蕭子良一死，蕭昭業的心腹之患就只有蕭鸞一人了。蕭昭業急找中書令何胤商討誅殺蕭鸞事宜。何胤是何皇后的從叔，被蕭昭業所親信，讓他入值殿省。他一聽蕭昭業要他殺蕭鸞，非常害怕，絞盡腦汁找出種種理由勸說諫阻。蕭昭業沒主意了，只好打消念頭。為了削弱蕭鸞的勢力，他又打算讓蕭鸞去居西州，中敕用事，凡國家大事由自己決斷，不再諮于蕭鸞。

蕭昭業是文惠太子的長子，小名「德聲」，自少時便由竟陵王妃袁氏撫養。蕭賾即位后，其父蕭長懋被立為太子，他襲爵成為南郡王。蕭昭業少時眉清目秀，舉止文雅，口齒清楚，甚得爺爺蕭賾鍾愛。當時王侯每五日一入宮問訊，蕭賾卻常單獨召蕭昭業入宮，關切地詢問他的飲食起居和讀書情況。蕭昭業愛好隸書，凡他寫的字，蕭賾都看得極為珍重，不準隨便傳出宮外。文惠太子去世后，蕭賾因竟陵王蕭子良不報告太子奢侈僭越之事而惱怒，開始嫌責子良，有意立蕭昭業為皇位繼承人了。

蕭鏘是蕭道成第七子，雍容大度，很得人心。武陵王蕭曄去世后，他就是皇室諸王中最年長的了，因此蕭昭業對他很信賴。一次，諸王入宮問訊，蕭昭業單獨留下蕭鏘，問道：「公聞蕭鸞對我如何？」蕭鏘知其意，答道：「蕭鸞在宗戚中年齡最長，且受寄ｈｔtpｓ://rｅaｄ.99ｃｓw.com於先帝。臣等皆年少，朝廷所能依靠的只有蕭鸞一人，願陛下不要以此為慮。」蕭昭業聽了，默默無言。退朝後，他對宦官徐龍駒說：「我欲與蕭鏘共計取蕭鸞，他既不同意，我不能獨辦。且再聽任蕭鸞專權一段時間吧。」

周奉叔率眾出發到青州上任的那天，蕭昭業忽然接到尚書省的報告，說周奉叔輕慢朝廷，已被處死，不禁大吃一驚。原來，周奉叔所率部伍剛剛出發，蕭鸞與蕭諶稱有敕，召他回尚書省，將他毆殺致死。然後，向蕭昭業作了報告。對這種先斬後奏的行為，蕭昭業雖然不滿，但也無能為力，不敢說什麼，只有可其奏而已。接著，蕭鸞又以謀反罪殺了綦母珍之、杜文謙，蕭昭業的主要心腹就被逐漸翦除乾淨了。

蕭鸞見情勢至此，懼怕夜長夢多，加緊行動。衛尉蕭諶密召諸王典簽，要他們不準諸王外接人物，以防止諸王聽到風聲。由於蕭諶歷二帝，皆為親要之臣，諸王典簽對他是敬畏交加，聽到他的吩咐，無不俯首聽命。尚書左僕射王晏、丹陽尹徐孝嗣等也與蕭鸞通謀，贊成廢掉蕭昭業另立。

齊太祖蕭道成的侄子蕭鸞受遺詔與竟陵王蕭子良一起輔佐蕭昭業，蕭子良因受懷疑自身難保，深居簡出九_九_藏_書不預國事；蕭鸞則以尚書令的身份處理國家大政，培植一己勢力，蕭昭業逐漸覺得大權旁落了。對他的一些胡作非為，蕭鸞又常諫阻，蕭昭業多不聽從，依然我行我素，在內心對蕭鸞很忌恨，總想除之而後快。但他深知靠自己一人絕對不可能成功，必須找個有威望的人來協助。他選擇了尚書右僕射、鄱陽王蕭鏘。

一日，蕭昭業來到蕭賾儲錢的齋庫，只見裏面有錢數億。蕭賾在位期間，上庫儲錢五億萬，以備軍國之用，齋庫聚錢也超出3億萬，以作宮廷費用，其他金銀布帛不可勝計。見自己已腰纏億萬貫，蕭昭業便盡情揮霍，為鬥雞玩，曾花數千錢買一隻好鬥雞。又動輒賞賜幸臣群小，一出手就是十幾萬、幾百萬。不到一年，武帝蕭賾時儲的錢財就所剩無幾了。

蕭賾的遺體要移出太極殿了，蕭昭業親自安排指揮。因叔叔竟陵王蕭子良在蕭賾臨去世時受到王融的極力擁戴，蕭昭業對此耿耿於懷，特意派將率200人全副武裝地守在太極殿西階，監視正在中書省的蕭子良。

