竇氏勢力的惡性膨脹，終因竇憲用極低的價錢強奪沁水公主的園田，引起了章帝的重視。一日，章帝命竇憲同出巡遊，路過沁水公主園田。章帝故意問：「公主園田今屬誰家？」竇憲知事情敗露，支支吾吾，不敢正視，章帝始知傳聞是實。回到宮中，召竇憲痛斥道：「你私自奪取公主園田，可知犯何罪？我怕你如此驕橫，與秦朝趙高指鹿為馬有何兩樣？貴如公主，尚遭到你的掠奪，何況普通的平民百姓？我要拋棄你，就如對待一隻雛雞、一個臭死老鼠差不多，有何可惜！」竇憲慌忙伏地請罪。至此，竇氏勢力才有所收斂。

漢明帝時，班超奉命出使西域，使西域諸部歸服，中央政府在該地建立都護府。不過，該地仍是不斷發生戰亂，局勢頗不平靜。章帝即位之初，邊關又起紛亂，焉耆、龜茲、車師等聯合北匈奴，攻打中央政府的軍政駐地，形勢頗為吃緊。章帝召群臣商議對策，眾人皆欲暫緩，惟有司徒鮑顯力主馳援。章帝採納鮑顯的意見，派兵西進，解救了邊危。

漢章帝在位期間，外戚的問題是十分突出的朝政大事。對於外戚的地位以及其間的爭鬥，明帝時嚴時寬，時松時緊，游移不定。與此相應，外戚的地位也就時起時落，載沉載浮。不過，在章帝的游移之隙，外戚們乘機發展，最終成了氣候，為東漢中期的外戚專政埋下了禍根。

東漢光武、明帝兩朝，鑒於西漢王莽篡位的教訓，不允許外戚封侯干政。馬太后的兄弟馬廖、馬防、馬光，在明帝朝雖通籍為官，然而馬廖官不過做到虎賁中郎，馬防、馬光不過為黃門郎，一直不曾晉陞。章帝甫一即位，就越級提拔馬廖為衛尉，馬防為中郎將，馬光為越騎校尉。馬氏兄弟同時升遷，得意忘形，趾高氣昂。而一些沒有骨氣的官僚和清客也爭相趨附，烏煙瘴氣。儘管司空第五輪等人極力勸諫九九藏書，章帝也只作耳旁風。

班超在西域團結各族人民，有效地遏止了北匈奴的侵擾。西域各國除龜茲外，都願意臣服於漢。建初六年（公元83年），班超在疏勒上書章帝，請求派兵支援，降服龜茲，實現「斷匈奴右臂」的戰略意圖。章帝支持班超的計劃，徵集吏士前往。適時有平陵人徐幹自告奮勇地到朝中上書，願意立功異域。章帝大喜，即命令徐幹為假司馬，率領1000多人組成的遠征軍，西去馳援班超。在西域諸國中，烏孫最強大，班超又請求章帝，遣使慰問烏孫國王。章 帝同意了班超的請求，派遣使臣去往烏孫。烏孫國王非常高興，于建初八年（公元85年），派遣使者回訪漢朝，表示友好。在西域，漢朝得到這樣一個大國的支持，章帝覺得非常稱意。於是他提升班超為將兵長史，授於他代表東漢政府在西域行事的權力。由於同漢朝中央政府保持了密切的聯繫，特別是由於烏孫的內附，使班超在西域的威望大增。西域諸國都願意受班超的節制，這樣就為和帝朝東漢政府再次打通同西域的密切交往鋪平了道路。

