這年九月二十九日發生了青州之變。事情的經過是，原屬大順政權的一支軍隊同主力失去了聯絡，在旗鼓趙應元和投降了大順政權的明朝官員楊王休率領下來到青州。九月二十九日晨以入城拜會為名，乘機奪門而入。當時清廷委任的招撫山東、河南戶、工二部侍郎王鰲永正在城內，趙應元派步兵上城頭擺垛，自己帶著騎兵直入王鰲永的部堂轅門。王鰲永以為趙應元是率部前來歸降，突然看到兵將持刀露刃蜂擁而進，倉皇躲避到上房。後來聽見人聲鼎沸，「城內震地」，又翻過院牆藏到姓房的鄉紳家中。趙應元下令搜捕，「揚言拿獲部堂者賞金五十兩，拿獲部堂下官一員者賞銀十兩」。王鰲永被軍士搜獲，趙應元下令把他處斬。

值得注意的是，奉命收取山東的清軍不僅兵力有限，而且由於清廷也看出自己真正的對手是大順軍，所以二十九日覺羅巴哈納、石廷柱報告已平定了霸州、滄州、德州、臨清之後，多爾袞並沒有叫他們繼續南下，而是在七月初三日下令將覺羅巴哈納、石廷柱部調往山西，會同葉臣部合攻太原等地的大順軍。這兩部清軍調走以後，王鰲永、方大猷臨時拼湊了一些散兵游勇，不僅戰鬥力單薄，數額也只有幾千人。順治元年七月初三日清兵部右侍郎金之俊報告：「山東全區，並無一賊」，「但目下雖幸無賊，獨苦無官」。奉硃批：「□（東）省並無一賊，撫臣亟當推用。這事情吏、兵二部確議速復。」弘光君臣一味偏安江左，毫無進取之意，王鰲永、方大猷僅憑清朝的聲威到處接管山東未附各州縣。七月十二日王鰲永啟本中說：「臣於六月二十九日在德州拜疏后，七月初一日行至平原，值恩縣土賊猖獗，恩、平兩縣相距二十余里，臣因留駐平原二日，遣官安撫。旋以省城（濟南）土賊告急，人心洶洶，歷城縣知縣朱廷翰絡繹遣人催臣入省。臣隨於初四日至禹城，初五日至濟南，土賊聞臣至，各望風解散。臣亦分頭遣官宣布聖朝德意。即有一二頑梗，地方官自足制之，可以不煩大兵。」下文說第二天（初六日）明權德府事泰安王朱由率領明德藩各郡王宗室具表歸降，山東掌印都司蘇邦政、濟南府推官鍾性朴等文武官員、鄉紳也紛紛投順。隨後明朝署東昌道事工部主事于連躍以東昌府、臨清州歸附，青州府通判李懋學、推官彭欽以青州府城歸附，而當時「省城營兵盡汰，中原全無，文武佐貳亦缺，無官可遣」。直到八月間山東許多地方仍不願歸附清朝，例如距省會濟南僅三百余里的新泰縣在大順政權委派的縣令周祚鼎堅持下，六次拒絕王鰲永、方大猷的招降。在這前後山東各地百姓的反清義舉此伏彼起，都是一種自發的鬥爭，從來沒有得到南明弘光朝廷的支持。read.99csw.com

弘光朝廷的按兵不動，給清廷以可乘之機。早在五月十二日，清都察院參政祖可法、張存仁就上言：「山東乃糧運之道，山西乃商賈之途，急宜招撫。若二省兵民歸我版圖，則財賦有出，國用不匱矣。」同月二十五日，清廷派明降臣方大猷為監軍副使招撫山東。六月初四日，又派明降臣王鰲永以戶、工二部侍郎名義招撫山東、河南。同月初十日，多爾袞派固山額真覺羅巴哈納、石廷柱統兵收取山東，十四日派固山額真葉臣領兵收取山西。覺羅巴哈納、石廷柱先聲奪人發出檄文說：「奉攝政王令旨，各調兵馬前往山東等處。所過地方官民出郭迎接，違者以抗師治罪。」同時又以平西王吳三桂名義大張文告，云為安撫殘黎事稱「攝政王簡選虎賁數十萬南下，牌仰山東等處速速投降」。二十一日，巴哈納等帶領的清軍進抵德州。朱帥和參預反叛大順政權的明朝官紳「仍欲拒命」，不願歸附清朝。只是由於「濟王」部下都是些烏合之眾，又得不到龜縮于江淮一帶南明閣部史可法等人的支援，德州知州張有芳惟恐貽禍地方，到處遊說，朱帥等被迫解散部眾，拜表歸順清廷。畿南、山東大批州縣就這樣拱手讓給了清朝。https://read.99csw.com

1644年五月，大順軍西撤以後，山東、河北等地的大順地方政權被明朝官紳顛覆；清軍佔領了北京附近地區，由於強制推行剃頭等政策，京師附近的居民惶懼不寧，許多地方揭竿而起反對清朝的統治。三河縣、昌平州、良鄉、宛平、大興、霸州、東安、武清、漷縣、天津等地「盜賊」「千百成群」，以至「輦轂近地，幾同化外」，連京師所用的西山煤炭也因為道路阻隔無法運入城內。京師內外百姓流言四起，盛傳清軍將有屠民之舉。多爾袞等清廷統治者一再闢謠，安定民心，同時派兵遣將進行掃蕩，「輦轂之下，盜賊竊發，及至捕獲，少長盡置於法」，連「老稚不能彎弓操刃者」也濫加屠戮。在這種情況下，清廷需要一段穩定自己在京畿地區的統治和養兵蓄銳的時間。何況大順軍尚扼守山西，清廷有所顧忌，不敢輕易以主力南下。因此，畿南、山東和豫東地區在兩三個月里處於近似權力真空的局面。read.99csw.com

