廈門的失守也反映了鄭氏集團同清方的微妙關係。除了這個集團的首領鄭芝龍被軟禁在北京以外，鄭芝龍的母親黃氏和五弟鄭芝豹居住在安海（即安平）老家，處於清方控制區內。張學聖等決定偷襲廈門時，搜集了七十條船，其中鄭芝豹提供了八艘。馬得功之所以能輕易地攻佔廈門自然同鄭芝豹有關。三月十二日，張學聖、黃澍到廈門作短暫停留（估計是去同馬得功分贓）后，馬得功仍留在島上。這時，鄭鴻逵帶領從廣東返回的部分軍隊到達廈門，「復將城圍住」。馬得功向張學聖求援，張派漳州參將馮君瑞領兵六百往援，遭到鄭軍阻擊，不能進城。馬得功被困在中左所城內，無法脫身，又估計到鄭成功主力回師后必遭滅頂之災。於是，他派人去安海向鄭芝龍的母親求情，請黃氏寫信給鄭鴻逵讓他網開一面，放清軍返回大陸。鄭鴻逵礙於母命，除了歸還繳獲的鄭芝豹提供的八艘船外，另派三十艘兵船將馬得功及其部眾送回大陸。鄭鴻逵後來寫給鄭芝龍的信中談到這件事說：「泉鎮馬得功貪戀無厭，尚留島上，被各舟師重圍，三戰三北，援絕勢孤，乃乞命于弟。弟憐海百萬生靈紛紛逃竄，不得安生樂業，姑許其請，遂縱舟全渡人馬，使得功生還泉郡，弟之力也。」下文說「大侄」鄭成功回師后得知馬得功被他放走，非常不滿，從此「相見尤罕」。

就在鄭成功大軍由海上進攻廣東的時候，清朝福建巡撫張學聖、巡道黃澍、福建右路總兵馬得功獲悉鄭成功主力已經南下，廈門守兵單薄，他們對於鄭氏家族壟斷對外貿易積累下的巨額財富早就垂涎三尺。三人密議后，于閏二月二十七日調集軍隊乘坐小船渡海偷襲廈門。守將前沖鎮阮引、后沖鎮何德被擊敗，率領舟師撤至金門（浯州），鄭芝莞驚惶失措，乘船逃跑。三月初一日，清軍攻入中左所城內，倉猝之間成功的妻子董氏帶著鄭經懷抱祖宗牌位乘小舟逃至鄭芝莞船上。寄居廈門的大學士曾櫻自殺。清軍佔領中左所后，把鄭氏家族的金銀財寶掠奪一空，出征將領的家屬也深受其害。除了兵丁搶得少數財物以外，大部分金錢落入了張學聖、黃澍、馬得功的腰包。從各種史料來看，這批財物的數量相當驚人，鄭成功緻父書中說：「掠我黃金九十余萬，珠寶數百鎰，米粟數十萬斛，其餘將士之財帛、百姓之錢穀何可勝計。」鄭鴻逵在致其兄鄭芝龍信中也說：清軍「侵掠中左，男女遭慘，不可勝數，寶物黃金，計近百萬。」順治九年（1652）冬，清廷有意招降鄭成功，得到報告說鄭成功因廈門財產被搶，「借口索債，興兵結怨」，對撫、道、鎮臣瓜分財寶隱匿不奏大為憤慨，把張學聖、馬得功、黃澍和巡按御史王應元革職，扭解京師，由刑部、都察院、大理寺三法司會審。張學聖、馬得功、黃澍拚死不招，一口咬定城中並無財寶，若有私分情形，「甘願凌遲處死」。這筆龐大的財富估計當事人用了相當一部分賄賂承審官員，結果三法司議罪時「三四其說」（題本后硃批語），游移不定，最後草率了事。九*九*藏*書https://read.99csw.com

1650年（順治七年，永曆四年、魯監國五年）七月，鄭成功從廣東敗回，沒有實現以潮州為基地的願望。在兵力上，他已經在鄭氏集團中嶄露頭角，擁有的地盤卻小得可憐。鄭成功暗自決心首先要像他的父親鄭芝龍一樣成為鄭氏集團公認的霸主。這年八月，他帶領舟師向廈門（當時的名稱是中左所）進發，趁建國公鄭彩引兵外出，廈門只有鄭彩之弟定遠侯鄭聯據守的機會，襲取該島。他採納施郎的建議，以親親通好為名，先給鄭聯送去稻米一千石，要求鄭聯讓自己的軍隊登岸。鄭聯正因為缺糧發愁，又認為成功畢竟是自家人，爽快地答應了。八月十五日，鄭成功軍全部到達廈門，突然將鄭聯部士卒繳械，隨即捕殺鄭聯。鄭聯的部將陳俸、藍衍、吳豪等人都被收編。鄭彩部下將領楊朝棟、王勝、楊權、蔡新等人也在鄭成功的招徠下，漸次來歸。鄭彩失去了兵權，歸老於家。

鄭成功吞併了鄭彩、鄭聯兄弟的兵將、船隻，又取得廈門一帶具有戰略意義的島嶼，實力大大增強，從而改變了鄭芝龍降清后原鄭氏集團各自為政的局面。由於兵員激增，糧餉的來源成了他面臨的首要問題。正在這時，鄭成功得到廣東傳來的消息，惠來縣失守，「潮陽山賊復起，不服追征」。他的叔父定國公鄭鴻逵在潮州地區籌集糧餉由於賦額太重，引起百姓的反抗，又受到優勢清軍的壓力，已經陷入困境。這年（1650）十月，鄭成功決定親自帶領主力前往潮州，留堂叔鄭芝莞率領阮引、何德部水師、藍登部陸師守御廈門。read.99csw.com

