，殘破亦列河（伊犁河）流域。至元元年（1264），阿里不哥眾叛親離，勢窮力竭，向忽必烈投降。至此，忽必烈終於控制了嶺北局勢，並將勢力伸入畏兀兒地區。

泰定帝在位五年。在他統治時期，元廷對貴族賜予益奢，興役造作益多，國家財源已呈枯竭，吏治更加腐敗。致和元年（1328）七月，他病死於上都。八月，留守大都的武宗親信燕鐵木兒（床兀兒子）憑藉所掌怯薛發動兵變，控制大都，遣rｅaｄ•９９cｓｗ.cｏｍ使迎武宗次子圖帖睦爾入京。同月，梁王王禪（泰定帝侄）、丞相倒剌沙奉泰定帝年幼的皇太子阿剌吉八即位於上都，改元天順，分諸道進攻大都。這時，圖帖睦爾已從藩所江陵北上，武宗藩邸舊臣、河南平章政事蔑里乞氏伯顏邀截經河南北解的國賦以為軍資，親自帶兵護送圖帖睦爾至大都。九月，圖帖睦爾即位於大都，改元天歷，並宣布待長兄和世㻋歸自北邊將立即讓位。而遼東、關陝、川蜀等地先後起兵響應上都。兩都之戰發展成為大規模內戰。大都政權控制了財賦所從出的南方各省，實力佔據優勢。十月，大都所部軍乘上都守備空虛，從遼東出兵，襲圍之。倒剌沙以城降，被誅。阿剌吉八不知去向。王禪兵敗被俘后賜死。圖帖睦爾遣使迎異母兄和世㻋于北邊。天歷二年（1329）正月，和世㻋受朔漠諸王奉戴，在和林北即帝位，是為明宗，隨即啟程南返。三月，燕鐵木兒奉璽北迎明宗。明宗雖宣布凡圖帖睦爾所用百官並仍其舊，卻擢拔不少親信入省、院、台供職；他的從官中有些人對燕鐵木兒「不為之禮」。這就使一心想專任獨署的燕鐵木兒深懷怨懼。八月，明宗和自大都出迎的圖帖睦爾會於旺忽察都之地（今河北張北）。僅數日，明宗中毒暴死。燕鐵木兒立即帶著帝璽偕圖帖睦爾急馳上都。八月中，圖帖睦爾再次即皇帝位於上都，是為文宗。

元成宗鐵穆耳稱帝前長年在北邊帶兵，即位五年多，對六部官員尚「未知其人為誰」。但他委政於世祖舊臣完澤、不忽木、哈剌哈孫等人，罷征日本、安南之役，內政以奉行忽必烈成規為務，國家相對安定，因而被稱為守成之君。這時對諸王宗親的賜予為數日巨，一年修佛事五百余次，加上戰爭開支，國用匱乏，歲入不足，一再借支鈔本，財政方面始終未擺脫慢性危機。大德五年，元廷派劉深出侵西南八百媳婦（今泰國北部等地）。元軍沿途騷擾，道出順元（今貴州貴陽），向當地少數民族徵發丁役，勒索金錢和馬匹。土官宋隆濟和女土官蛇節舉兵圍劉深於窮谷，雲南行省東部人民皆起而響應。十一月，詔劉國傑往鎮。七年春，蛇節、宋隆濟先後被俘殺，南征之師亦罷。

至順三年八月，文宗卒，臨危遺詔立明宗之子為帝。燕鐵木兒利於立幼，于同年十月擁明宗次子懿璘質班為帝，是為寧宗。寧宗逾月而卒，時年七歲。燕鐵木兒在文宗后堅持下，被迫把被文宗放逐于靜江（治今廣西桂林）的明宗長子妥歡貼睦爾迎入京都，但遷延數月不肯立君。直到他因縱慾過度而死，妥歡貼睦爾才得在至順四年六月即位於上都，史稱順帝。

忽必烈在與阿里不哥爭位戰爭之初，即已承認旭烈兀對阿姆河以西土地的統治權，原來由大汗直接領有的波斯諸地遂變為大汗的宗藩伊利汗國。伊利汗國與立國於欽察草原的朮赤后王之間又為領土爭端爆發了長期戰爭。大蒙古國分裂了。

