在合併遷校之前，三校都形成了自己的優良傳統，北大是自由、民主，清華是嚴謹、認真，南開是開拓、活潑，合併為西南聯大后，互相取長補短，開拓出了更為高邁的境界。

抗辯函最後說："蓋本校承北大、清華、南開三校之舊，一切設施均有成規，行之多年，縱不敢謂為極有成績，亦可謂為當無流弊，似不必輕易更張。"

為了加強對高校的控制，國民黨當局規定，凡擔任院長者都必須加入國民黨。聯大法商學院院長陳序經教授聽到消息，沉下臉來脫口而出："扯淡，我就不入。"

梅貽琦主張通才教育，反對重實用、輕文理的辦學思想；他認為，教給學生所謂"一藝之長"，其實是在培養匠人，與大學宗旨不符。九*九*藏*書

西南聯大不但抵制了國民政府對內部事務的干涉，而且在1942年把大一新生必修的"三民主義"課改為若干專題，不做考試，不計學分。

時任聯大物理系教授的吳大猷這樣回憶當時的聯大學生、後來的諾貝爾獎獲得者李政道："他求知心切，真到了奇怪的程度。有時我有風濕痛，他替我捶背，他幫我做家裡的任何瑣事。我無論給他什麼難的書和題目，他很快地做完了，又來索更多的。我由他做問題的步驟，很容易發現他的思想敏捷，大異尋常。"

西南聯合大學設有文、理、工、法商和師範五個學院，二十六個系，教師三百五十多人，在校生人數在三千左右波動。她的機關卻只有三個處：教務九*九*藏*書處、總務處和訓導處，今天高校里的人事處、財務處、基建處、科研處、保衛處、外事辦、老乾處等等，一律沒有；三常委實則梅貽琦一人負責，沒有"分管領導"、"領導班子"；各學院和系均只設院長和系主任一人，由教授兼任，沒有副職。

由於蔣夢麟和張伯苓常在重慶，西南聯大校政其實由梅貽琦主持。這位提出了著名的"大學者，非有大樓之謂也，有大師之謂也"辦學理念的教育家，執掌西南聯大時說："吾從眾，無為而治。""眾"指的其實是教授，這句話落到實處，就是今天人們呼喚不已的教授治校。

西南聯合大學的制度以學分製為主體，具體是"選修課"制和"共同必修課"制。ｈttｐｓ://ｒeａｄ•９9cｓw•cｏm學生四年（或五年）必須修滿一百三十二個以上學分、相當於四十門課方可畢業；大一橫貫文理的必修課一般為八門（國文和中國通史所有院系都必修），達四十個學分之多；三分之一的學分課程不及格要留級，二分之一的學分課程不及格則勒令退學。

西南聯大的精神，除了戰時辦學必有的"艱苦奮鬥"之外，就是"大學獨立"。聯大的高層和教授認為，政府的職責是保證辦學條件，而不應干涉校政。

西南聯大的成功，固然在於其融匯了北大、清華、南開三校的優秀師資，更在於她那符合大學精神的辦學理念和學校制度。

有名師的精心教導，有科學合理的培養方案，青年才俊們十分珍惜這戰亂中萬分難得的https://read.99csw.com優良條件，他們刻苦勤奮，在這裏迅速成長起來。

1940年10月，教育部又公布《大學及獨立學院教員資格審查暫行規程》，要重新"審查"大學教師的"資格"。這一文件在西南聯大教授會上激起公憤，全體教授拒填"審查"表格，導致被扣當年的學術津貼。

在這批充滿自由思想和獨立意識的知識精英的全力呵護下，西南聯合大學不僅是戰火中的寧靜港灣，也是民國末年污濁社會中的綠洲。

1939年，國民政府教育部長陳立夫三度訓令西南聯大必須遵守教育部新規定，由教育部安排應設課程、統一教材、舉行統一考試等。聯大對此不以為然，推文學院長馮友蘭教授執筆抗辯。抗辯函說，這種做法的結果是"大學將直等於教ｒeａd.９9cｓw.ｃｏｍ育部高等教育司中一科"，如果什麼都由教育部規定，那麼"教授在學生心目中為教育部一科員之不若"；而且，如果大學內部事務、甚至課程的設置都要聽命教育部，"則必將受部中當局進退之影響，朝令夕改，其何以策研究之進行，肅學生之視聽，而堅其心志？"

西南聯大的最高管理機構是常委會，由北大校長蔣夢麟、清華校長梅貽琦和南開校長張伯苓三人組成；另設校務會議為議事機構，設教授會為諮詢機構。校務會議由常委、主任秘書、教務長、總務長、訓導長、院長和與以上人數相等的教授組成；教授會由全體教授、副教授組成，參加校務會議的教授由教授會選舉產生。

聯大八年中，共開出了一千六百多門課，如涓涓乳汁，哺育了一代優秀青年。