關於張名振等三入長江之役，在南明史籍中記載最為混亂，連年月也眾說紛紜。近人許浩基在所撰《鄭延平年譜》中「永曆七年癸巳三月張名振、張煌言請師之長江」條下特別加上按語，說：

1653年（順治十年，永曆七年）八月，張名振和監軍兵部侍郎張煌言帶領五六百艘戰船向北進發，來到長江口的崇明一帶沙洲。崇明城中的清軍兵力有限，不敢出戰，被圍長達八個月。張部明軍以崇明和附近沙洲為基地，如清方一分檔案中所說：「築圩耕種，近城十里之外，賊眾充斥。百姓菜色相望，饑饉難支。為我用者懨懨待斃，為賊用者欣欣向榮。」「崇明產米之鄉皆在平洋山前東、西阜沙，今被賊踞。」張名振部明軍的進駐崇明沙洲只是為長江戰役作準備，並不意味著已經進入長江。正如清朝兵部題本中所說：「若夫蘇屬之有崇明，猶浙屬之有舟山也，俱孤懸海外，彈丸獨峙，……」次年（1654，順治十一年，永曆八年），張軍三次進入長江作戰，這就是有名的「三入長江」之役。

依據清朝檔案，參之以張煌言詩文，再以當時親身見聞者的記載補充，可以斷定張名振、張煌言三入長江之役都在甲午年（順治十一年，永曆八年，公元1654年，但其第三次在十二月，按公曆推算已至1655年）。經過情形如下：

在考定張名振、張煌言率領海師三次進入長江的年月以後，下面可以逐節展開討論這次戰役的戰略意圖和各方配合的情況。

魯監國政權既然已經失去了自己的基地，飄泊無所，糧餉無源，客觀上形成投奔鄭成功的勢態。這樣，在魯監國的文官武將中就出現了分化，有的轉入鄭成功部下，如閩安侯周瑞等人；有的則以寓客自居；定西侯張名振和監軍張煌言始終只願同鄭成功保持同盟關係。這在以永曆為「共主」的大前提下，自然是說得過去的。實際上雙方的隔閡以至疑懼在許多史籍中都有蛛絲馬跡可尋。史載張名振「至廈門見延平王鄭成功，成功大言曰：『汝為定西侯數年，所作何事？』名振曰：『中興大業。』成功曰：『安在？』名振曰：『濟則征之實績，不濟則在方寸間耳。』成功曰：『方寸何據？』名振曰：『在背上。』即解衣示之，有『赤心報國』四字，長徑寸，深入肌膚。成功見之愕然，悔謝曰：『久仰老將軍聲望，奈多憎之口何！』因出歷年謗書盈篋。名振立命火之。於是待名振以上賓，行交拜禮，總制諸軍」。這個記載只是反映了鄭成功和他的部將對張名振的猜忌，以至於「謗書盈篋」，而說鄭成功讓張名振「總制諸軍」則不符合事實。親鄭文人記載鄭成功命張名振管水師前軍，意思是把張名振變成鄭軍部將。以恢復明朝為己任的張名振當然不願屈從鄭氏。正是在這種微妙的情況下，張名振、張煌言決定率軍北上，憑藉自己的實力（即原魯監國的軍隊）開闢抗清鬥爭的新局面。

舟山失守以後，魯監國朱以海南下福建廈門。當時，部下的兵將還相當不少。鄭成功把魯監國的兵敗來會，看成是建立自己獨霸東南沿海局面的良機。邵廷寀記載：「鄭芝龍之北也，遺書戒成功曰：眾不可散，城不可攻；南有許龍，北有名振，汝必圖之。」這件事可靠程度如何，姑不置論，但鄭成功自從起兵以來基本上是按照鄭芝龍的路子走的，即以閩海為根據地，對浙江以北、廣東以西沿海武裝不管是屬明還是屬清，一概視作異己力量，千方百計加以兼并。