至元初年，忽必烈鞏固對中原漢地的統治后，立即著手恢復大汗對西道諸王的政治控制。他詔令窩闊台後王海都入覲，把察合台系諸王八剌從朝廷派回察合台兀魯思，控制當地局勢。海都拒不入朝，至元五年，在按台山挑起兵端。返回中亞奪得察合台兀魯思汗位的八剌也為爭奪斡端（新疆和田）與元朝開戰。六年，海都、八剌和朮赤后王忙哥帖木兒在答剌速河谷舉行忽里台，劃分各自在中亞草原的勢力範圍及河中農耕區的財賦收入，聯合反對大汗和伊利汗阿八哈。至元八年，忽必烈命皇子北平王那木罕出鎮阿力麻里。此後，九*九*藏*書元政府採取置驛、遣使安撫、設畏兀兒斷事官等措施，不斷加強對天山南北的統治，企圖相機西進。十三年，那木罕所部宗王昔里吉（蒙哥子）等叛，械繫那木罕與安童，逾按台山佔領吉利吉思，並於次年分道東進。八月，伯顏率元軍破昔里吉于鄂爾渾河。戰事延續五年之久，元軍雖收復嶺北，海都在畏兀兒之西的勢力卻迅速發展起來。二十二年，海都擁立的察合台兀魯思汗篤哇（八剌子）圍畏兀兒都城火州，大掠後退兵，以後又連續進犯畏兀兒地區。二十四年，東道諸王以斡赤斤后王乃顏為首，又在遼東叛亂。忽必烈親征，敗叛軍主力，擒乃顏。次年，諸王合丹等復叛，被元軍擊潰東逃，數年後敗亡。二十五年，海都、篤哇舉兵東犯，二十六年春，掠稱海，至杭海山，擊敗鎮邊宗王那木罕以及甘麻剌（忽必烈孫），進據和林。忽必烈最後一次率軍親征，復和林，留伯顏鎮守。至元之末，元政府已明顯地收縮了天山南部的防線，而在嶺北卻順利地將海都逐過按台山，牢固地掌握了祖宗「肇基之地」。

元文宗圖帖睦爾複位后，遍賞天歷之初為其效命的阿速軍士，以燕鐵木兒獨任丞相，總裁天下事，甚至親祭燕鐵木兒生祠。元廷嚴厲地鎮壓了企圖以明宗太子為名發動政變的蒙古貴族，又動用數省兵力，歷時一年，平定了駐在雲南的蒙古諸王叛亂。這時燕鐵木兒的威焰權勢遠遠超出了在他之前的任何一個元朝權相，以致他的兒子唐其勢揚言「天下本我家之天下」。文宗受制於燕鐵木兒之時，元朝國勢日趨衰微，處於迅速腐化之中的統治階級在政治上已難以振作。儘管文宗本人對中原封建文化比較熟悉和了解，所能做的不過是用「文治」來粉飾危機日益加深的統治。文宗初即位，就建立奎章閣，集儒臣于閣中備顧問；又置藝文監，以蒙古語翻譯儒書，刊刻經籍。至順二年（1331），敕編《經世大典》書成。該書由趙世延、虞集先後主持修纂，是記錄元朝一代制度故事的珍貴文獻。

