四月三十日，清廷經議政王、貝勒、大臣會議后，同意吳三桂相應進剿，由戶部撥給兵餉三百三十萬兩。為了慎重起見，順治帝派學士麻勒吉、侍郎石圖前往雲南，同吳三桂面商機宜。到這年八月十八日清廷終於決定採納吳三桂的意見，任命內大臣、公愛星阿為定西將軍，率領八旗兵由北京前往雲南，會同吳三桂進兵緬甸捉拿永曆帝，同時徹底摧毀西南邊陲的抗清勢力。

緬甸當局態度的轉變，也給清廷以可趁之機。朱由榔帶領隨從進入緬甸時，他們對南明朝廷多少持有善意。後來看到清朝的統治已經基本穩定，不願因為收留南明流亡政權開罪于中國的實際統治者。李定國、白文選一再進兵緬甸救主，弄成雙方兵戎相見，緬甸當局從維護本國利益出發，決定轉而配合清兵，消滅殘明勢力，以便保境安民。1661年（順治十八年）正月初六日，緬甸國王莽達喇派遣使者來到雲南，提出以交出永曆帝為條件請清軍合攻李定國、白文選部明軍。吳三桂認為「雖機會甚佳，而時序已過」，不便出動大軍，玩弄策略，只命永昌、大理守邊兵至境上「大張旗鼓，號作先鋒」，虛張聲勢藉以牽制緬甸當局不要把永曆帝送交李定國、白文選軍。

在給緬甸當局的信中有一段說：「至聞永曆隨沐天波避入緬境，想永曆為故明宗枝，群逆破壞明室，義不共天，乃為其挾制簸弄，勢非得已。今我皇上除李自成、張獻忠、李定國，為明復不世之仇，永曆若知感德，及時歸命，必荷皇恩，彷古三恪，受福無窮。若永曆與天波執迷不悟，該宣慰司歷事中朝，明權達變，審順逆之機，早為送出，當照擒逆之功，不靳封賞。不然留匿一人，累及合屬疆土，智者必不為也。」給蠻莫土司札中則雲：「凡土司有能擒縛定國解獻軍前，則奇功偉績，本閣部立奏上聞，必蒙皇上優加升賞，傳之子孫。」

洪承疇採取的措施，逐步鞏固了清朝對西南的統治，為最終結束永曆政權奠定了基礎。他本人則因老病昏花，于順治十六年十月間經清廷批准解除了經略職務，動身返回北京調理。

佔領昆明和雲南大部分地區以後，清廷和前線統軍大帥在順治十六年五、六月間反覆研究是否出兵緬甸捉回永曆帝朱由榔。由於路途艱險，雲南地方破壞很大，籌集糧草非常困難，滿洲兵將又不適應當地氣候，寧南靖寇大將軍羅托、安遠靖寇大將軍多尼、征南將軍趙布泰等都不願擔此重任，希望早日班師回京休息。因此，清廷九九藏書兵部會商的意見是由多尼下固山額真宜爾德留鎮省會昆明，讓平西王吳三桂為統帥，以漢軍和綠營兵為主，會同固山額真卓羅帶領的少數滿洲兵一道進軍緬甸。六月初二日經清廷批准，命經略洪承疇部署具體進軍事宜。

經過這番咒水之難，朱由榔真正成了孤家寡人，小朝廷實際不存在了，只有內地和沿邊的一些復明勢力仍然遙奉這位顧影自憐的天子。他受不了這個打擊，病了一場，稍好一點時太后又病了。十一月十八日，朱由榔對總兵鄧凱說：「太后復病，天意若不可挽回，韃子來殺朕，使太后骸骨得歸故土。當日朕為奸臣所誤，未將白文選封親王，馬寶封郡王，以致功臣隳心，悔將何及？」這表明他對前途已經完全失望，剩下的只是悔恨與惆悵。

吳三桂在疏中還具體講述了計劃進軍所需要的兵員和輔助人員，總數為「通計大兵、綠旗兵、投誠兵、土司倮及四項苦特勒約共十萬余口」，兵餉總額「大約此舉共得銀二百二三十萬余兩，乃可以告成事，雖所費如此，然一勞永逸宜無不可也」。這件有名的「三患二難」疏是吳三桂借清廷之箸為自己謀畫，說服清廷決策進軍邊境，迫使緬甸國王送出永曆帝。後來，吳三桂等發動三藩之變時，清廷打出的一張王牌正是把吳三桂這件奏疏內容公之於眾，使吳三桂難以擁立一位朱明宗室為傀儡號召天下，在政治上處於被動地位。這倒是吳三桂始料所不及的，也說明他本意不過是想在清廷統治下保有在雲南的世襲地位而已。就當時的形勢分析，吳三桂主張的「一勞永逸」確實符合清朝統治的穩定，只要永曆帝及其太子尚存，西南邊境、東南沿海、夔東山區的抗清武裝以及清統治區內的復明勢力在心理上就有所歸依，還存在一線復興希望。