三月初十日，鄭成功舟師進至大星所（今廣東平海海口），伙兵上岸砍柴，被清兵和當地百姓趕走。成功大怒，傳令紮營，進攻大星所城。部將萬禮奉命阻擊惠州來援的清軍，在龍盤嶺伏擊得勝，全殲惠州來援之敵。十五日，鄭軍攻克大星所，繳獲了城中屯積的一些米穀。

三月二十五日，鄭成功率舟師從大星所一帶返航；四月初一日到達廈門，清軍馬得功部已逃回大陸。他了解了事情的來龍去脈后，極為憤怒，「引刀自斷其發，誓必殺虜。又傳令不許芝莞及定國（鄭鴻逵）與諸親相見。曰：『渡虜來者澄濟叔（鄭芝豹），渡虜去者定國叔，棄城與虜者芝莞功叔，家門為難，與虜何干？』」鄭鴻逵寫信請他回中左所城，他派人回答道：「定國公與虜通好，請我似無好意。回報定國，謂不殺虜，無相見期也。」鄭鴻逵自知鑄下大錯，回信說：「馬虜之歸，蓋以吾兄（鄭芝龍）身在於清，重以母命故耳。不然，我亦何意何心也？侄有疑吾之言，不亦惜乎？」隨即交出全部軍隊，不再參与成功軍事，只留下部分船舶從事對外貿易，自己搬往白沙居住。四月十五日，鄭成功紮營于廈門澳仔（據陳碧笙先生考證為今廈門大學校址），召集諸將追查廈門失守的責任。鄭芝莞應|召而來，成功責備道：「吾南下時，未敢以地方城池付汝，是汝自請水陸撥鎮付汝提調，有失依軍令九九藏書。今有何說？」芝莞歸罪於阮引未能阻止清軍登陸。成功說：「水師未敗，而汝先搬物，身已在船矣。」下令推出處斬，諸將跪請從寬處理，成功不聽，將鄭芝莞斬首傳示軍中。阮引也被處斬；何德革職，捆責一百二十棍；藍登免罪。

當使者帶來廈門失守的消息時，鄭成功大為震驚，部下將士擔心親屬安全，「哭聲遍聞」，一致主張回師廈門。這裏涉及到鄭成功統軍入粵究竟是出於什麼目的？跟隨他出征的戶官楊英特彆強調鄭成功對永曆朝廷的忠心。他在書中記載鄭成功對部下將領說：「奉旨勤王，今中左既破，顧之何益？且咫尺天顏，豈可半途而廢？國難未報，遑顧家為？」由於「諸鎮亦來勸駕回棹，謂三軍各懷家屬，脫巾亦是可虞。藩無奈，姑南向拜曰：『臣冒涉波濤，冀近天顏，以佐恢復，不意中左失守，將士思歸，脫巾難禁。非臣不忠，勢使然也。』揮淚痛哭，三軍哀慟。入諭諸將曰：『班回殺虜，須足糧食，先就近處取糧滿載，俟風開駕，何如，』請將曰：『可。』」後世學者不少人都相信楊英的說法，朱希祖在《從徵實錄》（即《先王實錄》）序中盛讚該書記載鄭成功「勤王」事迹之詳，「實為成功大增光彩」。其實，楊英對「藩主」事迹的記載有許多溢美掩飾之詞，不能輕易相信。順治八年春（1651）廣東省處於清平、靖二藩佔領之下，廣西的大部分地區也已被定南王孔有德佔領，永曆帝局促于南寧，朝不保夕，孫可望的軍隊主要集中於貴州省，鄭成功的海師距離永曆朝廷的行在相當遠，完全不像楊英代鄭成功立言所說的「咫尺天顏」。如果鄭成功此舉目的在「勤王」，就必須同清平南、靖南、定南三藩進行大規模的陸上戰鬥，鄭成功未必有這樣大的決心和兵力。1653年（順治十年）鄭成功給鄭芝龍的信中說：「兒於己丑歲（1649）亦已揚帆入粵屯田數載矣。不意乘兒遠出，妄啟干戈，襲破我中左。」鄭鴻逵給鄭芝龍的複信中也說：「辛卯春（1651，順治八年），本省撫、鎮、道覷大侄屯田于粵，侵掠中左」。可見，鄭軍的幾次進攻廣東（包括1649年進攻臣屬永曆朝廷的郝尚久所據潮州府都是為了「屯田」，即搜括糧餉。1651年的廣東之役固然是抗清運動的組成部分，但像楊英那樣描繪得栩栩如生志在勤王，根本不符合當時的形勢。hｔｔｐs://ｒｅａｄ.9９ｃsw•com

1651年（順治八年、永曆五年）正月，鄭成功軍到達廣東南澳，鄭鴻逵引兵來會。兩人商議后決定鴻逵回廈門，部眾交成功統一指揮攻取潮、惠。當時，清平南王尚可喜、靖南王耿繼茂藩下的軍隊已經基本上控制了廣東的局勢，鄭成功的舟師可以稱雄于海上，但陸戰較弱，征取糧餉必需佔領較大的地方，而且需要較長的時間才能實現。左先鋒施琅認為廈門初定，主力遠征清方兵力較強的地方，有可能變生意外。他知道鄭成功性格剛強，不敢直說鄭軍同閩、粵兩省清軍相比兵力處於劣勢，更不便以疏間親地說鄭成功的叔父未必能保住廈門，於是，他面見成功時假託自己頭天夜間做了一個夢，預示出師前景不利，請鄭成功慎重考慮。鄭成功並沒有聽出施琅弦外之音，認為他白日說夢，心存膽怯，阻礙自己的戰略部署。當即下令把施琅的左先鋒印和部下兵將移交副將蘇茂掌管，讓施琅隨定國公鄭鴻逵一道回廈門。