洪武四年，朱元璋打聽到馬公夫婦葬于宿州，又派禮部尚書陶凱前去當地立廟，並親自為馬公夫婦寫下了一篇祭文。

韓林兒死後，龍鳳紀年宣告終結，朱元璋下令改用「吳元年」紀事。

成為吳王后，朱元璋繼續馬不停蹄地四齣征伐。隨著勢力越來越大，他與小明王韓林兒的決裂也勢在必行。龍鳳十二年（公元1366）五月，在聲討張士誠的檄文中，他公開宣稱「……愚民誤中妖術，不解偈言之妄誕，酷信彌勒之真有……聚為燒香之眾……妖言既行，凶謀遂逞，焚盪城郭，殺戮士夫，荼毒生靈……」——「彌勒教」，就是白蓮教，亦稱明教，正是紅巾軍藉以號召、韓林兒依此稱帝的根據。——read.99csw.com朱元璋的這番宣言表明他徹底脫離紅巾軍，決定另立碼頭的意願。

「東吳王」張士誠敗死，朱元璋遂於十月派徐達常遇春北伐中原，開始了真正推翻元王朝之戰。

朱元璋的西吳元年（公元1368）九月，即元順帝至正二十七年九月，「東吳王」張士誠所據守的蘇州城終於在八個月圍城之後被攻克。

十一月，徐達攻佔下邳、沂州、太平、濟寧、益都、臨淄、昌樂，常遇春攻佔東昌，元王朝的大都城已指日可得。看到這樣的局面，各路武裝也只能趕緊向朱元璋俯首聽命。浙東武裝首領方國珍就是在此時投降的（明朝建立后官封廣西行省左丞，只吃干俸不許九_九_藏_書上任）。

文曰：「朕惟古者創業之君，必得賢后以為內助，共定大業。及天下已安，必追崇外家，以報其德。惟外舅、外姑實生賢女，正位中宮。朕既追封外舅為徐王，外姑為王夫人，以王無繼嗣，立廟京師，歲時致祭。然稽之古典，于禮未安。又念人生其土，魂魄必游故鄉，故即塋所立廟，俾有司春秋奉祀。茲擇吉辰，遣禮官奉安神主于新廟，靈其昭格，尚鑒在茲。」

然而依靠朱元璋維持局面的韓林兒卻還被蒙在鼓裡。就在朱元璋與他的最後一個對手張士誠作戰已經勝利在望的時候，也就是龍鳳十二年（公元1366）十二月，朱元璋派廖永忠去接小明王韓林兒「駕臨」應天。雕樑九*九*藏*書畫棟的「龍船」剛至瓜洲，就莫明其妙地沉進了江底，韓林兒當了十二年「宋皇帝」，就這麼效法周昭王成了魚蝦之食。忠於韓林兒的紅巾軍也只能去向江水問答案了。由於這起「事故」，朱元璋對廖永忠「大發雷霆」，判他軟禁數日，隨後以「戴罪立功」為名再次重用。

論起來，張士誠也是個「吳王」，而且稱王的時間比朱元璋還早。為什麼大家都稱吳王？據記載說，元順帝即位之初，民間便有童謠，說是：「富漢莫起樓，窮漢莫起屋，但看羊兒年，便是吳家國。」於是張士誠便在平江（今蘇州）自封吳王。而朱元璋則是被韓林兒封為「吳國公」，也在隨後稱了「吳王」。為免混淆，史書遂將張九*九*藏*書士誠稱為「東吳」，朱元璋稱為「西吳」。

張士誠的王妃劉氏與私鹽販子出身的剽悍丈夫倒真是天生一對，在得知城破的消息后，她將所有嬪妾都強行和自己一起統統鎖入宮中齊雲樓縱火自焚，張士誠本人則在巷戰失利后自殺未遂被俘，又將西吳宰相李善長罵了個狗血淋頭，最後被暴怒的朱元璋活活打死，並焚屍揚灰。一十四年帝王夢，頃刻之間化為烏有，哀哉！

在這樣的大好情勢下，李善長率文武官員勸朱元璋稱帝。在十二月十一日和十二日連續兩天的勸進之後，朱元璋「勉為其難」地接受了大家的意見，並於八天後搬進了新建的皇宮。為了表示自己的誠意，他同時宣布，若上天果然應允自己稱帝，則登基九九藏書的正月初四日定當放晴。果然天從人願，紛紛揚揚的雪花和陰沉的天色都在這天一掃而光，應天城（今南京）一片霽朗。朱元璋正式稱帝，國號明，從此開始了洪武紀年（元年為公元1368）。

就在自己稱帝的同一天，朱元璋冊封髮妻馬秀英為皇后，嫡長子朱標為皇太子。而在追封朱家先祖的時候，他也沒有忘記妻子的父母。洪武二年，連照面都沒打過的岳父馬公被追封為徐王，岳母鄭氏為徐王夫人，在朱家太廟東向建祠祭祀。馬皇后以「孝女」身份親手將生身父母的靈牌捧入祠中供奉致祭。

「賢后」，這是朱元璋對妻子最真心誠意的讚譽。而馬氏在明王朝建立后的所有言行，都顯示著她確實無愧於「賢后」這個稱號。