隨著雙方矛盾的激化，隆武帝明白除了離開福建，擺脫鄭芝龍兄弟的控制，不可能有任何作為。於是，他決意親征，目的是第一步把行在移到江西贛州，然後視情況而定，如果江西用兵得手，局勢穩定，可以西連湖南何騰蛟部，東接福建鄭芝龍部，南靠廣東，收就近指揮之效。即便江西作戰不利，還可以西移湖南，南下廣東。朱聿鍵決策移蹕明清雙方激烈爭奪的江西，而不是遷往比較安全的廣東，說明他確實是有恢復之志的，和後來的永曆帝不可同日而語。隆武元年八月，江西督師萬元吉上疏請移蹕贛州，疏中寫道：「贛（指贛州）居上游，豫（豫章即南昌）不能仰面而攻，且左為楚，右為閩、浙，背為東粵，足以控制三面，宜駐蹕。」十二月十六日離開福州，二十六日到達建寧，開始作向西轉移的準備。九-九-藏-書

鄭芝龍原先是海盜，受明政府招撫后，在崇禎年間曾奉命鎮壓福建、江西、廣東的「山寇」和「海寇」，由參將逐步升到總兵官。弘光時加封南安伯。他的接受招安，既為明王朝效力，使東南沿海地區相對穩定；主要意圖卻是借用朝廷命官身分，掃除海上異己勢力，壟斷福建、廣東等地的對外貿易。到明朝覆亡的時候，他在福建已經擁有左右地方軍事和經濟的實力。1645年六月，他的弟弟鄭鴻逵擁立唐王朱聿鍵，在福州建立隆武政權，自然是得到他的同意的。然而，這種結合卻難免貌合神離。朱聿鍵的意向是以恢復明室為己任，具體目標是首先恢復以南京為中心的江南（他稱之為「半功」），進而收復北方（他稱之為「全功」）。鄭芝龍的用心卻大異其趣，他以迎立隆武作為定策勛臣第一，借隆武朝廷的名義鞏固自己在福建等地區惟我獨尊的地位，帶有很大的割據色彩。read.99csw.com這樣，隆武朝廷從建立開始，就處於一種微妙的狀態之中。朱聿鍵得到了除魯監國據守的浙江東部地區以外南方各省的支持，至少在名義上他是公認的南明第二個正統朝廷。然而，他的政權是依靠鄭氏兄弟的支持才得以建立，又處於鄭芝龍集團實力控制下的福建，一切作為都必然要受到鄭芝龍的挾制。朱聿鍵即位以後，大政方針基本上是正確的，他為抵制和擺脫鄭氏家族的控制也作了相當大的努力。隆武朝廷建立不久，朱聿鍵和鄭芝龍、鄭鴻逵之間的蜜月很快就結束了，隨之而來的是一系列控制與反控制的鬥爭。

朱聿鍵為了提高朝廷的威望，特別注意網羅人才，以禮敦聘各地名聲較高的官員入朝任職，延請入閣的大學士名額超過了明代任何時期。鄭芝龍卻憑藉實力根本不把這些文官看在眼裡。朝廷建立不久，就發生了朝班事件。鄭芝龍自以為帝由己立，朝見時自然應當排于文武諸臣的前面，首席大學士黃道周卻以祖制勛臣從來沒有位居班首的先例為理由，堅持不讓。在隆武帝親自干預下，黃道周贏得了表面上的勝利。接著在一次朝見群臣的時候，鄭芝龍、鄭鴻逵當著皇帝的面揮扇去暑，戶部尚書何楷上疏劾奏他倆「無人臣禮」；隆武帝嘉獎何楷敢於直言，立即給他加了左僉都御史的官銜。鄭氏兄弟懷恨在心，處處加以刁難，何楷被迫請求致仕回籍，隆武帝違心地同意他暫時回鄉養病。鄭芝龍仍不肯罷休，派部將楊耿在半路上割掉何楷的一隻耳朵，藉以向朝廷示威。ｒｅad•9９cｓw•ｃom

朱聿鍵和忠於他的臣僚作的這種戰略部署，連當時任清朝江西提督的金聲桓也看得很清楚，他在給清廷的奏疏中寫道：「以臣今日細觀福建（指隆武朝廷）陳兵之勢，儼然一常山之蛇，以浙東為首，江西為腹，湖南、廣西、雲貴為尾，敵畏江南滿州，故宿重兵于浙東以拒錢塘之渡（這是指魯監國政權的兵——作者按），乘臣江西兵力之單弱，意欲奪路而出，以震動江寧；何騰蛟擁重兵從上游而動武昌，滿州有數，東南半壁豈不一鼓而復乎？臣計南贛、建昌、廣信之賊雖號有三十余萬之眾，若得滿州二萬從江西來，合臣兵二萬，臣效前驅，立可翦滅無餘，隨由南贛直搗閩廣，憑腰肋之間鏟為兩斷，敵人首尾不能相顧，錢塘可一葦而渡矣。然後合力平定雲貴，一統之業豈不易易哉！」可見，明清雙方都認識到江西在戰略上的重要地位。問題是，南明方面隆武帝既調不動鄭芝龍的軍隊由福建入江西，他寄於厚望的何騰蛟派精兵強將由湖南入江西迎駕也全盤落空；而清方洪承疇卻抽調了柯永盛、高進庫等部赴江西協同金聲桓部作戰，先後攻陷吉安、贛州、南安等府。江西戰局的逆轉，歸因於鄭芝龍、何騰蛟的私心自用，它不僅直接導致了隆武朝廷的覆亡，而且對後來南明局勢的發展影響極大（順治五年，金聲桓、李成棟反清歸明時都是在贛州城下屢遭挫敗，不能全力北上，詳見下文）。rｅａｄ•９９csｗ•ｃｏｍhtｔpｓ://ｒｅａd•９9cｓｗ•coｍ

朱聿鍵原本希望鄭芝龍、鄭鴻逵統兵出福建，建功立業。在他的一再訓令下，鄭芝龍不得不派永勝伯鄭綵帶兵出杉關，援救江西建昌義師。鄭彩到達杉關之後卻按兵不動，無論監軍給事中張家玉怎樣催促，他一概置之不理。不久聽說清軍將至，拉起隊伍就跑，三日夜退到浦城。張家玉極為憤慨，上疏劾奏；隆武帝下詔削去鄭彩的伯爵。1646年（隆武二年、順治三年）正月，又因鄭鴻逵部將黃克輝從浙江省江山撤退回閩，隆武帝大怒，指責鄭鴻逵「始則境內坐糜，今複信訛撤轉，不但天下何觀，抑且萬世遺恥。未有不能守于關外而能守于關內者」，下詔將鄭鴻逵由太師降為少師。這些事實表明隆武帝致力於中興事業，不願充當鄭氏兄弟的傀儡。