四月，金礪調集水陸官兵，準備進攻海澄縣和中左所（廈門）。鄭成功為了保衛漳州府沿海基地海澄，先派左軍輔明侯林察、左軍閩安侯周瑞、后軍周鶴芝、前鎮阮駿、援剿前鎮黃大振等統率官兵乘船阻截清方水師。途中遇上颶風，林察的座船漂入興化港，被清軍擒獲。二十八日，金礪指揮的清軍紮營于祖山頭，擺開了進攻海澄的陣勢。五月初一日，鄭成功親統大軍到達海澄。他派正中軍張英負責組織守城的民夫和器械，北鎮陳六御領義武營、仁武營、智武營防守海澄縣城；援剿左林勝守南門外橋頭，左先鋒守東門外岳廟，護衛左鎮沈明守中權關，正兵鎮、奇兵鎮守土城、九都城；前鋒鎮赫文興、戎旗鎮王秀奇、護衛前鎮陳堯策守鎮遠寨，前沖鎮萬禮守鎮遠寨外；前提督黃廷、中提督甘輝守關帝廟前木柵，和鎮遠寨陣地相接。他自己駐于天妃宮督戰。初四日，金礪調集銃炮數百號集中火力轟擊鄭軍陣地，鄭軍據守的籧篨、木柵多被擊壞。第二天，後勁鎮陳魁、后沖鎮葉章見被動挨打不是辦法，要求主動出擊；鄭成功同意了他們的意見，從各鎮抽選了精壯勇士數百名由陳、葉二將率領衝鋒。清軍見鄭兵出營，立即以密集銃炮迎擊。葉章當即陣亡，陳魁右腿負傷，被迫退回。成功命收兵固守。清軍繼續用銃炮轟擊，鎮遠寨邊新築的籧篨等防禦工事被夷為平地；鄭軍將士失去了屏障，官兵驚惶不安。鄭成功下令挖掘地窩藏身，同時為鼓舞士氣，派傳宣官持「招討大將軍印」遍諭軍中，說：「朝廷以此畀我，我惟有效死勿去而已。諸將中有能率眾得功者，願以此題讓。」諸將紛紛來到成功大營中請戰。中提督甘輝慷慨陳詞：「人生自古誰無死，留此丹心照汗青。此番竭力以守，倘有不測，亦死得其所！」王秀奇等齊聲贊同。成功為了進一步增強將士的決心，親自冒著密集的銃炮登上高聳的敵台觀察敵軍陣勢。他判斷清軍在持續兩日施放銃炮之後，即將發起全面進攻。當天夜裡，他派神器鎮何明、洪善等把大量火藥埋在兩軍相持的河溝邊，準備好引線，待機而發。入夜以後，清軍銃炮不絕。初七日五鼓，金礪下令以空炮掩護，派綠營兵打頭陣，隨後是滿洲兵，填河攀柵蜂擁而來，直抵城下，箭如雨下，企圖一舉登城。城上的鄭軍手持大斧奮勇砍殺，後續清軍踩著被砍殺的屍體繼續攀城，戰況極為激烈。天亮以後，鄭成功望見滿兵大半過河，當即下令何明等點燃引線，沿河埋設的火藥同時爆發，煙焰蔽天，剛過河的清兵大部燒死。甘輝乘機揮軍掃蕩，殘存清軍狼狽而竄。金礪見敗局已定，急忙督令士兵強迫民夫抬運火炮連夜逃回漳州。鄭成功海澄戰役的勝利，沉重地打擊了金礪部清軍，恢復了因漳州失利造成的士氣不振。這次戰役，雙方都是以銃炮火藥作為主戰武器，在軍事史上也是值得注意的。https://read.99csw.comread.99csw.com九九藏書read.99csw.com

海澄戰役以後，金礪被清廷召回京師。清、鄭雙方再次處於相持局面。鄭成功回到廈門論功行賞，並且利用清軍無力發動新的攻勢的機會，決心把海澄建設成為大陸上的前進基地。他委任中提督甘輝鎮守，派工官馮澄世擔任監工，徵發民夫重修和加固海澄城防，把原來的土城用石灰、磚石建成兩丈多高的城牆，上面再沿外側築短牆一道，安置大小銃三千余號；城外挖浚深闊的河港，形成「巨浸茫茫，外通舟楫」的要塞。城中屯九_九_藏_書積大量米穀、軍械，使扼據漳州府出海咽喉的海澄縣同廈門、金門相為表裡，形成一個進可以攻、退可以守，固若金湯的軍事體系。

圍攻漳州失利后，鄭成功命部將鎮守海澄，自己在1653年（順治十年，永曆七年）回到廈門。定西侯張名振建議，乘金礪所統南下清軍主力集中於福建，浙江、江蘇兵力單薄的機會，由他帶領原魯監國舟師北上直入長江，「搗其心腹」，使清方處於進退失據的困境。鄭成功同意了這一建議，可能提供了一些船隻、糧食和裝備，這年秋天張名振、張煌言等帶領水師北上江浙。