之後，相隔6海里，以多里亞旗艦為先導的右翼艦隊出港。艦船都在船首插上綠色旗幟。57艘船成三列縱隊出發。

僅看一下這個陣容，就能明白慣於海戰的威尼斯和熱那亞人的艦船佔據著陣容關鍵部位。基於同樣的理由，與土耳其多次交手的馬爾他聖約翰騎士團的3艘艦船被排在中央主力的右端。總司令官唐·胡安的旗艦周圍力量充實，而且旗艦群本身都是結構堅固的大型船。陣容的最左翼和最右翼交給了威尼斯的巴爾巴里戈和熱那亞的多里亞。所有這些安排明確顯示出聯合艦隊與敵人交戰的堅定意志。

聖·克羅齊侯爵率領的後衛出港時已接近中午。因為是開始起風的時刻，插著白旗的30艘艦船全速追趕著先行一步的友軍。

在作戰船隻數量方面，威尼斯共和國佔壓倒性多數。因此，雖然中央主力與右翼實現了混合，但左翼實際上是威尼斯的艦隊。左翼陣容中的55艘戰艦，有43艘是威尼斯的艦船。

首先，設想預期的海上會戰，決定陣容。

另一方面，由57艘加萊艦組成的右翼艦隊，由西班牙海軍雇傭兵隊長多里亞指揮。右翼也配備有25艘威尼斯艦船，只要戰鬥開始，不管怎麼互相懷疑，他們都要服從多里亞的指揮。老練的海軍將領多里亞所乘的艦船九_九_藏_書位於右翼艦隊的最右端，壓住聯合艦隊最右翼的陣腳。

掛黃旗的左翼由55艘加萊艦組成，左翼的總指揮為威尼斯海軍參謀長阿戈斯蒂諾·巴爾巴里戈。

不得不接受西班牙士兵上船的威尼斯，還是堅持在掌握海戰關鍵走向的主力艦上，仍然只能讓威尼斯士兵上船的慣例。6艘加萊塞炮艦沒有其他國家的士兵上船，總司令官威尼爾和參謀長巴爾巴里戈的船，以及參謀奎利尼和卡納雷的船也保證了純威尼斯人員的原則。

在巴爾巴里戈艦船的右側是參謀卡納雷的艦船。壓住左翼艦隊的右端陣腳的是參謀奎利尼的艦船。

作戰會議定下出征日期之後繼續連日召開。這幾次會議決定了如下事項：

總計2.8萬名戰士並不是平均分配到各加萊艦上的。根據唐·胡安的提案，戰士不足的威尼斯船需要讓西班牙戰士上船。但馬爾他、熱那亞、薩伏依等國的將軍想讓其部下也跟著上其乘坐的船。因此，出現了威尼斯船每艘不足百人、西班牙船每艘平均有150人、其他國家的部分船艦甚至超過180人的情況，各船的戰鬥人員人數參差不齊。

達瓦羅斯侯爵率領的30艘帆船也在能乘風揚帆的時刻出港。hｔtps://ｒeaｄ.99csｗ.ｃｏm無須加萊船的牽引，這隊帆船像白色水鳥群一樣漸行漸遠，離開了墨西拿港口。

但巴爾巴里戈艦船的位置不在左翼的中央，而在左翼的最左端。在聯合艦隊的陣容中，他起到了壓住最左翼陣腳的作用。

除了前鋒中的6艘，由56艘加萊艦組成的中央主力接著右翼出港，中央主力集中了各國旗艦，顯得格外華麗。在唐·胡安旗艦的左右兩側，威尼爾和科隆納的旗艦並排前進。唐·胡安的旗艦的船槳閃耀著白色光芒，威尼爾的旗艦的船槳是深紅色的。所有艦船的船頭插著天藍色的旗幟，乘風破浪。

無論是中央主力、左翼還是右翼，構成這些陣容的軍艦，不僅有同一國家的船隻，而且有其他各國的船隻混編其中。這是在基督的名義下與異教徒戰鬥的神聖同盟聯合艦隊。以上編隊方式就是以上述理念設想的一種參戰人忘記各自所屬的國家和騎士團，形成一體，共同戰鬥的體現。

