大西軍進入昆明以後，經營雲南面臨許多複雜情況，需要加強核心領導。五月，孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇「以事權不一，推可望為帥」。孫可望以「盟主」的身分不失時機地部署兵力平定雲南各處叛（即依附沙定洲的勢力）、頑（指效忠於明黔國公沐天波和楊畏知的勢力）集團。李定國帶領一支精兵於五月十九日抵達沙定洲重點防禦的臨安府（府治在建水縣），二十二日採取挖掘坑道直至城牆下面填塞火藥的「放迸法」轟倒東南面城牆，迅速佔領全城。臨安距離沙定洲的家鄉阿迷州（今雲南開遠市）很近，大西軍本來可以趁勝進攻阿迷，不料原昆陽知州冷陽春和晉寧舉人段伯美髮動叛亂，定國惟恐後方有失，立即「星夜回兵」，於六月二十三日平定了兩州的叛亂，沙定洲才得以苟延殘喘。

孫可望等大西軍領導人選擇雲南作為自己的進軍目標，是有歷史背景的。大西軍的骨幹多是陝西人，他們雖然長期流動作戰于長江南北，還有一段經營四川的經驗，可是雲南在當時被看成是僻遠煙瘴之地，沒有對該地的基本了解不可能貿然進兵。早在崇禎十一年和十二年（1638—1639）張獻忠受撫于湖北谷城期間，他和部下主要將領同從雲南調來的官軍就建立過相當密切的關係。當時，奉明朝廷調遣到湖廣的總兵龍在田是雲南石屏上司將領；張獻忠出於策略考慮，曾經拜龍在田為義父，並且從他那裡得到了馬匹、交槍。明政府派駐龍在田軍中的監紀原任知縣侯弘文，也因龍在田的關係「與獻忠爛熟」。張獻忠和龍在田的部下也來往密切，例如龍在田所統土司兵阿來婆「為逆獻所喜，常召至帳中商酌事情」。張獻忠軍同雲南土司兵將的過從甚密，甚至在湖北荊州人士中引起不安，「謠言滇兵通賊」。這些材料表明，包括孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇在內的大西軍高級將領同雲南土司龍在田等人是老相識，在湖廣時雖然未必會想到後來取雲南為基地，但平時言談笑語中勢必對雲南各方面的情況有較多的了解。當他們率部來到比較貧瘠的貴州時獲悉雲南被沙定洲叛軍佔領，立即決定進軍雲南，就不是偶然的事了。hｔｔpｓ://reａd.9９ｃｓｗ•com

大西軍南下后出現的氣象一新，同孫可望等人整肅內部有密切關係。張獻忠遇難后，他的妻子和親信宰相汪兆齡仍然高踞諸將之上，主張照舊行事，即繼續推行獻忠在世時的過激政策。「時可望等奉偽皇後為主，駐遵義桃源洞。諸賊每早必先往朝，凡事奏請而行。偽宰相汪某輔之，……每公會議事，猶傲據諸賊上」。孫可望等人認識到政策上的改弦易轍已經成為大西軍生死存亡的關鍵，必須採取果斷行動清除改革的障礙。因此，孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇一致決定把「皇后」和汪兆齡處死，四人被張獻忠收為養子后均改姓張，這時各自恢複原姓。這樣，形成了四將軍領導的體制。四人中孫可望原來的地位和威信比較高，年紀稍大，又讀書識字，自然成了主要的領導人。

大西軍進入貴州以後，豪格統率的清軍已經由四川撤回北京，南明雜牌官軍又不足以同大西軍相抗衡，孫可望等人本來可以把貴州作為基地，休整士馬，建立政權。當他們得到雲南發生了沙定洲叛亂的消息后，立即決策揮師南下，直取雲南。