趙應元的收復青州，並不是為了重建大順地方政權。據文獻記載，他自己聲稱：「我也不願做皇帝，只是扶立明朝一人。」清山東巡撫方大猷的題本中說他以「擁立衡藩為號召計」，定於十月初八日「扶衡王坐殿」。這位衡王卻是個膿包，他在七月間已在王鰲永招誘下向清廷獻上降書，惟恐趙應元擁戴復明將召來殺身之禍，只知「涕哭，眼腫如桃」。趙應元為了增強抗清力量，「四門豎旗招兵：有馬給銀四兩八錢，騾兵給銀三兩八錢，步兵一兩八錢，外加一錢」。山東昌樂、壽光等縣的抗清武裝首領趙慎寬、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人來青州會商合作事宜。

自從明末以來，山東一省地方性的農民起義連綿不斷，明朝廷的統治已經很不穩固。大順政權接管該省后，由於實行免賦政策，派遣的官員奉公守法，吏治嚴明，受到當地貧苦百姓的擁護。原先所謂的「土賊」有的自行解散歸農，的有改編為大順政權的地方武裝，一度出現了多年未見的平靜局面。大順軍主力西撤後，明朝官紳乘機顛覆大順地方政權，實行反攻倒算，許多地方的農民又自發地組織武裝同官紳勢力作對。如靠近北直隸的冠縣在大順縣令逃跑后，有「土賊裴守政、馬瑞恆、劉桐相等蜂起」，兩年後才被清政府鎮壓下去。膠東地區隨著大順政權的瓦解也陷入一片混亂之中，許多地方在當地義軍控制之下，原明朝設置在登州的防撫曾化龍也掌握部分兵力，盤踞地方。五月間，靈山衛義軍張大雅、張千出、韓繼本，高密縣義軍單之賞、張宇等部圍攻膠州。六月初六日，曾化龍派登州守將滕胤玉等統兵擊退義軍，解膠州之圍。昌邑縣土豪李好賢率眾向曾化龍投降，張大雅、張千出被擒殺。可是，曾化龍得知清軍佔領京畿以後，卻丟下防守地區，同膠州知州郭文祥一道航海南逃。膠東地區處於無政府狀態。清廷在這年秋天任命柯永盛為膠鎮總兵，輕而易舉地接管了該地。這一地區的義軍膠州韓繼本，高密單之賞、張宇，即墨黃宗賢、周六、丘尚佐、王爾璽，平度搭毛、翟五和尚、張廣等部先後被柯永盛部清軍掃滅。《即墨縣誌》載：「無賴賊郭爾標倡眾為亂，諸孽附之。賊之在姑密膠東者亦相與為響應，眾十余萬，號十四營，環圍即墨。」當地紳衿先向明朝官員請援，毫無所得，改向清膠州總兵柯永盛求救，才將義軍擊潰。其時聲勢特別浩大的是兗州府、濟寧州、曹州府以至沂州府屬蒙陰縣一帶的農民起義。嘉祥滿家洞有宮文彩「僭稱擎天王，擁賊二萬有奇」，傅家樓等地還有馬應試（大順政權授掌旅之職）、李文盛、宋二煙、楊鴻升、楊之華、閻清宇等領導的武裝，為眾不下數萬。在大順軍西撤後，他們仍然「堅事逆闖」，「安心附逆，旗幟之上大書闖賊年號」。順治元年九月，清山東巡撫方大猷在「為塘報事」揭帖中寫道：「嘉祥地方滿家洞土寇聚眾數萬攻破馮家等堡二十余處，殺人不計其數，捕官率領鄉兵俱被殺傷，勢甚緊急，恐該縣被陷……。」rｅａd.99ｃｓｗ•cｏｍ

青州事件發生后，在省會濟南的清山東巡撫方大猷惶惶不安，他手頭只有兵馬六百多人，防守省城還不夠，只好請求清廷發「真滿洲官兵一萬，星夜南馳」。清廷得報知道事態嚴重，派梅勒章京和託、李率泰領兵趕赴山東。十月初六日，和託、李率泰部到達濟南，初八日前往青州。早已降清的明青州守備李士元獻計智取，他同清廷委任的青州道韓昭宣等官紳暗中勾結，進入青州城內充當說客。李士元對趙應元威脅利誘，勸他轉投清方，由巡撫上疏清廷解釋青州之變「只以總督虐民誅之，其餘不戮一人，今復以全城歸命天子，則通侯之賞可立至矣」。趙應元果然受騙，帶了甲士數百名出城同清將和託等會面，雙方鑽刀歃血對天起誓。當天晚上，趙應元在府城北門的瞻辰樓設筵，大張酒樂。清軍按李士元等約定的計劃，伏兵城外。席間炮聲突發，李士元、韓昭宣和隨從當場擊殺趙應元、楊王休，趙軍大亂。清軍擁入城中，格殺招降餘黨，青州的反清事件遂告失敗。read.99csw.com

面對各地風起雲湧的反清運動，清朝委派的官員束手無策，七月間巡撫方大猷在啟本中說：「今則無百姓、無官、無兵，而總因無餉。雖奉令旨准免三分之一，部臣王鰲永復推廣德意請免新、練二餉。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民無以應也。久已拋棄農業，漸有從賊巢中觀望來歸，而一旦聞有開徵之示，掉臂而返，有以相率從賊為得計者。此開徵兩字求之一百四州縣中不過十數處耳。」方大猷的啟本說明了山東百姓留戀大順政權的免征賦稅，才以永昌年號為旗幟奮起抗清，這和當地明朝官紳的動向正好相反。它還清楚地反映了清廷雖然在名義上接管了山東，統治力量卻非常單薄。