這時，蕭昭業正在平時舉行宴會的壽昌殿，聽說外面有變，嚇得面如土色，急忙密寫手敕，召蕭諶入殿應付。然後，又令人關閉內殿各房閣。正在他驚慌失措的時候，蕭諶已引兵進ｈｔtpｓ://ｒeａｄ.９9ｃsw.coｍ入壽昌殿。直到這時，蕭昭業才知道引兵廢他的正是他所信任依賴的蕭諶。他扭頭逃往寵姬徐氏房內，拔劍自刺不中，以帛纏住脖子。蕭諶率兵士沖入延德殿，眾宿衛將士紛紛操弓盾欲拒戰，蕭諶厲聲喝道：「所取自有人，卿等不須動！」宿衛平時皆隸服於他，所以對他的話深信不疑。蕭諶入殿，將蕭昭業接出。宿衛見蕭諶所取之人原來是皇帝，都想抵抗，蕭昭業竟默默不語，一言未發，眾人見狀，失望地各自散去。蕭昭業被蕭諶等引至延德殿西弄害死，時年22歲，葬以王禮。蕭鸞以太后令廢其為郁林王，廢何皇後為王妃，何姬與諸嬖倖皆伏誅。

一日，蕭諶、蕭坦之向蕭昭業建議，周奉叔勇猛善戰，應出鎮外地，以為外援。蕭昭業聽了，覺得很有道理，便以周奉叔為青州刺史。周奉叔請求封他為千戶侯，蕭昭業應允。后又因蕭鸞的反對，僅封為曲江縣男，食三百戶。周奉叔知道后，在眾人面前大發雷霆，拔刀相威脅。蕭鸞連忙好言勸誘，周奉叔才消了氣。

這時，蕭昭業所信賴的蕭諶、蕭坦之見蕭鸞大權獨攬，又深得朝野之心，便自動依附蕭鸞，勸其廢帝另立，於是成了蕭鸞安插在蕭昭業身邊的耳目。這一切，蕭昭業完全被蒙在鼓裡，毫不察覺。

即位十余日，蕭昭業下令收捕那個九九藏書欲擁立竟陵王蕭子良的中書郎王融。王融被捕入獄后，蕭昭業令中丞孔稚珪奏王融險躁輕狡，招納不逞之徒，又誹謗朝廷，要窮治其罪。蕭子良聽說王融被捕，心裏非常沉重不安。王融是為擁立他而得罪的，現在連他都受到蕭昭業的懷疑，處境困難，對王融的事是愛莫能助，連過問一下都不敢。正在他心神不寧之時，王融派人來見，苦苦哀求蕭子良救王融一命，蕭子良只是唉聲嘆氣，不敢答應。不久，蕭昭業將在獄中的王融賜死。

隆昌元年（公元494年）四月，太傅、竟陵王蕭子良病逝。蕭子良對蕭昭業有養育之恩，但因蕭賾去世前夕王融擁立之事，蕭昭業對他懷恨在心，嚴加戒備。他雖受遺詔輔政，蕭昭業又給他加殊禮，讓他劍履上殿，入朝不趨，贊拜不名，但他卻不敢幹預朝政，整日憂心忡忡，終致憂慮成疾，一病不起而亡。蕭昭業一直擔心蕭子良有異心，聽到死訊后，興奮異常，為蕭子良舉行了盛大而隆重的葬禮。

蕭昭業即位的第二年，改年號為隆昌，不再延用武帝年號。

蕭昭業所寵幸的有中書舍人綦毋珍之、朱隆之，直閣將軍曹道剛、周奉叔，宦官徐龍駒等。徐龍駒專權干政，蕭鸞上言請求誅殺他。對此，蕭昭業心裏是一百個不情願，但又不能拒絕蕭鸞之請，只好忍痛殺了徐龍駒。這一來，他對蕭鸞的忌九-九-藏-書恨就更加深了。

蕭昭業喜愛的另一種惡作劇是帶皇后何氏和諸寵姬到主衣庫去，打開大門，讓她們拿寶器相投擊，摔碎以取樂。各種寶器珍玩在他和皇后、寵姬的歡笑聲中化為碎礫。在他的允許下，宦官和群小可到主衣庫隨意拿取喜愛之物。蕭賾生前御用的甘草杖，則被宮人寸段，分而玩耍。

七月二十二日，在蕭昭業正準備秘密殺掉蕭鸞的時候，蕭諶奉蕭鸞之命，率兵入宮，先碰上曹道剛與中書舍人朱隆之，二人未及反抗就被殺死。直后將軍徐僧亮見狀大怒，急呼宿衛兵眾「以死相報」，話音剛落，立即被斬。蕭鸞與王晏、徐孝嗣、蕭坦之、陳顯達、王廣之、沈文秀等朝廷重臣也隨後入宮。

永明十一年（公元493年），蕭賾逝世，蕭昭業繼位。蕭昭業在爺爺的喪期即位，在百般疼愛他的爺爺的靈前，他放聲痛哭，跪在地下久久不肯起來，引得觀者無不垂淚，暗贊他孝順、懂事。但一等入內，他就完全變了一個人，有說有笑，又令樂隊奏樂取樂，那些久跟在他身邊的人對此絲毫不覺驚奇，因為他的表現一如當初為父親文惠太子守喪時。

為了報答那些為自己即位儘力的有功人員，培養自己的勢力，他下詔假稱遺詔，以武陵王蕭曄為衛將軍，西昌侯蕭鸞為尚書令，太孫詹事沈文季為護軍。又讓心腹周奉叔、曹道剛臨殿中警衛。