洪承疇接到朝廷諭旨后，深感困惑。他上疏報告糧餉、兵力不敷，雲南地方「蹂躪至極，兵火殘黎，朝不保夕。糧米騰貴，買備無出，軍民飢斃載道，慘難見聞」。何況，李定國等「逃竄猛猛、孟艮等處」，「而各路土司、偽營殘兵各私受定國偽札、偽印，歃血立盟，伺隙起釁，已屢見告。茲若一聞大兵西追，勢必共思狂逞，避實突虛，以復竄內地。彼時追剿大兵相隔已遠，不能回顧，而雲南大兵又以駐紮省城，未能遠追，倘致巨逆竄逸，所關匪小」。因此，他建議本年內不出兵緬甸，待明年（順治十七年）秋收以後八、九月間進兵。至於兵將的安排，洪承疇建議只留部分精銳滿兵由卓羅統領駐紮省城，吳三桂的軍隊則分駐于迤西永昌、順寧、雲州、景東各要害處所，做好穩定雲南地方的工作。這就是他針對當時雲南情況制定的基本方針：「須先有內安之計，乃可為外剿之圖。」read.99csw.com

當時永曆朝廷住地一片狼藉，屍橫滿地，觸目驚心。緬甸官員請朱由榔等移往別處暫住；沐天波屋內尚有內官、婦女二百餘人也聚作一處，「母哭其子，妻哭其夫，女哭其父，驚聞數十里」。經過這樣一番徹底的洗劫，倖存人員已無法生活，附近緬甸寺廟的僧眾送來飲食，才得以苟延殘喘。二十一日，緬方把永曆君臣原住地清理以後，又請他們移回居住，給予糧米器物。二十五日，又送來鋪蓋、銀、布等物，傳言：「緬王實無此意，蓋以晉、鞏兩藩殺害地方，緬民恨入骨髓，因而報仇爾。」這隻是在清兵到來以前，為防止永曆帝自盡而編造的敷衍之辭。因為李定國、白文選引兵入緬目的是接出永曆君臣，緬甸當局發兵阻擋，雙方才互有殺傷。不過，緬甸當局拒絕把永曆君臣送往李、白軍中，必然是考慮到了中國當時的局勢，清朝統治業已基本穩固，南明殘存軍隊恢復中原無望，勢必長期盤踞或轉戰中緬接境地區，把永曆帝掌握在自己手中或引渡給清方，對於遏制南明軍隊在緬甸境內活動更為有利。所以，在明清交替之際中緬關係上出現的一些問題應該受到指責的不是緬甸當局，而是永曆朝廷的決策流亡緬甸。

清政府為了彌補自己在兵力、物力、財力上的不足，還企圖通過緬甸當局和雲南邊境土司之手不戰而勝。1659年（順治十六年）九月，洪承疇奉清朝「皇帝特諭」致書緬甸軍民宣慰使司和蠻莫宣撫司，要他們主動交出朱由榔、沐天波和李定國。兩件書信的措詞頗多類似之處，前半段均雲：

1660年（順治十七年，永曆十四年），清廷命吳三桂留鎮雲南，總管該省軍民事務。吳三桂大權在握，一心想繼承明代沐氏家族世鎮雲南的地位。據說，他在經略洪承疇回朝復命之前曾經請教「自固之策」，承疇回答道：「不可使滇一日無事也。」「三桂頓首受教」。吳三桂既以「雲南王」自居，就極力主張用兵掃滅逃入緬甸的永曆帝和南明在雲南一帶的殘餘勢力。清廷本意認為永曆帝逃入緬甸，李定國、白文選等避入邊境土司，不過是爝火餘燼，無妨大局，可以任其自生自滅。特別是連年用兵，財政困難（在順治十八年甚至背棄諾言重新徵收明末加派的「三餉」），要想出動大批軍隊征討邊遠地區，兵員、糧餉都難以為繼，因此並不熱心。吳三桂出於自身利益考慮，一再上疏力主用兵。順治十七年二月二十日奏本充分表達了他的意圖，疏中說：

