到了九月，在親信大臣的勸進之下，桓玄又讓安帝冊命自己為相國、楚王，加九錫。至此，他離稱帝已是只差一步了。

在東晉與孫恩起義軍征戰時，桓玄利用這一時機將其勢力向東逐步伸展到蕪湖，當塗一帶，直逼建康。桓玄既已控制了東晉三分之二的國土，而且兵勢強盛，其野心也就更加膨脹起來。他的新目標乃是滅司馬道子之子司馬元顯，進駐建康。

兩軍開戰不久，劉牢之參軍劉裕請求出擊，牢之不許。此時，劉牢之正打著自己的小算盤，他一向討厭元顯，擔心滅了桓玄，元顯更加驕橫，又怕自己功名越大，越不為元顯所容，因此打算借桓玄之手除掉元顯，然後再找機會滅桓玄。故此刻他不願與桓玄交手。恰好桓玄派了牢之的本家舅舅何穆來說降，牢之之子劉敬宣、外甥何無忌和參軍劉裕等人反對，但劉牢之主意已定，遂派劉敬宣去向桓玄請降。桓玄雖然打定主意要滅掉牢之，表面上卻不露聲色。不僅盛宴招待劉敬宣，還請他一起欣賞自己收藏的名畫，又請劉敬宣當自己的諮議參軍，十分親熱，劉敬宣也變了主意，於是收降劉牢之順利辦成。

桓玄回到江陵家居賦閑。這兒乃是桓氏世代盤踞之地，他可以整頓兵馬，為所欲為。當地士民怕桓玄甚於怕刺史殷仲堪。連殷仲堪本人對桓玄也要退讓三分。

有一次，桓玄去琅邪王司馬道子府上，正碰上道子喝醉了酒，竟醉眼朦朧地當著許多客人的面問：「桓溫晚年想做賊，是何hｔｔps://ｒｅａd•9９ｃｓｗ•ｃｏm緣故？」弄得桓玄伏在地上渾身冒汗，狼狽不堪。從此對道子恨得咬牙切齒。

小小南郡公有著過人的智慧。桓溫三年喪期屆滿，府州文武都來辭別，桓沖撫摸著桓玄的頭感慨地說：「這都是你家的故吏啊！」7歲的桓玄聽了，竟淚流滿面，顯出十分傷心的樣子，使故吏們對他的聰明伶俐大為驚異。

元興三年（公元404年）二月，劉裕與何無忌率百余親兵起事，殺了兗、徐二州刺史桓修，佔據京口。孟昶亦與劉毅、劉道規等率數十人殺了青州刺史桓弘，佔據廣陵。劉裕又派劉毅去殺了豫州刺史刁逵，佔據歷陽。然後傳檄各地，討伐桓玄。桓玄派頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷等去京口抵禦。三月初，劉裕在江乘親執長刀，沖入敵陣，殺了吳甫之，又南進到羅落橋，斬了皇甫敷。桓玄聽說二將出師不利，又派桓謙和何澹之屯東陵，卞范之屯覆舟山西，計有兵2萬。劉裕于次日上午率軍進到覆舟山東，命體弱兵丁登山樹旗，作為疑兵，其餘兵卒分數道並進，一眼望去，滿山遍野儘是劉裕之兵。派出的偵察兵回去報告說：「劉裕軍隊滿處都是，不知道有多少。」桓玄更加憂恐，趕緊帶著兒子桓升、侄兒桓濬及親兵數千人挾著安帝出逃，途中被叛兵所殺。

當了皇帝以後，桓玄的表現越發不得人心。他學前人的樣子，親臨聽訟觀斷案，卻不分罪行輕重，一律釋放。出行時，碰到攔住ｒｅaｄ.９９ｃsｗ.coｍ乘輿行乞的人，還時常給點衣食，以示新皇帝恩惠。他對奏事官吏特別苛刻，如果發現奏章中有一個字不合字體或語辭錯誤，必加懲罰，以示新皇帝聰明。他小事如此細緻，大事卻一點不抓，也不知道該如何處理政務，致使許多重要奏章堆積在桌上。他又特愛遊獵，有時竟一日數次外出。他還別出心裁，遷居東宮，為了修繕東宮，又大興土木，而且督迫嚴促。他的種種作為，使得朝廷內外怨聲載道，反對的人越來越多。

隆安元年（公元397年）四月，王恭派人與殷仲堪聯絡起兵，以討王國寶為名反對司馬道子。桓玄巴不得天下大亂，好一顯身手，便力勸殷仲堪與王恭聯合舉兵。於是，王恭上表曆數王國寶罪狀，舉兵討之。司馬道子無力抵抗，只得殺了王國寶，請求王、殷退兵。桓玄趁機請當廣州刺史，道子怕他在荊州還會造事生非，便順水推舟，讓他當了廣州刺史，桓玄接受了任命，卻並不離開荊州。以後他暗中被反司馬道子的幾股武裝勢力推為盟主，更積極擴張勢力，吞併了殷仲堪等力量，佔據了長江中上游廣大地區。

解決了司馬元顯手下惟一擁有強兵可以對抗的劉牢之以後，桓玄如入無人之境，長驅直入，進到都城之下。元顯趕緊退往宮中，桓玄命部下提刀邊追邊喊：「放下武器！」元顯兵卒立刻紛紛潰逃，元顯亦被活捉。桓玄大搖大擺進入建康，被任為都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州九_九_藏_書牧、領徐、荊、江三州刺史，假黃鉞。桓玄大權獨攬后，殺了元顯、尚之等人，又把道子發落到了安成郡。