從西西里的墨西拿港出征的聯合艦隊的規模如下：

港口入口處的要塞上響起了禮炮聲，首先，擔當前鋒的8艘加萊艦出港，包括6艘加萊九_九_藏_書艦和2艘小型快速船。這些船白天要執行30海里範圍的偵察任務，晚上要與友軍保持10海里的距離航行。一旦開始戰鬥，除了小型快速船外，其他艦船都要保持在中央主力規定的位置。

前鋒隊之後，6艘加萊塞炮艦陸續出港。清晨風平浪靜，艦船是被小型快速船牽引著出港的。這6艘「浮動炮台」一遇敵軍，就將進入最前線，通過炮擊打亂敵陣，保證作為戰力主體的加萊艦安全出場。

圍著司令部的中央主力由62艘加萊艦構成。除了西班牙、威尼斯、教廷艦隊的最高位者乘坐的旗艦集中在中央部外，各參戰國的旗艦也船頭一個挨著一個地排列成隊。馬爾他聖約翰騎士團、熱那亞共和國、薩伏依侯國的旗艦也都在中央主力里。

左翼55艘艦船在這之後跟著出港。領頭的是塗成深紅色的威尼斯旗艦，這是左翼總指揮官巴爾巴里戈乘坐的艦船。55艘艦船中最後出港的是參謀奎利尼的艦船。當遇見敵人要在海上擺好陣型時，巴爾巴里戈的旗艦會停留等待，奎利尼的船則右拐上前，這兩艘艦船壓住兩側陣腳，左翼整體的陣容也就確定了。這支艦隊的各艘艦船的船頭都飄揚著黃色的旗幟。

威尼爾提出了反對意見：被不善海戰的西班牙船包圍著，總司令官的安全反而是危險九-九-藏-書的。這時，科隆納出來調停：兩艘船放在唐·胡安旗艦的後面怎樣？結果調停成功。兩艘監督船，以船頭靠在一起的形式安排在唐·胡安旗艦的船尾。

聯合艦隊分為左翼、中央主力、右翼三部分，此外還有後備隊。後備隊是游擊部隊，可以作為中央主力的後衛，任務是隨時馳援激戰海域。

再來看同樣是戰鬥力的戰士的人數，雖然是從其統治下的南義大利和熱那亞徵招的，但以西班牙王國的名義參戰的人數是威尼斯的3倍。也就是說，西班牙國王支付了全部戰鬥人員工資的四分之三。

除去西班牙國王的親信們，對多數人來說，決定了陣容和時間就會希望儘快行動。經過焦急的等待，大部隊終於在9月16日出征。

因出乎意料的進展而怒火衝天的腓力二世，以國王的名義給唐·胡安發出了包括返還命令的信，但信到達墨西拿時，艦隊已經出發。

因為是基督教諸國參加的聯合艦隊，所以司令部設在中央主力處，總司令官唐·胡安的旗艦基本位於陣容的中央。聯合艦隊總司令官艦船的左側是威尼斯艦隊的總司令官威尼爾的艦船。唐·胡安的旗艦的右側是教廷艦隊的科隆納的艦船。

西班牙方面當初以防止王弟發生不測為由，主張在唐·胡安的旗艦的兩側安排西班牙的艦船。而這兩艘船是負責監督的雷克埃索斯以下的西班牙王國的重臣們乘坐的。很顯然，即使在戰場上，他們也想把年輕的公子納入視野內。

如計算一下作為純戰鬥力的威尼斯加萊艦和加萊塞炮艦的數量，可以發現它們占聯合艦隊戰鬥力的一半，聯合艦隊共有210艘戰鬥艦船，威尼斯提供了112艘。

作為後備隊的後衛由30艘加萊艦組成，指揮由那不勒斯的有力人物，同時也是西班牙國王親信的聖克羅齊侯爵擔任。在這裏，西班牙人擔任艦長的艦船有16艘，威尼斯船有12艘，因此只有在後衛，西班牙艦船的數目超過了威尼斯的。

為與其他陣容區別，中央主力的船旗的顏色為天藍色。左翼為黃色，右翼為綠色，後備艦船旗幟為白色。

多數大炮，特別是射出的炮彈大的，多被裝備在別名為「浮動炮台」的加萊塞炮艦中。以運動自由為特徵的加萊艦不能裝太多重的東西。