九月十九日，清軍在貝勒博洛統率下長驅進至福州。城中百姓紛紛逃竄，留下的人剃髮留辮。隆武朝廷工部尚書鄭瑄投降，「跪泥沙中永日，貝勒不為禮，徐乃令之去，曰：爾官在明朝若是大乎？茲不便用也，速去！」禮部尚書曹學佺（字能始），是著名的文學家，不屈自縊而死。曾任崇禎、隆武兩朝大學士的傅冠避居於邵武府泰寧縣門人江亨龍家中。「亨龍同子養源私計公常握重兵，大兵索公必連居停，不如自首乃免。」於是，向傅冠假說已被別人告發，藏身不住。傅冠慨然道：「一死報國，吾事已畢，鼠子嚙肉，所得幾何？」當即投繯準備自盡，江養源為了獻俘清軍邀賞，竟然橫加阻止，說：「公不生見大兵者，江氏百口立碎矣！」又唆使莊客道：「即此族何辜，令為血池乎？」在江氏父子指揮下，傅冠求死不得，被捆綁押往清將李成棟處獻功。傅冠為天啟二年榜眼，歷任禮部尚書、文淵閣大學士，名望很高。江亨龍攀援附會，執贄為門人；一旦局勢翻轉，立即賣師求榮，拖曳著被捆綁的傅冠躑躅道路間，甚至「有以掌摑公者」。送到李成棟軍營后，成棟執禮甚恭，說：「公大臣也，釋、留當取令旨，非成棟所專。顧國法剃髮令特嚴，異令以逆論。倘委曲相從者，成棟保公無他，此後攀鱗、曳尾，惟公之便。」傅冠堅決拒絕剃髮，厲聲曰：「汝知千古有文文山乎，我鄉先進也。吾鄉無叩頭宰相，但有斷頭宰相耳！」不久，李成棟奉命領兵入粵，傅冠被押送到汀州由鎮將李發管押。1646年十一月二十一日在汀州遇難。ｈttｐs://rｅaｄ.９9csw.cｏｍ

鄭芝龍的背叛行徑並不是個別的，當清軍佔領浙東時，隆武朝廷的許多官員眼看大軍進逼，為自己的身家性命計，紛紛暗中派人前往浙江向清軍投遞降表。錢秉鐙記載：

八月二十一日，隆武帝從延平行在起程前往江西贛州。他並沒有意識到噩運已經臨頭，在沒有多少軍隊護送的情況下，還帶了大批書籍和宗室、隨駕官員，根本沒有輕裝前進。不久，得知清軍迫近，隆武君臣大驚狂奔，隨駕大學士何吾騶本有足疾，又「墜馬垂死」，從間道返回原籍廣東。從行的宮人有「一騎而三人者」。二十七日到達汀州（今福建長汀），隨行的只有忠誠伯周之藩、給事中熊偉帶領的五百多名士卒。長汀知縣吳德操「吏才非其所長」，隆武帝與隨行人員奔至該縣時，「需役數千名，民逃不應命」。次日（二十八日），清軍追到汀州，隆武帝、曾皇后、沈嬪、陳嬪被俘于趙家塘，周之藩、熊偉被殺。隆武帝、后大約在被俘之日即遇害於長汀。據清實錄記載：征南大將軍多羅貝勒博洛將軍入閩，連下建寧、延平等府，「聞偽唐王朱聿釗遁走汀州，遣護軍統領阿濟格尼堪、杜爾德等率兵追擊，直抵城下。我軍奮擊先登，擒斬朱聿釗及偽陽曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演漢、西城王朱通簡併偽官、偽伯等，撫定汀州。……獲偽璽九顆，馬騾輜重無算」。江日升《台灣外記》雲：「隆武帝后死於汀州府堂，乃順治三年八月二十八日。諸家紀事，悉書隆武被執，送福州斬於市。但時有錦衣衛陸昆亨從行，眼見隆武帝后戎裝小帽，與姬嬪被難。昆亨脫出。百姓收群屍葬于羅漢嶺，豎其碑曰『隆武並其母光華太妃諱英忠烈徐娘娘之墓』。后昆亨歸鄭，繼而為僧，年八十有奇，為口述雲。故特表出。」歷史上的事件往往會在記載上出現程度不等的分歧，隆武帝的下場也是這類問題之一。江日升批駁了押回省會福州斬首的說法，是有見識的，因為在清方檔案文書和福州人士的記載中從未提及這樣一個重大事件。還有一種說法是在汀州遇害的是隆武帝的替身，他本人逃到廣東五指山當了和尚。這種說法很難令人置信，理由是：第一，當時廣東是擁戴隆武朝廷的，朱聿鍵如果真能逃到廣東，毫無必要遁入空門；即令說他心灰意懶，看破紅塵，那又同傳說中的「帝派使者慰勞群臣」自相矛盾。第二，這一流言從來沒有任何一個人出面證實；相反，跟隨朱聿鍵逃難的大學士何吾騶回到廣東以後，肯定得到相當準確的消息，才寫信給肇慶當局另立新君。九_九_藏_書九_九_藏_書

八月十三日，貝勒博洛、閩浙總督張存仁、巡撫佟國鼎帶領滿、漢軍從衢州出發，收取福建。十八日，清軍未遇任何抵抗，就越過了仙霞嶺。不久前降清的阮大鋮跟隨清軍入閩，行至仙霞嶺下時忽然頭面腫脹，其他官員勸他暫時休息，不要過關。他惟恐失去「立功」機會，堅持隨軍越嶺。為了顯示自己身強體健，他爭先步行登山，對落在後面的人吹噓道：你們這些年輕人爬山還不如我這六十歲的老頭。攀登到山頂，疾病突發，死於嶺上。其他官員氣喘吁吁到達嶺上時，見他坐在大石上一動不動，呼之不應，以馬鞭撥其辮子毫無反應，仔細一看，才發現他已經死了。跟隨的家人上嶺、下嶺，幾經周折，才在附近居民家中找到幾扇門板，勉強收殮。清軍過嶺后，隨即佔領浦城，明巡按御史鄭為虹不屈被殺。「時有民謠曰：峻峭仙霞路，逍遙軍馬過。將軍愛百姓，拱手奉山河」，對鄭芝龍的不戰而降作了巧妙的諷刺。九_九_藏_書

清軍進佔浙東，朱以海遁往舟山一帶海島，魯監國政權瀕於瓦解。博洛即部署清軍乘勝入閩。早在這年三月間，清廷所派招撫福建黃熙允的使者蘇忠貴就秘密到達福建，「見到鄭芝龍，見其有誠意歸附」。六月初，清軍渡過錢塘江，征南大將軍博洛又命蘇忠貴「持敕書齎送鄭芝龍」。鄭芝龍既已決定投降清朝，秘密下令仙霞關守將武毅伯施福（即施天福）放棄天險，自動撤退。接著又謊報海盜進犯其家鄉安平，上疏道：「三關餉取之臣，臣取之海，海警則無家，非專救不可。」隆武帝派內使持手敕雲：「先生少遲，請與先生同行。」鄭芝龍置之不理，徑自帶領軍隊返回安平。