1661年（順治十八年，永曆十五年）五月二十三日，緬甸國王的弟弟莽白在廷臣支持下發動宮廷政變，處死老國王，自立為王。新王派使者來向永曆帝索取賀禮，這時永曆朝廷飄泊異邦已經一年多了，坐吃山空，經費上業已陷入窘境，拿不出多少像樣的賀禮。但是緬甸當局的意圖顯然不是為了得到財物，而是借僅僅具有象徵意義的明朝皇帝致賀來增強自己在政治上的地位。永曆君臣「以其事不正，遂不遣賀」。南明流亡政府的這種僵硬態度使原已不佳的與緬方關係更形惡化。七月初六日，緬甸大臣來訪，當面責備道：「我已勞苦三載，老皇帝及大臣輩亦宜重謝我。前年五月，我王欲殺你們，我力保不肯。毫不知恩報恩」，說完懷恨而去。十六日，緬甸國王決定剷除永曆隨行官員，派人通知永曆廷臣過江議事。鑒於雙方關係緊張，文武官員心懷疑懼都不敢去。十八日，緬甸使者又來說：「此行無他故，我王恐爾等立心不臧，欲爾去吃咒水盟誓。爾等亦便於貿易。不然斷絕往來，並日用亦艱矣。」永曆廷臣明知其中有詐，即由世鎮雲南的黔國公沐天波答覆道：「爾宣慰司原是我中國封的地方。今我君臣到來，是天朝上邦。你國王該在此應答，才是你下邦之理，如何反將我君臣困在這裏。……今又如何行此奸計？爾去告與爾國王，就說我天朝皇帝，不過是天命所使，今已行到無生之地，豈受爾土人之欺？今日我君臣雖在勢窮，量爾國王不敢無禮。任爾國兵百萬，象有千條，我君臣不過隨天命一死而已。但我君臣死後，自有人來與爾國王算賬。」在緬方堅持下，大學士文安侯馬吉翔、太監李國泰等提出要由黔國公沐天波一同前往，方能放心。沐氏為明、清及西南邊境各邦國、土司重視的人物，馬吉翔等認為有沐天波在場，不致變生意外。緬甸當局為實現計劃勉強同意。次日黎明，馬吉翔等傳集大小官員渡河前往者梗之睹波焰塔準備飲咒水盟誓，僅留內官十三人和跛足總兵鄧凱看守「行宮」。上午，文武官員到達塔下即被緬兵三千人團團圍定。緬方指揮官員命人將沐天波拖出包圍圈，沐天波知道變生肘腋，奪取衛士的刀奮起反抗，殺緬兵九人；總兵魏豹、王升、王啟隆也抓起柴棒還擊，終因寡不敵眾，都被殺害。其他被騙來吃咒水的官員人等全部遇難，其中包括松滋王、馬吉翔、馬雄飛、王維恭、蒲纓、鄧士廉、楊在、鄔昌琦、任國璽、鄧居詔、王祖望、楊生芳、裴廷謨、潘璜、齊應巽，總兵王自金、陳謙、龔勛、吳承爵，總兵改授通判安朝柱，錦衣衛掌衛事任子信、金書張拱極、丁調鼎、劉相、宋宗宰、劉廣銀、宋國柱等，內官李國泰、李茂芳、沈猶龍、李崇貴、楊強益等，吉王府官張伯宗等數十名官員。緬軍謀殺明室扈從人員后，隨即蜂擁突入永曆君臣住所搜掠財物女子。朱由榔驚惶失措，倉卒中決定同中宮皇后自縊。侍衛總兵鄧凱規勸道：「太後年老，飄落異域。皇上失社稷已不忠，今棄太后又不孝，何以見高皇帝于地下？」永曆帝才放棄了自盡的打算。緬兵把永曆帝、太后、皇后、太子等二十五人集中於一所小屋內，對其餘人員及扈從官員家屬濫加侮辱。永曆帝的劉、楊二貴人，吉王與妃妾等百餘人大都自縊而死。緬兵搜刮已盡時，緬甸大臣才在通事導引下來到，喝令緬兵：「王有令在此，不可傷皇帝及沐國公。」可是，沐天波已經在「吃咒水」時被擊殺。九_九_藏_書rｅad•９9cｓw•ｃoｍ