從此以後，司馬德文深慮禍機。同被廢黜的皇后褚靈嬡，形影不離地伴隨在他的身邊，為了預防下毒，司馬德文入口的一湯一水都經她親自檢查。這樣過了一年，永初二年（公元421年）九月，劉裕派褚靈嬡的哥哥褚叔度把她誑出，隨後，早已埋伏好的兵士翻牆而入，把司馬德文刺殺在卧室。他終年36歲，謚為「晉恭帝」，葬于沖平陵。

義熙十四年（公元418年）十二月，緊鑼密鼓準備改朝換代的劉裕ｒｅad•99cｓｗ•cｏｍ，為了應「昌明之後有二帝」的讖語，派人縊殺司馬德宗，謊稱因病駕崩。同時，他擁立司馬德宗的胞弟——33歲的琅邪王司馬德文繼位，做了東晉末代皇帝。

但是，眼見東晉帝國的大廈即將傾覆，他自感無力支撐，便到佛教里尋求一點精神上的安慰。他鑄錢千萬，用來布施。又造了一尊高一丈六尺的金身佛像，步行幾十里，親到瓦官寺把這尊佛家聖物迎接到京師里來rｅａd.99csw.ｃoｍ。由此看來，他又是一個精神空虛的親王。

晉代自秦始元年（公元265年）司馬炎代魏，到元熙二年（公元420年）司馬德文為劉裕所代，前後共存在了155年。

在當時人們心目中，司馬德文是一個賢王。他常常為東晉的國祚擔憂。他在王府里，曾讓隨從們玩射馬的遊戲。有人勸說他：「馬是皇族的姓，你讓隨從射馬是不吉利的。」他被提醒，就不再玩這種遊戲了。

劉裕把司馬德https://read.99csw.com文推上皇帝位子，目的是為應司馬曜之後有兩個皇帝的讖語。過了一年半，元熙二年（公元420年）六月，傅亮秉承劉裕的密旨，暗示司馬德文禪位。當傅亮把禪位詔的草稿送到面前時，他欣然接受，說：「晉朝早已失去了天下，事至今日正該這樣辦！」於是親自照樣謄寫。劉裕即位后，把他廢為零陵王，安置在秣陵（今江蘇南京報恩寺附近）。

司馬德文不忘乃祖乃宗，想有所作為。劉裕北伐時，他自動上read.99csw.com疏要求隨軍前往洛陽，修復了西晉皇帝的陵墓。他篤于兄弟情誼，常常隨侍在司馬德宗的身邊，照顧這個不會說話、不能行動的胞兄，在宮廷內外很受稱道。桓玄篡位，他被降為石陽縣公，和被廢黜為固安王的司馬德宗一起被安置到潯陽（今江西九江）；以後劉裕進攻桓玄，兄弟倆隨桓軍的進退而遷徙不定，最後被劫持到江陵（今湖北江陵）。桓玄敗死，桓氏一族幾乎被殺盡，做了漏網之魚的桓振謀圖報復。一天，他持槍躍馬，突九九藏書然闖進司馬德宗的住處，瞪圓雙眼，怒氣沖沖地說：「我們桓氏家族有什麼對不住國家的地方，而遭到滅族慘禍？」司馬德文正服侍在他胞兄身邊，回答說：「殺掉你們全族，並不是我們兄弟二人的主意。」一句話，說得桓振下馬拜服，司馬德文就這樣為他胞兄解了難。劉裕得勢后，便尋找暗殺司馬德宗的機會。司馬德文看透這一心機，形影不離地守候在他胞兄身邊，使劉裕下不得手。劉裕最終殺掉司馬德宗，是利用了司馬德文不在他胞兄身邊的機會。