至大四年正月，武宗卒。愛育黎拔力八達由東宮入總大政，罷尚書省，殺樂實、三寶奴。五月，即位於大都，是為仁宗。他受教於名士李孟十余年，受漢文化影響較深，積極採取措施，力圖改革朝政和吏治。如：嚴禁近侍擅傳聖旨；由朝廷派官任投下份地達魯花赤，降諸王投下所任命者為副達魯花赤；規定吏員入官只能升至從七品，並於皇慶二年（1313）下詔，恢復自宋亡以後中斷了幾十年的科舉取士制度；延祐初，元廷還派人檢括河南、江西、江浙等地漏隱田土，核實稅入。但由於官吏奉行過當，延祐經理變成對百姓的巧取豪奪，江西受害尤甚。延祐二年（1315）四月，寧都蔡五九舉眾起義。元廷調兩省兵力鎮壓，九月，蔡五九兵潰被殺。仁宗對母后答己奉命惟ｒｅad•９９cｓｗ•ｃom謹，答己得肆意干預朝政，擢升貪奸不法的私黨鐵木迭兒為中書省右丞相，勢傾朝野。仁宗對宗戚勛舊過於軟弱，在諸王壓力下不斷讓步。他還背毀傳位給武宗子嗣的誓約，誘逼武宗長子和世㻋出京就藩，在答己和鐵木迭兒參与下立己子碩德八剌為皇太子，從而引起海山舊部和一部分反對政治改革的蒙古貴族的不滿，也導致仁宗本人對答己及其黨羽的妥協。由於這些原因，仁宗後期，改革實際上中止了。

北方政局穩定后，忽必烈決定採用南宋降將劉整建議，先拔襄陽，浮漢水入長江，進取南宋。至元五年（1268），命阿術、劉整督師，圍困隔漢水相望的襄、樊重鎮，襄樊軍民拒守孤城達六年。至元十年初，元軍攻下樊城，襄陽守帥呂文煥出降。次年六月，忽必烈命伯顏督諸軍，分兩路大舉南進。左軍由合答節度，以劉整為前鋒，由淮西出師。伯顏本人與阿術領右軍主力，九月，自襄陽出發，沿漢水入長江；同時，命董文炳自淮西正陽南逼安慶，以為呼應。十二月，元水師入長江，克宋江防要塞陽邏堡。宋漢鄂舟師統帥夏貴遁，漢陽、鄂州宋軍降。伯顏分兵留阿裏海牙經略荊湖，自領水陸大軍順流而東，以呂文煥為前鋒。宋沿江諸帥多為呂氏舊部，皆不戰而降。十二年二月，賈似道被迫督諸路精兵，抵禦元軍。這時，他仍企圖奉幣稱臣議和，被伯顏拒絕，只好在池州下游丁家洲勉強與元軍會戰。因宋軍內部不和，一觸即潰。同年秋，伯顏從建康（今江蘇南京）、鎮江一線分兵三路趨宋都臨安（今浙江杭州）。十三年正月，宋幼帝趙㬎上表降元，宋亡。十六年，元軍完全佔領四川，又追滅南宋衛王于崖山，完成了全國的統一。元朝的統一，結束了自唐末藩鎮割據以來國內的南北對峙、五六個民族政權長期並存的分裂和戰亂局面，推動了多民族統一國家的鞏固和發展。

中原漢地成為忽必烈政權的重心，他順應時勢，全面推行「漢法」，改革蒙古統治者對漢地的統治方式。1262年，山東行省大都督李璮趁北邊有戰事，結宋為外援，佔據濟南，並企圖策動華北各地諸侯響應。忽必烈調集重兵圍攻濟南，七月城破，李璮被殺。忽必烈因勢利導，罷世侯，置牧守，分民、兵之治，廢州郡官世襲，行遷轉法。由於中原各地數十年專制一方的大小諸侯的勢力受到限制和削弱，中央集權獲得加強。中統、至元之初，元廷博採漢族士大夫建議，遵循中原傳統制度，同時也採取了充分保障蒙古統治者特殊權益的各種措施，大體奠定了元朝一代政制的規模。中統四年（1263），以開平為上都。至元元年，升燕京為中都。四年，始於中都舊城東北建造新城。至元八年十一月，詔告天下，正式建國號大元。九年，升中都為大都。