一個月後，桓謙、桓振等聚集殘餘，重新攻陷江陵，為桓玄舉哀，謚為「武悼皇帝」。

青年桓玄長得「形貌瑰奇，風神疏朗」，而且知識廣博，長於文章。常以高門才識自負，使人們對他有些畏懼。朝廷因為其父桓溫曾有不臣的跡象，對他有意壓抑，因此，到23歲，他才當了個太子洗馬這樣一個很不吃香的官。

到十一月，桓玄不光用上了天子的禮樂，而且將自己的老婆由王妃改稱王后，世子改稱太子。還讓親信起草了禪位詔書，然後逼著安帝抄寫清楚。一切準備就緒之後，桓玄遂於十二月正式即位稱帝，建國號為楚，改元永始。封晉安帝為平固王，遷往潯陽。

劉裕早就想討滅桓玄，見時機成熟，便與弟劉道規及親信骨幹劉毅、何無忌、王元德、王仲德、孟昶、檀憑之、諸葛長民等密謀起兵。

東晉太和八年（公元367年），大司馬桓溫的夫人馬氏生下一個男孩，大名叫桓玄。桓玄長到5歲，一個意外的機遇，使他繼承了桓溫的爵位。那是寧康元年（373）七月，桓溫病危，因長子桓熙太沒有本事，決定將部眾交給最能幹的五弟桓沖統領。四弟桓祕對此十分不滿，便與桓溫的長子桓熙、次子桓濟等密謀殺桓沖，桓沖得知后，暗作準備，待桓溫一歸天，就先下手把熙、濟捉了起來，然後又廢了桓祕，並把熙、濟遷往長沙，ｈtｔps://reａd.9９ｃｓw.cｏｍ又稱桓溫留下遺囑，由小兒子桓玄繼承爵位。於是，年僅5歲的桓玄，成了南郡公。

東晉政局這時正在醞釀一場劇變。在朝獨攬軍政大權的司馬道子，以小舅子王國寶等為親信，排斥南兗州刺史王恭、荊州刺史殷仲堪，終於引發了一場統治階級內部的武裝衝突。

桓玄滅了劉牢之後，又殺了北府將領竺謙之、竺朗之、劉襲、孫無終等，並提拔一些北府後起將領如劉裕等作為他的爪牙，以使北府兵效忠自己。至此，桓玄覺得再也無人能奈何於他，便開始為所欲為。剛進建康的時候，他一度做了些罷黜奸佞、拔擢俊賢的事，曾使建康士民滿懷希望，以為可以過一段安定日子。沒想到桓玄立足稍穩，便原形畢露，奢豪縱逸，政令無常，根本不把安帝放在眼裡，甚至剋扣安帝的車馬衣食，使安帝幾乎挨餓受凍。因此，朝野內外很快就對桓玄大失所望。

桓玄後來雖然補了個缺，出京當了義興太守，依然鬱郁不得志。他曾經登上高處，望著眼前浩蕩的太湖，回想當年父親桓溫曾是何等顯赫，以此高門元勛，如今竟受世人毀謗排擠，不由得感慨萬分，長嘆一聲說：「父為九州伯，兒為五湖長！」於是決定辭官回南郡封國去。

元興元年（公元402年）正月，元顯以劉牢之為前鋒，司馬尚之為後部，親率大軍西討桓玄。桓玄原以為元顯正被孫恩起義搞得焦頭爛額，根本無暇西顧，突然接到內線密報，說司馬元顯派劉牢之來攻，大吃一驚。

司馬元顯一直以九_九_藏_書籠絡桓玄來對付其他反對勢力，不料養虎遺患，桓玄力量強大之後，開始威逼建康，司馬元顯深為憂慮。謀臣張法順給他出主意說：「桓玄剛得荊州，人心未附。若乘此時使劉牢之為前鋒，陛下以大軍繼進，桓玄可滅。」元顯以為有理，於是大治水軍，準備討伐桓玄。

第二年（公元405年）正月，劉毅等恢復江陵，晉安帝返回建康複位。至此，一出桓玄篡位稱帝的活劇遂告終結。

桓玄的權位越高，野心也越大。新的目標乃是篡位稱帝。實現這一野心的惟一威脅還是掌握北府兵的劉牢之，他必須奪了牢之的兵權。於是，桓玄任劉牢之為會稽內史。牢之知道兵權解除將大禍臨頭，馬上與兒子劉敬宣商議對策，敬宣主張立刻發兵襲擊桓玄，牢之猶豫不決，去問劉裕，劉裕說：「當初將軍以勁卒數萬而望風降服，如今桓玄剛剛得志，威震天下，人心歸附於他，你怎麼打得過他呢？如你要打，我也只有回京口去當百姓了。」牢之知劉裕不贊成，又召集僚屬商議，參軍劉襲站起來說：「天下最不能幹的事就是犯上作亂，將軍往年反王恭，前些時反元顯，今又要反桓公，一人三反，還能在世上做人嗎！」說完，頭也不回，大步走了出去，其他佐吏也多散走。牢之見人心已散，害怕起來，忙派敬宣去京口把家小接來，約期至而未歸，牢之以為事情敗露，敬宣已被桓玄所殺，想想往後日子難過，就找了根繩子，往脖頸上一套，兩腳一蹬，自殺了。不久敬宣就回來了，見此情景，只好逃走。