為了重建光武、明帝兩朝約束外戚的政策，章帝特調鐵面無私、剛正不阿的周紆任洛陽令。周紆一上任，就命令屬吏通報京師豪強的名單，並嚴申禁令，聲明不論誰人犯法，嚴懲不饒。於是洛陽城中的外戚子弟行為有所收斂，不敢輕易犯法。一天黃昏時分，黃門侍郎竇篤出宮回家，路過止奸亭，亭長霍延截住竇篤車馬，定要檢查一遍才許經過。竇篤的隨從僕人平常作威作福、狐假虎威，根本不把一個小小的亭長放在眼裡，將霍延推開。霍延拔出佩劍，高聲大喝道：「我奉洛陽令手諭，無論皇親國戚，夜間經過此亭，必須查究放行。你們是些什麼人，敢在此撒野！」竇氏僕從還要與他爭論，這時，九九藏書一直坐在車中的竇篤大聲叫道：「我是黃門侍郎竇篤。從宮中請假回家，可以經過此亭嗎？」亭長聽竇篤通報了姓名，才准許放行。第二天入宮，竇篤劾奏周紆縱吏橫行，辱罵貴戚。皇后又在章帝面前哭訴。章帝早知所言不全是事實，又礙於皇后情面，下詔將周紆逮捕候審。周紆在審判時，理直氣壯，據法痛斥竇氏惡行。廷尉做不了主，只好據實向章帝彙報。章帝又命令將周紆釋放，暫免去其洛陽令官職。不過，章帝對周紆的忠直也非常了解，不久又任命他為御史中丞。章帝在這件事情的處理上游移不定，對外戚專權有所警惕，但又下不了決心狠狠處理，最終未能削弱外戚的勢力。

章和二年（公元88年），章帝去世，時年31歲，在位13年。葬于敬陵，廟號「肅宗」。

章帝的一些政令刑罰，有時候並非建立在事實基礎上，而是出於災祥讖緯之學。建初元年（公元76年），兗、豫、徐等州發生了嚴重的旱災，赤地千里，饑民遍野。章帝一方面調集國庫糧食緊急救援飢餓中的人民，一方面召集大臣商討解決辦法，按照當時人們流行的看法，水旱荒年是由於陰陽失調，而陰陽失調又與政事有關。司徒鮑昱痛陳時弊：「前幾年治楚王英獄，抓人成百上千。這些人並不是都有罪，受牽連而坐獄的人恐怕有一半是冤枉的。那些判了徒刑的遠離家鄉、骨肉分離，死了靈魂也不得安息。這就致使陰陽失調、水旱成災。現在不如赦免這些刑徒，解除監禁，讓其回家和親人團聚，這樣也許能致和氣，使天降甘露，解除旱情，免除黎民百姓的痛苦。」尚書陳寵也上疏說：「治理國家大事就如調整琴瑟的弦一樣，弦調得太緊就會崩斷，刑罰太嚴也會激起人民的不滿。建議陛下進一步寬緩刑罰。」章帝聽從了他們的建議，大赦天下，寬緩刑罰。九九藏書

建初三年（公元78年），馬太後去世。是年，章帝冊立故大司徒竇融的曾孫女為皇后，外戚竇氏的勢力迅速發展起來。而在章帝後宮里，嬪妃們之間為爭寵也展開了微妙的鬥爭。原來竇皇后雖得到章帝的寵愛，卻沒有生子；而後宮宋貴人卻生有一男，起名劉慶，被立為皇太子；另外，前太僕梁松的侄女梁貴人生有一子，名為劉肇。對於竇皇後來說，宋貴人及皇太子劉慶是眼中釘，務必除之而後快。於是買通宮中侍女，作證誣告宋貴人造作蠱毒，詛咒皇上；另一方面，竇皇后又將劉肇據為己有。皇帝迷戀竇氏的美貌，對她的話深信不疑。下詔廢黜宋貴人及皇太子劉慶，另立劉肇為皇太子。

不過對於是否繼續經營西域，章帝舉棋不定，大臣們也有爭論。由於確實存在人力和物力的困難，章帝最終還是放棄了西域，詔令滯留西域的漢朝人員回國。

正因為相信讖緯迷信，章帝曾親自主持整頓經學。建初八年（公元79年），章帝接受了楊終的建議，親自在白虎觀召集將、大夫、博士、郎宮和諸儒開會，議定五經異同，最後由章帝自己拍板，決斷是非。這次會議的討論記錄後來由班固整理成書，名為《白虎通》。白虎觀會議以及《白虎通》所標榜的「正經義」，一方面用讖諱來正經學，其目的是利用政治力量使讖緯迷信合法化，使它具有和經傳同樣崇高的學術地位，另一方面是用官方意志來正經學，以便更好地為封建統治者服務。故此，《白虎通》成為一部把儒學思想法典化的著作。