滅宋后，忽必烈對鄰近諸國發動了一系列的戰爭。至元十一年（1274），侵日軍無功而還。十八年，又分兩路進攻日本，由唆都率蒙古、漢軍、高麗軍從高麗東渡對馬海峽，範文虎率新附軍（元政府收編的南宋軍隊）從慶元（今浙江寧波）浮海北進。元軍在日本鷹島遇颶風，戰船九*九*藏*書多壞，將卒溺死者眾，又遭日軍掩殺，幾乎全軍覆沒。十九年，遣唆都從廣州渡海攻佔城（印度支那古國，位於中南半島東南沿海地帶），連戰逾年。二十一年至二十二年，鎮南王脫歡（忽必烈子）發兵侵安南（今越南北部），命唆都從占城北上助戰，南北夾攻。安南王撤離都城，其主力走匿山林，避免與元軍決戰；待元軍疲憊，又出而攻擾。五月，脫歡因暑雨不止、瘟疫流行，被迫退師。唆都戰死。二十年、二十三年，元兵兩次從雲南出侵緬國（今緬甸），二十四年，進至蒲甘，迫緬國定歲貢方物後退回。同年再侵安南，次年以糧盡師老北還。二十九年十二月，史弼、亦黑迷失、高興從泉州起航出侵爪哇（今印度尼西亞爪哇島）。爪哇統治者降元，並請元軍助討其敵國葛郎，打敗葛郎王以後復舉兵拒元，元軍力竭退師。

大德七年，篤哇和海都之子、窩闊台兀魯思汗察八兒遣使請息兵，「通一家之好」。八年，元廷與篤哇、察八兒約和，各遣使臣偕往伊利汗朝宣諭和平。大汗雖完整地保有嶺北行省，但被迫承認了察合台兀魯思控制哈密力（哈密）以西地區的事實。此後除延祐年間曾與察合台兀魯思發生一次戰爭外，終元之世，西北邊地大體上安定無事。

成宗晚年連年患病，皇后卜魯罕掌權。大德十一年初成宗卒，因皇太子早死無後，卜魯罕與左丞相阿忽台等人相結，圖謀立鎮守河西、擁兵十五萬的安西王阿難答為帝，定於三月三日舉事。右丞相哈剌哈孫則秘密遣使北迎出鎮朔漠的懷寧王海山，南迎被卜魯罕排擠出京的海山母弟愛育黎拔力八達。愛育黎拔力八達母子先至大都，立即派李孟與哈剌哈孫秘密定議。三月二日，愛育黎拔力八達率衛士入宮，誘執阿難答，誅阿忽台等，奉御璽北迎海山。五月，海山至上都，大會諸王，處死卜魯罕、阿難答，即帝位，是為武宗。次月，下詔立愛育黎拔力八達為皇太子。海山長年撫軍北方，昧於政事，即位后斥去世祖舊臣哈剌哈孫，對中書省進行大改組，幾乎全部改任自己的親信，政令失當，朝政紊亂。國家的用人制度和財政制度都被破壞。即位僅三個月，近臣獲得高官厚祿的約達九百人。為廣示恩寵，「遙授」職銜，名爵冒濫，冗員充斥。世祖時樞密大臣六員，這時增至三十二員。濫賞泛賜和建寺修佛事比前代更加沒有節制。殘酷的剝削加上連年天災，農民破產流亡，僅江浙一省流民已達一百三十多萬。為彌補國家財政虧空，至大二年（1309），詔乞台普濟、樂實、三寶奴等立尚書省斂財，變更鈔法；稅課以大德末舊額為率，增收三成以上。

從攻南宋以來，連年戰爭，加以宮廷廩祿、宗藩歲賜，都需要巨額經費來支持。忽必烈急於解決國用不足的問題，因而日益信用以「理財助國」邀寵的大臣阿合馬、盧世榮、桑哥等人主持國政。至元七年至九年、二十四年至二十八年間，兩次設尚書省綜理財用。尚書省的理財政策主要包括：增加稅收，興鐵冶，鑄農器官賣，「括勘」（追還被私人、寺院奪占的南宋公田，起征田賦），「理算」（追征各地歷年積欠的錢糧），變更鈔法等，使國家的收入顯著增加。但由於吏治腐敗，專註搜刮，流於橫徵暴斂，成為阻礙社會經濟發展的重要原因之一。同時，為了對外戰爭，打造東征海船，沿海和江南地區徭役徵發日益加重。人民不堪沉重的封建剝削與壓迫，紛紛起義。至元二十年，江南各族人民起義凡兩百余起，二十六年更增至四百余起。在這前後，爆發了廣州歐南喜、黎德和福建黃華、鍾明亮等人領導的幾次規模較大的起義。hｔｔps://ｒeａｄ.99cｓｗ•cｏm