三月二十九日，張名振等率水師六百余艘再入長江，四月「初五日已至圌山」，初七日乘順風溯流而上，過京口（鎮江境內），直抵儀真，在儀真城外江中焚毀鹽船數百艘。計六奇記：「四月初五日，海艘千數復上鎮江，焚小閘，至儀真，索鹽商金，弗與，遂焚六百艘而去。」順治十一年七月山西道御史胡來相揭帖中說：「今春鎮江鹽艘被焚，岸市被掠，而財賦之區奚容致此，是防嚴未密，申飭不切耳。」同年十一月初六日工科給事中張王治在題本中說：「即如四月間，海賊直犯儀真，未能先事綢繆，遂致焚燒鹽艘數百號，折耗課賦商本數十萬，遲延至今未見兩淮運司設策畫謀，作何補救。坐視商疲課絀，則悠忽慨可見矣。」清江南當局急忙調兵遣將，對深入長江的明朝海師進行襲擊。張名振等人在儀真停留的時間很短，就返航東下，撤回崇明一帶的沙嶼稗沙、平洋等處，是為二入長江。九_九_藏_書

1653年（順治十年）秋，張名振、張煌言統軍乘船由福建北上，九月到達長江口。這在清方檔案中有準確記載，是年九月海上明師「聯䑸突入黃浦港口」，當地百姓紛紛響應。清總兵王燝致江寧巡撫周國佐手札中說：「海邑人民聽其愚惑，上海之衙役挾持縣令竟欲開門揖盜。胥役人等公然包網。民心若是，內變堪虞。」又引上海知縣閻紹慶的告急稟文說：「上海皆樂賊來，全無一人守城，終日持刀向知縣項下逼之通賊，知縣死在須臾，皂快為甚，等語。……」周國佐不得不親自帶領軍隊趕赴上海。張名振等統率的明軍屯駐于崇明島一帶的三尖沙、稗沙、平洋等處，安營紮寨，積極聯絡內地的復明勢力，並沒有立即發動長江戰役。read.99csw.com

五月十八日，張名振因兵、餉不足，親自南下浙江溫州買米七船，又到福建廈門面見鄭成功，要求提供兵員、火藥、器械。這時他的部分兵將仍留駐于崇明一帶沙嶼。鄭成功答應派忠靖伯陳輝統水兵五千、陸兵一萬、大船近百艘北上支援；張名振認為不虛此行，回舟北返。九月初六日，張名振部進抵上海縣城下，清朝上海知縣嚇得癱瘓于地，城中百姓喧傳張軍乃「王者之師」，「有執梃而阻遏官府者，有包戴網巾者，有訛言惑眾者，有恐喝官府者」。清江寧巡撫周國佐火速領兵來援，以屠城相威脅，才穩定了上海局勢。十二月，張名振等率軍乘船四百余艘溯江而上，過圌山，十八日由三江營駛過焦山，直抵南京郊外的燕子磯。清朝官員驚呼「咫尺江寧，勢甚披猖」，江南江西總督馬國柱、提督管效忠指揮駐守南京的滿、漢兵丁「奮勇截殺」，「乘勝追至三江口外，非此一舉則大江南北岌岌乎殆矣」，可見對東南半壁震動之大。大約在這年底至次年初，張名振的舟師才緩緩東下，退出長江。順治十二年（1655）五月清朝新任江南總督馬鳴珮在奏疏中寫道：「上年十二月間，賊䑸由海入江，十八日至朱家咀，焚擄江西糧艘，……惟是朱家咀雖在江寧府上元縣境內。……朱家咀堂奧也，鎮江、瓜州門戶也，今賊深入堂奧，豈能飛越而至。」又說：「朱家咀失事乃賊入犯京口第三次也。」這就是三入長江之役。read.99csw.com

張名振部海師在鎮江停留了兩三天。清江南總督馬國柱同駐南京的滿、漢官員會商后，緊急派提督管效忠領兵由浦口、六合增援儀真（今儀征）、瓜州；阿思哈哈番尼堪領兵由龍潭救鎮江。明軍在清軍到達之前，回舟東下。三月初六日，張部明軍四五百號在揚州府屬呂四場登岸，擊敗防守清軍，繳獲大河營守備印。這就是初入長江之役。

1654年（順治十一年）正月十七日起，張名振、劉孔昭、張煌言等部明軍乘船分批進入長江口，衝過狼山（今江蘇南通市南面沿江重鎮）、福山（與狼山隔江相對）、江陰、靖江、孟河、楊舍、三江、圌山（今鎮江市境）等清軍江防汛地，二十一日到達瓜州。明軍在金山上岸，繳獲清軍防江大炮十位和火藥、錢糧等物。張名振、劉孔昭、張煌言等帶領五百名軍士登金山寺，朝東南方向遙祭明孝陵，題詩寄慨，泣下沾襟：