為了徹底剷除沙定洲的殘餘勢力，這年七、八月間由李定國、劉文秀領兵南征阿迷、蒙自。由於道路崎嶇，糧餉難繼，孫可望「乃起省城民夫，每戶夫一名，每名領二斗，至臨安交米一斗五升，其五升給夫作口糧；省城每夫一名腳價銀二三兩不等」，民「樂於挽運，不知其苦」。定國、文秀士馬飽騰，迅速擊敗沙定洲軍，攻克阿迷、蒙自，把沙定洲圍困在其老寨佴革龍。佴革龍地勢險要，卻缺乏水源，沙軍每乘夜間下山取水。定國等下令於水源處立砦，分兵把守。沙定洲軍饑渴難耐，被迫投降。定國、文秀除了把沙定洲、萬氏和少數為首者解往昆明外，「招撫附近地方，凡附逆者悉不究，各安農事。如是出降絡繹不絕。李定國撫慰賞勞之，出令不許擄掠，違者立斬。自是迤東半壁安堵矣」。十月，沙定洲、萬氏、湯嘉賓等在昆明被處死，標志著混戰局面暫告結束。在孫可望的部署下，經過一年多時間的東征西討，平定了雲南全省，使當地百姓自明末兵燹以來過上了安寧的生活，連清初人士也記載「孫可望等倡義之名至今人猶稱道焉」九-九-藏-書

劉文秀統兵由昆明北上，經富民收取武定州、和曲、祿勸等地，然後向西推進，佔領鶴慶、麗江、劍川，平定了滇西北地區。孫可望在八月間親自領兵經祿豐進攻楊畏知、沐天波據守的楚雄、大理等滇西地區。楊畏知的軍隊在祿豐縣城東面的獅子口被大西軍擊潰，他本人也被活捉，孫可望考慮到他在雲南官紳中是反對沙定洲叛亂的代表人物，再三勸他投降。楊畏知堅持不同「流寇」建立的大西政權合作。經過談判，雙方達成妥協：一，不用大西年號；二，不妄殺人；三，不焚廬舍、淫|婦女。協議中第二條和第三條，大西軍進入貴州后就已經作出了政策調整，自無異議；關鍵是第一條，孫可望等大西軍領導人接受了楊畏知的意見，暫以干支紀年，為後來聯明抗清鋪平了道路。九月，劉文秀帶領兵馬進抵永昌府（今雲南保山縣），以「共扶明后，恢復江山」為條件同沐天波談判。沐天波親身遭到沙定洲叛亂的荼毒，弄得家破人亡，自己的兵力又非常有限，決定借大西軍復讎，雙方很快達成合作協議。沐天波不僅派自己的兒子先行前往大西軍營中納款，還發出檄文責成永昌府推官署金騰道印王運開、通判署府印劉廷棟向大西軍繳印投降；遭到兩人拒絕後，又派人說服永昌府紳民不得抵抗。由於沐氏家族自明初以來世鎮雲南，佩征南將軍印，在軍衛、土司中享有很高的威信，孫可望等入滇后收繳了明朝頒發的文武各官印信，只有沐天波所佩世代相傳的「征南將軍印」仍予保留，讓他行文招撫各土司。於是，迤西一帶不戰而下，「各土司次第來歸」，「去方三月，而迤西盡平」。到1647年十月，雲南全省只剩下阿迷州、蒙自地區仍在沙定洲控制之下，北面的東川府（今雲南會澤縣）土司祿萬億、祿萬兆心存觀望，不肯按額納餉。ｒeａd•９９csｗ.cｏm

1648年（永曆二年、順治五年）五月，孫可望等商議后，決定由定北將軍艾能奇率領兵馬往征東川。艾軍進至距東川府三十里處遭到埋伏于路傍深箐中的祿氏土兵襲擊，能奇中毒箭流血不止，連夜抬回昆明，不治身死。孫可望下令厚葬能奇，另派精兵取道壁谷壩，擊敗祿氏土兵，平定了東川及其附近州縣土司，鞏固了對昆明東北方面的統治。