元朝末年，吏治腐敗，財政破產，軍備廢弛。燕鐵木兒死後，伯顏獨秉國政，政治勢力迅速擴大。中書省、樞密院官員大都出其門下，每罷朝，一擁而退，朝廷為之一空。他一次所受賜田多達五千頃。大批蒙古貴族、官僚通過受賜、占奪等方式轉化為大土地所有者。漢族地主也大肆兼并土地。廣大農民在沉重的封建負擔下喪失土地，破產流亡。伯顏當權時，中原連年災荒，人口存亡相半，朝廷竟不加救濟。官吏勒索、賄賂公行，民間將他們與「賊」一樣看待。后至元間（1335～1340），廣東朱光卿、河南棒胡、四川韓法師、福建李志甫、江西彭瑩玉及周子旺等相繼舉眾起義；東北、西北、湖廣各族人民也起兵反元。以伯顏為代表的一部分蒙古貴族，企圖用加劇民族壓迫的政策來鎮壓以漢族人民為主體的反元鬥爭。忽必烈在位時，就將全國居民按種族、地域分為四等，對漢人，尤其是南人中的平民加以各種防範壓抑。這時，伯顏繼廢止科舉之後進一步下令禁止漢人、南人學蒙古、色目文字，以阻塞他們的仕途；並揚言要殺張、王、劉、李、趙五姓漢人。伯顏還企圖廢順帝另立。他的所作所為使當時的社會危機更加深刻。至元六年，伯顏侄脫脫得到順帝支持，乘伯顏出外行獵，將他貶黜。順帝起用脫脫當政，次年，改元至正，宣布「更化」，恢復科舉取士，開馬禁，減鹽額，修遼、金、宋三史，政治一度較為清明。至脫脫第二次出任中書右丞相時，國庫空虛，災荒頻仍，為解救危機，他變更鈔法，勒黃河回故道以拯治河患，在京畿附近營田，募人佃種以救北方糧荒。但這些都未能緩和已全面激化的社會矛盾，而開河、變鈔直接催發了轟轟烈烈的元末農民大起義。

延祐七年正月，仁宗卒。鐵木迭兒先已罷職，答己下旨復任為中書右丞相，大肆更換省官，將私黨調進中書省，矯命殺害仁宗時參劾過他的前中書平章蕭拜住等人。三月，碩德八剌繼帝位，即英宗。英宗剛毅而思有作為，答己當初以為他柔懦易制，所以立為皇太子，此時深為後悔。五月，答己幸臣失列門等謀廢立事泄，英宗將他們盡加誅殺，以木華黎後裔拜住為中書左丞相。至治二年（1322）秋，鐵木迭兒和答己相繼病死。英宗擺脫掣肘，專任拜住，銳意于改革。朝廷召集有治國經驗的退職老臣，優其祿秩，使議事中書；行助役法，民田百畝抽三，以歲入助役；正式頒行《大元通制》，督責各級官吏遵循國家的政製法規，改變政令不一、罪同罰異的混亂現象；裁罷冗職，節省浮費，減免賦役，以舒農力。這時，拜住揭發了鐵木迭兒生前貪贓巨萬的舊案，追奪其官爵封贈，籍其家。時鐵木迭兒黨羽御史大夫鐵失兼典左、右阿速衛親軍，遂與心懷不滿的蒙古宗戚密謀，欲刺殺英宗，並與撫軍漠北的晉王也孫鐵木兒（甘麻剌子）聯絡，相約事成后推他為帝。至治三年八月，英宗自上都南歸，駐蹕南坡（內蒙古正藍旗東北）。鐵失等以阿速衛為外應，入皇帝行帳，殺拜住，弒英宗，並於當夜馳回大都，收封省部印信，遣使奉玉璽至漠北晉王鎮所。九月，也孫鐵木兒在漠北即位，次年改元泰定，史稱泰定帝。