宮外，外戚集團之間也為實際的政治和經濟利益開始了爭鬥。由於馬太后的去世，馬氏兄弟在朝中失去了內援，往日聚集在馬氏門下的食客也漸漸散去。不久，竇氏藉機誣告馬氏兄弟腹誹、過奢，章帝罷免了馬氏九*九*藏*書三兄弟的官職，令他們徙就封邑。隨著馬氏的沒落，外戚竇氏的地位陡升起來。竇皇后的哥哥竇憲被任命為侍中、虎賁中郎將，弟竇篤為黃門侍郎。竇氏兄弟出入宮省，賞賜累積，交通賓客。對此，司空第五輪曾表上書請求章帝嚴格約束竇氏，以防患于未萌，可惜章帝未愈重視。如此，不僅未能抑制竇氏的勢力，反倒無形中縱容他們更加橫行跋扈，殺人越貨，乃至欺凌起劉姓諸王、公主以及前朝皇后陰、馬諸家來。

漢章帝劉炟，漢明帝第五子，生於東漢建武中元二年（公元57年）。其生母為賈貴人。因為明帝馬皇后無子，再加上賈貴人為馬皇后同母異父的姐姐，所以劉炟幼年為馬皇后收養，就以馬氏為外家。明帝永平三年（公元60年），4歲的劉炟被立為皇太子。永平十八年（公元75年）秋天，明帝因病去世，劉炟即皇帝位，時年19歲。次年，建元「建初」。

史稱章帝忠厚仁義，篤于親系。實際上章帝的政令刑罰確是比較寬疏的。例如依東漢制度，官員貪污要禁錮三世，即三代人都不準為官。章帝廢除了這項制度。而章帝對官員和貴族的賞賜，又往往超過規定的限額，造成國家財政的困難，且把這些負擔都轉嫁到人民頭上。可見章帝之寬疏，並非完全建立在原則之上的。

這時班超住在疏勒國，也接到了撤退的詔書。他收拾行裝，備好馬匹，準備返回久別的祖國。在西域生活多年，他有些依依不捨，西域人民也愛戴和尊敬他。聽說班超要回國，疏勒國人民驚慌不安，因為班超對付匈奴有辦法，班超一走，又要歲無寧日了。疏勒都尉抽出長刀，滿面流淚，對天長嘆道：「漢朝使節棄我而去，我國必為匈奴所滅。與其後日死亡，不如今日魂隨漢使，九_九_藏_書送其東歸！」說罷，即引刀自刎。班超雖然也難捨難分，但皇命在身，只好撥轉東行。不久到了于闐國，于闐人民攔道迎接班超，聽說他要東歸，都失聲痛哭，就近的人們伏地抱著班超的馬腳，不讓他離開。班超無奈，只好留下來，同時上書章帝，請求他留屯西域。章帝同意了班超的請求。

接著，章帝又想為舅舅馬氏諸人封侯拜爵，馬太后怕有礙成法，引起非議，堅決不許。建初二年（公元77年），一些附焰馬氏的官僚士大夫又上書請求章帝詔封馬氏兄弟。章帝欲依從此議，無奈馬太后堅執不從，清醒地發布曉諭：「凡上書言封外親者，皆欲獻媚於我謀求好處。凡外戚貴盛至極，少有不倒台的。所以先帝在世慎防舅氏，令其不在樞機之位。況馬氏兄弟德才不逮，我怎麼能上負先帝之旨，下負先人之德，重蹈西京敗亡的覆轍呢？特此布告天下。」馬太后的這道詔書傳出，大臣們不敢再多說什麼。只有章帝看了詔書，感慨之餘仍不死心，再向太後面請道：「漢興之後，舅氏封侯，與諸子封王一樣，已成定製。太后原意是謙虛退讓，為何不讓我奉獻加恩三舅的美意呢？且舅舅們年事漸高，身體多病，如有不諱，將使我遺恨無窮，望太后省察，宜及時冊封，不該拖延！」馬太后和顏悅色地勸說章帝道：「我怎麼一定要表示謙退，不讓你加恩于外戚？但反覆考慮，實在不應加封。從前竇太后欲封王皇后兄，遭到丞相周亞夫的反對，說高祖有約，無軍功者不侯。今馬氏無功國家，怎能與佐漢中興的陰、郭二家比同？而富家貴族、祿位重迭者，決難持久。我已對此深思熟慮，勿再提加封之事。況且你剛接帝位，天氣異常，災害頻仍，谷價騰貴。正應為此事考慮，如何安頓百姓，渡過難關。怎麼放著正事不幹，先營封侯外戚呢？」一席話，說得章帝只有俯首受教，惟唯退出。