1647年初（順治三年底），張獻忠在西充縣境不幸犧牲。大西軍急速南撤，面臨著嚴峻的考驗。他們後面是窮追而來的強勁清https://read.99csw.com軍，前面又有南明軍隊憑藉長江扼守，大西軍幾乎走到了山窮水盡的境地。然而，在孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇的領導下，大西軍余部一舉擊破據守重慶的南明總兵曾英部，曾英落水淹死，部眾潰逃。大西軍渡過長江天險，打開了南進的通途，為實現由黔入滇的戰略轉移奠定了基礎。

孫可望等率部入滇時，為了減少進軍的阻力，事先派出間諜前往雲南，利用漢族官紳、部分土司對沙定洲的不滿情緒和黔國公在雲南長期享有的威望，散布假情報說行將入滇的大西軍是沐天波妻子焦氏家族的武裝，來雲南為沐氏復讎。這一策略果然收到明顯效果，「雲貴人民深信，一路俱如此傳播，故賊兵所至，悉開門降。長驅而來，全無梗阻」。1647年（永曆元年、順治四年）三月二十五日，大西軍佔領平彝（今富源縣），進入雲南省境。同月二十八日攻克交水；次日移兵曲靖，殲滅沙定洲所設守軍五百名，俘獲明雲南巡按御史羅國。為了迷惑沙定洲，孫可望等佔領曲靖后，不是向西進攻省會昆明，而是南下直趨阿迷州（今開遠），在蛇花口擊敗沙定洲援軍一千名。沙定洲見兵力不敵，又誤認大西軍確系焦氏家族所召援兵方能熟知地理先攻其老家，就在四月十八日主動放棄昆明，逃回蒙自故里佴革龍。行前命部將杜其飛把軟禁于貢院的明大學士王錫袞殺害。留在昆明城內的明朝巡撫吳兆元等人終於弄明白了入滇的並不是什麼焦家救兵，而是大西軍，然而他們手頭無兵，只有聽任紳民投降。四月下旬，大西軍經宜良順利地進入昆明。「二十四日，孫、李諸軍入城，秋毫無犯」。九*九*藏*書

張獻忠犧牲以後，領導大西軍的重任很自然地落到了孫可望的肩上。他立即改變張獻忠濫殺無辜的過火行動。1647年正月初一日，大西軍余部集中於四川綦江，收集潰散，重整隊伍，下令：「自今非接斗，不得殺人。」接著，孫可望等率領經過整頓的部隊進入遵義，「秋毫無犯」。由於清肅親王豪格派遣的軍隊追蹤而來，大西軍繼續南撤，進入貴州，「所過民皆安堵」，順利地佔領了省會貴陽。明貴州按察使張耀、布政司參議曾益、都指揮使陳瑞徵等逃到定番州（今貴州省惠水縣），拼湊了一批反動武裝負隅頑抗。孫可望派定北將軍艾能奇領兵進攻，在二月十二日攻克定番，張耀等被處死，曾益自殺。清軍前鋒在佔領遵義和川東部分地區后，因地方殘破，到處是一片荒蕪，糧食接濟不上，被迫「凱旋」回師。大西軍在貴州的勝利，使自己擺脫了清軍的追擊，得以整頓內部和休養士卒。

有的史籍記載，大西軍入滇是接受了龍在田的建議，如《臨安府志》雲：「孫可望等至貴州，在田說令攻定洲。」明清之際在雲南任職的馮甦也記載：「又明年丁亥，張獻忠被誅于西充，其義男孫可望等率殘兵由遵義入黔。龍在田使人告變，且勸其至滇。可望因詐稱黔國焦夫人弟率兵來複仇。雲南初苦沙亂，皆延頸望其來，不知為賊也。」《石屏州志》記：「沙定洲反，沐鎮（指沐天波）被圍楚雄，在田實左右之。及李定國入滇，在田聲勢大振。」龍在田對於大西軍的決策進滇無疑起了重大作用。